白井剛 (Tsuyoshi Shirai) - マイポータル

基本情報

所属: 長浜バイオ大学バイオサイエンス学部教授
: 滋賀大学データサイエンス学部特別招聘教授

学位: (BLANK)

J-GLOBAL ID: 200901030274803988
researchmap会員ID: 1000182589

研究キーワード

研究分野

経歴

委員歴

2018年4月 - 現在

筑波大学計算科学研究センター, 運営協議会委員
2014年4月 - 現在

日本バイオインフォマティクス学会, 評議員幹事会長補佐
2009年

日本バイオインフォマティクス学会, 幹事

論文

110

Mechanism of polymer molecular weight-dependent suppression and promotion of liquid–liquid phase separation of a protein solution by the addition of polymer

Yoshihiro Osaka, Ryuichi Okamoto, Tomonari Sumi, Kenichiro Koga, Hiroshi Imamura, Tsuyoshi Shirai, Yasuhiro Isogai

The Journal of Chemical Physics 162(5) 2025年2月4日
Proximity extracellular protein-protein interaction analysis of EGFR using AirID-conjugated fragment of antigen binding

Kohdai Yamada, Ryouhei Shioya, Kohei Nishino, Hirotake Furihata, Atsushi Hijikata, Mika K. Kaneko, Yukinari Kato, Tsuyoshi Shirai, Hidetaka Kosako, Tatsuya Sawasaki

Nature Communications 14(1) 2023年12月14日
Changes in the hydrophobic network of the FliGMC domain induce rotational switching of the flagellar motor.

Tatsuro Nishikino, Atsushi Hijikata, Seiji Kojima, Tsuyoshi Shirai, Masatsune Kainosho, Michio Homma, Yohei Miyanoiri

iScience 26(8) 107320-107320 2023年8月18日
A formamidopyrimidine derivative from the deoxyguanosine adduct produced by food contaminant acrylamide induces DNA replication block and mutagenesis

Jun-ichi Akagi, Masayuki Yokoi, Yumi Miyake, Tsuyoshi Shirai, Tomohiro Baba, Young-Man Cho, Fumio Hanaoka, Kaoru Sugasawa, Shigenori Iwai, Kumiko Ogawa

Journal of Biological Chemistry 105002-105002 2023年6月
Involvement of mTOR pathway in neurodegeneration in NSF-related developmental and epileptic encephalopathy.

Takahiro Hayashi, Naoko Yano, Kengo Kora, Atsushi Yokoyama, Kanako Maizuru, Taisei Kayaki, Kinuko Nishikawa, Mitsujiro Osawa, Akira Niwa, Toshiki Takenouchi …

Human molecular genetics 32(10) 1683-1697 2023年1月16日
Improvement of Protein Solubility in Macromolecular Crowding during Myoglobin Evolution

Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Tomonari Sumi, Tsuyoshi Shirai

Biochemistry 2022年6月8日
Intermolecular Interactions between a Membrane Protein and a Glycolipid Essential for Membrane Protein Integration.

Shoko Mori, Kaoru Nomura, Kohki Fujikawa, Tsukiho Osawa, Masafumi Shionyu, Takao Yoda, Tsuyoshi Shirai, Shugo Tsuda, Kumiko Yoshizawa-Kumagaye, Shun Masuda …

ACS chemical biology 17(3) 609-618 2022年3月18日
Structure of mitogen-activated protein kinase kinase 1 in the DFG-out conformation.

Setsu Nakae, Maho Kitamura, Daisuke Fujiwara, Masaaki Sawa, Tsuyoshi Shirai, Ikuo Fujii, Toshiji Tada

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 77(Pt 12) 459-464 2021年12月1日
Evaluating cepharanthine analogues as natural drugs against SARS-CoV-2.

Atsushi Hijikata, Clara Shionyu-Mitsuyama, Setsu Nakae, Masafumi Shionyu, Motonori Ota, Shigehiko Kanaya, Takatsugu Hirokawa, Shogo Nakajima, Koichi Watashi, Tsuyoshi Shirai

FEBS open bio 12(1) 285-294 2021年11月30日
Common and unique strategies of myoglobin evolution for deep-sea adaptation of diving mammals.

Yasuhiro Isogai, Hiroshi Imamura, Setsu Nakae, Tomonari Sumi, Ken-Ichi Takahashi, Tsuyoshi Shirai

iScience 24(8) 102920-102920 2021年8月20日
DNA polymerase D temporarily connects primase to the CMG-like helicase before interacting with proliferating cell nuclear antigen.

Keisuke Oki, Takeshi Yamagami, Mariko Nagata, Kouta Mayanagi, Tsuyoshi Shirai, Naruhiko Adachi, Tomoyuki Numata, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino

Nucleic acids research 49(8) 4599-4612 2021年5月7日
Potential anti-COVID-19 agents, cepharanthine and nelfinavir, and their usage for combination treatment.

Hirofumi Ohashi, Koichi Watashi, Wakana Saso, Kaho Shionoya, Shoya Iwanami, Takatsugu Hirokawa, Tsuyoshi Shirai, Shigehiko Kanaya, Yusuke Ito, Kwang Su Kim …

iScience 24(4) 102367-102367 2021年4月23日
Current status of structure-based drug repurposing against COVID-19 by targeting SARS-CoV-2 proteins.

Atsushi Hijikata, Clara Shionyu, Setsu Nakae, Masafumi Shionyu, Motonori Ota, Shigehiko Kanaya, Tsuyoshi Shirai

Biophysics and physicobiology 18 226-240 2021年
Two conformations of DNA polymerase D-PCNA-DNA, an archaeal replisome complex, revealed by cryo-electron microscopy.

Kouta Mayanagi, Keisuke Oki, Naoyuki Miyazaki, Sonoko Ishino, Takeshi Yamagami, Kosuke Morikawa, Kenji Iwasaki, Daisuke Kohda, Tsuyoshi Shirai, Yoshizumi Ishino

BMC biology 18(1) 152-152 2020年10月28日
Knowledge-based structural models of SARS-CoV-2 proteins and their complexes with potential drugs.

Atsushi Hijikata, Clara Shionyu-Mitsuyama, Setsu Nakae, Masafumi Shionyu, Motonori Ota, Shigehiko Kanaya, Tsuyoshi Shirai

FEBS letters 594(12) 1960-1973 2020年6月
Overview of the big data bioinformatics symposium (2SCA) at BSJ2019.

Tsuyoshi Shirai, Tohru Terada

Biophysical reviews 12(2) 277-278 2020年4月
WDR11 is another causative gene for coloboma, cardiac anomaly and growth retardation in 10q26 deletion syndrome.

Akito Sutani, Hirohito Shima, Atsushi Hijikata, Susumu Hosokawa, Yuko Katoh-Fukui, Kei Takasawa, Erina Suzuki, Shozaburo Doi, Tsuyoshi Shirai, Tomohiro Morio …

European journal of medical genetics 63(1) 103626-103626 2020年1月査読有り
Curcumin Derivatives Verify the Essentiality of ROS Upregulation in Tumor Suppression.

Ikuko Nakamae, Tsumoru Morimoto, Hiroki Shima, Masafumi Shionyu, Hisayo Fujiki, Noriko Yoneda-Kato, Takashi Yokoyama, Shigehiko Kanaya, Kiyomi Kakiuchi, Tsuyoshi Shirai …

Molecules (Basel, Switzerland) 24(22) 4067-4067 2019年11月10日査読有り
Pentagamavunon-1 (PGV-1) inhibits ROS metabolic enzymes and suppresses tumor cell growth by inducing M phase (prometaphase) arrest and cell senescence.

Beni Lestari, Ikuko Nakamae, Noriko Yoneda-Kato, Tsumoru Morimoto, Shigehiko Kanaya, Takashi Yokoyama, Masafumi Shionyu, Tsuyoshi Shirai, Edy Meiyanto, Jun-Ya Kato

Scientific reports 9(1) 14867-14867 2019年10月16日査読有り
超分子グラフシステムによるGWAS解析の研究

土方敦司, 辻敏之, 塩生真史, 白井剛

細胞 51 34-38 2019年5月

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MISC

タンパク質立体構造に基づく創薬と人工知能技術の活用タンパク質-リガンド結合予測と創薬への活用

塩生真史, 土方敦司, 白井剛

月刊Pharm Stage 23(8) 2023年
SARS-CoV-2タンパク質構造モデルによる薬剤候補予測

土方敦司, 塩生くらら, 中江摂, 塩生真史, 太田元規, 金谷重彦, 白井剛

生物物理(Web) 61(2) 2021年
Drug Target eXcavator:新規ヒト創薬ターゲット探索ツールの開発

土方敦司, 塩生真史, 白井剛

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
天然物データベースの高度化と構造創薬への応用

塩生くらら, 塩生真史, 土方敦司, 太田元規, 金谷重彦, 白井剛

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
マベ真珠由来ジャカリン様レクチンのX線構造解析による立体構造と糖鎖認識能の解明

小川智久, 中江摂, LAKUDZALA Agness Ethel, 永沼孝子, 村本光二, 比江森恵子, 平林淳, 舘野浩章, 塩生真史, 白井剛

日本糖質学会年会要旨集 37th 108 2018年8月20日
PolD‐PCNA‐DNA複合体の単粒子解析

真柳浩太, 沖啓輔, 石野園子, 宮崎直幸, 岩崎憲治, 神田大輔, 白井剛, 石野良純

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.2P‐0585 (WEB ONLY)-0585] 2017年12月
Exonuclease processivity of archaeal replicative DNA polymerase in association with PCNA is expedited by mismatches in DNA

Hirokazu Nishida, Yoda Takuya, Maiko Tanabe, Toshiyuki Tsuji, Takao Yoda, Tsuyoshi Shirai, Haruko Takeyama, Yoshizumi Ishino

GENES & GENETIC SYSTEMS 91(6) 367-367 2016年12月
分子認識と環境応答における分子機構解明を目指す電子顕微鏡学単粒子解析により明らかにされたreplisomeの切り替え機構(Switching mechanism of the replisome as revealed by single particle analysis)

真柳浩太, 石野園子, 高藤三加, 光岡薫, 白井剛, 清成信一, 西田洋一, 神田大輔, 森川耿右, 石野良純

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 89回 [1S13-4] 2016年9月
Effects of the PCNA-DNA interactions on the DNA polymerase/exonuclease reactions by archaeal replicative DNA polymerase

Hirokazu Nishida, Takuya Yoda, Maiko Tanabe, Tsuyoshi Shirai, Haruko Takeyama, Yoshizumi Ishino

GENES & GENETIC SYSTEMS 90(6) 388-388 2015年12月
ヒトゲノム構造・機能アノテーションデータベースSAHG:高等生物由来タンパク質の構造予測パイプラインの開発とヒト由来全タンパク質への適用

本野千恵, 中田淳一, 清水佳奈, 富井健太郎, 長野希美, 野口保, 廣明秀一, 雨宮崇之, 城田松之, 小池亮太郎 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 11th 2011年
核内受容体PPARγのリガンドタイプ依存的活性化機構の構造基盤

和久剛, 白木琢磨, 塩生くらら, 五十嵐和彦, 白井剛, 森川耿右

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 83回・33回 1P-0361 2010年12月
ヒトゲノム構造・機能アノテーションデータベースSAHG(Structural Atlas of Human Genome)の構築

本野千恵, 中田淳一, 清水佳奈, 富井健太郎, 長野希美, 野口保, 廣明秀一, 雨宮崇之, 城田松之, 小池亮太郎 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 10th 2010年
電子顕微鏡単粒子解析による複製関連複合体の反応制御機構の研究

真柳浩太, 西田洋一, 清成信一, 斉藤美保子, 神田大輔, 石野良純, 白井剛, 森川耿右

生化学 ROMBUNNO.3W18-7 2010年
DNA複製開始に必須の古細菌由来GINS複合体の結晶構造とホモロジーモデル

大山拓次, 白井剛, 齋藤美保子, 石野良純, 森川耿右

生化学 ROMBUNNO.1P-0097 2010年
魚類卵由来ラムノース結合特異性レクチンの立体構造

白井剛, 渡邉康春, 李敏燮, 小川智久, 村本光二

日本水産学会大会講演要旨集 2009 127 2009年9月30日
Structure of rhamnose-binding lectin CSL3: unique pseudo-tetrameric architecture of a pattern recognition protein.

Tsuyoshi Shirai, Yasuharu Watanabe, Min-sub Lee, Tomohisa Ogawa, Koji Muramoto

Journal of molecular biology 391(2) 390-403 2009年8月14日
DNA ligase‐PCNA‐DNA複合体の単粒子解析

真柳浩太, 清成信一, 斉藤美保子, 白井剛, 石野良純, 森川耿右

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 9th 95 2009年4月24日
RecQに関連する古細菌由来Hjmヘリカーゼの結晶構造とその機能

大山拓次, 真柳浩太, 白井剛, 藤兼亮輔, 石野良純, 森川耿右

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 9th 94 2009年4月24日
Mechanism of replication machinery assembly as revealed by the DNA ligase-PCNA-DNA complex architecture.

Kouta Mayanagi, Shinichi Kiyonari, Mihoko Saito, Tsuyoshi Shirai, Yoshizumi Ishino, Kosuke Morikawa

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 106(12) 4647-52 2009年3月24日
高等生物由来タンパク質の構造予測パイプラインの開発とヒト22番染色体への適用

本野千恵, 中田淳一, 富井健太郎, 清水佳奈, 小池亮太郎, 白井剛, 木下賢吾, 野口保, 太田元規

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 9th 2009年

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書籍等出版物

データサイエンス入門

竹村彰通, 姫野哲人, 高田聖治, 和泉志津恵, 市川治, 梅津高朗, 北廣和雄, 齋藤邦彦, 佐藤智和, 白井剛, 田中琢真, 松井秀俊

学術図書出版社 2019年 (ISBN: 9784780607017)
The Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology

白井剛 (担当:共著, 範囲:Protein structure analysis and validation, pp. 512-519)

Elsevier 2018年8月
タンパク質の立体構造入門 : 基礎から構造バイオインフォマティクスへ

藤博幸, 太田元規, 川端猛, 木下賢吾, 白井剛, 諏訪牧子, 高田彰二, 高橋聡, 廣明秀一, 真柳浩太, 倭剛久, 由良敬

講談社 2010年 (ISBN: 9784061538818)
Experimental glycoscience

Springer-Verlag 2008年 (ISBN: 9784431779230)
Protein Adaptation in Extremophiles

Nova Science Publishers Inc. 2008年 (ISBN: 9781604560190)
バイオインフォマティクス事典

共立出版 2006年 (ISBN: 4320056280)
基礎と実習バイオインフォマティクス

共立出版 2004年 (ISBN: 4320056183)

講演・口頭発表等

バイオインフォマティクスによる古代遺伝子の再現と機能解析

白井剛

生命・自然科学における複雑現象解明のための統計的アプローチ 2018年
水棲哺乳類ミオグロビンの分子進化：二つの適応戦略

Isogai Y, Imamura H, Nakae S, Takahashi K, Sumi T, Nakagawa T, Tsuneshige A, Shirai T

第５6回日本生物物理学会年会 2018年
マベガイ真珠由来ジャッカリン関連レクチンのX線構造解析による立体構造の解明と糖鎖認識機構

小川智久, 中江摂, 塩生真史, 白井剛

第12回東北糖鎖研究会 2018年
マベ真珠由来ジャカリン様レクチンのX線構造解析による立体構造と糖鎖認識能の解明

小川智久, 中江摂, アグネスエセルラグザラ, 永沼孝子, 村本光二, 比江森恵子, 平林淳, 舘野浩章, 塩生真史, 白井剛

第37回日本糖質学会年会 2018年
海洋哺乳類ミオグロビンの分子進化：自然はどのようにして高溶解度で安定な蛋白質を作り出したか？

磯貝泰弘, 今村比呂志, 中江摂, 墨智成, 高橋健一, 中川太郎, 常重アントニオ, 白井剛

第５回富山・バーゼル医薬品研究開発シンポジウム 2018年
マベガイ由来ジャカリン関連レクチンPPL3の構造解析

中江摂, 塩生真史, 小川智久, 白井剛

第５6回日本生物物理学会年会 2018年
マベガイ由来ジャカリン関連レクチンPPL3の構造とバイオミネラリゼーション

中江摂, 塩生真史, 小川智久, 白井剛

第18回蛋白質科学会年会 2018年
立体構造情報に基づく PLP 結合タンパク質の予測法の開発

塩生真史, 土方敦司, 白井剛

第18回蛋白質科学会年会 2018年
薬物応答性の個人差をタンパク質立体構造情報から探る

土方敦司, 塩生真史, 白井剛

第41回日本分子生物学会年会 2018年
Mutation@A Glance: ヒトにおける意義不明バリアントの解明を目指した統合解析ツール

土方敦司, 白井剛

2017年度生命科学系合同年次大会(ConBio2017) 2017年
Mutation@A Glance: ヒト遺伝子バリアント統合可視化ツール

土方敦司, 白井剛

トーゴーの日シンポジウム2017 2017年
超分子複合体から読み解くミスセンス変異と疾患表現型の関係

土方敦司, 辻敏之, 塩生真史, 白井剛

第17回日本蛋白質科学会年会 2017年
タンパク質超分子複合体構造から読み解くミスセンス変異と疾患表現型との関係

土方敦司, 辻敏之, 塩生真史, 白井剛

第５回NGS現場の会 2017年
超分子構造インフォマティクスの疾患メカニズム解析への応用

白井剛

2017年度生命科学系合同年次大会(ConBio2017) 2017年
ミスマッチ制限酵素EndoMSの構造インフォマティクスによる塩基特異性デザイン

白井剛, 石野園子

タカラバイオ共同研究成果報告会 2017年
粗視化モデルと全原子モデルを用いた蛋白質複合体シミュレーション

依田隆夫, 山田拓弥, 辻敏之, 白井剛

第５５回日本生物物理学会年会 2017年
マルチドメインタンパク質の構造予測スコアDINEの高精度化

塩生真史, 宮澤賢生, 土方敦司, 白井剛

第16回日本蛋白質科学会年会 2016年
アミノ酸残基相互作用ベクトルマッチに基づくタンパク質―低分子ドッキング法

土方敦司, 塩生真史, 白井剛

第16回日本蛋白質科学会年会 2016年
疾患メカニズムの解明と創薬応用のための超分子モデリングパイプライン

白井剛

埼玉医科大学ゲノム医学研究センター学術集会 2016年
タンパク質の高次構造から読み解く遺伝性疾患多様性メカニズム

土方敦司, 辻敏之, 塩生真史, 白井剛

第39回日本分子生物学会年会 2016年

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

光合成ユビキティ：あらゆる地球環境で光合成を可能とする超分子構造制御

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2023年4月 - 2028年3月

栗栖源嗣, 斉藤圭亮, 山本大輔, 白井剛, 坂本亘, 日原由香子, 広瀬侑, 丸山真一朗, 田中亮一, 皆川純, 吉田啓亮, 桶川友季
疾患-治療薬経路グラフの高次元化研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2026年3月

白井剛
天然変性ヒストン様蛋白質による、結核菌の個性の創出と多様性獲得の分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2020年4月 - 2024年3月

松本壮吉, 白井剛, 伊東孝祐, 真柳浩太
新規テクノロジー開発を見据えた新規Casタンパク質候補の機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2020年4月 - 2023年3月

石野良純, 白井剛, 沼田倫征, 跡見晴幸
創薬等ライフサイエンス研究を促進する研究支援とデータサイエンス

AMED 創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業(BINDS) 2017年 - 2022年

由良敬
超分子グラフシステムによるGWAS解析の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2017年4月 - 2021年3月

白井剛
超分子グラフシステムによるGWAS解析の研究

文部科学省基盤研究(B) 2017年 - 2020年

白井剛
ヒトゲノム低頻度変異の第一原理的理解に向けた基盤構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

木下賢吾, 白井剛, 太田元規
クランプローダーＲＦＣによるクランプＰＣＮＡ装てん機構の構造生物学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

大山拓次, 石野良純, 白井剛, 真柳浩太
生体分子構造データのグラフによる統一の試み

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

白井剛, 大山拓次, 真柳浩太, 石野良純
クランプによるレプリソームの制御機構の機能構造連関の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2012年4月 - 2016年3月

真柳浩太, 白井剛, 大山拓次, 石野良純
超分子モデリングパイプラインの構築

文部科学省創薬等ライフサイエンス研究支援基盤事業 2012年 - 2016年

白井剛
生体分子構造データのグラフによる統一の試み

文部科学省基盤研究(B)(2) 2013年 - 2015年

白井剛
マベ真珠アラゴナイトナノ結晶配向制御機構の解明とフォトニック機能材料創製への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2008年 - 2011年

小川智久, 吉見享祐, 白井剛
実践による超分子ネットワークモデリングシステムの開発

JST バイオインフォマティクス推進事業(BIRD) 2008年 - 2010年

白井剛
実践による超分子ネットワークモデリングシステムの開発

JST バイオインフォマティクス推進事業(BIRD) 2005年 - 2008年

白井剛
Development of super-molecule modelling system out of practices

Cooperative Research 2005年 - 2008年
Glyco-structural bioinformatics on X-ray crystallography

Cooperative Research 1999年 - 2008年
加速進化型ガレクチンの糖鎖精密認識機能の解明と生命工学への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2002年 - 2004年

小川智久, 村本光二, 西田芳弘, 白井剛
タンパク質立体構造情報からのゲノム機能解読・進化の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2000年 - 2004年

郷通子, 高橋健一, 白井剛, 曽田邦嗣, 由良敬, 木寺詔紀

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産業財産権

特願2020-048795 PCT/JP2021/011033 耐熱性ミスマッチエンドヌクレアーゼ変異体

松本裕之, 上森隆司, 白井剛, 石野良純, 相良武宏, 石野園子
特開5484946 高速グラフマッチ検索装置及び方法

白井剛
特願2014-184934 耐熱性ミスマッチエンドヌクレアーゼの利用方法

上森隆司, 石野良純, 相良武宏, 石野園子, 山上健, 白井剛

白井剛

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講演・口頭発表等

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