TSUDA Masataka

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Name
TSUDA Masataka
URL
http://db.tohoku.ac.jp/whois/e_detail/a262f59702a39bd7476174eaf65a95d4.html
Affiliation
Tohoku University
Section
Graduate School of Life Sciences Department of Environmental Life Sciences Division of Genetic Ecology Laboratory of Microbial Genetics and Genomics
Job title
Professor
Degree
Doctor of Science(The University of Tokyo), Master of Science(The University of Tokyo)

Research Areas

 
 

Academic & Professional Experience

 
Apr 2001
 - 
Today
Professor, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University
 
Sep 1998
 - 
Mar 2001
Professor, Institute of Genetic Ecology
 
May 1995
 - 
Aug 1998
Associate Professor, Faculty od Science, Okayama University
 
Dec 1989
 - 
Apr 1995
Lecturer, Yamaguchi University School of Medicine
 
Sep 1984
 - 
Nov 1989
Research Associate, Faculty of Science, University of Tokyo
 
Aug 1983
 - 
Aug 1984
Research Fellow, Max-Planck Institute for Molecular Genetics
 
Apr 1983
 - 
Jul 1983
奨励研究員, 日本学術振興会
 

Education

 
 
 - 
Mar 1983
植物学, Graduate School, Division of Science, The University of Tokyo
 
 
 - 
Mar 1978
生物学科, Faculty of Science, The University of Tokyo
 

Committee Memberships

 
Jan 2015
 - 
Today
日本ゲノム微生物学会  評議員
 
Jan 2007
 - 
Today
Editorial Board of Applied and Environmental Microbiology  論文編集委員
 
Apr 1999
 - 
Today
日本農芸化学会東北支部  評議員
 
Jan 2012
 - 
Feb 2015
日本ゲノム微生物学会  研究奨励賞選考委員
 
Jan 2005
 - 
Dec 2012
Microbes and Environments編集委員会  編集委員
 
Jan 2007
 - 
Dec 2011
日本ゲノム微生物学会  評議員
 
Jun 2009
 - 
May 2011
日本生物工学会  代議員
 
Aug 2008
   
 
日本生物工学会  第60回大会実行委員
 
Apr 2004
 - 
Nov 2004
日本微生物生態学会  第20回大会準備実行委員
 
May 2003
 - 
Sep 2003
日本遺伝学会  第75回大会準備実行委員
 
Apr 1993
 - 
Aug 1998
日本細菌学会中国四国支部  評議員
 
May 1995
 - 
Sep 1995
日本遺伝学会  第67回大会準備実行委員
 

Awards & Honors

 
Mar 1995
日本細菌学会黒屋奨学賞, 日本細菌学会
 
Feb 2018
遺伝子組換え生物等収去・検出技術検討委員功労賞, (独)製品評価技術基盤機構
 

Published Papers

 
Complete genome sequence of an anaerobic benzene-degrading bacterium Azoarcus sp. DN11
A. Devanadera, F. Vejarano, Y. Zhai, C. Suzuki-Minakuchi, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, K. Kasai, Y. Takahata, K. Okada, H. Nojiri
Microbiology Resource Announcements   8(11) e01699-18-e01699-18   Mar 2019   [Refereed]
Complete genome sequence of Bacillus licheniformis TAB7, a compost deodorizing strain with potential for plant-growth promotion
E. Mpofu, F. Vejarano, C. Suzuki-Minakuchi, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, J. Chakraborty, M. Nakajima, K. Okada, N. Tada, T. Kimura, K. Okada, and H. Nojiri
Microbiology Resource Announcements   8(4) e01659-18-e01659-18   Jan 2019   [Refereed]
Optimization of single strand DNA incorporation reaction by Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase
Y. Ohtsubo, H. Sasaki, Y. Nagata, M. Tsuda
DNA Research   25(5) 477-487   Oct 2018   [Refereed]
Complete genome sequence of the marine carbazole-degrading bacterium Erythrobacter sp. strain KY5
F. Vejarano, C. Suzuki-Minakuchi, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, K. Okada, and H. Nojiri
Microbiology Resource Announcements   7(8) e00935-18-e00935-18   Aug 2018   [Refereed]
Establishment of plasmid vector and allelic exchange mutagenesis systems in a mycobacterial strain that is able to degrade polycyclic aromatic hydrocarbon
K. Kishida, N. Ogawa, E. Ichihashi, H. Kato, Y. Nagata, Y. Ohtsubo, M. Tsuda
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry   87(7) 1169-1171   Jul 2018   [Refereed]
The small protein HemP Is a transcriptional activator for the hemin uptake operon in Burkholderia multivorans ATCC 17616
Sato T, Nonoyama S, Kimura A, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M.
Appl. Environ. Microbiol.   83(16) e00479-17   Aug 2017   [Refereed]
Compounds that enhance the tailing activity of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase
Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
Scientific Reports   7 6520   Jul 2017   [Refereed]
Complete genome sequence of Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 122, a nitrogen-fixing soybean symbiont
Sugawara M, Tsukui T, Kaneko T, YOhtsubo Y, Sato S, Nagata Y, Tsuda M, Mitsui H, Minamisawa K
Genome Announcements   5(9) e01743-16   Mar 2017   [Refereed]
Efficient N-tailing of blunt DNA ends by Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase
Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
Scientific Reports   7 41769   Feb 2017   [Refereed]
Host range of the conjugative transfer system of IncP-9 naphthalene-catabolic plasmid NAH7 and characterization of its oriT region and relaxase
Kishida Y, Inoue K, Ohtsubo Y, Nagata Y, Tsuda M.
Appl. Environ. Microbiol.   83(1) e02359-16   Jan 2017   [Refereed]
M. Tabata, S. Ohhata, Y. Nikawadori, K. Kishida, T. Sato, T.Kawasumi, H. Kato, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
DNA Reseach   23 581-599   Dec 2016   [Refereed]
Y. Nanasato, S. Namiki, M. Oshima, R. Moriuchi, K. Konagaya, N. Seike, T. Otani, Y. Nagata, M. Tsuda, and Y. Tabei
Plant Cell Reports   35(9) 1963-1974   Aug 2016   [Refereed]
Y. Ohtsubo, S. Nonoyama, Y. Nagata, M. Numata, K. Tsuchikane, A. Hosoyama, A. Yamazoe, M. Tsuda, N. Fujita, and F. Kawai
Genome Announcements   4(3) e00530-16   Jun 2016   [Refereed]
Complete genome sequence of Sphingopyxis macrogoltabida strain 203N (NBRC 111659), a polyethylene glycol degrader
Y. Ohtsubo, S. Nonoyama, Y. Nagata, M. Numata, K. Tsuchikane, A. Hosoyama, A. Yamazoe, M. Tsuda, N. Fujita, and F. Kawai
Genome Announcements   4(3) e00529-16   Jun 2016   [Refereed]
Y. Ohtsubo, S. Nonoyama, N. Ogawa, H. Kato, Y. Nagata, M. Tsuda
Journal of Biotechnology   228(1) 67-68   Jun 2016   [Refereed]
Complete genome sequence of a γ-hexachlorocyclohexane degrader, Sphingobium sp. strain TKS, Isolated from a γ-hexachlorocyclohexane-degrading microbial community
Tabata M, Ohhata S, Kawasumi T, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y.
Genome Announcements   4(2) e00247-16   Apr 2016   [Refereed]
Complete genome sequence of a γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium, Sphingobium sp. strain MI1205
Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Sato T, Kishida K, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y.
Genome Announcements   4(2) e00246-16   Apr 2016   [Refereed]
Complete genome sequence of Methylobacterium sp. strain AMS5, an isolate from a soybean stem
Minami T, Ohtsubo Y, Anda M, Nagata Y, Tsuda M, Mitsui H, Sugawara M, Minamisawa K
Genome Announcements   4(2) e00144-16   Mar 2016   [Refereed]
Complete genome sequence of a polypropylene glycol and polyethylene glycol-degrading strain Sphingopyxis macrogoltabida EY-1
Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Numata, K. Tsuchikane, A. Hosoyama, A. Yamazoe, M. Tsuda, N. Fujita, and F. Kawai
Genome Announcements   3(5) e01399-15   Dec 2015   [Refereed]
Sphingopyxis macrogoltabida type strain NBRC 15033, originally isolated as a polyethylene glycol-degrader
Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Numata, K. Tsuchikane, A. Hosoyama, A. Yamazoe, M. Tsuda, N. Fujita, and F. Kawai
Genome Announcements   3(5) e01401-15   Dec 2015   [Refereed]
Complete genome sequence of a polypropylene glycol-degrading strain Microbacterium sp. No.7
Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Numata, K. Tsuchikane, A. Hosoyama, A. Yamazoe, M. Tsuda, N. Fujita, and F. Kawai
Genome Announcements   3(5) e01400-15   Dec 2015   [Refereed]
Kato H, Mori H, Maruyama F, Toyoda A, Oshima, K, Endo R, Fuchu G, Miyakoshi M, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Hattori M, Fujiyama A, Kurokawa K, Tsuda M
DNA Research   22(6) 413-424   Dec 2015   [Refereed]
M. Anda, Y. Ohtsubo, T. Okubo, M. Sugawara, Y. Nagata, M. Tsuda, K. Minamisawa, and H. Mitsui
Proceedings of the National Academy of Sciences USA   112 14343-14347   Nov 2015   [Refereed]
Complete genome sequence of a phenanthrene degrader Burkholderia sp. HB-1 (NBRC 110738)
Y. Ohtsubo, A. Moriya, H. Kato, N. Ogawa, Y. Nagata, and M. Tsuda
Genome Announcements   3(5) e01287-15   Nov 2015   [Refereed]
Complete genome sequence of a polyvinyl alcohol-degrading strain Sphingopyxis sp. 113P3 (NBRC 111507)
Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Numata, K. Tsuchikane, A. Hosoyama, A. Yamazoe, M. Tsuda, N. Fujita, and F. Kawai
Genome Announcements   3(5) e01169-15   Oct 2015   [Refereed]
Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium
Kato H, Ogawa N, Ohtsubo Y, Oshima K, Toyoda A, Mori H, Nagata Y, Kurokawa K, Hattori M, Fujiyama A, Tsuda M.
Genome Announcements   3(4) e00782-15   Aug 2015   [Refereed]
H. Nagayama, T. Sugawara, R. Endo, A. Ono, H. Kato, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Appl. Microbiol. Biotechnol.   99(10) 4453-4470   May 2015   [Refereed]
Moriuchi R, Tanaka H, Nikawadori Y, Ishitsuka M, Ito M, Ohtsubo Y, Tsuda M, Damborsky J, Prokop Z, Nagata Y.
AMB Express   4 72   Aug 2014   [Refereed]
Nagata Y, Senbongi J, Ishibashi Y, Sudo R, Miyakoshi M, Ohtsubo Y, Tsuda M.
Microbiology   160(5) 883-891   May 2014   [Refereed]
Mori H, Maruyama F, Kato H, Toyoda A, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Fujiyama A, Tsuda M, Kurokawa K.
DNA Research   21 217-227   Apr 2014   [Refereed]
Ohtsubo Y, Kishida K, Sato T, Tabata M, Kawasumi T, Ogura Y, Hayashi T, Tsuda M, Nagata Y.
Genome Announcements   2 e01241-13   Feb 2014   [Refereed]
Shintani M, Ohtsubo Y, Fukuda K, Hosoyama A, Ohji S, Yamazoe A, Fujita N, Nagata Y, Tsuda M, Hatta T, Kimbara K.
Genome Announcements   2 e01213-13   Feb 2014   [Refereed]
Ohtsubo Y, Sato T, Kishida K, Tabata M, Ogura Y, Hayash Ti, Tsuda M, Nagata Y.
Genome Announcements   2 e01130-13   Feb 2014   [Refereed]
Y. Ohtsubo, N. Fujita, Y. Nagata, M. Tsuda, T. Iwasaki, and T. Hatta
Genome Announcements   1 e00903-13   Oct 2013   [Refereed]
K. Inoue, R. Miyazaki, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
FEMS Microbiol. Lett.   345 102-109   Aug 2013   [Refereed]
M.Okai, J. Ohtsuka, L. Imai, T. Mase, R. Moriuchi, M. Tsuda, K. Nagata, Y. Nagata, and M. Tanokura
J. Bacteriol.   195 2642-2651   Jun 2013   [Refereed]
M. Tabata, Y. Ohtsubo, S. Ohhata, M. Tsuda, and Y. Nagata
Genome Announcements   1 e00247-13   May 2013   [Refereed]
H. Yano, H. Genka, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, E. M. Top, and M. Tsuda
Plasmid   69 24-35   Jan 2013   [Refereed]
Y. Ohtsubo, F. Maruyama, H. Mitsui, Y. Nagata, and M. Tsuda
J. Bacteriol.   194 6970-6971   Dec 2012   [Refereed]
M. Miyakoshi, M. Shintani, K. Inoue, T. Terabayashi, F. Sai, M. Ohkuma, H. Nojiri, Y. Nagata, and M. Tsuda
Environmental Microbiology   14 2946-2959   Nov 2012   [Refereed]
Y. Ohtsubo, Y. Ishibashi, H. Naganawa, S. Hirokawa, S. Atobe, Y. Nagata, and M. Tsuda
Journal of Bacteriology   184 4237-4248   Aug 2012   [Refereed]
M. Ito, A. Ono, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
European Journal of Soil Biology   52 16-19   Jul 2012   [Refereed]
E. Nishiyama, Y. Ohtsubo, Y. Yamamoto, Y. Nagata, and M. Tsuda
FEMS Microbiol. Lett.   330(1) 46-55   May 2012   [Refereed]
A. Kimura, S. Yuhara,Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Microbiology   158(5) 1284-1293   May 2012   [Refereed]
Y. Nagata, S. Natsui, R. Endo, Y. Ohtsubo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguchi, S. Fuku, N. Fujita, and M. Tsuda
Enzyme and Microbial Technology   49 499-509   Nov 2011   [Refereed]
M. Tabata, R. Endo, M. Ito, Y. Ohtsubo, A. Kumar, M. Tsuda, and Y. Nagata
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry   75 466-472   Mar 2011   [Refereed]
PCB / biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp. KKS102 and Burkholderia multivorans ATCC 17616
Y. Ohtsubo, S. Suzuki, K. Onuma, H. Goto, Y. Nagata, M Tsuda
Journal of Biotechnology   150(S1) 240-241   Nov 2010   [Refereed]
Conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 regulated by nitrogen-related phosphotransferase system of recipient cells
K. Inoue, R. Miyazaki, M. Miyakoshi, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M Tsuda
Journal of Biotechnology   150(S1) 269   Nov 2010   [Refereed]
Y. Nagata, Y. Ohtsubo, R. Endo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguchi, S. Fukui, N. Fujita, M. Tsuda
J. Bacteriol.   192(21) 5852-5853   Oct 2010   [Refereed]
H. Yano, M. Miyakoshi, K. Ohshima, M. Tabata, Y. Nagata, M. Hattori and M. Tsuda
J. Bacteriol.   192(17) 4337-4347   Sep 2010   [Refereed]
E. Nishiyama, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Environmental Microbiology   12 2539-2558   Sep 2010   [Refereed]
R. Matsushima, H. Danno, M. Uchida, K. Ishihara, T. Suzuki, M. Kaneniwa, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Appl. Microbiol. Biotechnol.   86(2) 567-576   Feb 2010   [Refereed]
H. Suenaga, Y. Koyama, M. Miyakoshi, R. Miyazaki, H. Yano, M. Sota, Y. Ohtsubo, M. Tsuda and K. Miyazaki
The ISME Journal   53(12) 1335-1348   Dec 2009   [Refereed]
M. Pavlova, M. Klvana, Z. Prokop, R. Chaloupkova, P. Banas, M. Otyepka, R. C. Wade, M. Tsuda, Y. Nagata and J. Damborsky
Nature Chemical Biology   5(10) 727-733   Oct 2009   [Refereed]
Y. Shimoda, H. Mitsui, H. Kamimatsuse, K. Minamisawa, E. Nishiyama, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Tsuda, S. Shinpo, A. Watanabe, M. Kohara, M. Yamada, Y. Nakamura, S. Tabata, and S. Sato
DNA Research   15(5) 297-308   Oct 2008   [Refereed]
R. Miyazaki, Y. Ohtsubo, Y. Nagata and M. Tsuda
J. Bacteriol.   190(19) 6281-6289   Oct 2008   [Refereed]
Y. Ohtsubo, W. Ikeda-Ohtsubo, Y. Nagata and M. Tsuda
BMC Bioinformatics   9 376   Sep 2008   [Refereed]
S. Yuhara, H. Komatsu, H. Goto, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Microbiology   154(6) 1763-1774   Jun 2008   [Refereed]
G. Fuchu, Y. Ohtsubo, M. Ito, R. Miyazaki, A. Ono, Y. Nagata, and M. Tsuda
Appl. Microbiol. Biotechnol.   79(4) 501-510   Jun 2008   [Refereed]
RM. Ito, Z. Prokop, M. Klvana, Y. Otsubo, M. Tsuda, J. Damborsky, and Y. Nagata
Arch. Microbiol.   188(4) 313-325   Oct 2007   [Refereed]
H. Yano, C. Garruto, M. Sota, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, G. J. Zylsra, P. A. Williams, and M. Tsuda
J. Mol. Biol.   369(1) 11-26   May 2007   [Refereed]
Y. Sato, R. Natsume, M. Tsuda, J. Damborsky, Y. Nagata, and T. Senda
Acta Crystallographica   F63 294-296   Apr 2007   [Refereed]
M. Sota, M. Tsuda, H. Yano, L. J. Forney, and E. M. Top
J. Bacteriol.   189(8) 3091-3098   Apr 2007   [Refereed]
Exogenous isolation of a plasmid involved in the degradation of γ-hexachlorocyclohexane from its contaminated soil
R. Miyazaki, Y. Sato, M. Ito, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Plasmid   57(2) 233-233   Feb 2007
Genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and the movement of its residing transposons
H. Yano, C. Garruto, M. Sota, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, P. A. Williams, G. J. Zylsra, and M. Tsuda
Plasmid   57(2) 231-231   Feb 2007
Genomic and functional analysis of catabolic plasmids and transposons
M. Sota, E. M. Top, and M. Tsuda
Plasmid   57(2) 228-228   Feb 2007
M. Pavlova, M. Klvana, A. Jesenska, Z. Prokop, H. Konecna, T. Sato, M. Tsuda, Y. Nagata, and J. Damborsky
J. Struct. Biol.   157(2) 384-392   Feb 2007   [Refereed]
A. Ono, R. Miyazaki, M. Sota, Y. Ohtsubo, Y. Nagata and M. Tsuda
Appl. Microbiol. Biotechnol.   74(2) 501-510   Feb 2007   [Refereed]
N. Ito, M. Itakura, S. Eda, K. Saeki, H. Oomori, T. Yokoyama, T. Kaneko, S. Tabata, T. Oowada, S. Tajima, T. Uchiumi, E. Masai, M. Tsuda, H. Mitsui, and K. Minamisawa
Microbes and Environments   21(4) 240-250   Dec 2006   [Refereed]
R. Miyazaki, Y. Sato, M. Ito, Y. Ohtsubo, Y. Nagata and M. Tsuda
Appl. Environ. Microbiol.   72(11) 6923-6933   Nov 2006   [Refereed]
H. Genka, T. Baba, M. Tsuda, S. Kanaya, H. Mori, T. Yoshida, M. Tsujimoto-Noguchi, K. Tsuchiya, and H. Sawada
J. Mol. Evol.   63(3) 401-414   Sep 2006   [Refereed]
Y. Ohtsubo, H. Goto, Y. Nagata, T. Kudo, and M. Tsuda
Mol. Microbiol.   60(6) 1563-1575   Jun 2006   [Refereed]
M. Sota, H. Yano, A. Ono, R. Miyazaki, H. Ishii, H. Genka, E. M. Top, and M. Tsuda
J. Bacteriol.   188(11) 4057-4067   Jun 2006   [Refereed]
M. Shintani, H. Yano, H. Habe, T. Omori, H. Yamane, M. Tsuda, and H. Nojiri
Appl. Environ. Microbiol.   72(4) 3206-3216   Apr 2006   [Refereed]
R. Endo, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry   70(4) 1029-1032   Apr 2006   [Refereed]
Y. Nagata, M. Kamakura, R. Endo, R. Miyazaki, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
FEMS Microbiol. Lett.   256(1) 112-118   Mar 2006   [Refereed]
M. Sota, H. Yano, Y. Nagata, Y. Ohtsubo, H. Genka, H. Anbutsu, H. Kawasaki, and M. Tsuda
Appl. Environ. Microbiol.   70(1) 291-297   Jan 2006   [Refereed]
M. Shintani, H. Habe, M. Tsuda, T. Omori, H. Yamane, and H. Nojiri
Biotechnol. Lett.   27(8) 1847-1853   Dec 2005   [Refereed]
Y. Sato, M. Monincova, R. Chaloupkova, Z. Prokop, Y. Ohtsubo, K. Minamisawa, M. Tsuda, J. Damborsky, and Y. Nagata
Appl. Environ. Microbiol.   71(8) 4372-4379   Aug 2005   [Refereed]
Y. Nagata, M. Matsuda, H. Komatsu, Y. Imura, H. Sawada, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
J. Biosci. Bioeng.   99(6) 603-610   Jun 2005   [Refereed]
Y. Nagata, Z. Prokop, Y. Sato, P. Jerabek, A. Kumar, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and J. Damborsky
Appl. Environ. Microbiol.   71(4) 2183-2185   Apr 2005   [Refereed]
Y. Ohtsubo, H. Genka, H. Komatsu, Y. Nagata, and M. Tsuda
Appl. Environ. Microbiol.   71(4) 1822-1828   Apr 2005   [Refereed]
K. Miyauchi, M. Fukuda, M. Takagi, M. Tsuda, and Y. Nagata
Biosci. Biotech. Biochem.   69(2) 216-219   Feb 2005   [Refereed]
R. Endo, M. Kamakura, K. Miyauchi, M. Fukuda, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and Y. Nagata
J. Bacteriol.   187(3) 847-853   Feb 2005   [Refereed]
Structure and rearrangement of a Pseudomonas IncP-7 plasmid carrying toluene catabolic transposons
M. Tsuda, H. Yano, H. Genka, S. Wakase, and M. Sota
Plasmid   53 96-96   Jan 2005   [Refereed]
Characterization of plasmid pCAR1 and pCAR2 carrying carbazole-degradative car operon
M. Shintani, H. Habe, H. Yamane, T. Omori, M. Tsuda, and H. Nojiri
Plasmid   53 45-45   Jan 2005   [Refereed]
Genes and enzymes for gamma-hexachlorocyclohexanedegradation in Sphingomonas paucimobilis UT26
Y. Nagata, K. Miyauchi, and M. Tsuda
International Biodeterioration & Biodegradation   53(4) 246-246   Jun 2004   [Refereed]
R. Chaloupkova, J. Sykorova, Z. Prokop, A. Jesenska, M. Monincova, M. Pavlova, M. Tsuda, Y. Nagata, and J. Damborsky
J. Biol. Chem.   278 52622-52628   Dec 2003   [Refereed]
M. Sota, H. Kawasaki, and M. Tsuda
J. Bacteriol.   185 6741-6745   Nov 2003   [Refereed]
H. Komatsu, Y. Imura, A. Ohori, Y. Nagata, and M. Tsuda
.J. Bacteriol.   185 3333-3343   Jun 2003   [Refereed]
Y. Nagata, Z. Prokop, S. Marvanova, J. Sykorova, M. Monincova, M. Tsuda, and J. Damborsky
Appl. Environ. Microbiol.   69(4) 2349-2355   Apr 2003   [Refereed]
M. Bohac, Y. Nagata, Z. Prokop, M. Prokop, M. Monincova, M. Tsuda, J. Koca, and J. Damborsky
Biochemistry   41(48) 14272-14280   Dec 2002   [Refereed]
H. Genka, Y. Nagata, and M. Tsuda
Journal of Bacteriology   184(17) 4757-4766   Sep 2002   [Refereed]
M. Sota, M. Endo, K. Nitta, H. Kawasaki, and M. Tsuda
Applied and Environmental Microbiology   68(5) 2307-2315   May 2002   [Refereed]
H. Sawada, S. Kanaya, M. Tsuda, F. Suzuki, K. Azegami, and N. Saitou
Journal Molecular Evolution   54(4) 437-457   Apr 2002   [Refereed]
M. Tsuda and H. Genka
Journal of Bacteriology   183(21) 6215-6224   Nov 2001   [Refereed]
Iron-mediated regulation of alkaline proteinase production in Pseudomonas aeruginosa
T. Shigematsu, J. Fukushima, M. Oyama, M. Tsuda, S. Kawamoto, and K. Okuda
Microbiology and Immunology   45(8) 579-590   Aug 2001   [Refereed]
J.-K. Akada, M. Shirai, H. Takeuchi, M. Tsuda, and T. Nakazawa
Molecular Microbiology   36(5) 1071-1084   Jun 2000   [Refereed]

Misc

 
Interaction of key player and audience in pollutants-degrading consortia
Journal of Environmental Biotechnology   18(1) 15-20   Jul 2018   [Refereed][Invited]
加藤広海、津田雅孝
化学と生物   55(7) 446-447   Jul 2018
有害化合物汚染土壌の微生物集団による分解・浄化に向けた基盤研究: 分解菌と共存する非分解菌の役割の解明
津田雅孝
IFO Res Commun   31 47-56   Dec 2017   [Refereed][Invited]
加藤広海, 津田雅孝
生体の科学   68(2) 160-164   Apr 2017
土壌細菌叢のメタ16S・ショットガンメタゲノム解析
加藤広海, 津田雅孝
メタゲノム解析・実験プロトコール-ヒト常在細菌叢から環境メタゲノムまでサンプル調製と解析のコツ-   107-114   Dec 2016
Biodegradation of Organochlorine Pesticides
Y. Nagata, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
Manual of Environmental Microbiology, 4th Edition   5.1.2-1-5.1.2-30   Feb 2016
Y. Nagata, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
Applied Microbiology and Biotechnology   99(23) 9865-9881   Dec 2015
メタゲノム情報を基盤とした土壌細菌コミュニティの解析
加藤広海, 小川なつみ, 津田雅孝
日本微生物生態学会誌   30(2)    Sep 2015
Y. Nagata, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
Appl. Microbiol. Biotechnol.      2015
Y. Ohtsubo, E. Nishiyama, Y. Ishibashi, Y. Nagata, and M. Tsuda
Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve   279-291   Jan 2014
M. Tsuda, Y. Ohtsubo, and H. Yano
Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve   83-103   Jan 2014
Y. Nagata, M. Tabata, S. Ohhata, and M. Tsuda
Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve   19-41   Jan 2014
機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の探索
永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
J. Environ. Biotechnol.   13 51-56   Aug 2013
芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動
加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
J. Environ. Biotechnol.   10(2) 63-71   Dec 2010
大坪嘉行, 大坪和香子, 永田裕二, 津田雅孝
化学と生物   48(5) 313-318   May 2010
脱ハロゲン酵素
永田裕二, 津田雅孝
酵素利用技術大系   939-948   Apr 2010
環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス
永田裕二, 津田雅孝
難培養微生物研究の最新技術II〜ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望〜      Apr 2010
分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明
大坪嘉行, 西山依里, 永田裕二, 津田雅孝
生物工学会誌   87(9) 434-436   Sep 2009
カイメン共在細菌メタゲノム中の環境汚染物質分解酵素遺伝子相同配列の解析
永田裕二, 津田雅孝
マリンメタゲノムの有効利用      Jul 2009
大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
化学と生物   47(1) 35-42   Jan 2009
A. P. Roberts, M. Chandler, P. Courvalin, G. Guédon, P. Mullany, T. Pembroke, J. I. Rood, C. J. Smith, A. O. Summers, M. Tsuda, and D. E. Berg
Plasmid   60(3) 163-173   Nov 2008
津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 湯原悟志, 永田裕二, 大坪嘉行
土と微生物   62(2) 93-97   Oct 2008
難培養性細菌も研究対象とするメタゲノム解析
永田裕二, 津田雅孝
バイオフィルムの基礎と制御:特性・解析事例から形成防止・有効利用まで      Feb 2008
津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 永田裕二, 大坪嘉行
極限環境微生物学会誌   6 59-62   Dec 2007
機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析
津田雅孝, 小野玲, 宮崎亮, 府中玄樹, 永田裕二
J. Environ. Biotechnol.   7(2) 75-78   Dec 2007
土壌環境細菌の比較ゲノム
津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行
比較ゲノム学から読み解く生命システム-基本概念から最新ゲノム情報まで-      Sep 2007
Aerobic degradation of lindane (γ-hexachlorocyclohexane) in bacteria and its biochemical and molecular basis
Y. Nagata, R, Endo, M. Ito, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
App. Microbiol. Biotechnol.   76(4) 741-752   Sep 2007
津田雅孝, 西山依里, 永田裕二, 大坪嘉行
化学と生物   45(8) 557-563   Aug 2007
ハロアルカンデハロゲナーゼの構造と機能
永田裕二, 津田雅孝
J. Environ. Biotechnol.   6(2) 87-92   Dec 2006
環境汚染物質を分解する酵素遺伝子の土壌からの直接的取得と解析
小野玲, 宮崎亮, 永田裕二, 津田雅孝
バイオインダストリー   23(11) 44-49   Nov 2006
環境微生物コミュニティのゲノム解析
津田雅孝
蛋白質核酸酵素   50(16) 2182-2183   Dec 2005
有機塩素系殺虫剤分解細菌の出現−代謝系の構築と酵素の機能
永田裕二, 津田雅孝
蛋白質核酸酵素   50(12) 1511-1518   Oct 2005
環境汚染物質分解細菌の機能進化「特集にあたって」
野尻秀昭, 津田雅孝
蛋白質核酸酵素   50(12) 1505-1510   Oct 2005
環境浄化能をつかさどる遺伝子を担う可動遺伝因子
津田雅孝, 曽田匡洋
蛋白質核酸酵素   50(12) 1527-1534   Sep 2005
永田裕二, 津田雅孝
化学と生物   43(1) 33-42   Jan 2005
Y. Ohtsubo, T. Kudo, M. Tsuda, and Y. Nagata
Appl. Microbiol. Biotechnol.   65 250-258   Aug 2004
環境細菌ゲノムと環境DNA
津田雅孝, 小松春伸, 大坪嘉行, 永田裕二
J. Environ. Biotechnol.   3(2) 69-78   Apr 2004
M. Tsuda, H.-M. Tan, A. Nishi, and K. Furukawa
J. Biosci. Bioeng.   87(4) 401-410   Apr 1999
トランスポゾン
津田雅孝, 関崎勉
動生協会々報   31 54-55   Feb 1998
部位特異的組換え系を用いた細菌の染色体操作
津田雅孝
化学と生物   35 746-748   Jul 1997
緑膿菌の鉄獲得系遺伝子群の解析
津田雅孝・宮崎博章・中澤晶子
第29回緑膿菌感染症研究会講演記録   65-69   Feb 1995
シュードモナス属細菌ゲノムへのPositively Selectable Markerの導入
津田雅孝
Pseudomonas研究会会誌   3 11-17   Aug 1994
津田雅孝
化学と生物   32(4) 391-397   Apr 1994
難分解性化合物分解遺伝子群を担うトランスポゾン
津田雅孝
発酵工学会誌   68 324-324   Jun 1990

Books etc

 
Mobile genetic elements involved in the evolution of bacteria that degrade recalcitrant xenobiotic compounds
Y. Nagata, H. Kato, Y. Ohtsubo and M. Tsuda (Part:Contributor, pp. 215-244)
Springer Nature Singapore   Feb 2019   
Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve
H. Nojiri, M. Tsuda, Y. Kamagata, and M. Fukuda (Part:Joint Editor, Preface)
Springer   Jan 2014   ISBN:978-4-431-54519-4
微生物の事典
津田雅孝
朝倉書店   Sep 2008   
DNA Transposable Elements Research
M. Sota, H. Yano, and M. Tsuda (Part:Joint Work, pp. 23-67)
Nova Science Publishers   Jul 2008   
Molecular mechanisms of dynamics of Genetic Informations
津田雅孝, 源河浩之 (Part:Editor, pp. 25-37)
東北大学遺伝生態研究センター   Mar 2001   
Molecular Biology of Pseudomonads
M. Tsuda
ASM Press   Aug 1996   
Informatics of Genetic Ecology
津田雅孝
東北大学遺伝生態研究センター   Mar 1996   
Biotechnological Breeding of Microbial Functions
津田雅孝, 中澤晶子 (Part:Joint Work, 127-138)
学会出版センター   Sep 1992   
Transferable Antibiotic Resistance: Plasmids and Gene Manipulation
S. Harayama, P. R. Lehrbach, M. Tsuda, R. Leppik, T. Iino, W. Reineke, H.-J. Knackmuss, and K. N. Timmis (Part:Joint Work, pp. 361-372)
Springer-Verlag   Nov 1984   

Conference Activities & Talks

 
Identification and characterization of a novel gene essential for conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7
K. Kishida, S. Nonoyama, Y. Nagata, Y. Ohtsubo, M. Tsuda
Plasmid Biology 2018   7 Aug 2018   
IncP-9 catabolic plasmids from Pseudomonas [Invited]
M. Tsuda and K. Kishida
Plasmid Biology 2018   7 Aug 2018   
再構築された土壌微生物群集の超長期培養
加藤広海、渡来直生、森宙史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
日本微生物生態学会第31回大会   22 Oct 2016   
Robustness of soil microbiome against chemical disturbance
H. Kato and M. Tsuda
The 8th Asian Symposium on Microbial Ecology   30 Sep 2016   
Plant-associated Aureimonas with the sole rRNA operon on a tiny plasmid
M. Anda, Y. Ohtsubo, T. Okubo, M. Sugawara, Y. Nagata, M. Tsuda, S. Ikeda, S. Eda, H. Mitsui, and K. Minamisawa
16th International Society for Microbial Ecology Conference   21 Aug 2016   
Construction of in vivo evolution system for haloalkane dehalgenases
Y. Nagata, R. Moriuchi, A. Koyama, Y. Ohtsubo, L. Chrast, J. Damborsky, and M. Tsuda
2nd ASM Conference on Experimental Microbial Evolution   4 Aug 2016   
環境汚染物質が存在する土壌での棲息細菌集団の生きざま
津田雅孝
法政大学第8回グリーンテクノロジーセミナー   25 Apr 2016   
土壌微生物のノトバイオロジー
加藤広海、森宙史、永山浩史、大坪嘉行、永田 裕二、黒川顕、津田雅孝
日本農芸化学会2016年度大会   27 Mar 2016   
土壌細菌叢変動とレジームシフト
大坪嘉行、加藤広海、永田裕二、津田雅孝
第89回日本細菌学会総会   23 Mar 2016   
Haloalkane dehalogenases in bacteria
Y. Nagata, R. Moriuchi, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies   15 Dec 2015   
環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播
永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
第30回日本微生物生態学会年次大会   17 Oct 2015   
リボソームRNA遺伝子の染色体外への移行
按田瑞恵, 大坪嘉行, 大久保卓, 菅原雅之, 永田裕二, 津田雅孝, 南澤究, 三井久幸
日本遺伝学会第87回大会   24 Sep 2015   
Response of microbial community to chemical pollutants
M. Tsuda
International Symposium of Research Center for Thermotolerant Microbial Resources   9 Mar 2015   
Transplantation of soil microbiota: establishment process of microbial community in sterilized soil
M. Tsuda, H. Kato, H. Mori, F. Maruyama, A. Toyoda, Y. Ogura, T. Hayashi, A. Fujiyama, and K. Kurokawa
International symposium on Genome Science II "Expanding Frontiers of Genome Science II"   20 Jan 2015   
Host range of conjugation system encoded by naphthalene-catabolic plasmid NAH7 from Pseudomonas putida
KK. Kishida, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
International Symposium of the International Society for Plasmid Biology Scientific Meeting 2014   27 Oct 2014   
Effect of anutoregulation of nodulation on pland colonization of Methylobacterium sp. AMS5 isolated from hypernodulated soybean
T. Minami, M. Anda, T. Ohkubo, H. Mitsui, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Tsuda, and K. Minamisawa
15th International Society for Microbial Ecology Conference   24 Aug 2014   
Comparison of complete genome sequences of four gamma-hexachlorocyclohexane-degrading sphingomonad strains
Y. Nagata, Michiro Tabata, S. Ohhata, Y. Nikawadori, Y. Ohtsubo, M. Tsuda
15th International Society for Microbial Ecology Conference   24 Aug 2014   
Comparison of phenotypic and transcriptomic responses to harboring plasmids between three different plasmids
Y. Takahashi D. Sugiyama1, M. Shintani, H. Yamane, K. Okada, M. Tsuda, H. Nojiri
American Society for Microbiology 114th General Meeting   17 May 2014   
Design and experimental validation of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes
H. Mori, F. Maruyama, H. Kato, A. Toyoda, A. Dozono, Y. Ohtsubo, Yuji Nagata, A. Fujiyama, M. Tsuda, and K. Kurokawa
2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics   11 Dec 2013   
Isolation of phenol-catabolic genes by cultivation-independent functional screening from metagenome of soil artificially polluted by aromatic hydrocarbons
H. Nagayama, T. Sugawara, R. Endo, H. Kato, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, H. Mori, K. Kurokawa, and M. Tsuda
2nd Thünen Symposium on Soil Metagenomics   11 Dec 2013   
環境メタゲノム解析における微生物種
津田雅孝
日本農芸化学会2013年大会   24 Mar 2013   
グラム陰性細菌における鉄レギュロンと活性酸素
津田雅孝
第86回日本細菌学会総会   18 Mar 2013   
Time series metagenomic analysis of soil microbial community
M. Tsuda and K. Kurokawa
International symposium on Genome Science "Expanding Frontiers of Genome Science"   9 Jan 2013   
Isolation of aromatic ring-hydroxylating oxygenase genes by cultivation-independent functional screening of metagenome from soil artificially contaminated with aromatic hydrocarbons
H. Nagayama, R. Endo, H. Kato, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
15th International Biotechnology Symposium and Exhibition   16 Sep 2012   
Genomes and mobile genetic elements of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterial strains
Y. Nagata, M. Tabata, S. Ohhata, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
15th International Biotechnology Symposium and Exhibition   16 Sep 2012   
Relationship between intergeneric conjugative transfer of plasmid NAH7 and nitrogen-related p
K. Inoue, R. Miyazaki, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
International Plasmid Biology Conference 2012   11 Sep 2012   
Multiple plasmids of gamma-hexachlorocylohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-1
M. Tabata, S. Ohhata, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
International Plasmid Biology Conference 2012   11 Sep 2012   
Response of soil microbial community against pulse perturbation by aromatic pollutants
H. Kato, H.i Mori, F. Maruyama, A. Toyoda, Y. Ohtsubo, G. Fuchu, R. Endo, A. Dozono, M. Miyakoshi, Y. Nagata, A. Fujiyama, K. Kurokawa, M. Tsuda
14th International Society for Microbial Ecology Conference   16 Aug 2012   
Metagenomic Analysis of Microbial Community in Soil Contaminated with Aromatic Pollutants
M. Tsuda, H. Kato, Hi. Mori, At. Toyoda, H. Nagayama, Y. Li, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, A. Fujiyama, and K. Kurokawa
Japan-Finland Biotechnology Symposium 2012   4 Jun 2012   
微生物ドラフトゲノム配列のフィニッシング用ツール: GenoFinisher
大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝
第85回日本細菌学会総会   27 Mar 2012   
環境汚染物質分解能を担うプラスミドの水平伝達
津田雅孝
日本農芸化学会2012年大会   22 Mar 2012   
Response of Soil Microbial Community after Exposure to Aromatic Pollutants
津田雅孝
「環境保全と健常生活のための先端バイオテクノロジーの統合的研究」第3回公開シンポジウム   13 Mar 2012   
津田雅孝: 環境汚染物質添加土壌での微生物集団の経時的メタゲノム解析
津田雅孝
第6回日本ゲノム微生物学会年会   10 Mar 2012   
環境変動に対する土壌微生物集団応答様式のメタゲノム的解析
津田雅孝
日本遺伝学会第83回大会   20 Sep 2011   
Development of a computational tool for finishing of draft genomic sequence
Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
International Union of Microbiological Societies 2011 Congress   6 Sep 2011   
Structural analysis of plasmids for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp. MM-1
M. Tabata, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
International Union of Microbiological Societies 2011 Congress   6 Sep 2011   
Alleviation of nitric oxide sensitivity of Burkholderia multivorans ATCC 17616 fur mutant by additional mutation in oxyR gene
A. Kimura, S. Yuhara, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
International Union of Microbiological Societies 2011 Congress   6 Sep 2011   
Nitrogen-related phosphotransferase system of Pseudomonas putida KT2440 exerts negative effect on conjugative acquisition of naphthalene-catabolic plasmid NAH7
K. Inoue, R. Miyazaki, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
International Union of Microbiological Societies 2011 Congress   6 Sep 2011   
Fluctuation pattern of gene pools of microbiota in aromatic hydrocarbon-contaminated soil by sequential metagenomic analysis
H. Kato, H. Mori, A. Toyoda, Y. Ohtsubo, F. Maruyama, G. Fuchu, R. Endo, A. Dozono, M. Miyakoshi, Y. Nagata, A. Fujiyama, K. Kurokawa and M. Tsuda
International Union of Microbiological Societies 2011 Congress   6 Sep 2011   
Response of soil microbiota to exposure to aromatic pollutants
M. Tsuda
International Union of Microbiological Societies 2011 Congress   6 Sep 2011   
残留性有機汚染物質 (POPs) 分解酵素遺伝子を導入したカボチャ毛状根によるヘキサクロロシクロヘキサン分解能の解析
七里吉彦, 並木小百合, 森内良太, 小長谷賢一, 奥崎文子, 津田麻衣, 清家伸康, 大谷卓, 永田裕二, 津田雅孝, 田部井豊
29回日本植物細胞分子生物学会大会   6 Sep 2011   
Aerobic degradation of lindane (γ-hexachlorocyclohexane) in Sphingobium japonicum UT26 and its biochemical and molecular basis
Y. Nagata, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants   9 Feb 2011   
Genomic organization and its structural dynamism of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium
Y. Nagata, S. Natsui, Y. Ohtsubo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguch, N. Fujita, and M. Tsuda
Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants   9 Feb 2011   
Conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 regulated by nitrogen-related phosphotransferase system of recipient cells
K. Inoue, R. Miyazaki, M. Miyakoshi, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
14th International Biotechnology Symposium and Exhibition   14 Sep 2010   
PCB/biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp. KKS102 and Burkholderia multivorans ATCC 17616
Y. Ohtsubo, S. Suzuki, K. Onuma, H. Goto, Y. Nagata, and M. Tsuda
14th International Biotechnology Symposium and Exhibition   14 Sep 2010   
Genetic interaction of global transcriptional regulators, Fur and OxyR, in Burkholderia multivorans
A.Kimura, S. Yuhara, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
14th International Biotechnology Symposium and Exhibition   14 Sep 2010   
Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome
Y. Nagata, S. Natsui, Y. Ohtsubo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguchi, N. Fujita, and M. Tsuda
14th International Biotechnology Symposium and Exhibition   14 Sep 2010   
Meta-plasmid: In silico reconstruction of a plasmid-like circular DNA molecule and its possible role in the retrieved environment
H. Suenaga, Y. Koyama, M. Miyakoshi, R. Miyazaki, H. Yano, M. Sota, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, and K. Miyazaki
13th International Society for Microbial Ecology Conference   22 Aug 2010   
Fluctuation of gene pools of soil microbiota induced by contamination with aromatic hydrocarbons
H. Kato, H. Mori, A. Toyoda, Y. Ohtsubo, F. Maruyama, G. Fuchu, R. Endo, A. Dozono, M. Miyakoshi, Y. Nagata, A. Fujiyama, K. Kurokawa, and M. Tsuda
13th International Society for Microbial Ecology Conference   22 Aug 2010   
環境汚染土壌における微生物集団のメタゲノム解析
土壌汚染に対する微生物遺伝子プールの変動解析
環境バイオテクノロジー学会2010年度大会   21 Jun 2010   
細菌機能を利用した難分解性環境汚染物質分解へのアプローチ
永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
日本農芸化学会2010大会   27 Mar 2010   
環境汚染土壌における微生物集団のメタゲノム解析
津田雅孝
第57回日本生態学会   15 Mar 2010   
土壌での微生物の生きざまをゲノムから見る
津田雅孝
ゲノム研究最前線−ゲノム科学がもたらす生命の新たな理解−   11 Feb 2010   
環境汚染物質分解能を担うプラスミド
津田雅孝, 宮腰昌利
2009年度東京大学生物生産工学研究センターシンポジウム   11 Dec 2009   
Bacterial genes specifically induced in soil environment
M. Tsuda, E. Nishiyama, Y. Nagata, Y. Ohtsubo
NIAES International Symposium: “Challenges for Agro-Environmental Research in Monsoon Asia”   5 Oct 2009   
Soil bacteria degrade carbonyl sulfide, an atmospheric trace sulfur compound
H. Kato, T. Ogawa, M. Nasu, M. Tsuda, and Y. Katayama
19th International Symposia on Environmental Biogeochemistry   14 Sep 2009   
Burkholderia multivorans genes induced in soil environment
E. Nishiyama, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Society for General Microbiology Autumn 2009 Meeting   7 Sep 2009   
Identification and transcriptional regulation of a chitosan-inducible chitosanase gene choA in Streptomyces coelicolor A3(2)
A. Kimura, A. Saito, T. Shinya, Y. Desaki, N. Shibuya, M. Tsuda, and A. Ando
The 11th International Conference on Chitin and Chitosan   6 Sep 2009   
Interference with partitioning system of IncP-7 plasmids by ParA-like protein from Pseudomonas putida KT2440 genomic island
M. Miyakoshi, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
"Pseudomonas 2009" 12th international conference   13 Aug 2009   
Analysis of plasmids for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomomas sp. MM-1
M. Tabata, R. Endo, Y. Ohtsubo, A. Kumar, Y. Nagata, and M. Tsuda
The 10th International Symposium on Bacterial Genetics and Ecology   15 Jun 2009   
Adaptation and evolution of bacteria in natural environments
Y. Nagata, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
Memorial Symposium of the 24th International Prize for Biology -Ecology for the Changing World   10 Dec 2008   
Molecular genetic approaches for elucidating adaptive strategies of bacteria in soil
Y. Nagata, Y. Ohtsubo, and M. Tsuda
ISSM satellite symposium "Environmental genomics"   15 Nov 2008   
Analysis of alginate lyase and its gene from Pseudoalteromonas atlantica AR06
R. Matsushima, H. Danno, K. Ishihara, T. Suzuki, M. Kaneniwa, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
5th World Fisheries Congress   20 Oct 2008   
Characterization of the traD operon in IncP-9 plasmid NAH7: a host-range modifier in conjugative transfer
R. Miyazaki, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Plasmid Biology 2008   30 Aug 2008   
Reconstruction of transcription networks by the conjugative transfer of IncP plasmids
M. Miyakoshi, H. Nojiri , Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Plasmid Biology 2008   30 Aug 2008   
Characterization of plasmids from gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingomonas sp. MM-1
M. Tabata, R. Endo, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, and M. Tsuda
Plasmid Biology 2008   30 Aug 2008   
分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明
大坪嘉行, 西山衣里, 宮腰昌利, 永田裕二, 津田雅孝
2008年度日本生物工学会大会   27 Aug 2008   
多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現
津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 永田裕二, 大坪嘉行
日本土壌微生物学会2008年度大会   13 Jun 2008   
土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得-機能発現を指標にした直接的取得-
平成19年度ジオバイオテクノロジー振興会議第7回研究会   Dec 2007   
機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析
津田雅孝, 小野玲, 宮崎亮, 府中玄樹, 永田裕二
第59回日本生物工学会大会   25 Sep 2007   
培養非依存的手法による土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得
永田裕二, 小野玲, 宮崎亮, 府中玄樹, 大坪嘉行, 津田雅孝
日本微生物生態学会第23回大会   15 Sep 2007   
環境での微生物ゲノム情報発現
津田雅孝
2007年度日本農芸化学会中四国・西日本支部合同大会   14 Sep 2007   
Characterization of the traD gene cluster involved in the conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7
R. Miyazaki, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Tsuda
ASM Conference on Pseudomonas 2007   26 Aug 2007   
Functional screening of genes for aromatic ring-hydroxylating oxygenases from soil
A. Ono, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Tsuda
Metagenomics 2007   11 Jul 2007   
Haloalkane dehalogenases possess two different structural bases for their enantioselectivity
Z. Prokop, Y. Sato, T. Mozga, P. Jerabek, R. Natsume, J. Florian, M. Tsuda, Y. Nagata, T. Senda, J. Damborsky
8th International Symposium on Biocatalysis and Biotransformations   8 Jul 2007   
生態系での細菌ゲノム情報発現 -遺伝学的手法を用いた発現遺伝子群の探索-
津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 永田裕二, 大坪嘉行
極限環境微生物学会第8回シンポジウム   3 Jul 2007   
環境を汚染する有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane分解細菌 Sphingobium japonicum UT26S株のゲノム解析
永田裕二,市川夏子,安海明百,小口晃央,大坪嘉行,藤田信之,津田雅孝
第1回日本ゲノム微生物学会年会   1 Mar 2007   
ゲノムとメタゲノムの観点からの環境微生物の研究
高知大学COE「海洋微生物からの有用物質発掘プロジェクト」メタゲノムセミナー   Dec 2006   
Genomic and functional analysis of catabolic plasmids and transposons
Plasmid Biology 2006   23 Sep 2006   
Exogenous isolation of a plasmid involved in the degradation of γ-hexachlorocyclohexane from its contaminated soil
Plasmid Biology 2006   23 Sep 2006   
Genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and the movement of its residing transposons
Plasmid Biology 2006   23 Sep 2006   
Conjugal transfer of PCB/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. KKS102
International Symposium on Environmental Biotechnlogy   9 Jul 2006   
Novel ABC-type transporter genes essential for the γ-hexachlorocyclohexane utilization in Sphingobium japonicum UT26
International Symposium on Environmental Biotechnlogy   9 Jul 2006   
Direct isolation of genes and a plasmid for the degradation of γ-hexachlorocyclohexane from contaminated soil
International Symposium on Environmental Biotechnlogy   9 Jul 2006   
多重染色体構造を備えるセパシア菌Burkholderia multivoransのゲノム
第8回ワークショップ微生物ゲノム研究のフロンティア第8回ワークショップ   3 Mar 2006   
Direct isolation of bacterial genes and plasmids involved in the degradation of environmental pollutants
Interrnational Workshop on the Genomes of Environmental Bacteria   27 Jan 2006   
土壌環境での細菌ゲノム情報発現
第28回日本分子生物学会年会   Dec 2005   
土壌からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の探索
農林水産生態系における有害化学物質の総合管理技術の開発   Nov 2005   
微生物の環境汚染物質分解能に対する可動遺伝因子の役割
生物工学会北日本支部七夕シンポジウム   20 Aug 2005   
多重染色体をもつ環境細菌のゲノム
第7回日本進化学会   Aug 2005   
環境浄化能を司る遺伝子を担う細菌可動遺伝因子のダイナミズム
微生物生態学会第20回大会   Nov 2004   
Mobile xenobiotic-degrading genes and their mobility in soil bacteria
Okazaki Biology Conference   Sep 2004   
シュードモナス属細菌とその類縁細菌の分子遺伝学的研究
第77回日本細菌学会総会   Apr 2004   
Genes and enzymes for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26
International Symposium on Molecular Toxicology and Health   Nov 2003   
細菌トランスポゾンの研究 -最近の進歩-
第76回日本細菌学会総会   Apr 2003   
セパシア菌の病原性とゲノムの特徴
第37回緑膿菌感染症研究会   24 Jan 2003   
難分解性化合物分解遺伝子群を担うTn3型トランスポゾン
第25回日本分子生物学会年会   Dec 2002   
Genes and enzymes for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26
12th International Biodeterioration and Biodegradation Symposium   Jul 2002   
スフィンゴモナス属細菌による人為起源有機塩素系化合物の分解機構
シンポジウム「スフィンゴモナス属細菌とバイオレメディエーション」   Nov 2001   
Unique enzymes for the degradation of hexachlorocyclohexane in Sphingomonas paucimobilis UT26
Pseudomonas 2001   Sep 2001   

Research Grants & Projects

 
Study of bacterial genome
Grant-in-Aid for Scientific Research
Project Year: Sep 1998 - Today
Bacterial degradation of environmental pullutants
Grant-in-Aid for Scientific Research
Project Year: Apr 1983 - Today
Rearrangements and horizontal transfer of bacterial genes
Grant-in-Aid for Scientific Research
Project Year: Apr 1980 - Today
Study of Bacterial Pathogenic Genes
Grant-in-Aid for Scientific Research
Project Year: Dec 1989 - Today

Social Contribution

 
土壌から新遺伝子直接採取 東北大が新手法開発 生命科学研究科:津田雅孝教授、永田裕二助教授ら
[Informant]  日刊工業新聞  11 Apr 2003
バイオインフォマティクス春の学校
[Others]  Mar 2007
バイオインフォマティクスの最前線を一般市民に伝えた
ゲノム広場
[Others]  Nov 2003
ゲノム研究の最前線を一般市民に伝えた
宮城野高校出前授業
[Others]  Apr 1999
最先端のバイオサイエンスを高校生に伝えた

Others

 
Nov 2016   環境汚染化合物分解能を担う細菌遺伝子群の水平伝播に関する研究
ナフタレン分解遺伝子群を担うプラスミドの接合伝達宿主域を種々の手法で検討した。
Apr 2015   有害化合物汚染土壌の微生物集団による分解・浄化に向けた基盤研究: 分解菌と共存する非分解菌の役割の解明
有害化合物汚染土壌の微生物集団による分解・浄化に向けた基盤研究: 分解菌と共存する非分解菌の役割の解明を検討した。
Apr 2015   環境細菌での鉄環境変動に伴うゲノム情報発現制御の包括的研究
環境細菌での鉄環境変動に伴うゲノム情報発現制御を検討した。
Apr 2008   POPsやその候補化合物を分解する微生物酵素・遺伝子の探索と解析
POPsやその候補化合物を分解する微生物酵素遺伝子の探索と解析を行い、ファイトレメディエーションに適した遺伝子を選抜する
Apr 2005   環境微生物のゲノム解析
環境微生物ゲノムの全解読とポストシーケンス解析
Apr 2005   未知遺伝資源ライブラリー構築に係る技術の開発及び取得した遺伝資源の機能解析
培養を割愛した手法により海洋性微生物由来の未開拓遺伝子資源を取得し、解析する。
Oct 2003   省エネルギーな生物機能活用型循環産業システム構築のための新規有用遺伝子資源収集の調査研究
生物機能活用型循環産業システムの構築のために、培養困難な微生物も含め有用酵素遺伝子探索源となるように、微生物の培養を経ず、環境中から直接遺伝子を回収するプロジェクト(が、近年世界中で急速に進展していることから、研究が先行している欧州、米国の遺伝子収集技術の調査を実施
Apr 2003   難分解性化合物分解酵素を支配する新規遺伝子の未利用土壌遺伝資源からの取得と解析
培養困難な微生物も含め有用酵素遺伝子探索源となるように、微生物の培養を経ず、環境中から直接遺伝子を回収する技術の開発。
Apr 2003   微生物のゲノム配列解析による病原性と有用遺伝子システムの解明
セパシア菌ゲノムの全塩基配列の決定とアノテーションを実施。
Sep 2002   未開拓遺伝子資源からの難分解性環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得と解析
培養困難な土壌微生物からの有用酵素遺伝子探索を行うために、土壌から直接長鎖DNAを取得し、遺伝子ライブラリーを作製した。
Apr 2001   環境汚染物質を分解する細菌酵素遺伝子群の動態の分子遺伝学的及び分子生態学的研究
100程度の環境細菌株におけるTn3型のトルエン分解トランスポゾンやナフタレン分解トランスポゾンの分布を検討した結果、かなりの細菌株でのこれらトランスポゾンの分布が示唆された。また、これらトランスポゾンは、転移関連遺伝子の観点から見る限り、薬剤耐性トランスポゾンと進化的祖先を共有していることがわかった。
Apr 2000   難分解性化合物分解遺伝子群の動態の分子機構と動態を利用した新規分解酵素の取得・解析
ナフタレン分解プラスミド上に存在するナフタレン分解遺伝子群はTn3型トランスポゾン内に存在することを見つけた。しかし、本トランスポゾンはトルエン分解トランスポゾンの転移酵素存在したでのみ転移可能な欠損型トランスポゾンであった。
Apr 1998   細菌の鉄獲得機構に関する研究動向およびその評価
緑膿菌の鉄獲得機構と病原性との関わりを検討した。
Apr 1997   エイコサペンタ酸合成遺伝子群のシュードモナス属細菌における発現
海洋性低温細菌由来のエイコサペンタ酸合成遺伝子群をシュードモナス属細菌に導入し、その発現様式を検討した。