論文

査読有り
2013年9月

全解探索型計算の分散処理手法-分散処理システムIPDPの開発-

Journal of Computer Chemistry, Japan
  • 矢部 誠
  • ,
  • 玉城哲平
  • ,
  • 武田 穣
  • ,
  • 小泉純一
  • ,
  • 上田一義

12
3
開始ページ
172
終了ページ
180
記述言語
日本語
掲載種別
研究論文(学術雑誌)
DOI
10.2477/jccj.2013-0004
出版者・発行元
日本コンピュータ化学会

糖質をはじめとする生体分子の安定構造計算に関する論文である。分子動力学ソフトウェアCharmmによるエネルギーマップ作成を例として、入力ファイルの前処理とデータベースによる分散処理法の効果を検証した。この方法は、ソースコードを修正して並列化処理を挿入する一般的な方法とは大きく異なり、計算ソフトウェアに渡す入力ファイルを分割して別々のジョブとして処理させ最終的にはデータベースを利用してまとめて解析する手法である。検証によって、計算速度の向上が確認された。

リンク情報
DOI
https://doi.org/10.2477/jccj.2013-0004
CiNii Articles
http://ci.nii.ac.jp/naid/40019966949
CiNii Books
http://ci.nii.ac.jp/ncid/AA11657986
URL
http://id.ndl.go.jp/bib/025189946
ID情報
  • DOI : 10.2477/jccj.2013-0004
  • ISSN : 1347-1767
  • CiNii Articles ID : 40019966949
  • CiNii Books ID : AA11657986

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