柴田直樹 (Naoki Shibata) - マイポータル

基本情報

所属: 兵庫県立大学理学研究科生命科学専攻生体物質構造解析学部門助教授・准教授

学位: 博士(工学)(大阪大学)

J-GLOBAL ID: 200901039667162990
researchmap会員ID: 1000224235

外部リンク: http://www.sci.u-hyogo.ac.jp/life/biophys1/index-j.html

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

受賞

2003年12月

平成15年度日本結晶学会賞進歩賞, 日本結晶学会

柴田直樹

論文

138

X-ray crystallographic and mutational analysis of the NylC precursor: catalytic mechanism of autocleavage and substrate hydrolysis of nylon hydrolase.

Seiji Negoro, Naoki Shibata, Dai-Ichiro Kato, Yusuke Tanaka, Kengo Yasuhira, Keisuke Nagai, Shohei Oshima, Yoko Furuno, Risa Yokoyama, Kaito Miyazaki …

The FEBS journal 2023年6月5日査読有り
Structural basis for activation of cobalt-carbon bond and control of adenosyl radical in coenzyme B12 catalysis.

Naoki Shibata, Tetsuo Toraya

Chembiochem : a European journal of chemical biology e202300021 2023年3月14日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Structural Insights into the Very Low Activity of the Homocoenzyme B12 Adenosylmethylcobalamin in Coenzyme B12 -Dependent Diol Dehydratase and Ethanolamine Ammonia-Lyase.

Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Bernhard Kräutler, Tetsuo Toraya

Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) 28(65) e202202196 2022年11月21日査読有り筆頭著者責任著者
Coenzyme B12-dependent eliminases: Diol and glycerol dehydratases and ethanolamine ammonia-lyase.

Tetsuo Toraya, Takamasa Tobimatsu, Koichi Mori, Mamoru Yamanishi, Naoki Shibata

Methods in enzymology 668 181-242 2022年査読有り招待有り最終著者
Reactivating chaperones for coenzyme B12-dependent diol and glycerol dehydratases and ethanolamine ammonia-lyase.

Tetsuo Toraya, Takamasa Tobimatsu, Naoki Shibata, Koichi Mori

Methods in enzymology 668 243-284 2022年査読有り招待有り
Rational design of metal-binding sites in domain-swapped myoglobin dimers.

Satoshi Nagao, Ayaka Idomoto, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

Journal of inorganic biochemistry 217 111374-111374 2021年4月査読有り
Experimental and theoretical study on converting myoglobin into a stable domain-swapped dimer by utilizing a tight hydrogen bond network at the hinge region

Cheng Xie, Hiromitsu Shimoyama, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Hirofumi Komori, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Yasuteru Shigeta, Shun Hirota

RSC Advances 11(59) 37604-37611 2021年査読有り
Structural and functional characterization of nylon hydrolases.

Seiji Negoro, Dai-Ichiro Kato, Taku Ohki, Kengo Yasuhira, Yasuyuki Kawashima, Keisuke Nagai, Masahiro Takeo, Naoki Shibata, Katsumasa Kamiya, Yasuteru Shigeta

Methods in enzymology 648 357-389 2021年査読有り招待有り
Thermodynamic Control of Domain Swapping by Modulating the Helical Propensity in the Hinge Region of Myoglobin.

Satoshi Nagao, Ayaka Suda, Hisashi Kobayashi, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

Chemistry, an Asian journal 15(11) 1743-1749 2020年6月2日査読有り
3D domain swapping of azurin from Alcaligenes xylosoxidans.

Robby Noor Cahyono, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

Metallomics : integrated biometal science 12(3) 337-345 2020年3月25日査読有り
A direct heterotypic interaction between the DIX domains of Dishevelled and Axin mediates signaling to β-catenin.

Kumpei Yamanishi, Marc Fiedler, Shin-Ichi Terawaki, Yoshiki Higuchi, Mariann Bienz, Naoki Shibata

Science signaling 12(611) 2019年12月10日査読有り最終著者責任著者
Protein surface charge effect on 3D domain swapping in cells for c-type cytochromes.

Hongxu Yang, Masaru Yamanaka, Satoshi Nagao, Kazuma Yasuhara, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Shun Hirota

Biochimica et biophysica acta. Proteins and proteomics 1867(11) 140265-140265 2019年11月査読有り
High-resolution structure of a Y27W mutant of the Dishevelled2 DIX domain.

Kumpei Yamanishi, Yooksil Sin, Shin Ichi Terawaki, Yoshiki Higuchi, Naoki Shibata

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 75(Pt 2) 116-122 2019年2月1日査読有り最終著者責任著者
Structural Changes in the Trinuclear Copper Center upon the Reduction of Bilirubin Oxidase (BOD)

T. Tokiwa, M. Shoji, V. Sladek, N. Shibata, Y. Higuchi, K. Kataoka, Y. Shigeta, F Misaizu

Molecules 24(76) 2019年1月査読有り
Head-to-Tail Complex of Dishevelled and Axin-DIX Domains: Expression, Purification, Crystallographic Studies and Packing Analysis.

Kumpei Yamanishi, Wataru Kumano, Shin-Ichi Terawaki, Yoshiki Higuchi, Naoki Shibata

Protein and peptide letters 26(10) 792-797 2019年査読有り最終著者責任著者
Structural Changes of the Trinuclear Copper Center in Bilirubin Oxidase upon Reduction.

Takaki Tokiwa, Mitsuo Shoji, Vladimir Sladek, Naoki Shibata, Yoshiki Higuchi, Kunishige Kataoka, Takeshi Sakurai, Yasuteru Shigeta, Fuminori Misaizu

Molecules (Basel, Switzerland) 24(1) 2018年12月26日査読有り
Redox Potential-Dependent Formation of an Unusual His-Trp Bond in Bilirubin Oxidase.

Mahfuza Akter, Takaki Tokiwa, Mitsuo Shoji, Koji Nishikawa, Yasuteru Shigeta, Takeshi Sakurai, Yoshiki Higuchi, Kunishige Kataoka, Naoki Shibata

Chemistry (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) 24(68) 18052-18058 2018年12月5日査読有り最終著者責任著者
Structural basis of the correct subunit assembly, aggregation, and intracellular degradation of nylon hydrolase.

Seiji Negoro, Naoki Shibata, Young-Ho Lee, Ikki Takehara, Ryo Kinugasa, Keisuke Nagai, Yusuke Tanaka, Dai-Ichiro Kato, Masahiro Takeo, Yuji Goto …

Scientific reports 8(1) 9725-9725 2018年6月27日査読有り責任著者
Direct Participation of a Peripheral Side Chain of a Corrin Ring in Coenzyme B₁₂ Catalysis.

Shibata N, Sueyoshi Y, Higuchi Y, Toraya T

Angewandte Chemie (International ed. in English) 57(26) 7830-7835 2018年6月25日査読有り筆頭著者責任著者
Construction of a Triangle-Shaped Trimer and a Tetrahedron Using an α-Helix-Inserted Circular Permutant of Cytochrome c₅₅₅.

Oda A, Nagao S, Yamanaka M, Ueda I, Watanabe H, Uchihashi T, Shibata N, Higuchi Y, Hirota S

Chemistry, an Asian journal 13(8) 964-967 2018年4月16日査読有り

もっとみる

MISC

ラジカルB₁₂酵素エタノールアミンアンモニアリアーゼの再活性化因子のX線構造解析

柴田直樹, 森光一, 虎谷哲夫

ビタミン 99(4) 2025年
DKK4-CRD1の結晶構造/Crystal structure of DKK4-CRD1

柴田直樹

日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
サーキュラーエコノミーに向けた高分子の最新研究酵素によるナイロンの加水分解-ケミカルリサイクルの実現を目指して-

加藤太一郎, 柴田直樹, 根来誠司

月刊ファインケミカル 53(8) 2024年
Wnt シグナル因子 Dickkopf-1 のX線結晶学的研究

柴田直樹, 山口真稔, 山口友輔, 吉村日向, 樋口芳樹

SPring-8/SACLA利用研究成果集(Web) 12(6) 2024年査読有り筆頭著者責任著者
ナイロン分解酵素NylB の構造進化，触媒機構とアミド合成への応用

根来誠司, 武尾正弘, 柴田直樹, 樋口芳樹, 加藤太一郎, 重田育照

月刊バイオインダストリー 2019年6月招待有り
Formation and carbon monoxide-dependent dissociation of Allochromatium vinosum cytochrome c' oligomers using domain-swapped dimers

Yamanaka Masaru, Hoshizumi Makoto, Nagao Satoshi, Nakayama Ryoko, Shibata Naoki, Higuchi Yoshiki, Hirota Shun

2017年2月14日
3P-046 ナイロン加水分解酵素のサブユニット界面でのアミノ酸置換と熱安定化効果(酵素学,酵素工学,一般講演)

衣笠凌, 羽田圭吾, 谷本悠樹, 竹原一起, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司

日本生物工学会大会講演要旨集 67 282-282 2015年
Preparation of single crystals of Multicopper oxidases for neutron diffraction study

Y. Higuchi, M. Akter, C. Inoue, Y. Shomura, N. Shibata, K. Inaka, K. Kataoka, T. Sakurai, K. Komori

JOURNAL OF BIOLOGICAL INORGANIC CHEMISTRY 19 S324-S324 2014年3月
2P-059 ナイロン加水分解酵素NylCのサブユニット間相互作用と耐熱性との関係(酵素学,酵素工学,一般講演)

衣笠凌, 永井圭介, 柴田直樹, 樋口芳樹, 李映昊, 後藤祐児, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司

日本生物工学会大会講演要旨集 66 121-121 2014年
立体構造を基盤としたナイロン加水分解酵素の開発と耐熱化機構

根来誠司, 永井圭介, 大島祥平, 飯田一希, 加藤太一郎, 武尾正弘, 持地広造, 柴田直樹, 樋口芳樹

酵素工学ニュース 69 12-18 2013年4月査読有り招待有り
2P-045 高解像度X線結晶構造解析を基盤としたナイロン加水分解酵素(NylC)の耐熱化機構の解明(酵素学,酵素工学,一般講演)

衣笠凌, 永井圭介, 三田隆二, 篠田昌宜, 柴田直樹, 樋口芳樹, 李映昊, 後藤祐児, 加藤太一郎, 武尾正弘 …

日本生物工学会大会講演要旨集 65 115-115 2013年
2P-044 分子動力学シミュレーションによるナイロン加水分解酵素(NylC)の自己分断機構の解析(酵素学,酵素工学,一般講演)

永井圭介, 大島祥平, 柴田直樹, 樋口芳樹, 馬場剛史, 重田育照, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司

日本生物工学会大会講演要旨集 65 114-114 2013年
Wntシグナル伝達経路で機能するDIXドメインを介した相互作用の構造生物学

勝谷拓也, 寺脇慎一, 柴田直樹, 山本英樹, FIEDLER Marc, BIENZ Mariann, 菊池章, 樋口芳樹

日本結晶学会年会講演要旨集 2012 107 2012年10月25日
4Ca02 ナイロン加水分解酵素(NylC)の耐熱化機構(酵素学,酵素工学/タンパク質工学,一般講演)

永井圭介, 三田隆二, 篠田昌宜, 柴田直樹, 樋口芳樹, 李暁美, 後藤祐児, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司

日本生物工学会大会講演要旨集 64 191-191 2012年
4Ca01 ナイロン加水分解酵素(NylC)前駆体の自己分断に及ぼすアミノ酸置換効果(酵素学,酵素工学/タンパク質工学,一般講演)

大島祥平, 永井圭介, 柴田直樹, 樋口芳樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 根来誠司

日本生物工学会大会講演要旨集 64 191-191 2012年
ナイロンオリゴマー分解酵素を用いたアミド合成:高効率触媒の形成要件

小林達也, 河島康之, 中田悠介, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 重田育照, 神谷克政, 根来誠司

日本農芸化学会大会講演要旨集 2011 153 2011年3月5日
2Dp13 ナイロンオリゴマー加水分解酵素(NylC)の自己分断機構(酵素学・酵素工学,一般講演)

大島祥平, 田中優佑, 永井圭介, 柴田浩, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 根来誠司

日本生物工学会大会講演要旨集 63 138-138 2011年
2Dp14 ナイロンオリゴマー分解酵素(NylC)の高度耐熱化(酵素学・酵素工学,一般講演)

三田隆二, 田中優佑, 永井圭介, 柴田直樹, 李映昊, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 後藤祐児, 根来誠司

日本生物工学会大会講演要旨集 63 139-139 2011年
3Da12 6-アミノヘキサン酸環状二量体加水分解酵素(NylA)の基質結合部位の解析(酵素学・酵素工学,一般講演)

日比野敦, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 根来誠司

日本生物工学会大会講演要旨集 63 226-226 2011年
3Da01 アミド化合物の酵素合成 : 高効率触媒の形成要件(酵素学・酵素工学,一般講演)

小林達也, 中田悠介, 馬場剛史, 河島康之, 柴田直樹, 加藤太一郎, 武尾正弘, 樋口芳樹, 重田育照, 松井亨 …

日本生物工学会大会講演要旨集 63 223-223 2011年

もっとみる

書籍等出版物

プラスチックのリサイクルと再生材の改質技術

加藤太一郎, 柴田直樹, 根来誠司 (担当:共著, 範囲:10節ナイロン加水分解酵素群(Nyl series)の遺伝子・酵素学的研究の進展と効率的な酵素的モノマー化への展開)

株式会社技術情報協会 2023年10月 (ISBN: 9784867980101)
食品・バイオにおける最新の酵素応用, Ⅲバイオ産業への酵素応用編

根来誠司, 武尾正弘, 柴田直樹, 樋口芳樹, 加藤太一郎, 重田育照 (担当:共著, 範囲:pp. 195–207)

シーエムシー出版 2019年7月
日本の結晶学 (II)

柴田直樹 (担当:分担執筆, 範囲:ビタミンB12 関与ラジカル酵素)

日本結晶学会 2014年

所属学協会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

Wntシグナル因子が関わる新規癌細胞増殖シグナル活性化と阻害抗体の構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

柴田直樹

もっとみる

柴田直樹

基本情報

研究キーワード

研究分野

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

所属学協会

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

メニュー

共著者の一覧