ヒトの受精から出生に至る過程を明らかにする発生学分野において，ヒト胚子標本の形態データベースは，発生に伴うヒトの形態形成の機序を解明する貴重な資源となる．本研究の目的は，京都大学が所蔵する大規模なヒト胚子連続切片標本群から3次元画像の再構成を行い，得られた3次元画像を閲覧可能なデータベース検索表示システムを構築することである．本研究では3次元再構成における課題に注目し，その解決を図る．対象とする連続切片標本群は収集時に3次元再構成を想定しておらず，また大規模な標本の画像化に伴う欠損・劣化や処理の誤りも避けられない．我々は大規模な連続切片標本群に対して，これら生じ得る種々の課題を網羅的に考慮した3次元画像再構成を行ったので報告する．また，得られた3次元画像を閲覧するデータベース検索表示システムの構築について述べる．