織田昌幸 (Masayuki Oda) - マイポータル

基本情報

所属: 京都府立大学生命環境科学研究科応用生命科学専攻生命物理化学教授

学位: 博士(理学)

研究者番号: 20318231
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-8568-4223
J-GLOBAL ID: 200901080743630884
researchmap会員ID: 1000289205

外部リンク: https://kpu-biophyschem.com/

研究キーワード

研究分野

経歴

2018年4月 - 現在

京都府立大学, 生命環境科学研究科, 教授
2020年4月 - 2021年3月

山陽小野田市立山口東京理科大学非常勤講師
2019年4月 - 2020年3月

京都工芸繊維大学非常勤講師
2008年4月 - 2018年3月

京都府立大学, 生命環境科学研究科, 准教授
2015年4月 - 2016年3月

名古屋工業大学非常勤講師
2003年7月 - 2008年3月

京都府立大学, 農学研究科, 講師
1999年4月 - 2003年6月

東京理科大学, 生命科学研究所, 助手
1997年10月 - 1999年3月

協和発酵工業（株）, 東京研究所, 研究員
1995年4月 - 1997年9月

（株）生物分子工学研究所, 研究員
1993年7月 - 1995年3月

（株）蛋白工学研究所, 研究員
1991年4月 - 1993年6月

協和発酵工業（株）, 東京研究所, 研究員

学歴

1989年4月 - 1991年3月

京都大学, 大学院理学研究科, 化学専攻
1985年4月 - 1989年3月

京都大学, 理学部

委員歴

2020年9月 - 現在

日本生化学会, 評議員
2018年3月 - 現在

バイオインタラクション研究会, 会長
2020年10月 - 2022年9月

日本熱測定学会, 委員
2007年 - 2021年

日本生物物理学会, 分野別編集委員
2018年10月 - 2019年9月

日本熱測定学会, 編集委員長、編集幹事
2017年10月 - 2018年9月

日本熱測定学会, 副編集委員長、編集幹事
2016年10月 - 2017年9月

日本熱測定学会, 編集委員
2015年 - 2016年

日本生物物理学会, 和文誌編集委員
2014年 - 2015年

日本熱測定学会, 庶務幹事

受賞

2022年

Editors' Choice Award, Biophysics and Physicobiology

Masayuki Oda
2006年

奨励賞, 日本熱測定学会

論文

149

Monoclonal antibodies against jellyfish collagen

Keiko Momma, Takeyuki Shimizu, Takahiro Hayashi, Yuki Hirakawa, Masataka Kuroda, Masayuki Oda

Journal of Biomaterials Applications 2024年11月22日査読有り最終著者責任著者
Structural dynamics of the Ca2+-regulated cutinase towards structure-based improvement of PET degradation activity

Nobutaka Numoto, Fumiya Kondo, Gert-Jan Bekker, Zengwei Liao, Mitsuaki Yamashita, Akira Iida, Nobutoshi Ito, Narutoshi Kamiya, Masayuki Oda

International Journal of Biological Macromolecules 281 136597-136597 2024年11月査読有り最終著者責任著者
Construction of a Tm-value prediction model and molecular dynamics study of AmNA-containing gapmer antisense oligonucleotide

Masataka Kuroda, Yuuya Kasahara, Masako Hirose, Harumi Yamaguma, Masayuki Oda, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi

Molecular Therapy - Nucleic Acids 35(3) 102272-102272 2024年9月査読有り
Affinity-matured antibody with a disulfide bond in H-CDR3 loop

Mutsumi Yoshida, Yuya Hanazono, Nobutaka Numoto, Satoshi Nagao, Saaya Yabuno, Yumi Kitagawa, Hiroshi Sekiguchi, Nobutoshi Ito, Takachika Azuma, Masayuki Oda

Archives of Biochemistry and Biophysics 758 110068-110068 2024年8月査読有り最終著者責任著者
Analysis of the Structural Dynamics of Proteins in the Ligand-Unbound and -Bound States by Diffracted X-ray Tracking

Masayuki Oda

International Journal of Molecular Sciences 24(18) 13717-13717 2023年9月6日査読有り招待有り筆頭著者最終著者
Elucidation of binding mechanism, affinity and complex structure between mWT1 tumor‐associated antigen peptide and HLA‐A*24:02

Gert‐Jan Bekker, Nobutaka Numoto, Maki Kawasaki, Takahiro Hayashi, Saaya Yabuno, Yuko Kozono, Takeyuki Shimizu, Haruo Kozono, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda …

Protein Science 2023年9月4日査読有り
Metal-binding and folding thermodynamics of Escherichia coli ribonuclease HI related to its catalytic function

Yumi Kitagawa, Zengwei Liao, Kosuke Morikawa, Masayuki Oda

Biophysical Chemistry 295 106961-106961 2023年4月査読有り最終著者責任著者
Regulation of CD28 binding to SH2 domains of Grb2 and PI3K by trisubstituted carboranes for T-cell activation

Shuhei Ogawa, Yasunobu Asawa, Momoka Iiyama, Atsushi Yoshimori, Hiroyuki Nakamura, Masayuki Oda

Bioorganic and Medicinal Chemistry Letters 78 129049-129049 2022年12月査読有り最終著者責任著者
Structural, functional, and physiological properties of anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetyl antibodies during the course of affinity maturation

Masayuki Oda

Biophysical Reviews 2022年12月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Role of Cys residues of C-terminal SH2 domain of phosphoinositide 3-kinase in its conformational stability and CD28-binding ability

Momoka Iiyama, Yoshiji Hantani, Rene H. Wink, Masataka Kuroda, Masayuki Oda

Chemical Thermodynamics and Thermal Analysis 8 100080-100080 2022年12月査読有り最終著者責任著者
Structural dynamics of the N‐terminal SH2 domain of PI3K in its free and CD28‐bound states

Yuhi Hosoe, Yohei Miyanoiri, Suyong Re, Saki Ochi, Yuya Asahina, Toru Kawakami, Masataka Kuroda, Kenji Mizuguchi, Masayuki Oda

The FEBS Journal 290(9) 2366-2378 2022年11月4日査読有り最終著者責任著者
Evaluation of multi-specificity of antibody G2 using its single-chain Fv and its covalently linked antigen peptides

Takahiro Hayashi, Yuji O. Kamatari, Masayuki Oda

Biophysical Chemistry 290 106893-106893 2022年11月査読有り最終著者責任著者
Interdomain interactions in Grb2 revealed by the conformational stability and CD28 binding analysis

Saki Ochi, Momoka Iiyama, Masayuki Oda

Biophysical Chemistry 284 106792-106792 2022年5月査読有り最終著者責任著者
A Trade-off Between Thermostability and Binding Affinity of Anti-(4-hydroxy-3-nitrophenyl)Acetyl Antibodies During the Course of Affinity Maturation

Akihiro Nishiguchi, Akikazu Murakami, Takachika Azuma, Masayuki Oda

The Protein Journal 2022年4月30日査読有り最終著者責任著者
Pivotal role of a conserved histidine in Escherichia coli ribonuclease HI as proposed by X-ray crystallography

Zengwei Liao, Takuji Oyama, Yumi Kitagawa, Katsuo Katayanagi, Kosuke Morikawa, Masayuki Oda

Acta Crystallographica Section D Structural Biology 78(3) 390-398 2022年3月1日査読有り最終著者責任著者
Structural Analysis of Hen Egg Lysozyme Refolded after Denaturation at Acidic pH

Masayuki Oda, Tomoki Sano, Yuji O. Kamatari, Yoshito Abe, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito

The Protein Journal 41(1) 71-78 2022年1月30日査読有り筆頭著者責任著者
Varying the Directionality of Protein Catalysts for Aldol and Retro‐Aldol Reactions

Toshifumi Fujioka, Nobutaka Numoto, Hiroyuki Akama, Kola Shilpa, Michiko Oka, Prodip K. Roy, Yarkali Krishna, Nobutoshi Ito, David Baker, Masayuki Oda …

ChemBioChem 23(2) e202100435 2022年1月19日査読有り責任著者
核酸の熱力学

織田昌幸

Drug Discovery System 36(5) 232-238 2021年11月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Structural dynamics of a DNA-binding protein analyzed using diffracted X-ray tracking

Yuhi Hosoe, Hiroshi Sekiguchi, Yuji C. Sasaki, Masayuki Oda

Biophysical Chemistry 278 106669-106669 2021年11月査読有り最終著者責任著者
Conformational changes of α-helical peptides with different hydrophobic residues induced by metal-ion binding

Masahiro Tanaka, Tatsuhisa Kato, Masayuki Oda

Biophysical Chemistry 277 106661-106661 2021年10月査読有り最終著者責任著者

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MISC

抗原・抗体複合体の直接観察抗原の大きさ、結合価、及び抗体の結合親和性の影響(Direct observation of antigen-antibody complex: Effects of antigen size, valence, and binding affinity of antibody)

古賀舞子, 真柳浩太, 北井麻希, 村上明一, 東隆親, 織田昌幸

生物物理 47(Suppl.1) S120-S120 2007年11月
転写調節因子c-Mybによる特異的及び非特異的DNA認識機構の熱力学的解析

織田昌幸

生物物理 39(5) 301-305 1999年査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者

書籍等出版物

熱量測定・熱分析ハンドブック

日本熱測定学会 (担当:共著)

丸善出版 2020年8月 (ISBN: 9784621305072)
食品ハイドロコロイドの開発と応用Ⅱ

稲葉理美, 織田昌幸 (担当:共著, 範囲:タンパク質の構造と熱物性)

シーエムシー出版 2015年
熱量測定・熱分析ハンドブック

織田昌幸 (担当:共著, 範囲:抗原・抗体相互作用)

丸善 2010年
ファルマシア

織田昌幸 (担当:共著, 範囲:パーツをはめて薬を創る：NMRやカロリメトリーの利用.)

2008年
等温滴定熱測定

織田昌幸

蛋白質科学プロトコール 2008年
Old and New Views of Protein Folding

Oda, M, Furukawa, K, Ogata, K, Sarai, A, Nakamura, H (担当:共著, 範囲:Thermodynamic analysis of protein induced folding upon DNA binding)

Elsevier 1999年
Thermodynamic analysis of protoin induced folding upon DNA binding

Elsevier 1999年

講演・口頭発表等

エンド‐1,3‐β‐グルカナーゼ触媒ドメインの機能構造解析

三木彩子, 稲葉理美, 櫻井一正, 池上貴久, 伊島理枝子, 織田昌幸

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2017年3月5日
Generation of single-chain Fv antibody against (4-hydroxy-3-nitrophenyl)acetyl and analysis of its structural dynamics

Yusui Sato, Yusuke Tanaka, Hiroshi Sekiguchi, Satomi Inaba, Takahiro Maruno, Yuji C. Sasaki, Yuji Kobayashi, Takachika Azuma, Masayuki Oda

PROTEIN SCIENCE 2015年10月 WILEY-BLACKWELL
Structural and thermodynamic analysis of co-stimulation receptor CD28 phosphopeptide interactions with Grb2, Gads, and PI3-kinese SH2 domains

Satomi Inaba, Nobutaka Numoto, Hisayuki Morii, Teikichi Ikura, Ryo Abe, Nobutoshi Ito, Masayuki Oda

PROTEIN SCIENCE 2015年10月 WILEY-BLACKWELL
温度変化実験により明らかとなったc‐Myb DNA結合ドメイン構造揺らぎの特性

稲葉理美, 前野覚大, 櫻井一正, 池上貴久, 深田はるみ, 森井尚之, 赤坂一之, 織田昌幸

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 2014年5月26日
1P027 抗体の親和性成熟に着目した抗原-抗体結合挙動への洞察(蛋白質: 構造機能相関,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Yusui Sato, Yusuke Tanaka, Hiroshi Sekiguchi, Yuji C. Sasaki, Takachika Azuma, Masayuki Oda

生物物理 2014年一般社団法人日本生物物理学会
2P055 抗体を用いた抗原蛋白質の揺らぎの検出(01C. 蛋白質:物性,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Shimizu Shohey, Abe Yoshito, Kamatari Yuji O., Ueda Tadashi, Azuma Takachika, Oda Masayuki

生物物理 2014年一般社団法人日本生物物理学会
2P058 Variable temperature and pressure NMR studies on flexible conformation of c-Myb DNA-binding domain(01C. Protein: Property,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

Inaba Satomi, Maeno Akihiro, Sakurai Kazumasa, Akasaka Kazuyuki, Oda Masayuki

生物物理 2014年一般社団法人日本生物物理学会
2P065 Helix-turn-helixモチーフを有する蛋白質のpH変化およびDNA結合に伴う動的構造変化の解明(01C. 蛋白質:物性,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Inaba Satomi, Sekiguchi Hiroshi, Sasaki Yuji C., Oda Masayuki

生物物理 2014年一般社団法人日本生物物理学会
高圧NMRおよび蛍光法によるc‐Myb DNA結合ドメイン準安定励起構造の解析

稲葉理美, 前野覚大, 池上貴久, 赤坂一之, 織田昌幸

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 2013年5月31日
2SAA-03 キャビティに依存したc-Myb R2R3の構造揺らぎとDNA結合能(2SAA 生物ダイナミズムの源泉を問う- "非生物的揺らぎ"が生み出す"生物的揺らぎ",シンポジウム,日本生物物理学会第51回年会(2013年度))

織田昌幸

生物物理 2013年一般社団法人日本生物物理学会
1P050 トリプリオンタンパク質に対する抗体G2の複数の抗原を特異的に認識する性質の特徴付け(01C. 蛋白質:物性,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Kamatari Yuji, Oda Masayuki, Maruno Takahiro, Kobayashi Yuji, Ishiguro Naotaka

生物物理 2013年一般社団法人日本生物物理学会
3P013 金属結合に伴う3ヘリックスバンドル形成の動的構造解析(01A.蛋白質:構造,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Komichi Nobutaka, Sekiguchi Hiroshi, Sasaki Yuji C., Tanaka Toshiki, Oda Masayuki

生物物理 2013年一般社団法人日本生物物理学会
3P026 糖結合モジュールTrp導入変異体の基質結合能(01B.蛋白質:構造機能相関,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Tamashiro Tomonari, Asada Hiromi, Maruno Takahiro, Kanaori Kenji, Kobayashi Yuji, Oda Masayuki

生物物理 2013年一般社団法人日本生物物理学会
Critical role of the alpha-repeat in carbohydrate-binding module of endo-1,3-beta-glucanase for complex formation with laminarin

Masayuki Oda, Tomonari Tamashiro, Yoichi Tanabe, Teikichi Ikura, Nobutoshi Ito

PROTEIN SCIENCE 2012年8月 WILEY-BLACKWELL
Thermodynamic effects of multiple conformations in a protein on its stability and binding function

Satomi Inaba, Takahiro Maruno, Harumi Fukada, Yuji Kobayashi, Masayuki Oda

PROTEIN SCIENCE 2012年8月 WILEY-BLACKWELL
3B0924 Dynamic structural and antigen binding analyses of antibody single-chain Fvs(Proteins:Structure & Function III:Dynamics and Circadian Rhythm,Oral Presentation,The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Tanaka Yusuke, Sekiguchi Hiroshi, Sasaki Yuji C., Azuma Takachika, Oda Masayuki

生物物理 2012年一般社団法人日本生物物理学会
2E1522 Cavity-dependent dynamics of c-Myb R2R3 revealed by high-pressure fluorescence and NMR spectroscopy(Proteins:Property II,Oral Presentation,The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

Inaba Satomi, Maeno Akihiro, Morii Hisayuki, Fukada Harumi, Akasaka Kazuyuki, Oda Masayuki

生物物理 2012年一般社団法人日本生物物理学会
1PT130 Endo-1,3-β-glucanase・オリゴ糖複合体のMDシミュレーション(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Komichi Nobutaka, Kamiya Narutoshi, Nakamura Haruki, Oda Masayuki

生物物理 2012年一般社団法人日本生物物理学会
1C1522 エンド-1,3-βグルカナーゼの糖結合モジュールα-リピートに存在するTrp273のラミナリン結合への寄与(蛋白質-計測,解析,エンジニアリング,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Tamashiro Tomonari, Tanabe Yoichi, Kanaori Kenji, Ikura Teikichi, Ito Nobutoshi, Oda Masayuki

生物物理 2012年一般社団法人日本生物物理学会
CD28細胞内領域とアダプター分子Gads SH2及びGrb2 SH2との分子間相互作用解析

肥後邦武, 砂橋朗進, 森井尚之, 池上貴久, 伊倉貞吉, 伊藤暢聡, 安部良, 織田昌幸

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 2011年5月27日

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

静的局所環境の学習によるタンパク質動的構造情報の抽出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

水口賢司, 織田昌幸, 李秀栄
クチナーゼCut190のCa2+結合に伴う動的構造変化とPET分解分子機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

織田昌幸, 関口博史, 沼本修孝, 神谷成敏, 宮ノ入洋平
耐熱性放線菌由来ＰＥＴ分解酵素による廃棄ＰＥＴのケミカルリサイクルの実用化

JST A-STEP「産学共同（育成型）」 2020年12月 - 2023年3月
癌細胞由来のペプチドと免疫関連タンパク質の複合体構造予測法と親和性予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

神谷成敏, 織田昌幸, 伊藤暢聡, Bekker Gerardu
クラゲコラーゲンの３Ｄバイオインク利用

JST A-STEP「トライアウト」 2020年11月 - 2022年3月
CD28ファミリー細胞内領域SH2結合の特異的阻害剤の探索

AMED 橋渡し研究（シーズA）開発候補課題 2020年4月 - 2021年3月
親和性成熟に着目した抗体の抗原認識機構と動的構造の解明

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究（C） 2018年4月 - 2021年3月

織田昌幸
DNA損傷特異抗体を損傷除去修復薬に進化させる

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

森俊雄, 杉浦重樹, 織田昌幸, 岩本顕聡, 東伸岳
PET分解酵素のstructure-based designによる高機能化と応用に関する研究

公益財団法人発酵研究所一般研究助成 2017年4月 - 2019年3月

織田昌幸
複数の抗原を特異的に認識する抗体の抗原認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

鎌足雄司, 織田昌幸, 桑田一夫, 石黒直隆, 赤坂一之
ヘリックスバンドル形成をモデルとした蛋白質の構造エントロピーの定量化

日本学術振興会科学研究費補助金挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2016年3月

織田昌幸
低分子化合物を用いた揺らぎの制御によるプリオン蛋白質の構造変換抑制

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2012年4月 - 2015年3月

鎌足雄司, 桑田一夫, 赤坂一之, 織田昌幸, 石川岳志
抗原・抗体間相互作用におけるタンパク質の動的構造変化の解明

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究（C） 2010年4月 - 2013年3月

織田昌幸
溶液中での自由度に着目した抗体の抗原認識機構と抗原結合に伴う構造変化の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2005年 - 2008年

織田昌幸
MHC/ペプチド複合体の安定性とT細胞活性化能-免疫シナプス形成の物理的基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2002年 - 2003年

小園晴生, 東隆親, 織田昌幸
抗NP抗体の親和性成熟に伴う抗原認識機構の変化に関する構造生物学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業奨励研究(A) 奨励研究(A) 2000年 - 2001年

織田昌幸

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書籍等出版物

講演・口頭発表等

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