金城玲 (Akira Kinjo) - マイポータル

基本情報

学位: 博士（理学)(総合研究大学院大学（総研大）)

研究者番号: 30370117
J-GLOBAL ID: 200901002748560069
researchmap会員ID: 5000063107

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

経歴

2009年1月 - 2018年7月

大阪大学准教授
2006年7月 - 2008年12月

大阪大学特任研究員（客員助教授）
2003年3月 - 2006年6月

国立遺伝学研究所助手
2001年4月 - 2003年2月

日本科学技術振興事業団博士研究員
1998年4月 - 2001年3月

日本学術振興会特別研究員

学歴

1998年4月 - 2001年3月

総合研究大学院大学（総研大）生命科学研究科遺伝学専攻
- 2001年

総合研究大学院大学
1996年4月 - 1998年3月

京都大学理学研究科化学専攻
- 1998年

京都大学
1993年4月 - 1996年3月

京都大学理学部
- 1996年

京都大学

受賞

2012年4月

文部科学大臣表彰若手科学者賞文部科学省

金城玲

論文

New tools and functions in data-out activities at Protein Data Bank Japan (PDBj).

Kinjo AR, Bekker GJ, Wako H, Endo S, Tsuchiya Y, Sato H, Nishi H, Kinoshita K, Suzuki H, Kawabata T, Yokochi M, Iwata T, Kobayashi N, Fujiwara T, Nakamura H

Protein science : a publication of the Protein Society 27(1) 95-102 2017年9月査読有り
VaProS: a database-integration approach for protein/genome information retrieval.

Gojobori T, Ikeo K, Katayama Y, Kawabata T, Kinjo AR, Kinoshita K, Kwon Y, Migita O, Mizutani H, Muraoka M, Nagata K, Omori S, Sugawara H, Yamada D, Yura K

Journal of structural and functional genomics 17(4) 69-81 2016年12月査読有り
Protein Data Bank Japan (PDBj): updated user interfaces, resource description framework, analysis tools for large structures

Akira R. Kinjo, Gert-Jan Bekker, Hirofumi Suzuki, Yuko Tsuchiya, Takeshi Kawabata, Yasuyo Ikegawa, Haruki Nakamura

Nucleic Acids Research 45(D1) D282-D288 2016年10月査読有り
Protein Data Bank Japan (PDBj): updated user interfaces, resource description framework, analysis tools for large structures

Akira R. Kinjo, Gert-Jan Bekker, Hirofumi Suzuki, Yuko Tsuchiya, Takeshi Kawabata, Yasuyo Ikegawa, Haruki Nakamura

Nucleic Acids Research 45(D1) D282-D288 2016年10月査読有り
Molmil: a molecular viewer for the PDB and beyond

Gert-Jan Bekker, Haruki Nakamura, Akira R. Kinjo

Journal of Cheminformatics 8(1) 2016年8月査読有り
Publication of nuclear magnetic resonance experimental data with semantic web technology and the application thereof to biomedical research of proteins

Yokochi, Masashi, Kobayashi, Naohiro, Ulrich, Eldon L., Kinjo, Akira R., Iwata, Takeshi, Ioannidis, Yannis E., Livny, Miron, Markley, John L., Nakamura, Haruki, Kojima, Chojiro, Fujiwara, Toshimichi

JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS 7 16 2016年5月査読有り
Publication of nuclear magnetic resonance experimental data with semantic web technology and the application thereof to biomedical research of proteins

Yokochi, Masashi, Kobayashi, Naohiro, Ulrich, Eldon L., Kinjo, Akira R., Iwata, Takeshi, Ioannidis, Yannis E., Livny, Miron, Markley, John L., Nakamura, Haruki, Kojima, Chojiro, Fujiwara, Toshimichi

JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS 7(1) 16 2016年5月査読有り
A unified statistical model of protein multiple sequence alignment integrating direct coupling and insertions

Akira R. Kinjo

Biophysics and Physicobiology 13 45-62 2016年4月
A unified statistical model of protein multiple sequence alignment integrating direct coupling and insertions.

Kinjo AR

Biophysics and physicobiology 13 45-62 2016年4月査読有り
Liquid-theory analogy of direct-coupling analysis of multiple-sequence alignment and its implications for protein structure prediction

Akira R. Kinjo

Biophysics and Physicobiology 12 117-119 2015年12月査読有り
Liquid-theory analogy of direct-coupling analysis of multiple-sequence alignment and its implications for protein structure prediction.

Kinjo AR

Biophysics and physicobiology 12 117-9 2015年12月査読有り
Implementation of linked data in the life sciences at BioHackathon 2011

Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Akira R. Kinjo, Mizuki Morita, Yoshinobu Igarashi, Yi-an Chen, Yasumasa Shigemoto, Takatomo Fujisawa, Yukie Akune, Takeo Katoda, Anna Kokubu, Takaaki Mori, Mitsuteru Nakao, Shuichi Kawashima, Shinobu Okamoto, Toshiaki Katayama, Soichi Ogishima

JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS 6 3 2015年1月査読有り
Implementation of linked data in the life sciences at BioHackathon 2011

Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Akira R. Kinjo, Mizuki Morita, Yoshinobu Igarashi, Yi-an Chen, Yasumasa Shigemoto, Takatomo Fujisawa, Yukie Akune, Takeo Katoda, Anna Kokubu, Takaaki Mori, Mitsuteru Nakao, Shuichi Kawashima, Shinobu Okamoto, Toshiaki Katayama, Soichi Ogishima

JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS 6 3 2015年1月査読有り
Cooperation between phenotypic plasticity and genetic mutations can account for the cumulative selection in evolution

Ken Nishikawa, Akira R. Kinjo

BIOPHYSICS 10 99-108 2014年12月査読有り
Cooperation between phenotypic plasticity and genetic mutations can account for the cumulative selection in evolution.

Nishikawa K, Kinjo AR

Biophysics (Nagoya-shi, Japan) 10 99-108 2014年12月査読有り
Specific Non-Local Interactions Are Not Necessary for Recovering Native Protein Dynamics

Bhaskar Dasgupta, Kota Kasahara, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura, Akira R. Kinjo

PLOS ONE 9(3) e91347 2014年3月査読有り
Specific Non-Local Interactions Are Not Necessary for Recovering Native Protein Dynamics

Bhaskar Dasgupta, Kota Kasahara, Narutoshi Kamiya, Haruki Nakamura, Akira R. Kinjo

PLOS ONE 9(3) e91347 2014年3月査読有り
2SCP-03 蛋白質の構造モチーフの際に着目した機能アノテーション(構造バイオインフォマティクスによる蛋白質機能予測・解析,シンポジウム,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

金城玲

生物物理 54(1) S132 2014年
2P063 Contact number diffusion model for the normal mode analysis of protein structure(01C. Protein: Property,Poster,The 52nd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan(BSJ2014))

Dasgupta Bhaskar, Kasahara Kota, Kamiya Narutoshi, Nakamura Haruki, Kinjo Akira

生物物理 54(1) S205 2014年
Rigid-body motions of interacting proteins dominate multispecific binding of ubiquitin in a shape-dependent manner

Bhaskar Dasgupta, Haruki Nakamura, Akira R. Kinjo

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 82(1) 77-89 2014年1月査読有り

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MISC

Mechanism of evolution by genetic assimilation: Equivalence and independence of genetic mutation and epigenetic modulation in phenotypic expression

Ken Nishikawa, Akira R. Kinjo

Biophysical Reviews 10(2) 667-676 2018年4月1日
Essential role of long non-coding RNAs in de novo chromatin modifications: the genomic address code hypothesis

Ken Nishikawa, Akira R. Kinjo

Biophysical Reviews 9(2) 73-77 2017年4月1日
Play with 3D structure data of biomolecules - PDBj

Hirofumi Suzuki, Gert-Jan Bekker, Takahiro Kudo, Akira R. Kinjo, Kengo Kinoshita, Genji Kurisu, Haruki Nakamura

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 73 C579-C579 2017年
Homcos : A Server to Search and Model 3D Structures of Protein-Protein and Compound-Protein Complexes

Takeshi Kawabata, Haruki Nakamura, Akira Kinjo

BIOPHYSICAL JOURNAL 106(2) 207A-207A 2014年1月
生物医学研究に役立つデータベースとリソース 5.タンパク質の立体構造データベース

金城玲, 金城玲

実験医学 29(15) 2432-2437 2011年9月10日
データを解釈する者は誰か : 和田昭允先生に応えて

金城玲

生物物理 50(4) 166-167 2010年7月25日
蛋白質の高精度2次構造予測

金城玲

蛋白質核酸酵素 52(1) 50-56 2007年1月1日
使ってみよう!バイオデータベース第5回 Protein Data Bank(PDB)

金城玲, 西川建

細胞工学 25(3) 293-297 2006年2月22日
タンパク質の立体構造情報はどのようにアミノ酸配列に埋めこまれているか?

金城玲

生物物理 46(1) 37-40 2006年1月25日
Recoverable one-dimensional encoding of three-dimensional protein structures

AR Kinjo, K Nishikawa

BIOINFORMATICS 21(10) 2167-2170 2005年5月
Predicting absolute contact numbers of native protein structure from amino acid sequence

AR Kinjo, K Horimoto, K Nishikawa

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 58(1) 158-165 2005年1月
Predicting secondary structures, contact numbers, and residue-wise contact orders of native protein structure from amino acid sequence by critical random networks

BIOPHYSICS in press 2005年
Eigenvalue analysis of amino acid substitution matrices reveals a sharp transition of the mode of sequence conservation in proteins

AR Kinjo, K Nishikawa

BIOINFORMATICS 20(16) 2504-2508 2004年11月
Competition between protein folding and aggregation with molecular chaperones in crowded solutions: Insight from mesoscopic simulations.

Biophys. J. 85:3521-3531 2003年
Effects of macromolecular crowding on protein folding and aggregation studied by density functional theory: Statics

Akira R. Kinjo, Shoji Takada

Physical Review E - Statistical Physics, Plasmas, Fluids, and Related Interdisciplinary Topics 66(3) 2002年9月24日
Effects of macromolecular crowding on protein folding and aggregation studied by density functional theory: Dynamics.

Physical Review E 66: 051902 2002年
Comparison of energy components of proteins from thermophilic and mesophilic organisms

AR Kinjo, K Nishikawa

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 30(5) 378-384 2001年9月
Physicochemical evaluation of protein folds predicted by threading

AR Kinjo, A Kidera, H Nakamura, K Nishikawa

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 30(1) 1-10 2001年
Cooperative approach for the protein fold recognition

M Ota, T Kawabata, AR Kinjo, K Nishikawa

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS Suppl 3:126-132 126-132 1999年
タンパク質立体構造の接触残基対の組成

金城玲, 西川建

生物物理 38(2) S151 1998年9月7日

金城玲

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