依田隆夫 (Takao Yoda) - マイポータル

基本情報

所属: 長浜バイオ大学バイオサイエンス学部コンピュータバイオサイエンス学科准教授

学位: 博士（理学）

J-GLOBAL ID: 200901099093675287
researchmap会員ID: 5000063916

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

経歴

学歴

- 2000年

東京大学, 理学研究科, 物理学専攻

論文

Exonuclease processivity of archaeal replicative DNA polymerase in association with PCNA is expedited by mismatches in DNA

Takuya Yoda, Maiko Tanabe, Toshiyuki Tsuji, Takao Yoda, Sonoko Ishino, Tsuyoshi Shirai, Yoshizumi Ishino, Haruko Takeyama, Hirokazu Nishida

SCIENTIFIC REPORTS 7 44582 2017年3月査読有り
Deciphering Supramolecular Structures with Protein-Protein Interaction Network Modeling

Toshiyuki Tsuji, Takao Yoda, Tsuyoshi Shirai

SCIENTIFIC REPORTS 5 16341 2015年11月査読有り
GENESIS: a hybrid-parallel and multi-scale molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms for biomolecular and cellular simulations

Jaewoon Jung, Takaharu Mori, Chigusa Kobayashi, Yasuhiro Matsunaga, Takao Yoda, Michael Feig, Yuji Sugita

WILEY INTERDISCIPLINARY REVIEWS-COMPUTATIONAL MOLECULAR SCIENCE 5(4) 310-323 2015年7月査読有り
Salt effects on hydrophobic-core formation in folding of a helical miniprotein studied by molecular dynamics simulations

Takao Yoda, Yuji Sugita, Yuko Okamoto

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 82(6) 933-943 2014年6月査読有り
Hydrophobic Core Formation and Dehydration in Protein Folding Studied by Generalized-Ensemble Simulations

Takao Yoda, Yuji Sugita, Yuko Okamoto

BIOPHYSICAL JOURNAL 99(5) 1637-1644 2010年9月査読有り
Replica-exchange molecular dynamics simulation of diffracted X-ray tracking

Y. Kawashima, Y. C. Sasaki, Y. Sugita, T. Yoda, Y. Okamoto

MOLECULAR SIMULATION 33(1-2) 97-102 2007年1月
Structural changes in the cytoplasmic domain of phospholamban by phosphorylation at Ser16: A molecular dynamics study

Yuji Sugita, Naoyuki Miyashita, Takao Yoda, Mitsunori Ikeguchi, Chikashi Toyoshima

BIOCHEMISTRY 45(39) 11752-11761 2006年10月
Effects of the fixed end in single-molecule imaging techniques: A replica-exchange molecular dynamics simulation study

Y Kawashima, Y Sugita, T Yoda, Y Okamoto

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 414(4-6) 449-455 2005年10月査読有り
Structures of a peptide fragment Of beta(2)-microglobulin studied by replica-exchange molecular dynamics simulations - Towards the understanding of the mechanism of amyloid formation

M Nishino, Y Sugita, T Yoda, Y Okamoto

FEBS LETTERS 579(24) 5425-5429 2005年10月査読有り
Secondary-structure preferences of force fields for proteins evaluated by generalized-ensemble simulations

T Yoda, Y Sugita, Y Okamoto

CHEMICAL PHYSICS 307(2-3) 269-283 2004年12月査読有り
Localized nature of the transition-state structure in goat alpha-lactalbumin folding

K Saeki, M Arai, T Yoda, M Nakao, K Kuwajima

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 341(2) 589-604 2004年8月査読有り
Comparisons of force fields for proteins by generalized-ensemble simulations

T Yoda, Y Sugita, Y Okamoto

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 386(4-6) 460-467 2004年3月査読有り
K.Horii, M.Saito, T.Yoda, K.Tsumoto, M.Matsushima, K.Kuwajima and I.Kumagai,

Proteins 45, 16-29 2001年
Folding-unfolding of goat alpha-lactalbumin studied by stopped-flow circular dichroism and molecular dynamics simulations

T Yoda, M Saito, M Arai, K Horii, K Tsumoto, M Matsushima, Kumagai, I, K Kuwajima

PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS 42(1) 49-65 2001年1月査読有り
Effect of the extra N-terminal methionine residue on the stability and folding of recombinant alpha-lactalbumin expressed in Escherichia coli

TK Chaudhuri, K Horii, T Yoda, M Arai, S Nagata, TP Terada, H Uchiyama, T Ikura, K Tsumoto, H Kataoka …

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY 285(3) 1179-1194 1999年1月査読有り

MISC

疎水コアとα-ヘリックスを含む小タンパク質のフォールディングシミュレーション

依田隆夫, 杉田有治, 岡本祐幸

生物物理 52(1) 22-23 2012年1月25日
タンパク質系分子シミュレーションのための力場関数(最近の研究から)

榮慶丈, 依田隆夫, 杉田有治, 岡本祐幸

日本物理学会誌 67(5) 343-349 2012年
マルチカノニカルレプリカ交換分子動力学法による小蛋白質の折れ畳みシミュレーション (特集拡張アンサンブル法)

依田隆夫, 杉田有治, 岡本祐幸

アンサンブル 12(2) 15-18 2010年4月
タンパク質系のポテンシャル関数の比較と改良

榮慶丈, 依田隆夫, 杉田有冶, 岡本祐幸

アンサンブル 11(3) 3_8-3_12 2009年
Kinetic folding reactions and molecular dynamics simulations of alpha-lactalbumin

155-162 1999年

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

Protein folding studies by computer simulations