大坪嘉行 (Yoshiyuki Ohtsubo) - マイポータル

基本情報

所属: 東北大学大学院生命科学研究科分子化学生物学専攻分子ネットワーク講座微生物遺伝分野准教授

学位: 博士(農学)(東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901009017909830
researchmap会員ID: 5000064656

研究キーワード

研究分野

経歴

2001年4月 - 2003年3月

理化学研究所, 基礎科学特別研究員

学歴

- 2001年3月

東京大学, 大学院農学生命科学研究科
- 1996年3月

東京大学, 農学部

委員歴

受賞

2014年3月

農芸化学奨励賞, 日本農芸化学会
2013年3月

日本ゲノム微生物学会研究奨励賞, 日本ゲノム微生物学会

主要な論文

118

Algorisms used for in silico finishing of bacterial genomes based on short-read assemblage implemented in GenoFinisher, AceFileViewer, and ShortReadManager.

Yoshiyuki Ohtsubo, Yuu Hirose, Yuji Nagata

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 86(6) 693-703 2022年4月14日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Properties and efficient scrap-and-build repairing of mechanically sheared 3' DNA ends.

Yoshiyuki Ohtsubo, Keiichiro Sakai, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

Communications biology 2 409-409 2019年査読有り
Optimization of single strand DNA incorporation reaction by Moloney murine leukaemia virus reverse transcriptase.

Yoshiyuki Ohtsubo, Haruna Sasaki, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 25(5) 477-487 2018年10月1日査読有り
Compounds that enhance the tailing activity of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase

Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 6520 2017年7月査読有り
Efficient N-tailing of blunt DNA ends by Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase

Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

SCIENTIFIC REPORTS 7 41769 2017年2月査読有り
Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome.

Anda Mizue, OhtsuboYoshiyuki, Okubo Takashi, Sugawara Masayuki, Nagata Yuji, Tsuda Masataka, Minamisawa Kiwamu, Mitsui Hisayuki

Proc Natl Acad Sci U S A 112(46) 14343-14347 2015年11月17日査読有り

もっとみる

主要なMISC

ゲノム DNA を鋳型にしたサンガーシーケンシング

大坪嘉行

日本ゲノム微生物学会ニュースレター (24) 2021年12月筆頭著者最終著者責任著者
イルミナシーケンスライブラリー、ハイブリッド型のススメ

大坪嘉行

日本ゲノム微生物学会ニュースレター (23) 2021年7月筆頭著者最終著者責任著者
実験技術紹介コーナー(ニュースレター20号)

大坪嘉行

日本ゲノム微生物学会ニュースレター (20) 2019年12月
DNA精製用ミニカラムの作り方

大坪嘉行

日本ゲノム微生物学会ニュースレター (19) 2019年6月筆頭著者最終著者責任著者
実験技術紹介コーナー「実験室での消耗品切れを防ぐ方法」

大坪嘉行

日本ゲノム微生物学会ニュースレター (16) 2017年11月筆頭著者最終著者責任著者
実験技術紹介コーナー

佐藤勉, 大坪嘉行

日本ゲノム微生物学会ニュースレター (15) 2017年6月
実験技術紹介コーナー「オートクレーブ後につかう器具乾燥機の整理法」

本ゲノム微生物学会ニュースレター (14) 2016年11月
実験技術紹介コーナー「汚れがこびりついてしまったL字管の洗い方」

日本ゲノム微生物学会ニュースレター (13) 2016年5月
Bacterial Glade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome

Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, Hisayuki Mitsui

GENES & GENETIC SYSTEMS 90(6) 376-376 2015年12月

もっとみる

書籍等出版物

日本の研究力低迷問題の原因と解決方法

2022年6月 (ISBN: 9798428260090)

講演・口頭発表等

共創:微生物エコシステム構成原理土壌細菌叢変動とレジームシフト

第89回日本細菌学会総会 2016年3月23日

所属学協会

Works(作品等)

出席管理システムQR出席くん https://xs702135.xsrv.jp/AMS/AMS_howtouse.php

大坪嘉行

2023年3月1日 - 現在 Web Service
DNA配列、アミノ酸配列の相互比較描画ソフトウエア「SeqView」

大坪嘉行

2021年8月1日 - 現在
研究機器共用利用促進システム「DeviceFace」

大坪嘉行

2020年4月1日 - 現在 Web Service
シーケンサーウエブ使用簿システム

大坪嘉行

2018年1月コンピュータソフト
シーケンサー予約システム

大坪嘉行

2018年1月 Web Service
シーケンサー由来データの解析ソフトTraceViewer

2016年1月1日コンピュータソフト
DNA配列の相補鎖を返すエクセル関数comp()

2012年7月22日コンピュータソフト
DNA配列を翻訳するエクセル関数honyaku()

2012年7月22日コンピュータソフト
Finishing用ツールAceFileViewer

2012年7月20日コンピュータソフト
次世代シーケンサーデータ解析ツールShortReadManager

2012年7月17日コンピュータソフト
Finishing用ツールGenoFinisher

2011年7月4日コンピュータソフト
遺伝子の座標データをもとに描画するエクセルマクロ

2008年4月8日コンピュータソフト
サーキュラーマップ描画ツールArcWithColor

2008年2月21日コンピュータソフト
比較ゲノム他有用ツールGenomeMatcher

2007年11月12日コンピュータソフト

共同研究・競争的資金等の研究課題

土壌微生物機能発揮の鍵となる群集・メタゲノム構造の特定

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2026年3月

近藤倫生, 川津一隆, 永田裕二, 大坪嘉行, 加藤広海
細菌の劣悪環境での生残・増殖機構に基づいた有用細菌の高度利用戦略

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

永田裕二, 大坪嘉行
細菌の細胞外遺伝情報記憶システムの実体に迫る

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2022年6月 - 2024年3月

永田裕二, 大坪嘉行
細菌の環境での生き様の理解による有用細菌の実環境利用への展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

永田裕二, 大坪嘉行, 加藤広海, 津田雅孝
汚染土壌由来の有害化合物分解コンソーシアム：分解菌に対する共存非分解菌の役割

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行, 加藤広海
複合微生物系と極貧環境下での生育能から環境細菌の実環境での生き様に迫る

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行, 加藤広海
PCB分解土壌細菌の総合理解と微生物機能高度利用のための技術開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

大坪嘉行
細菌の超低栄養好気的条件下での生育に機能する基礎代謝経路の全貌解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2016年3月

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行
スフィンゴモナス細菌群の新規物質代謝能力獲得を司る機構の解明とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行, 田之倉優, 岡井公彦
芳香族系汚染物質添加環境での微生物集団応答様式の包括的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

津田雅孝, 黒川顕, 永田裕二, 大坪嘉行
環境細菌の極貧有機炭素源環境下での生育を司る機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2012年4月 - 2014年3月

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行
細菌進化におけるリコンビネーションの頻度と特性に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2011年 - 2013年

大坪嘉行
人為起源物質分解能をモデルとした環境中での細菌の機能進化を司る分子基盤の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2010年 - 2012年

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行, 千田俊哉, 田之倉優
環境汚染物質添加土壌での微生物集団応答様式の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2010年 - 2012年

津田雅孝, 黒川顕, 永田裕二, 大坪嘉行
多彩な能力を有するスフィンゴモナス細菌群のゲノムの可塑性とその構成原理の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2010年 - 2011年

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行
土壌細菌のカタボライト調節機構全容の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2008年 - 2010年

大坪嘉行
挿入配列の土壌環境での動態の解明と新規遺伝子獲得への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽研究萌芽研究 2007年 - 2008年

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行
未開拓遺伝子資源を利用した細菌の有機塩素系環境汚染物質浄化能力の総合的開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2006年 - 2008年

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行, 千田俊哉, 田之倉優, 竹山春子
細菌が持つ環境汚染物質分解酵素遺伝子の水平伝播

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2006年 - 2008年

津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行
環境細菌のカタボライト調節分子メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2006年 - 2007年

大坪嘉行

もっとみる

産業財産権

特願2018-523956 二本鎖ＤＮＡ末端の加工方法

その他

細菌の比較ゲノム解析研究に関する研究

2014年4月 - 2014年4月

不明

大坪嘉行

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

主要な論文

主要なMISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

その他

メニュー

共著者の一覧