山田洋一 (Yoichi Yamada) - マイポータル

基本情報

所属: 金沢大学理工研究域生命理工学系

学位: Doctor of Philosophy(The University of Tokyo)

J-GLOBAL ID: 200901032023933940
researchmap会員ID: 5000081875

外部リンク: http://gie.ec.t.kanazawa-u.ac.jp

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論文

A Period1 inducer specifically advances circadian clock in mice

Yoshifumi Takahata, Yuki Kasashima, Takuya Yoshioka, Shusei Yashiki, Justina Kulikauskaite, Tomoaki Matsuura, Yuki Ohba, Hideaki Hasegawa, Naoki Yuri, Nagisa Iwai …

Proceedings of the National Academy of Sciences 123(4) 2026年1月23日査読有り
In Saccharomyces cerevisiae, the molecular chaperone proteins Ssb1 and Ssb2 upregulate ABC transporter genes, and their upregulation may play a role in the release of quorum-sensing molecules that induce cell growth arrest during the diauxic shift

Yoichi Yamada, Mahiro Ota, Atsuki Shiroma, Takaki Matsuzawa

AIMS Microbiol. 11(3) 737-753 2025年査読有り筆頭著者責任著者
In Saccharomyces cerevisiae ρ0 Cells, UME6 Contributes to the Activation of ABC Transporter Genes and Pleiotropic Drug Resistance via RPD3 and PDR3

Mai Funasaka, Mahiro Ota, Yoichi Yamada

Microbiol. Res. 15(2) 734-745 2024年5月9日査読有り責任著者
Zuo1, a ribosome-associated J protein, is involved in glucose repression in Saccharomyces cerevisiae.

Yamada Y, Shiroma A, Hirai S, Iwasaki J

FEMS Yeast Research 23(foad038) 2023年査読有り筆頭著者責任著者
UME6 Is Involved in the Suppression of Basal Transcription of ABC Transporters and Drug Resistance in the ρ+ Cells of Saccharomyces cerevisiae.

Yoichi Yamada

Microorganisms 10(3) 2022年3月10日査読有り筆頭著者責任著者
RPD3 and UME6 are involved in the activation of PDR5 transcription and pleiotropic drug resistance in ρ0 cells of Saccharomyces cerevisiae

Yamada Y

BMC Microbiology 21(311) 2021年査読有り筆頭著者責任著者
A method for identifying allele-specific hydroxymethylation

Yamada Y, Sasaki S

EPIGENETICS 15 (3) 231-250 2020年3月査読有り筆頭著者責任著者
NF-κB-induced NOX1 activation promotes gastric tumorigenesis through the expansion of SOX2-positive epithelial cells

Echizen K, Horiuchi K, Aoki Y, Yamada Y, Minamoto T, Oshima H, Oshima M

Oncogene 38(22) 4250-4263 2019年査読有り
Intestinal cancer progression by mutant p53 through the acquisition of invasiveness associated with complex glandular formation

M. Nakayama, E. Sakai, K. Echizen, Y. Yamada, H. Oshima, T-S Han, R. Ohki, S. Fujii, A. Ochiai, S. Robine …

ONCOGENE 36(42) 5885-5896 2017年10月査読有り
Myeloid Differentiation Factor 88 Signaling in Bone Marrow-Derived Cells Promotes Gastric Tumorigenesis by Generation of Inflammatory Microenvironment

Yusuke Maeda, Kanae Echizen, Hiroko Oshima, Liang Yu, Natthiya Sakulsak, Osamu Hirose, Yoichi Yamada, Tadatsugu Taniguchi, Brendan J. Jenkins, Hideyuki Saya …

CANCER PREVENTION RESEARCH 9(3) 253-263 2016年3月査読有り
Factors to preserve CpG-rich sequences in methylated CpG islands

Hiroki Miyahara, Osamu Hirose, Kenji Satou, Yoichi Yamada

BMC GENOMICS 16(144) 2015年2月査読有り責任著者
TNF-α/TNFR1 signaling promotes gastric tumorigenesis through induction of Noxo1 and Gna14 in tumor cells

H Oshima, T Ishikawa, GJ Yoshida, K Naoi, Y Maeda, K Naka, Xiaoli Ju, Y Yamada, T Minamoto, N Mukaida …

Oncogene 33(29) 3820-3829 2014年7月査読有り
D-IMPACT: A Data Preprocessing Algorithm to Improve the Performance of Clustering

Tran V.A, Hirose O, Saethang T, Nguyen L.A.T, Dang X.T, Le T.K.T, Ngo D.L, Gavrilov S, Kubo M, Yamada Y …

Journal of Software Engineering and Applications 7(8) 639-654 2014年査読有り
Inference of domain-domain interactions by matrix factorisation and domain-level features

Tu Kien T. Le, Osamu Hirose, Lan Anh T. Nguyen, Thammakorn Saethang, Vu Anh Tran, Xuan Tho Dang, Duc Luu Ngo, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada, Kenji Satou

International Journal of Functional Informatics and Personalised Medicine 4(3-4) 259-273 2014年1月1日査読有り
Regional DNA methylation differences between humans and chimpanzees are associated with genetic changes, transcriptional divergence and disease genes

Kei Fukuda, Kenji Ichiyanagi, Yoichi Yamada, Yasuhiro Go, Toshifumi Udono, Seitaro Wada, Toshiyuki Maeda, Hidenobu Soejima, Naruya Saitou, Takashi Ito …

JOURNAL OF HUMAN GENETICS 58(7) 446-454 2013年7月査読有り
PAAQD: Predicting immunogenicity of MHC class I binding peptides using amino acid pairwise contact potentials and quantum topological molecular similarity descriptors

Thammakorn Saethang, Osamu Hirose, Ingorn Kimkong, Vu Anh Tran, Xuan Tho Dang, Lan Anh T. Nguyen, Tu Kien T. Le, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada, Kenji Satou

Journal of Immunological Methods 387(1-2) 293-302 2013年1月31日査読有り
A Novel Over-Sampling Method and its Application to Cancer Classification from Gene Expression Data

Dang Xuan Tho, Osamu Hirose, Duong Hung Bui, Thammakorn Saethang, Vu Anh Tran, Lan Anh T. Nguyen, Tu Kien T. Le, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada, Kenji Satou

Chem-Bio Informatics Journal 13 19-29 2013年査読有り
EpicCapo: epitope prediction using combined information of amino acid pairwise contact potentials and HLA-peptide contact site information

Thammakorn Saethang, Osamu Hirose, Ingorn Kimkong, Vu Anh Tran, Xuan Tho Dang, Lan Anh T. Nguyen, Tu Kien T. Le, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada, Kenji Satou

BMC BIOINFORMATICS 13(313) 2012年11月査読有り
Inflammation-induced repression of tumor suppressor miR-7 in gastric tumor cells

D. Kong, Y-S Piao, S. Yamashita, H. Oshima, K. Oguma, S. Fushida, T. Fujimura, T. Minamoto, H. Seno, Y. Yamada …

ONCOGENE 31(35) 3949-3960 2012年8月査読有り
IMPACT: A Novel Clustering Algorithm based on Attraction

Vu Anh Tran, José Carlos Clemente, Duc Thuan Nguyen, Jiuyong Li, Xuan Tho Dang, Thi Tu Kien Le, Thi Lan Anh Nguyen, Thammakorn Saethang, Mamoru Kubo, Yoichi Yamada …

Journal of Computers 7(3) 2012年3月1日査読有り

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Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

出芽酵母の分子シャペロン制御因子によるグルコース抑制の制御

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

山田洋一
15563633 ／配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化の普遍性の検証

文部科学省科学研究費助成事業基盤研究（Ｃ） 2015年4月 - 2017年3月

山田洋一
13204704 ／配列依存的アレル特異的ヒドロキシメチル化の探索

文部科学省科学研究費助成事業基盤研究（Ｃ） 2012年4月 - 2014年3月

山田洋一
08812623 ／転写因子遺伝子群に限定した網羅的ヒトインプリント遺伝子の探索

文部科学省科学研究費補助金若手研究（Ｂ） 2007年4月 - 2009年3月

山田洋一
07050408 ／ショットガン戦略による高分解能メチル化ボディマッピング

文部科学省ゲノム機能解析等の推進（ゲノムネットワークプロジェクト） 2006年4月 - 2008年3月

伊藤隆司
17710169 ／網羅的アレル別メチル化解析によるヒトメチル化ボディマップの作成

文部科学省科学研究費補助金若手研究（Ｂ） 2005年4月 - 2007年3月

山田洋一
突然変異魚の表現型解析に向けた視覚性諸刺激応答行動の定量化

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽研究 2006年 - 2007年

村本健一郎, 加藤聖, 久保守, 山田洋一, 秋田純一
ヒトゲノムメチル化のボディマップの作成

文部科学省ゲノム機能解析等の推進（ゲノムネットワークプロジェクト）委託研究 2004年10月 - 2005年3月

伊藤隆司
突然変異魚の視覚性刺激応答行動の定量化によるスクリーニングと責任遺伝子の同定

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽研究 2004年 - 2005年

村本健一郎, 加藤聖, 久保守, 山田洋一
蛋白質相互作用予測に向けた基盤情報の組織的収集

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2004年

伊藤隆司, 住本英樹, 太田一寿, 山田洋一
計算機を駆使した遺伝子発現データからの有用知見の抽出
computational identification of useful knowledge from gene expression data

山田洋一

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