木村周平 (Shuhei Kimura) - マイポータル

基本情報

所属: 鳥取大学工学部教授

学位: 博士（工学）(東京工業大学)
修士（工学）(京都大学)

研究者番号: 20342777
J-GLOBAL ID: 200901036068366880
researchmap会員ID: 5000082878

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研究分野

論文

Genetic network inference using velocyto analysis of single-cell RNA sequencing data

Shuhei Kimura, Masaiku Takehara, Masato Tokuhisa, Keita Iida, Mariko Okada

Proceedings of the 2025 12th International Conference on Biomedical and Bioinformatics Engineering 63-68 2026年5月11日査読有り筆頭著者責任著者
Inference of Genetic Networks from Pseudo Time Series of Single-cell Gene Expression Data using Modified Random Forests

Shuhei Kimura, Ryosuke Misaki, Masato Tokuhisa, Keita Iida, Mariko Okada

Bulletin of Mathematical Biology 88(3) 2026年2月21日査読有り筆頭著者責任著者
Recommending Additional Stops During Road Trips

M.Tokuhisa, S.Kimura

Proc. of 20th IIAI International Congress on Advanced Applied Informatics 970-973 2026年査読有り
Error-Tolerant Voice-Based Landmark Search on Expressways

K.Ito, M.Tokuhisa, S.Kimura

Proc. of 20th IIAI International Congress on Advanced Applied Informatics 991-992 2026年査読有り
A Bias in Training Data Degrades the Quality of Variable Importance Scores of Random Forests.

Shuhei Kimura, Kenta Yuasa, Masato Tokuhisa

SCIS/ISIS 1-7 2024年査読有り筆頭著者責任著者
Inference of Genetic Networks from Steady-State and Pseudo Time-Series of Single-Cell Gene Expression Data using Modified Random Forests

Shuhei Kimura, Hirotaka Kitajima, Masato Tokuhisa, Mariko Okada

2023 IEEE Symposium Series on Computational Intelligence (SSCI) 45 1579-1586 2023年12月5日査読有り筆頭著者
Inference of Genetic Networks using Random Forests: Performance Improvement using a New Variable Importance Measure

S.Kimura, Y.Takeda, M.Tokuhisa, M.Okada

Chem-Bio Informatics Journal, Vol.22 88(109) 2022年12月29日査読有り筆頭著者責任著者
Inference of Genetic Networks using Random Forests: A Quantitative Weighting Method for Gene Expression Data

S.Kimura, K.Sota, M.Tokuhisa

Proc. of the 2022 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology 123-130 2022年査読有り筆頭著者責任著者
Feature Selection using Modified Null Importance

Shuhei Kimura, Daichi Oda, Masato Tokuhisa

2021 IEEE Symposium Series on Computational Intelligence (SSCI) 2021年12月5日査読有り筆頭著者
Inference of genetic networks from time-series and static gene expression data: combining a random-forest-based inference method with feature selection methods

S.Kimura, R.Fukutomi, M.Tokuhisa, M.Okada

Frontiers in Genetics 11(595912) 1-11 2020年12月査読有り筆頭著者責任著者
Detection of weak relevant variables using random forests

S.Kimura, M.Tokuhisa

Proc. of the SICE Annual Conference 2020 838-845 2020年9月査読有り筆頭著者責任著者
Feature Selection based on Random Forests and its Application to a Modeling of Sewage Treatment Plant

S.Kimura, M.Tokuhisa, A.Uemura, M.Okada

Proc of the 2019 International Conference on Technologies and Applications of Artificial Intelligence 1-8 2019年査読有り筆頭著者責任著者
Inference of Genetic Networks using Random Forests: Assigning Different Weights for Gene Expression Data

S.Kimura, M.Tokuhisa, M.Okada

Journal of Bioinformatics and Computational Biology 17(1950015) 1-21 2019年査読有り
小型計算機におけるサービス指向発話文解析

徳久雅人, 木村周平

自然言語処理 26(3) 545-578 2019年査読有り
Inference of Genetic Networks Using Random Forests: Use of Different Weights for Time-series and Static Gene Expression Data

S.Kimura, M.Tokuhisa, M. Okada-Hatakeyama

Proc. of the 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering 98-103 2018年査読有り
Transcriptionally inducible pleckstrin homology-like domain, family a, member 1, attenuates ERBB receptor activity by inhibiting receptor oligomerization

Shigeyuki Magi, Kazunari Iwamoto, Noriko Yumoto, Michio Hiroshima, Takeshi Nagashima, Rieko Ohki, Amaya Garcia-Munoz, Natalia Volinsky, Alexander Von Kriegsheim, Yasushi Sako …

Journal of Biological Chemistry 293(6) 2206-2218 2018年査読有り
Inference of genetic networks from time-series of gene expression levels using random forests

Shuhei Kimura, Masato Tokuhisa, Mariko Okada-Hatakeyama

2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology, CIBCB 2017 22-27 2017年10月4日査読有り
Using A Priori Knowledge after Genetic Network Inference: Integrating Multiple Kinds of Knowledge

Shuhei Kimura, Koji Kitazawa, Masato Tokuhisa, Mariko Okada-Hatakeyama

CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL 17 53-71 2017年査読有り
Genetic Network Inference Using Hierarchical Structure

Shuhei Kimura, Masato Tokuhisa, Mariko Okada-Hatakeyama

FRONTIERS IN PHYSIOLOGY 7(57) 1-12 2016年2月査読有り
Recommending Paragraphs of Wikipedia Pages as a Travel Guide

Masato Tokuhisa, Yuuki Ishihara, Shuuhei Kimura, Kenta Oku

2016 IEEE 9TH INTERNATIONAL WORKSHOP ON COMPUTATIONAL INTELLIGENCE AND APPLICATIONS (IWCIA) 57-62 2016年査読有り

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MISC

感情的反応についてのコーパス構築と単語の傾向分析 (思考と言語)

竹内瞭, 岩瀬友紀, 徳久雅人, 木村周平

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 116(529) 37-42 2017年3月21日
病院ブログ記事からの動詞対の抽出 (言語理解とコミュニケーション)

竹内希史, 徳久雅人, 木村周平

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 115(445) 35-39 2016年2月4日
Wikipediaからの旅行者向け解説文章の推薦

石原有規, 徳久雅人, 木村周平, 奥健太

電子情報通信学会技術研究報告 115(445(NLC2015 44-53)) 19‐23 2016年1月28日
進化的アルゴリズムによるリスク管理を目的とした投資戦略最適化

柿木秀文, 木村周平, 松村幸輝

研究報告アルゴリズム（AL） 2009(9) 1-4 2009年9月8日
線形計画マシンを用いた遺伝子ネットワーク同定：ブートストラップ法による精度推定

木村周平, 松村幸輝

研究報告アルゴリズム（AL） 2009(7) 1-6 2009年9月8日
D-8-19 GoTaggerを用いたGPによる英日翻訳パターンの生成(D-8. 人工知能と知識処理,一般セッション)

爲國有司, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会総合大会講演論文集 2008(1) 127-127 2008年3月5日
D-8-27 多目的進化計算手法による株式投資のポートフォリオ最適化モデル(D-8. 人工知能と知識処理,一般セッション)

柿木秀文, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会総合大会講演論文集 2008(1) 135-135 2008年3月5日
D-8-28 遺伝的プログラミングを用いた日経225オプション価格付け最適化モデル(D-8. 人工知能と知識処理,一般セッション)

河元勝, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会総合大会講演論文集 2008(1) 136-136 2008年3月5日
D-8-21 GPを用いたニューラルネットワークによる顔画像識別(D-8. 人工知能と知識処理,一般セッション)

小田伸也, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会総合大会講演論文集 2008(1) 129-129 2008年3月5日
D-8-20 ファジィAHPにおけるメンバーシップ関数の最適化(D-8. 人工知能と知識処理,一般セッション)

吉野宏章, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会総合大会講演論文集 2008(1) 128-128 2008年3月5日
A-2-14 NGnetを用いた遺伝子ネットワークの同定(A-2.非線形問題,一般講演)

前田英樹, 園田克樹, 山根総一郎, 木村周平, 松村幸輝, 畠山眞里子

電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集 2007 36-36 2007年8月29日
A-13-13 進化計算手法に基づくデリバティブの裁定取引モデル(A-13.思考と言語,一般講演)

河元勝, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集 2007 204-204 2007年8月29日
A-13-14 進化計算手法による投資戦略ポートフォリオの最適化モデル(A-13.思考と言語,一般講演)

柿木秀文, 内海勇介, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集 2007 205-205 2007年8月29日
A-13-15 GPを用いた英日翻訳パターンの生成(A-13.思考と言語,一般講演)

爲國有司, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集 2007 206-206 2007年8月29日
A-20-1 GPを用いたニューラルネットワークのパラメータ調整(A-20.スマートインフォメディアシステム,一般講演)

小田伸也, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会ソサイエティ大会講演論文集 2007 222-222 2007年8月29日
D-8-7 遺伝的プログラミングを用いたオプション取引ポートフォリオモデル(D-8.人工知能と知識処理,一般講演)

種田洋, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会総合大会講演論文集 2007(1) 100-100 2007年3月7日
D-8-6 遺伝的プログラミングを用いた日経225オプション取引における行動戦略の最適化(D-8.人工知能と知識処理,一般講演)

村川剛, 木村周平, 松村幸輝

電子情報通信学会総合大会講演論文集 2007(1) 99-99 2007年3月7日
遺伝子ネットワークのニューラルネットワークモデル同定法の提案

木村周平, 園田克樹, 山根総一郎, 松村幸輝, 畠山眞里子

情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） 2007(21) 79-84 2007年3月5日
ファジィAHP分析を用いたM&Aに伴う企業選定の意思決定モデル

吉野宏章, 木村周平, 松村幸輝

信学会ソサイエティ大会講演論文集, 2007 199-199 2007年
交叉的突然変異による適応的近傍探索 - 騙しのある多峰性関数の最適化 -

高橋治, 木村周平, 小林重信

人工知能学会誌 16(2) 318-318 2001年3月1日

書籍等出版物

Evolutionary Computation in Regulatory Network Research

H.Iba, N.Noman, eds (担当:共著, 範囲:Inference of Vohradsky's Models of Genetic Networks Using Evolutionary Algorithms (pp.96-117))

Wiley 2016年
Design by Evolution - Advances in Evolutionary Design

P.F. Hingston, L.C.Barone, Z.Michalewicz, eds (担当:共著, 範囲:Inference of Genetic Networks using an Evolutionary Algorithm (pp. 31-51))

Springer-Verlag 2008年

共同研究・競争的資金等の研究課題

ランダムフォレストにおける変数重要度の質改善方法の開発とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2026年3月

木村周平
疾病機序理解のための遺伝子ネットワーク数理モデル基盤の構築

文部科学省科学研究費補助金基盤研究A 2018年4月 - 2023年3月

岡田眞里子
ネットワークの階層性を利用した遺伝子ネットワークの同定精度改善に関する研究

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究C 2014年4月 - 2019年3月

木村周平
システム分子育種技術によるタンパク質生産システムの創出

第一三共株式会社創薬共同研究公募(TaNeDS) 2013年2月 - 2015年1月

日下部宜宏
等式制約付き多峰性関数最適化のための進化計算手法を用いた遺伝子ネットワーク同定

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究B 2011年4月 - 2014年3月

木村周平
遺伝子ネットワークのS-systemモデル高速同定法

稲盛財団稲盛財団研究助成金 2008年4月 - 2010年3月

木村周平
正規化ガウス関数ネットワークモデルを用いた遺伝子ネットワーク同定

文部科学省科学研究費補助金若手研究B 2006年4月 - 2008年3月

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