自己免疫性肺胞蛋白症患者の血液から比重遠心法を用いて末梢血単核細胞(PBMC)を分離した。分離したB細胞とビオチン化GM-CSFを反応させ、結合した細胞をGM-CSF反応性B細胞(自己抗体BCR陽性細胞)と考え、抗ビオチン抗体ビーズを用いて磁気分離した。33検体(患者24、健常者3)の解析をおこない、全体のリード数が16万リード、合計クラスターは2万4千クラスターであった。抗体が実際に産生されていると考えられるproductive sequenceの割合は全体の76%を占めた。アイソタイプの違いについて検討し、ほぼ全ての検体においてκ鎖の場合、Vκ1およびVκ3、Lambda鎖の場合、Vλ1、Vλ2、Vλ3のシークエンスが占める割合が高かった。患者検体CDR1の配列において平均連結法を用いてAlignmentおよび樹形図解析をおこなった。GM-CSFに反応するBCR陽性B細胞とGM-CSFに反応しないBCRをもつB細胞のシークエンスの間では、お互いの配列にまったく類似性がなく、自己抗体の軽鎖配列がそれ以外の軽鎖配列と分子レベルで異なることを確認した。