KOBAYASHI Ichizo

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Name
KOBAYASHI Ichizo
Affiliation
The University of Tokyo
Section
Faculty of Medicine
Job title
Professor
Degree
Ph. D. in Pharmacology(The University of Tokyo), Master of Science(The University of Tokyo)

Research Areas

 
 

Academic & Professional Experience

 
 
   
 
Senior Research Associate,, Institute of Molecular Biology, University of Oregon, USA
 
 
   
 
Jean d’Alembert Scholar, University of Paris-Saclay, France
 
 
   
 
, Visiting Professor, Visiting Professor, Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research
 
Apr 1979
   
 
Research Associate, Institute of Medical Science,
 
 
   
 
Professor Emeritus, University of Tokyo
 
Sep 1979
   
 
Post-Doctoral Fellow, Institute of Molecular
 
 
   
 
Biology, University of Oregon, USA
 
Mar 1984
   
 
Assistant Professor, Medical School, University
 
 
   
 
of Tokyo
 
Sep 1988
   
 
Associate Professor, Institute of Medical
 

Education

 
 
 - 
1979
Division of Pharmacology, The University of Tokyo
 
 
 - 
1976
Division of Pharmacology, The University of Tokyo
 
 
 - 
1974
Department of Biophysics and Biochemistry, Faculty of Science, The University of Tokyo
 

Published Papers

 
Zhang Y, Matsuzaka T, Yano H, Furuta Y, Nakano T, Ishikawa K, Fukuyo M, Takahashi N, Suzuki Y, Sugano S, Ide H, Kobayashi I
Nucleic acids research   45(3) 1392-1403   Feb 2017   [Refereed]
Kojima KK, Furuta Y, Yahara K, Fukuyo M, Shiwa Y, Nishiumi S, Yoshida M, Azuma T, Yoshikawa H, Kobayashi I
Molecular biology and evolution   33(11) 2848-2859   Nov 2016   [Refereed]
Yahara K, Furuta Y, Morimoto S, Kikutake C, Komukai S, Matelska D, Dunin-Horkawicz S, Bujnicki JM, Uchiyama I, Kobayashi I
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes   23(2) 135-143   Apr 2016   [Refereed]
Yahara K, Didelot X, Jolley KA, Kobayashi I, Maiden MC, Sheppard SK, Falush D
Molecular biology and evolution   33(2) 456-471   Feb 2016   [Refereed]
Uchiyama I, Albritton J, Fukuyo M, Kojima KK, Yahara K, Kobayashi I
PloS one   11(8) e0159419   2016   [Refereed]
Kojima KK, Kobayashi I
BMC genomics   16 817   Oct 2015   [Refereed]
Furuta Y, Konno M, Osaki T, Yonezawa H, Ishige T, Imai M, Shiwa Y, Shibata-Hatta M, Kanesaki Y, Yoshikawa H, Kamiya S, Kobayashi I
PloS one   10(5) e0127197   May 2015   [Refereed]
Fukuyo M, Nakano T, Zhang Y, Furuta Y, Ishikawa K, Watanabe-Matsui M, Yano H, Hamakawa T, Ide H, Kobayashi I
Nucleic acids research   43(5) 2841-2852   Mar 2015   [Refereed]
Lim K, Kobayashi I, Nakai K
Molecular biology and evolution   31(7) 1728-1740   Jul 2014   [Refereed]
Furuta Y, Namba-Fukuyo H, Shibata TF, Nishiyama T, Shigenobu S, Suzuki Y, Sugano S, Hasebe M, Kobayashi I
PLoS genetics   10(4) e1004272   Apr 2014   [Refereed]
Miyazono K, Furuta Y, Watanabe-Matsui M, Miyakawa T, Ito T, Kobayashi I, Tanokura M
Nature communications   5 3178   Jan 2014   [Refereed]
Mruk I, Kobayashi I
Nucleic acids research   42(1) 70-86   Jan 2014   [Refereed]
DNA Double-strand Breaks and Their Consequences in Bacteria and Their Genomes.
I. Kobayashi, N. Handa, K. Kusano.
Encyclopedia of Life Sciences (eLS)   A21652   2014   [Refereed]
Yahara Koji, Furuta Yoshikazu, Oshima Kenshiro, Yoshida Masaru, Azuma Takeshi, Hattori Masahira, Uchiyama Ikuo, Kobayashi Ichizo
GENES & GENETIC SYSTEMS   88(6) 386   Dec 2013   [Refereed]
Methylome diversification through changes in the sequence specificity of DNA methyltransferases
Furuta Yoshikazu, Namba Hiroe, Shibata Tomoko, Nishiyama Tomoaki, Shigenobu Shuji, Suzuki Yutaka, Sugano Sumio, Hasebe Mitsuyasu, Kobayashi Ichizo
GENES & GENETIC SYSTEMS   88(6) 347   Dec 2013   [Refereed]
[H. pylori genomics].
Kobayashi I
Nihon rinsho. Japanese journal of clinical medicine   71(8) 1352-1367   Aug 2013   [Refereed]
Yahara K, Furuta Y, Oshima K, Yoshida M, Azuma T, Hattori M, Uchiyama I, Kobayashi I
Molecular biology and evolution   30(6) 1454-1464   Jun 2013   [Refereed]
Furuta Y, Kobayashi I
Mobile genetic elements   2(6) 292-296   Nov 2012   [Refereed]
Furuta Y, Kobayashi I
Nucleic acids research   40(18) 9218-9232   Oct 2012   [Refereed]
Lim K, Furuta Y, Kobayashi I
Molecular biology and evolution   29(10) 2937-2948   Oct 2012   [Refereed]
Handa N, Yang L, Dillingham MS, Kobayashi I, Wigley DB, Kowalczykowski SC
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   109(23) 8901-8906   Jun 2012   [Refereed]
Fukuyo M, Sasaki A, Kobayashi I
Scientific reports   2 238   Jan 2012   [Refereed]
Yahara K, Kawai M, Furuta Y, Takahashi N, Handa N, Tsuru T, Oshima K, Yoshida M, Azuma T, Hattori M, Uchiyama I, Kobayashi I
Genome biology and evolution   4(5) 628-640   2012   [Refereed]
Asakura Y, Kojima H, Kobayashi I
Nucleic acids research   39(20) 9034-9046   Nov 2011   [Refereed]
Furuta Y, Yahara K, Hatakeyama M, Kobayashi I
PloS one   6(8) e23499   Aug 2011   [Refereed]
Mruk I, Liu Y, Ge L, Kobayashi I
Nucleic acids research   39(13) 5622-5632   Jul 2011   [Refereed]
Ishikawa K, Handa N, Sears L, Raleigh EA, Kobayashi I
Nucleic acids research   39(13) 5489-5498   Jul 2011   [Refereed]
Kawai M, Furuta Y, Yahara K, Tsuru T, Oshima K, Handa N, Takahashi N, Yoshida M, Azuma T, Hattori M, Uchiyama I, Kobayashi I
BMC microbiology   11 104   May 2011   [Refereed]
Furuta Y, Kawai M, Uchiyama I, Kobayashi I
PloS one   6(4) e18819   Apr 2011   [Refereed]
Takahashi N, Ohashi S, Sadykov MR, Mizutani-Ui Y, Kobayashi I
PloS one   6(1) e16554   Jan 2011   [Refereed]
Furuta Y, Kawai M, Yahara K, Takahashi N, Handa N, Tsuru T, Oshima K, Yoshida M, Azuma T, Hattori M, Uchiyama I, Kobayashi I
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   108(4) 1501-1506   Jan 2011   [Refereed]
Fukuda Eri, Kaminska Katarzyna H., Bujnicki Janusz M., Kobayashi Ichizo
GENOME BIOLOGY   12(11)    2011   [Refereed]
Ishikawa K, Fukuda E, Kobayashi I
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes   17(6) 325-342   Dec 2010   [Refereed]
Birth and death of genes linked to chromosomal inversion
Kobayashi Ichizo, Furuta Yoshikazu, Kawai Mikihiko, Yahara Koji, Takahashi Noriko, Handa Naofumi, Tsuru Takeshi, Oshima Kenshiro, Yoshida Masaru, Azuma Takeshi, Hattori Masahira, Uchiyama Ikuo
GENES & GENETIC SYSTEMS   85(6) 397   Dec 2010   [Refereed]
Khan F, Furuta Y, Kawai M, Kaminska KH, Ishikawa K, Bujnicki JM, Kobayashi I
Nucleic acids research   38(9) 3019-3030   May 2010   [Refereed]
Furuta Y, Abe K, Kobayashi I
Nucleic acids research   38(7) 2428-2443   Apr 2010   [Refereed]
Watanabe M, Miyazono K, Tanokura M, Sawasaki T, Endo Y, Kobayashi I
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)   607 149-160   2010   [Refereed]
Fujitani Y, Kawai J, Kobayashi I
Advances in experimental medicine and biology   680 275-282   2010   [Refereed]
Yahara K, Fukuyo M, Sasaki A, Kobayashi I
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America   106(44) 18861-18866   Nov 2009   [Refereed]
Handa N, Ichige A, Kobayashi I
Microbiology (Reading, England)   155(Pt 7) 2320-2332   Jul 2009   [Refereed]
Ishikawa K, Handa N, Kobayashi I
Nucleic acids research   37(11) 3531-3544   Jun 2009   [Refereed]
Sensitive detection of DNA double-strand breakage and its repair.
I. Kobayashi, N. Handa, M. Kawai, N. Takahashi, E. Fukuda.
Sensitive detection of DNA double-strand breakage and its repair.   25 39-41   2009   [Refereed]
Kaminska KH, Kawai M, Boniecki M, Kobayashi I, Bujnicki JM
BMC structural biology   8 48   Nov 2008   [Refereed]
Tsuru T, Kobayashi I
Molecular biology and evolution   25(11) 2457-2473   Nov 2008   [Refereed]
Ohno S, Handa N, Watanabe-Matsui M, Takahashi N, Kobayashi I
Journal of bacteriology   190(6) 2039-2049   Mar 2008   [Refereed]
Fukuda E, Kaminska KH, Bujnicki JM, Kobayashi I
Genome biology   9(11) R163   2008   [Refereed]
Liu Y, Kobayashi I
Journal of bacteriology   189(19) 6928-6935   Oct 2007   [Refereed]
Yahara K, Horie R, Kobayashi I, Sasaki A
Genetics   176(1) 513-526   May 2007   [Refereed]
Miyazono K, Watanabe M, Kosinski J, Ishikawa K, Kamo M, Sawasaki T, Nagata K, Bujnicki JM, Endo Y, Tanokura M, Kobayashi I
Nucleic acids research   35(6) 1908-1918   Mar 2007   [Refereed]
Chromatin as anti-restriction adaptation: a hypothesis based on restriction enzymes of a novel structure.
I. Kobayashi, K. Ishikawa, M. Watanabe.
Proceedings of International Symposium on Extremophiles and Their Applications   205 167-174   2007   [Refereed]
Hyperthermophilic DNA methyltransferase, M.PabI, from Pyrococcus abyssi.
M. Watanabe, N. Handa, H. Yuzawa, I. Kobayashi.
Proceedings of International Symposium on Extremophiles and Their Applications   205 161-166   2007   [Refereed]
Watanabe M, Yuzawa H, Handa N, Kobayashi I
Applied and environmental microbiology   72(8) 5367-5375   Aug 2006   [Refereed]
Tsuru T, Kawai M, Mizutani-Ui Y, Uchiyama I, Kobayashi I
Molecular biology and evolution   23(6) 1269-1285   Jun 2006   [Refereed]
Mochizuki A, Yahara K, Kobayashi I, Iwasa Y
Genetics   172(2) 1309-1323   Feb 2006   [Refereed]
Kawai M, Uchiyama I, Kobayashi I
DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes   12(6) 389-401   Dec 2005   [Refereed]
Handa N, Kobayashi I
Journal of bacteriology   187(21) 7362-7373   Nov 2005   [Refereed]
Ino A, Naito Y, Mizuguchi H, Handa N, Hayakawa T, Kobayashi I
Genetic vaccines and therapy   3 8   Oct 2005   [Refereed]
Ishikawa K, Watanabe M, Kuroita T, Uchiyama I, Bujnicki JM, Kawakami B, Tanokura M, Kobayashi I
Nucleic acids research   33(13) e112   Jul 2005   [Refereed]
Ino A, Yamamoto S, Kaneda Y, Kobayashi I
The journal of gene medicine   6(11) 1272-1280   Nov 2004   [Refereed]
Death as a principle of symbiosis of genetic elements in a genome - restriction enzymes, chromosomes, and mitochondria.
KOBAYASHI Ichizo
Endocytobiosis and Cell Research   15 36-44   2004
Kusano K, Asami Y, Fujita A, Tanokura M, Kobayashi I
Plasmid   50(3) 202-212   Nov 2003   [Refereed]
Katayama Y, Takeuchi F, Ito T, Ma XX, Ui-Mizutani Y, Kobayashi I, Hiramatsu K
Journal of bacteriology   185(9) 2711-2722   May 2003   [Refereed]
Handa N, Kobayashi I
BMC molecular biology   4 5   Apr 2003   [Refereed]
Roberts RJ, Belfort M, Bestor T, Bhagwat AS, Bickle TA, Bitinaite J, Blumenthal RM, Degtyarev SKh, Dryden DT, Dybvig K, Firman K, Gromova ES, Gumport RI, Halford SE, Hattman S, Heitman J, Hornby DP, Janulaitis A, Jeltsch A, Josephsen J, Kiss A, Klaenhammer TR, Kobayashi I, Kong H, Krüger DH, Lacks S, Marinus MG, Miyahara M, Morgan RD, Murray NE, Nagaraja V, Piekarowicz A, Pingoud A, Raleigh E, Rao DN, Reich N, Repin VE, Selker EU, Shaw PC, Stein DC, Stoddard BL, Szybalski W, Trautner TA, Van Etten JL, Vitor JM, Wilson GG, Xu SY
Nucleic acids research   31(7) 1805-1812   Apr 2003   [Refereed]
Fujitani Y, Kobayashi I
Journal of theoretical biology   220(3) 359-370   Feb 2003   [Refereed]
Molecular Microbiology   in press    2003
Takahashi N, Naito Y, Handa N, Kobayashi I
Journal of bacteriology   184(22) 6100-6108   Nov 2002   [Refereed]
A reaction-diffusion model for interference in meiotic crossing over.
Fujitani Y, Mori S, Kobayashi I
Genetics   161(1) 365-372   May 2002   [Refereed]
Whole genome sequencing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
M. Kuroda, T. Ohta, I. Uchiyama, T. Baba, H. Yuzawa, I. Kobayashi, L. Cui, A. Oguchi, K. Aoki, Y. Nagai, J. Lian, T. Ito, M. Kanamori, H. Matsumaru, A. Maruyama, H. Murakami, A. Hosoyama, Y. Mizutani-Ui, N. K. Takahashi, T. Sawano, R. Inoue, C. Kaito, K. Sekimizu, H. Hirakawa, S. Kuhara, S. Goto, J. Yabuzaki, M. Kanehisa, A. Yamashita, K. Oshima, K. Furuya, C. Yoshino, T. Shiba, M. Hattori, N. Ogasawara, H. Hayashi, K. Hiramatsu.
The Lancet   357 1225-1240   2001   [Refereed]
Behavior of restriction-modification systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution.
KOBAYASHI Ichizo
Nucleic Acids Research   29 3742-3756   2001   [Refereed]
Sex as a strategy against “non-self” genetic elements.
KOBAYASHI Ichizo
Journal of Reproduction and Development   46 s7-s8   2000   [Refereed]
Gene targeting with a replication-defective adenovirus vector
78. Fujita, K. Sakagami, Y. Kanegae, I. Saito, I. Kobayashi.
Journal of Virology   69,6180-6190    1995   [Refereed]
T. Naito, K. Kusano, I. Kobayashi.
Science   267,897-899    1995   [Refereed]
N. Takahashi, I. Kobayashi.
Proc. Natl. Acad. Sci. USA   87,2790-2794    1990   [Refereed]

Misc

 
ラテンアメリカの「ピロリ菌と胃がん」研究
KOBAYASHI Ichizo
日本ヘリコバクター学会誌      2019
ピロリ菌研究の最先端:HPI-2018 に参加して
KOBAYASHI Ichizo
Helicobacter Research      2019   [Refereed]
福世真樹, 矢野大和, 矢野大和, 矢原耕史, 今野武津子, 柴田朋子, 柴田朋子, 重信秀治, 内山郁夫, 小林一三, 小林一三, 小林一三
日本遺伝学会大会プログラム・予稿集   90th 113   Aug 2018
小林一三, 小林一三
日本ヘリコバクター学会学術集会プログラム・抄録集   24th 67   May 2018
小林一三, 小林一三, 小林一三
日本ヘリコバクター学会誌   20(1) 8‐19-19   May 2018
小林一三, 高橋規子, 福世真樹, 矢野大和, 矢原耕史, 内山郁夫
日本ゲノム微生物学会年会要旨集   12th 57   Mar 2018
小林一三, 小林一三, 小林一三, 小林一三
種生物学研究   (39) 167‐183   Feb 2017
小林一三, 小林一三
化学と生物   54(7) 493‐499   Jun 2016
ゲノム解析手法の最前線 「一分子リアルタイムシーケンサー」によるメチローム解読
小林 一三
日本細菌学雑誌   71(1) 13-13   Feb 2016
世界をリードするH. pylori ゲノムサイエンス
KOBAYASHI Ichizo
Helicobacter Research   20 444-446   2016   [Invited]
【Helicobacter pylori update-的確なHp除菌治療を目指して-】 H.pylori基礎研究の最新知見 ゲノムからみるピロリ菌
小林 一三
日本臨床   71(8) 1352-1367   Aug 2013
Helicobacter pylori Q&A(No.169) 日本のH.pyloriは海外のH.pyloriとどう違うのでしょうか?
南波 宏枝, 小林 一三
Helicobacter Research   16(4) 344-347   Aug 2012
日本のピロリ菌 発癌細菌の素顔がいま明らかに(最終回) タンパク質のドメイン間での配列の移動(DoMo) 新しい遺伝子多様化機構とエピゲノム単位の進化
古田 芳一, 小林 一三
細胞工学   31(4) 474-479   Mar 2012
ピロリ菌エピジェネティックス遺伝子の東西比較から発見された「遺伝子内ドメイン移動によるタンパク多様化」
古田 芳一, 河合 幹彦, 内山 郁夫, 小林 一三
日本ヘリコバクター学会誌   13(2) 36-39   Jan 2012
タンパク機能は全アミノ酸配列中のドメインの種類やその組み合わせにより規定される。我々は、一つの遺伝子中の2つのドメインの間を配列が行き来することにより、タンパク機能を多様化する機構である「ドメイン移動(Domain Movement;DoMo)」をピロリ菌のI型制限修飾系にて発見した。この機構により制限修飾系の認識配列が多様化することで、修飾酵素がメチル化修飾するDNAサイトが多様化すると考えられ、これにより様々なエピゲノム状態を持ったピロリ菌が集団中に存在することとなる。このことがピロリ...
日本のピロリ菌:ゲノムから見た特徴.
KOBAYASHI Ichizo
14 29-44   2012   [Invited]
ピロリ菌日本系統ゲノム 超悪玉(?)発癌細菌の素顔
小林 一三
Helicobacter Research   15(6) 542-550   Dec 2011
私たちは、ピロリ菌日本株の全ゲノム配列を解読し、他地域の株のものと詳しく比較しました。病原因子や外膜タンパク質などヒトと相互作用するものだけでなく、代謝の基本である電子の流れ(酸化還元反応)、ゲノム・プロテオーム維持、DNAメチル化によるエピジェネティクスも大きく変わっていました。これらの違いをもたらした新しいゲノム進化のしくみを二つ発見しました。日本で出会うピロリ菌東アジア系列は、基礎研究で使われてきた西側のものとは、別の生き物と考えておいたほうが良いかもしれません。(著者抄録)
日本のピロリ菌 発癌細菌の素顔がいま明らかに 遺伝子の誕生と崩壊の新しい仕組み 逆位を伴う重複
小林 一三, 古田 芳一, 河合 幹彦
細胞工学   31(1) 90-97   Dec 2011
【Helicobacter pyloriの遺伝子を用いた研究 病原因子から分子疫学まで】 Helicobacter pylori(ピロリ菌)の全ゲノム解読からわかること
小林 一三
Helicobacter Research   14(4) 265-272   Aug 2010
個々の遺伝子の機能を解明するアプローチと相補的なのが、全遺伝情報の相互作用のシステムとしてひとつの生命体を理解しようというものである。それによってはじめて、どのようにヒトとの長い共進化を経てHelicobacter pylori(H.pylori)とりわけその日本系統という独自な生き物が成立したのか、そして、それらがどのように食物など環境因子のなかでヒトと相互作用し胃癌などの病態をもたらしているのかを、明確にかつ詳細に理解できるのではないだろうか。このような見通しのもとに、われわれは、H....
超利己的遺伝子の自律的進化 ホーミング・エンドヌクレアーゼ遺伝子は閉じた集団でどう生き延びるか
矢原 耕史, 小林 一三
細胞工学   29(2) 190-195   Jan 2010
ホーミング・エンドヌクレアーゼ遺伝子は、減数分裂時に、まだ自分と同じ遺伝子がサイトに入っていない相同なゲノムと出会うと、そのエンドヌクレアーゼによってからサイトを切断したうえで、ホスト細胞の修復機構を利用して自分自身を相同なゲノムにコピーし、その頻度を上昇させる。このためホーミング・エンドヌクレアーゼ遺伝子は、集団中で急速に広まるが、広まり過ぎた結果、新たなコピー先が見つからず、一転して消失に向かう。最近、菌類のある遺伝子にコードされたホーミング・エンドヌクレアーゼが、種間の水平伝達なしに...
日本分離ピロリ菌4株の全ゲノム解読と種内比較解析についてのプログレス・レポート
小林 一三, 河合 幹彦, 矢原 耕史, 古田 芳一, 鶴 剛史, 高橋 規子, 半田 直史, 吉田 優, 大嶋 健志朗, 内山 郁夫, 東 健, 服部 正平
日本ヘリコバクター学会誌   11(2) 31-38   Jan 2010
高い胃がん発症率など、我が国でのピロリ菌感染の様相は、我が国のピロリ菌に特有の遺伝子型に関係していることが、一部の遺伝子については示唆されている。我が国のピロリ菌複数株の全ゲノム配列を解読し、他の株のものと比較することは、それらの進化、生物学、病態を理解する基礎となるだろう。まず、胃がんなどからの4株について、高精度に完全ゲノム配列を決定し、非日本株6株のゲノム配列と比較した。日本株に特有な遺伝子、日本株に無い遺伝子が同定された。コアゲノム構造からは、従来のMLST法よりも確かな系統樹が得...
【生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線 DNA解析からRNA・タンパク質の機能解明、エピジェネティクス研究、システム生物学と誰もが使う文献検索の新機能】 文献検索とゲノム言語 ゲノム言語の学際的研究 近縁複数全ゲノム配列比較によるゲノム進化ダイナミクスの解明
小林 一三
実験医学   26(7) 1182-1185   May 2008
制限酵素が回文配列を切断することが多い理由
石川 健, 小林 一三
日本医事新報   (4384) 95-97   May 2008
【ゲノムサイエンスの新たなる挑戦】 ゲノムの機能解析から生命の多様性に迫る 微生物ゲノム ゲノム比較 ゲノムをつくり換えていた制限酵素修飾酵素遺伝子
小林 一三
蛋白質・核酸・酵素   46(16) 2393-2399   Dec 2001
制限酵素は病原体である 制限修飾遺伝子の"動く遺伝子"としての活動とゲノムの防御と多型
小林 一三
細胞工学   18(12) 1846-1857   Nov 1999
ゲノムにとっての自己と非自己
半田 直史, 小林 一三
臨床免疫   31(2) 222-227   Feb 1999
臨床遺伝子学'97 遺伝子診断 基礎から臨床へ 死をプログラムする利己的遺伝子
半田 直史, 小林 一三
最新医学   52(増刊) 2057-2064   Oct 1997
死をプログラムする細菌の遺伝子
半田 直史, 小林 一三
BIO Clinica   12(5) 352-355   May 1997
相同組換えの機序と遺伝子治療への応用
半田 直史, 小林 一三
治療学   31(4) 429-433   Apr 1997
アポトーシスの制御機構(2) 制限修飾酵素によるプログラム細胞死
内藤 泰宏, 小林 一三
Surgery Frontier   3(3) 268-270   Sep 1996
遺伝子ターゲティングのメカニズムとその効率化 "遺伝子の治療"をめざして
小林 一三
蛋白質・核酸・酵素   40(17) 2645-2653   Dec 1995
分子進化学の新展開 "利己的な遺伝子"単位としての制限酵素メチル化酵素系
小林 一三
細胞工学   14(9) 1015-1023   Sep 1995
遺伝子治療の基礎と臨床 遺伝子ターゲッティングによる「遺伝子の治療」の実現へ向けて
小林 一三
最新医学   50(増刊) 1718-1730   Sep 1995
プログラム細胞死と「利己的な遺伝子」 制限酵素はなぜあるのか
内藤 拓, 小林 一三
実験医学   13(12) 1444-1447   Aug 1995
制限酵素はなぜあるのか?
小林 一三
生化学   67(7) 574-574   Jul 1995
相同組換え法による「遺伝子の治療」をめざして
小林 一三, 藤田 亜弓
造血因子   5(4) 424-432   Oct 1994
臨床分子生物学の基礎知識 遺伝子発現と細胞増殖 in vivoの遺伝子組換え
小林 一三
日本臨床   52(特別 臨床分子生物学) 39-52   Sep 1994
遺伝子治療とホモロガスリコンビネーション
小林 一三
日本臨床   49(5) 1188-1195   May 1991
相同的組換えの全体像 二重鎖切断修復モデル
小林 一三
細胞工学   9(4) 269-279   Apr 1990
生物の遺伝子を交換する方法
小林 一三
バイオサイエンスとインダストリー   48(1) 31-35   Jan 1990
細菌ウイルス(バクテリオファージ)
小林 一三
からだの科学 増刊   (増刊19) 32-37   Mar 1987
ファージDNAのinvitroパッケージ生物活性をもつDNAを検出するための新しい方法
小林一三, 池田日出男
生化学   50(3) 194-197   Mar 1978

Books etc

 
エピジェネティクスの生態学-環境に応答して遺伝子を調節するしくみ-
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor, 進化の単位としてのエピゲノム: 配列特異性を変える細菌のDNAメチル化系からの仮説.)
文一総合出版   2017   
Helicobacter pylori Research - From Bench to Bedside
KOBAYASHI Ichizo (Part:Joint Work, Genome evolution: Helicobacter pylori as an extreme model.)
Springer Tokyo   2016   
Stress and Environmental Control of Gene Expression in Bacteria
KOBAYASHI Ichizo (Part:Joint Work, Epigenetics mediated by restriction-modification systems)
Wiley   2016   
Bacterial Integrative Mobile Genetic Elements.
Y. Furuta, I. Kobayashi. (Part:Contributor, Restriction-modification systems as mobile epigenetic elements.)
Landes Bioscience (also [NCBI bookshelf])   2013   
行動生物学辞典
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor)
2013   
進化
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor, 遺伝子にハマって進化する.)
岩波書店   2012   
Advances in Computational Biology
Y. Fujitani, J. Kawai, I. Kobayashi. (Part:Contributor, Random-Walk Mechanism in the Genetic Recombination.)
Springer   2010   
Cell-free Protein Production: Methods and Protocols (Series: Methods in Molecular Biology 607)
M. Watanabe-Matsui, K. Miyazono, M. Tanokura, T. Sawasaki, Y. Endo, I. Kobayashi. (Part:Contributor, Cell-free protein synthesis for structure determination by X-ray crystallography.)
Humana Press   2010   
生命研究への応用と開発が進むバイオデータベースとソフトウェア最前線
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor, 近縁複数全ゲノム配列比較によるゲノム進化ダイナミクスの解明.)
羊土社   2008   
遺伝子とゲノムの進化 (シリーズ 進化学 (2))
藤 博幸, 小林 一三, 川島 武士, 植田 信太郎 (Part:Contributor, ゲノムはなぜ変わるのか:原核生物を中心に.)
岩波書店   Nov 2005   ISBN:4000069225
Survival and Death in Bacteria.
S. Gautam, A. Sharma, I. Kobayashi. (Part:Contributor, Programmed Cell Death in Microorganisms.)
Research Signpost   2005   
Restriction endonucleases.
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor, Restriction-modification systems as minimal forms of life.)
Springer   2004   
Plasmid Biology.
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor, Genetic addiction - a principle in symbiosis of genes in a genome.)
ASM Press   2004   
Genome Science -- Towards a new paradigm?
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor, Life cycle of restriction-modification systems, powers in genome evolution.)
Elsevier Science   2003   
Genome Informatics 2001.
KOBAYASK. Nakao, A. Chinen, A. Nobusato, Y. Fujitani, I. Uchiyama, I. Kobayashi. (Part:Contributor, Relation between restriction modification genes and genome rearrangements suggested from genome sequence comparison within Genus Neisseria.)
Universal Academy Press   2001   
Genome Informatics 2000.
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor, CGAT: Comparative Genome Analysis Tool for Closely Related Microbial Genomes.)
Universal Academy Press   2000   
International Collection for Microbiology Teaching and Learning.
KOBAYASHI Ichizo (Part:Contributor, Action of restriction modification systems)
American Society for Microbiology   2000   
Genome Informatics
A. Chinen, I. Uchiyama, I. Kobayashi. (Part:Contributor, 25. A. Chinen, I. Uchiyama, I. Kobayashi. Association of Putative Restriction Modification Geneswith Large Genome Polymorphisms Suggested from Comparison of Pyrococcus horikoshii and Pyrococcus abyssi Genome Sequences.)
2000   

Conference Activities & Talks

 
Base-excising Restriction Enzymes [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
International Workshop on Pathogenesis and Host Response in Helicobacter Infections   Jul 2018   
H. pylori Genome and Methylome Evolution. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
International Symposium of Helicobacter pylori infection and Gastric Cancer   Apr 2018   
Epigenetic views of life and evolution: evidence from genomics, methylomics and transcriptomics in bacteria. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
University of Bologna, Bologna, Italy   Nov 2017   
Epigenetic views of life and evolution: evidence from genomics, methylomics and transcriptomics in bacteria
KOBAYASHI Ichizo
University of Lisbon   Oct 2017   
Epigenome-based adaptive evolution hypothesis: Evidence from genome, methylome, transcriptome and phenotype analyses
KOBAYASHI Ichizo
ProkaGENOMICS 2017   Sep 2017   
Epigenome-based adaptive evolution hypothesis: evidence from genome, methylome, transcriptome and phenotype analyses in H. pylori
KOBAYASHI Ichizo
EHMSG 2017   Sep 2017   
Epigenome-based adaptive evolution? [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
GEM: Genome Evolution at Mishima   Mar 2017   
Evolution driven by selfish epigenetic elements
KOBAYASHI Ichizo
Institut Pasteur   Nov 2016   
Genome and epigenome evolution in H. pylori
KOBAYASHI Ichizo
HPI2016   Jul 2016   
Adaptive evolution driven by self-recognizing epigenetic elements?
KOBAYASHI Ichizo
Centre de Recherches Interdisciplinaires   Mar 2016   
Seminar
KOBAYASHI Ichizo
Uniwersytet im. Adama Mickiewicza   2016   
Genome/Epigenome Dynamics in Bacterial Evolution [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
MCB75: Molecules to organisms   Dec 2015   
Genome and epigenome evolution of H. pylori. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
18th International Workshop on Campylobacter, Helicobacter, and Related Organisms (CHRO 2015)   Nov 2015   
Adaptive evolution and ever metamorphosing DNA methylation systems
• Hirokazu Yano, Yoshikazu Furuta, Zobaidul M. Alam, Emiko Rimbara, Hiroe Namba-Fukuyo, Tomoko Shibata, Tomoaki Nishiyama, Shuji Shigenobu, Mitsuyasu Hasebe, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Keigo Shibayama, ○Ichizo Kobayashi
7th NEB Meeting on DNA Restriction and Modification   Aug 2015   
H. pylori evolution [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
VI International Symposium of Helicobacter pylori: natural history and implications for human health   Dec 2014   
Genome/methylome evolution in H. pylori: oncogenic bacteria [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Center for Disease Control of China   Oct 2014   
Evolution of H. pylori
KOBAYASHI Ichizo
11th International Workshop on Pathogenesis and Host Response in Helicobacter Infections   Jul 2014   
Epigenetics-driven evolution
KOBAYASHI Ichizo
Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology   Jul 2014   
Methylome dynamics in H. pylori
KOBAYASHI Ichizo
EHSG2014 XXVIth International Workshop on Helicobacter and related bacteria in chronic digestive inflammation and gastric cancer   2014   
Epigenetics in evolution [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Commemorative Symposium for the 29th International Prize for Biology   Nov 2013   
Methylome diversification through changes in the sequence specificity of DNA methyltransferases
KOBAYASHI Ichizo
Infectious Disease Genomics & Global Health 2013   Oct 2013   
Chromosome painting in silico in a bacterial species reveals fine population structure
• K. Yahara, Y. Furuta, K. Oshima, M. Yoshida, T. Azuma, M. Hattori, I. Uchiyama, ○I. Kobayashi
EHSG2013 XXVth International Workshop on Helicobacter and related bacteria in chronic digestive inflammation and gastric cance   Sep 2013   
From epigenetics-driven evolution to epigenome engineering [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
France-Japan seminar: BioInspired Methods & Applications   Feb 2013   
Mobility of restriction-modification systems and their domains
KOBAYASHI Ichizo
International Conference on Nucleic Acid Enzymes and Enzymes in Human Diseases (NAEEHD)   2013   
Why restriction enzymes? Restriction-modification, epigenetic powers driving evolution. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Special Cold Spring Harbor Laboratory meeting hosted by CSHL Genentech Center for the History of Molecular Biology and Biotechnology, History of restriction enzymes   2013   
Genome-wide survey of mutual homologous recombination in H. pylori.
KOBAYASHI Ichizo
10th International Workshop on Pathogenesis and Host Response in Helicobacter Infections   Jul 2012   
Evolutionary genome dynamics revealed by microbial genome comparison [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Tokyo University of Agriculture International Symposium “Genome Research: Current Challenges and Future Directions   2012   
Genome comparison of Helicobacter pylori strains from the West and the Far East
KOBAYASHI Ichizo
EHSG XXIVth International Workshop on Helicobacter and related bacteria in chronic digestive inflammation and gastric cancer   Sep 2011   
Biology of restriction-modification systems [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Nucleic Acid Enzymes & Enzymes in Human Disease   Jun 2011   
Evolutionary genome dynamics revealed by comparison of Japanese and other Helicobacter pylori complete genomes [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
International Union of Microbiological Societies 2011 Congress (IUMS2011)   2011   
Selfish restriction systems switching on bacterial death program
KOBAYASHI Ichizo
6th New England Biolabs Meeting on DNA Restriction and Modification   Aug 2010   
East Asian Helicobacter pylori Genomes: Co-evolution with their Human Host
Mikihiko Kawai, Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Takeshi Tsuru, Naofumi Handa, Noriko Takahashi, Kenshiro Oshima, Masaru Yoshida, Takeshi Azuma, Masahira Hattori, Ikuo Uchiyama, ○Ichizo Kobayashi
BGI-Global COE Workshop on Bioinformatics in the Era of "Genome Information Big Bang"   Nov 2009   
Selfish genes vs. genome: Roles of selfish DNase genes programming deaths.
KOBAYASHI Ichizo
17th Annual Microbial Genomics Conference   Oct 2009   
Selfish DNases programming bacterial deaths [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
National Cancer Institute, NIH, Bethesda, USA   Apr 2009   
Restriction-modification systems as selfish mobile elements: Novel structure and regulation. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Enzyme Engineering Conference   Jul 2007   
DNA double-strand breaks, or why we die and evolve
KOBAYASHI Ichizo
The 1st Oregon Symposium on Genetics   Jul 2007   
Genetic addiction: A strategy for persistent infection. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
The 3rd International Symposium on Transmission Models for Infectious Diseases   Jan 2007   
Restriction-modification systems as selfish mobile elements
KOBAYASHI Ichizo
ASM Conference on Mobile DNA   Feb 2006   
Discovery of a novel restriction endonuclease from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi by genome comparison and a wheat-germ-based cell-free translation assay.
KOBAYASHI Ichizo
International Symposium on Extremophiles and their Applications   Nov 2005   
Restriction-modification systems as minimal forms of life. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
5th New England Biolabs Meeting on Restriction/Modification   Sep 2004   
Cell cycle arrest (or cell death) = Principle of gene symbiosis in the genome [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
The 5th UK-Japan Cell Cycle Workshop   Apr 2004   
Principle of symbiosis of genes in a community called a genom [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
50th Annual Meeting of the Ecological Society of Japan   Mar 2003   
Altruistic deaths programmed by selfish genes --- insights from bacteria. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
XIV IUSSI (Internatinal Congress of International Union for the Study of Social Insects)   Jul 2002   
Restriction-modification: Power in genome evolution [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Plasmid Biology 2002   Jun 2002   
Restriction-modification: Selfish mobile elements that have shaped the genome.
KOBAYASHI Ichizo
University of California, San Francisco   Jun 2002   
Restriction-modification: epigenetic parasites shaping the genome of pathogenic bacteria [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
NIH Symposium EPIGENETICS IN HUMAN DISEASE   May 2002   
Restriction-modification: selfish mobile elements that have maintained and rearranged bacterial genomes. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Symposium on Evolutionary Genomics: New Paradigm of Biology in the 21st Century   Nov 2001   
Sex as a strategy against SELFISH genetic elements --- Lessons from microbial worlds. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
17th Kyoto Prize Workshop   Nov 2001   
Selfish maintenance and amplification of Bam HI restriction-modification gene complex on Bacillus subtilis chromosome [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
8th INTERNATIONAL CONFERENCE ON ENVIRONMENTAL MUTAGENS "Environmental Mutagenesis -Research for the New Millennium"   Oct 2001   
Amplification of a selfish restriction modification gene complex [Invited]
Principle of symbiosis of genes in a community called a genom
International Seminar: Bacterial Cell Cycle 2001   Sep 2001   
DNA restriction-modification: Selfish mobile elements that have shaped bacterial genomes. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
IUBMB (International Union of Biochemistry and Molecular Biology) Symposium " DNA Enzymes: Structures and Mechanisms"   Dec 2000   
DNA restriction-modification: Selfish mobile elements that have maintained and rearranged bacterial genomes. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
Plasmid Biology 2000   Sep 2000   
Sex as a strategy against "non-self" genetic elements --- insights from microbial worlds. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
International symposium on the evolution of sex --- in memory of Bill Hamilton   Aug 2000   
Restriction enzymes, or their selfish genes, have deconstructed bacterial genomes. [Invited]
KOBAYASHI Ichizo
EMBO workshop "Mechanisms and Consequences of Genetic Recombination"   May 2000   
Insertion with long target duplication mediated by restriction-modification genes: a novel mechanism of bacterial gene mobility suggested from genome comparison [Invited]
• Ayaka Nobusato, Ikuo Uchiyama, Seishi Ohashi, ○Ichizo Kobayashi.
Evolution 2000   Mar 2000   
Selfish genes into a genome society
KOBAYASHI Ichizo
NIMBioS (National Institute for Mathematical Biology and Synthesis) Workgroup on Intragenomic conflicts   

Research Grants & Projects

 
DNA break repair and recombination
Principles in genome organization and genome evolution
Restriction-modification gene complexes as selfish, mobile elements shaping the genome