共同研究・競争的資金等の研究課題

2016年 - 2018年

日本全域を網羅する大腸菌O157の時空間系統ゲノミクスと高リスク系統の探索

日本学術振興会  科学研究費助成事業  基盤研究(B)

課題番号
16H05190
体系的課題番号
JP16H05190
担当区分
研究代表者
配分額
(総額)
17,680,000円
(直接経費)
13,600,000円
(間接経費)
4,080,000円
資金種別
競争的資金

2005・2010・2015年の各年に国内で分離されたヒト由来O157株をほぼ網羅する2354株と1996年から2017年に19都道府県で分離されたウシ由来株271株のドラフト配列を取得し、O157のコアゲノム領域に存在する全SNPを同定した。これを用いて、高精度系統解析を行った結果、我が国における優勢亜系統の存在とそのターンオーバーを確認した。また、Stx2ファージの新規サブタイピング法を開発し、各亜系統でのサブタイプの違いとサブタイプの変化を明らかにした。現在、臨床情報とゲノム情報の統合等を行い、高リスククローンの同定と動態解明を進めている。

リンク情報
KAKEN
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16H05190
ID情報
  • 課題番号 : 16H05190
  • 体系的課題番号 : JP16H05190