がんワクチン療法においては、がん細胞における腫瘍抗原ペプチドのHLA class I分子上の発現が必須の要素となる。そこで、質量解析技術を用いて腫瘍組織から腫瘍抗原Wilms’ Tumor-1 (WT1)の抗原性ペプチドの検出と定量を試みた。
WT1とHLA-A24を発現するヒト膵癌細胞株のzenograft腫瘍組織を作成した。腫瘍組織からHLA class I分子に結合した抗原性ペプチドを分離しLC/MS/MSで解析したところ、WT1の抗原性ペプチドのイオンピークが検出され定量も可能であった。また、Mass Imaging法によりWT1抗原性ペプチドの存在を示すスポットが検出された。