巽理恵 (Rie Tatsumi) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学蛋白質研究所助教

学位: 博士（理学）(大阪大学)

J-GLOBAL ID: 202101012536294637
researchmap会員ID: R000023197

研究キーワード

タンパク質デザイン

経歴

2023年 - 現在

大阪大学, 蛋白質研究所, 助教
2018年 - 2023年

自然科学研究機構生命創成探究センター特任研究員
2015年 - 2018年

分子科学研究所協奏分子システム研究センター特任研究員
2008年 - 2014年

ワシントン大学生化学科研究員
2007年 - 2007年

京都大学理学研究科生物科学専攻生物物理教室特別研究員
2005年 - 2007年

神戸大学理学部化学科特別研究員
2002年 - 2005年

生物情報解析研究センター特別研究員
1999年 - 2002年

日本学術振興会特別研究員（DC1)

学歴

1997年 - 2002年

大阪大学大学院理学研究科物理学専攻

論文

Development and Production of Moderate-Thermophilic PET Hydrolase for PET Bottle and Fiber Recycling

Takashi Matsuzaki, Toshiyuki Saeki, Fuhito Yamazaki, Natsuka Koyama, Tatsunori Okubo, Daiki Hombe, Yui Ogura, Yoshihito Hashino, Rie Tatsumi-Koga, Nobuyasu Koga …

ACS Sustainable Chemistry & Engineering 2025年7月14日
Inventing Novel Protein Folds.

Nobuyasu Koga, Rie Tatsumi-Koga

Journal of molecular biology 168791-168791 2024年9月12日
Design of complicated all-α protein structures

Koya Sakuma, Naohiro Kobayashi, Toshihiko Sugiki, Toshio Nagashima, Toshimichi Fujiwara, Kano Suzuki, Naoya Kobayashi, Takeshi Murata, Takahiro Kosugi, Rie Tatsumi-Koga …

Nature Structural & Molecular Biology 2024年1月4日査読有り
Exploration of novel αβ-protein folds through de novo design

Shintaro Minami, Naohiro Kobayashi, Toshihiko Sugiki, Toshio Nagashima, Toshimichi Fujiwara, Rie Tatsumi-Koga, George Chikenji, Nobuyasu Koga

Nature Structural & Molecular Biology 2023年7月3日査読有り
Role of backbone strain in de novo design of complex α/β protein structures.

Nobuyasu Koga, Rie Koga, Gaohua Liu, Javier Castellanos, Gaetano T Montelione, David Baker

Nature communications 12(1) 3921-3921 2021年6月24日査読有り筆頭著者
Robust folding of a de novo designed ideal protein even with most of the core mutated to valine

Rie Koga, Mami Yamamoto, Takahiro Kosugi, Naohiro Kobayashi, Toshihiko Sugiki, Toshimichi Fujiwara, Nobuyasu Koga

Proceedings of the National Academy of Sciences 117(49) 31149-31156 2020年12月8日査読有り筆頭著者責任著者
Consistency principle for protein design.

Koga R, Koga N

Biophysics and physicobiology 16 304-309 2019年11月査読有り筆頭著者責任著者
Networks of electrostatic and hydrophobic interactions modulate the complex folding free energy surface of a designed βα protein

Basak, S., Paul Nobrega, R., Tavella, D., Deveau, L.M., Koga, N., Tatsumi-Koga, R., Baker, D., Massi, F., Robert Matthews, C.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(14) 6806-6811 2019年3月査読有り
Control over overall shape and size in de novo designed proteins

Lin, Y.-R., Koga, N., Tatsumi-Koga, R., Liu, G., Clouser, A.F., Montelione, G.T., Baker, D., DeGrado, W.F.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 112(40) E5478-E5485 2015年9月査読有り
Forced protein unfolding leads to highly elastic and tough protein hydrogels.

Fang J, Mehlich A, Koga N, Huang J, Koga R, Gao X, Hu C, Jin C, Rief M, Kast J …

Nature communications 4 2013年1月査読有り
Principles for designing ideal protein structures

Koga, N., Tatsumi-Koga, R., Liu, G., Xiao, R., Acton, T.B., Montelione, G.T., Baker, D.

Nature 491(7423) 222-227 2012年11月査読有り筆頭著者
A hybrid method of molecular dynamics and harmonic dynamics for docking of flexible ligand to flexible receptor

Rie Tatsumi, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura

Journal of Computational Chemistry 25(16) 1995-2005 2004年10月査読有り筆頭著者責任著者
Origin of the designability of protein structures

Rie Tatsumi, George Chikenji

Physical Review E 60(4) 4696-4700 1999年10月1日査読有り筆頭著者責任著者

MISC

物理化学と経験的ルールに基づくde novoデザイン

古賀信康, 巽理恵

実験医学 43(15) 2431-2436 2025年9月招待有り最終著者
2024年ノーベル化学賞：計算によるタンパク質の設計と構造予測

古賀信康, 巽理恵

現代化学 645(12) 17-20 2024年12月招待有り筆頭著者責任著者
2024年のノーベル化学賞：計算によるタンパク質の設計―自然界に存在しない構造と機能―

古賀信康, 巽理恵

化学 79(12) 24-26 2024年12月招待有り筆頭著者責任著者
タンパク質の新常識 4.de novoデザインタンパク質-生物がもたないタンパク質を設計できる時代

古賀理恵, 小杉貴洋, 古賀信康

実験医学 40(12) 2022年8月招待有り筆頭著者責任著者
理論・計算化学による生体分子の機能解明 1 タンパク質の合理設計技術開発

古賀理恵, 古賀信康

化学と工業 74(8) 576-578 2021年8月招待有り筆頭著者責任著者
整合性原理に基づくタンパク質デザイン

古賀理恵, 古賀信康

生物物理 60(6) 325-330 2020年12月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
高速・高精度なMagROによるNMR構造解析の完全自動化

小林直宏, 杉木俊彦, 南慎太朗, 佐久間航也, 長島敏雄, 児嶋長次郎, 藤原敏道, 小杉貴洋, 古賀理恵, 古賀信康 …

Abstracts. Annual Meeting of the NMR Society of Japan 59th 2020年
再定義されるタンパク質の常識合理デザインによる新規タンパク質の創出:現状とその可能性

小杉貴洋, 古賀理恵, 古賀信康

実験医学 37(18) 2019年11月招待有り筆頭著者責任著者
計算機でゼロからタンパク質をデザイン望みのタンパク質分子のテーラーメイド創出を目指して

古賀理恵, 古賀信康

化学 71(3) 2016年3月招待有り筆頭著者責任著者
生命動態システム科学 III.合成生物学 3.摂動技術(3)タンパク質を創って理解する

古賀信康, 古賀理恵

生体の科学 65(5) 2014年9月招待有り筆頭著者責任著者
理想タンパク質構造の設計原理

古賀(巽)理恵, 古賀信康

生物物理 53(4) 2013年7月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
2P145 分子動力学シミュレーションによるモータータンパク質KIF1Aの運動機構の解析(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)

桑田豪志, 岡崎圭一, 巽理恵, 古賀信康, 高田彰二

生物物理 47 S149 2007年
The Relation among Thermodynamic Stability, Folding Dynamics, and Designability :

TATSUMI Rie, CHIKENJI George, AKUTSU Yasuhiro, KIKUCHI Macoto

Progress of theoretical physics. Supplement 138(138) 420-421 2000年4月筆頭著者責任著者

共同研究・競争的資金等の研究課題

Designabilityの観点から見たタンパク模型の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 1999年 - 2001年

巽理恵

巽理恵

基本情報

研究キーワード

経歴

学歴

論文

MISC

共同研究・競争的資金等の研究課題

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