林周斗 (Shuto Hayashi) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学総合研究院難治疾患研究所計算システム生物学分野准教授
: 川崎市産業振興財団ナノ医療イノベーションセンター特任研究員

学位: 博士（情報理工学）(2019年3月東京大学)

連絡先: hayashi.s.b51fm.isct.ac.jp
研究者番号: 30902332
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-1623-0738
J-GLOBAL ID: 202101014211741613
researchmap会員ID: R000016382

外部リンク: http://www.shimamlab.info/

研究キーワード

研究分野

経歴

2025年4月 - 現在

川崎市産業振興財団, ナノ医療イノベーションセンター, 特任研究員
2024年10月 - 現在

東京科学大学, 総合研究院難治疾患研究所計算システム生物学分野, 准教授
2024年7月 - 2025年3月

川崎市産業振興財団, ナノ医療イノベーションセンター, 客員研究員
2023年4月 - 2024年9月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所計算システム生物学分野, 准教授
2023年1月 - 2023年3月

東京医科歯科大学, 難治疾患研究所計算システム生物学分野, プロジェクト准教授
2021年4月 - 2022年12月

名古屋大学, 大学院医学系研究科システム生物学分野, 特任准教授
2019年4月 - 2021年3月

東京大学, 大学院医学系研究科衛生学分野, 助教

学歴

2016年4月 - 2019年3月

東京大学, 大学院情報理工学系研究科, コンピュータ科学専攻博士課程
2014年4月 - 2016年3月

東京大学, 大学院情報理工学系研究科, コンピュータ科学専攻修士課程
2010年4月 - 2014年3月

東京大学, 理学部, 情報科学科

論文

scSurv: a deep generative model for single-cell survival analysis

Chikara Mizukoshi, Yasuhiro Kojima, Shuto Hayashi, Ko Abe, Daisuke Kasugai, Teppei Shimamura

Bioinformatics 2025年12月22日査読有り
DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates

Chikara Mizukoshi, Yasuhiro Kojima, Satoshi Nomura, Shuto Hayashi, Ko Abe, Teppei Shimamura

Genome Biology 25(1) 229 2024年9月6日査読有り
Spatial and single-cell colocalisation analysis reveals MDK-mediated immunosuppressive environment with regulatory T cells in colorectal carcinogenesis

Masahiro Hashimoto, Yasuhiro Kojima, Takeharu Sakamoto, Yuki Ozato, Yusuke Nakano, Tadashi Abe, Kiyotaka Hosoda, Hideyuki Saito, Satoshi Higuchi, Yuichi Hisamatsu …

eBioMedicine 103 105102-105102 2024年4月12日査読有り
Single-cell colocalization analysis using a deep generative model

Yasuhiro Kojima, Shinji Mii, Shuto Hayashi, Haruka Hirose, Masato Ishikawa, Masashi Akiyama, Atsushi Enomoto, Teppei Shimamura

Cell Systems 15(2) 180-192.e7 2024年2月21日査読有り
Subclonal accumulation of immune escape mechanisms in microsatellite instability-high colorectal cancers

Yuta Kobayashi, Atsushi Niida, Satoshi Nagayama, Koichi Saeki, Hiroshi Haeno, Kazuki K. Takahashi, Shuto Hayashi, Yuki Ozato, Hideyuki Saito, Takanori Hasegawa …

British Journal of Cancer 129(7) 1105-1118 2023年8月18日査読有り
Topological data analysis of protein structure and inter/intra- molecular interaction changes attributable to amino acid mutations

Jun Koseki, Shuto Hayashi, Yasuhiro Kojima, Haruka Hirose, Teppei Shimamura

Computational and Structural Biotechnology Journal 21 2950-2959 2023年5月9日査読有り筆頭著者
Spatial and single-cell transcriptomics decipher the cellular environment containing HLA-G+ cancer cells and SPP1+ macrophages in colorectal cancer

Yuki Ozato, Yasuhiro Kojima, Yuta Kobayashi, Yuuichi Hisamatsu, Takeo Toshima, Yusuke Yonemura, Takaaki Masuda, Kouichi Kagawa, Yasuhiro Goto, Mitsuaki Utou …

Cell Reports 42(1) 111929-111929 2023年1月18日査読有り
Bayesian statistical method for detecting structural and topological diversity in polymorphic proteins

Shuto Hayashi, Jun Koseki, Teppei Shimamura

Computational and Structural Biotechnology Journal 20 6519-6525 2022年11月21日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Nucleic Acid-triggered Tumoral Immunity Propagates pH-selective Therapeutic Antibodies through Tumor-driven Epitope Spreading

Genta Furuya, Hiroto Katoh, Shinichiro Atsumi, Itaru Hashimoto, Daisuke Komura, Ryo Hatanaka, Shogo Senga, Shuto Hayashi, Shoji Akita, Hirofumi Matsumura …

Cancer Science 114(1) 321-338 2022年9月22日査読有り
Immunogenomic pan-cancer landscape reveals immune escape mechanisms and immunoediting histories

Shinichi Mizuno, Rui Yamaguchi, Takanori Hasegawa, Shuto Hayashi, Masashi Fujita, Fan Zhang, Youngil Koh, Su Yeon Lee, Sung Soo Yoon, Eigo Shimizu …

Scientific Reports 11(1) 15713-15713 2021年8月3日査読有り筆頭著者
Neoantimon: A multifunctional R package for identification of tumor-specific neoantigens

Takanori Hasegawa, Shuto Hayashi, Eigo Shimizu, Shinichi Mizuno, Atsushi Niida, Rui Yamaguchi, Satoru Miyano, Hidewaki Nakagawa, Seiya Imoto

Bioinformatics 36(18) 4813-4816 2020年9月16日査読有り
Classification of primary liver cancer with immunosuppression mechanisms and correlation with genomic alterations

Masashi Fujita, Rui Yamaguchi, Takanori Hasegawa, Shu Shimada, Koji Arihiro, Shuto Hayashi, Kazuhiro Maejima, Kaoru Nakano, Akihiro Fujimoto, Atsushi Ono …

EBioMedicine 53 102659-102659 2020年2月26日査読有り
Pan-cancer analysis of whole genomes

Peter J. Campbell, Gad Getz, Jan O. Korbel, Joshua M. Stuart, Jennifer L. Jennings, Lincoln D. Stein, Marc D. Perry, Hardeep K. Nahal-Bose, B. F. Francis Ouellette, Constance H. Li …

Nature 578(7793) 82-93 2020年2月5日査読有り
Quantifying immune-based counterselection of somatic mutations

Fan Yang, Dae Kyum Kim, Hidewaki Nakagawa, Shuto Hayashi, Seiya Imoto, Lincoln Stein, Frederick P. Roth

PLoS Genetics 15(7) e1008227 2019年7月25日査読有り
ALPHLARD-NT: Bayesian Method for Human Leukocyte Antigen Genotyping and Mutation Calling through Simultaneous Analysis of Normal and Tumor Whole-Genome Sequence Data

Shuto Hayashi, Takuya Moriyama, Rui Yamaguchi, Shinichi Mizuno, Mitsuhiro Komura, Satoru Miyano, Hidewaki Nakagawa, Seiya Imoto

Journal of Computational Biology 26(9) 923-937 2019年4月3日査読有り筆頭著者
A Bayesian model integration for mutation calling through data partitioning

Takuya Moriyama, Seiya Imoto, Shuto Hayashi, Yuichi Shiraishi, Satoru Miyano, Rui Yamaguchi

Bioinformatics 35(21) 4247-4254 2019年3月29日査読有り
ALPHLARD: A Bayesian method for analyzing HLA genes from whole genome sequence data

Shuto Hayashi, Rui Yamaguchi, Shinichi Mizuno, Mitsuhiro Komura, Satoru Miyano, Hidewaki Nakagawa, Seiya Imoto

BMC Genomics 19(1) 790-790 2018年11月1日査読有り筆頭著者
A temporal shift of the evolutionary principle shaping intratumor heterogeneity in colorectal cancer

Tomoko Saito, Atsushi Niida, Ryutaro Uchi, Hidenari Hirata, Hisateru Komatsu, Shotaro Sakimura, Shuto Hayashi, Sho Nambara, Yosuke Kuroda, Shuhei Ito …

Nature Communications 9(1) 2884-2884 2018年7月23日査読有り

MISC

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Matthew H. Bailey, William U. Meyerson, Lewis Jonathan Dursi, Liang-Bo Wang, Guanlan Dong, Wen-Wei Liang, Amila Weerasinghe, Shantao Li, Yize Li, Sean Kelso, M …

Nature Communications 11(1) 4748-4748 2020年9月21日査読有り
Sex differences in oncogenic mutational processes

Constance H. Li, Stephenie D, Prokopec, Ren X. Sun, Fouad Yousif, Nathaniel Schmitz, PCAWG Tumour Subtypes Clinical Translation, Paul C. Boutros, PCAWG Consortium

Nature Communications 11(1) 4330-4330 2020年8月28日査読有り
Butler enables rapid cloud-based analysis of thousands of human genomes

Sergei Yakneen, Sebastian M. Waszak, PCAWG Technical Working Group, Michael Gertz, Jan O. Korbel, PCAWG Consortium

Nature Biotechnology 38(3) 288-292 2020年2月5日査読有り
Pan-cancer analysis of whole genomes identifies driver rearrangements promoted by LINE-1 retrotransposition

Bernardo Rodriguez-Martin, Eva G. Alvarez, Adrian Baez-Ortega, Jorge Zamora, Fran Supek, Jonas Demeulemeester, Martin Santamarina, Young Seok Ju, Javier Temes, Daniel Garcia-Souto …

Nature Genetics 52(3) 306-319 2020年2月5日査読有り
Disruption of chromatin folding domains by somatic genomic rearrangements in human cancer

Kadir C. Akdemir, Victoria T. Le, Sahaana Chandran, Yilong Li, Roel G. Verhaak, Rameen Beroukhim, Peter J. Campbell, Lynda Chin, Jesse R. Dixon, P. Andrew Futreal …

Nature Genetics 52(3) 294-305 2020年2月5日査読有り
The landscape of viral associations in human cancers

Marc Zapatka, Ivan Borozan, Daniel S. Brewer, Murat Iskar, Adam Grundhoff, Malik Alawi, Nikita Desai, Holger Sültmann, Holger Moch, Colin S. Cooper …

Nature Genetics 52(3) 320-330 2020年2月5日査読有り
Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing

Isidro Cortés-Ciriano, Jake June-Koo Lee, Ruibin Xi, Dhawal Jain, Youngsook L. Jung, Lixing Yang, Dmitry Gordenin, Leszek J. Klimczak, Cheng-Zhong Zhang, David S. Pellman …

Nature Genetics 52(3) 331-341 2020年2月5日査読有り
Comprehensive molecular characterization of mitochondrial genomes in human cancers

Yuan Yuan, Young Seok Ju, Youngwook Kim, Jun Li, Yumeng Wang, Christopher J. Yoon, Yang Yang, Inigo Martincorena, Chad J. Creighton, John N. Weinstein …

Nature Genetics 52(3) 342-352 2020年2月5日査読有り
The repertoire of mutational signatures in human cancer

Ludmil B. Alexandrov, Jaegil Kim, Nicholas J. Haradhvala, Mi Ni Huang, Alvin Wei Tian Ng, Yang Wu, Arnoud Boot, Kyle R. Covington, Dmitry A. Gordenin, Erik N. Bergstrom …

Nature 578(7793) 94-101 2020年2月5日査読有り
Patterns of somatic structural variation in human cancer genomes

Yilong Li, Nicola D. Roberts, Jeremiah A. Wala, Ofer Shapira, Steven E. Schumacher, Kiran Kumar, Ekta Khurana, Sebastian Waszak, Jan O. Korbel, James E. Haber …

Nature 578(7793) 112-121 2020年2月5日査読有り
The evolutionary history of 2,658 cancers

Moritz Gerstung, Clemency Jolly, Ignaty Leshchiner, Stefan C. Dentro, Santiago Gonzalez, Daniel Rosebrock, Thomas J. Mitchell, Yulia Rubanova, Pavana Anur, Kaixian Yu …

Nature 578(7793) 122-128 2020年2月5日査読有り
Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes

Esther Rheinbay, Morten Muhlig Nielsen, Federico Abascal, Jeremiah A. Wala, Ofer Shapira, Grace Tiao, Henrik Hornshøj, Julian M. Hess, Randi Istrup Juul, Ziao Lin …

Nature 578(7793) 102-111 2020年2月5日査読有り
Genomic basis for RNA alterations in cancer

Esther Rheinbay, Morten Muhlig Nielsen, Federico Abascal, Jeremiah A. Wala, Ofer Shapira, Grace Tiao, Henrik Hornshøj, Julian M. Hess, Randi Istrup Juul, Ziao Lin …

Nature 578(7793) 129-136 2020年2月5日査読有り
Divergent mutational processes distinguish hypoxic and normoxic tumours

Vinayak Bhandari, Constance H. Li, Robert G. Bristow, Paul C. Boutros, PCAWG Consortium

Nature Communications 11(1) 7569-7569 2020年2月5日査読有り
Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis

Joana Carlevaro-Fita, Andrés Lanzós, Lars Feuerbach, Chen Hong, David Mas-Ponte, Jakob Skou Pedersen, Federico Abascal, Samirkumar B. Amin, Gary D. Bader, Jonathan Barenboim …

Communications Biology 3(1) 1347-1347 2020年2月5日査読有り
Inferring structural variant cancer cell fraction

Marek Cmero, Ke Yuan, Cheng Soon Ong, Jan Schröder, PCAWG Evolution Heterogeneity Working Group, Niall M. Corcoran, Tony Papenfuss, Christopher M. Hovens, Florian Markowetz, Geoff Macintyre …

Nature Communications 11(1) 7568-7568 2020年2月5日査読有り
A deep learning system accurately classifies primary and metastatic cancers using passenger mutation patterns

Wei Jiao, Gurnit Atwal, Paz Polak, Rosa Karlic, Edwin Cuppen, Fatima Al-Shahrour, Gurnit Atwal, Peter J. Bailey, Andrew V. Biankin, Paul C. Boutros …

Nature Communications 11(1) 7573-7573 2020年2月5日査読有り
Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data

Marta Paczkowska, Jonathan Barenboim, Nardnisa Sintupisut, Natalie S. Fox, Helen Zhu, Diala Abd-Rabbo, Miles W. Mee, Paul C. Boutros, Federico Abascal, Samirkumar B. Amin …

Nature Communications 11(1) 7570-7570 2020年2月5日査読有り
Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes

Matthew A. Reyna, David Haan, Marta Paczkowska, Lieven P. C. Verbeke, Miguel Vazquez, Abdullah Kahraman, Sergio Pulido-Tamayo, Jonathan Barenboim, Lina Wadi, Priyanka Dhingra …

Nature Communications 11(1) 7566-7566 2020年2月5日査読有り
Reconstructing evolutionary trajectories of mutation signature activities in cancer using TrackSig

Yulia Rubanova, Ruian Shi, Caitlin F. Harrigan, Roujia Li, Jeff Wintersinger, Nil Sahin, Amit G. Deshwar, PCAWG Evolution Heterogeneity Working Group, Quaid D. Morris, PCAWG Consortium

Nature Communications 11(1) 7567-7567 2020年2月5日査読有り

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書籍等出版物

論文図表を読む作法PREMIUM : はじめて出会う実験&解析法も正しく解釈! : 生命科学・医学論文をスラスラ読むためのFigure事典 : 通常版の1.5倍!オミクス・臨床データ・機械学習など追加

牛島, 俊和, 中山, 敬一 (担当:分担執筆, 範囲:t検定, ANOVA)

羊土社 2025年12月11日 (ISBN: 9784758122863)
構造生命科学 AlphaFold時代にどう活かす？

林周斗, 島村徹平 (担当:分担執筆, 範囲:アミノ酸変異に起因するタンパク質構造変化の解析法：MD・TDA・ベイズの融合)

羊土社 2025年9月5日 (ISBN: 9784758104296)
ベイズ最適化の活用事例

本郷研太, 杉澤宏樹, 森貴裕, 仲村武瑠, 岡本昌彦, 稲垣英輔, 長岡正宏, 桐淵大貴, 芝公仁, 山田和明, 田中冬彦, 水牧仁一朗, 花岡悟一郎, 田上湖都, 天本義史, 菊地淳, 小木曽望, 金羽晴, 林周斗, 松田翔一, 豊田丈紫, 谷口卓也, 山口祐貴, 高橋竜太, 岡﨑湧一, 小野寛太, 加藤央, 倉上拓真, 徳田陽明, 山下智樹, 都甲薫, 粟屋康輝, 小嗣真人, 岩崎悠真, 高橋亮, 嶋田雄介, 足立吉隆, 岩田浩明, 浜田道昭, 山崎直人, 中江隆博, 長藤圭介, 中野智宏, 芦刈洋祐, 岡野泰則, 黒川康良, 沓掛健太朗, 前田佳弘, 内山祐介, 佐藤孝磨, 小林翔太, 渡部洋介, 田中大介, 小寺正徳 (担当:分担執筆, 範囲:多目的バッチベイズ最適化によるタンパク質設計)

技術情報協会 2025年3月31日 (ISBN: 9784867980668)
HLA Typing and Mutation Calling from Normal and Tumor Whole Genome Sequencing Data with ALPHLARD-NT

Shuto Hayashi, Seiya Imoto (担当:共著)

Humana 2024年6月23日 (ISBN: 9781071638743)
Analyzing Antibody Repertoire Using Next-Generation Sequencing and Machine Learning

Shuto Hayashi, Shumpei Ishikawa (担当:共著)

Humana 2022年11月9日 (ISBN: 9781071626092)
論文図表を読む作法 : はじめて出会う実験&解析法も正しく解釈! : 生命科学・医学論文をスラスラ読むためのFigure事典

牛島, 俊和, 中山, 敬一 (担当:分担執筆, 範囲:t検定, ANOVA)

羊土社 2022年6月30日 (ISBN: 9784758122603)

講演・口頭発表等

自律学習型分子設計プラットフォームの開発と応用

林周斗

CBI学会2025年大会 2025年10月28日招待有り
AI・シミュレーション・実験を統合した医薬品設計のための技術開発

林周斗

第20回ナノ・バイオメディカル学会大会 2025年10月23日招待有り
生成AIとMDシミュレーションによるBCAT1阻害タンパク質の設計

林周斗, 西山尚来, 林康貴, 小関準, 島村徹平

学術変革領域(A)「潜在空間分子設計」第2回リトリート 2025年10月20日
DBTLサイクルを用いた医薬品分子設計基盤技術の開発

林周斗

Laboratory Automation Developers Conference 2025 2025年9月25日招待有り
深層学習とMDシミュレーションを組み合わせたBCAT1阻害タンパク質設計のためのハイブリッド戦略

林周斗, 林康貴, 小関準, 島村徹平

2025年日本バイオインフォマティクス学会年会第13回生命医薬情報学連合大会 2025年9月3日
De novo design of BCAT1 inhibitory proteins via a self-improving AI-MD integrated cycle

Shuto Hayashi, Yasutaka Hayashi, Jun Koseki, Teppei Shimamura

The 33rd Annual Intelligent Systems for Molecular Biology and the 24th Annual European Conference on Computational Biology 2025年7月21日
代謝を自在に制御するための分子設計プラットフォーム開発

林周斗

第2回多細胞休止を研究する会 2025年7月15日
生成AI×分子動力学×ロボティクス―de novoタンパク質設計プラットフォームの開発

林周斗

学術領域変革研究（A）「デジタル有機合成」若手セミナー 2025年6月5日招待有り
Revolution in Molecular Transport by Generative AI

林周斗

分子輸送システム研究会セミナー 2025年5月13日
AIとロボティクスの融合による次世代タンパク質設計

林周斗, 小関準, 島村徹平

日本薬学会第145年会 2025年3月27日招待有り
自律型DBTLサイクルによる次世代タンパク質設計

林周斗

産業技術総合研究所細胞分子工学研究部門部門セミナー 2025年1月31日招待有り
高機能分子設計のためのフィードバックループシステムの確立

林周斗, 小関準, 島村徹平

学術変革領域(A)「潜在空間分子設計」第1回リトリート 2024年11月18日
AIとロボットによるタンパク質設計の効率化

林周斗

学術変革領域(A)「潜在空間分子設計」第1回若手の会 2024年11月16日招待有り
AIとロボティクスが拓くタンパク質設計の新時代

林周斗

生命情報科学若手の会第15回セミナー 2024年11月2日招待有り
A framework for enhanced de novo protein design using deep learning and Bayesian optimization

Shuto Hayashi, Jun Koseki, Teppei Shimamura

CBI学会2024年大会 2024年10月29日
De novo protein design through integration of deep learning and DBTL cycles

Shuto Hayashi, Jun Koseki, Teppei Shimamura

The 1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference 2024年10月24日
生成AIとロボットの協働による次世代タンパク質設計

林周斗

データサイエンスと生命医科学研究のフロンティア 2024年10月21日招待有り
Molecular Dynamics Meets Deep Learning: A New Era of Efficient Simulations

Shuto Hayashi

「富岳」成果創出加速プログラム課題「生体分子シミュレータを基にした大規模推論システムの開発と応用」マンスリーセミナー 2024年9月25日招待有り
In silico DBTL cycle platform to design highly functional de novo proteins

Shuto Hayashi, Jun Koseki, Teppei Shimamura

The 23rd European Conference on Computational Biology 2024年9月18日
AIとロボットによる人工タンパク質の創造

林周斗

東京医科歯科大学全学オープンキャンパスサイエンスカフェ 2024年8月1日

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

深層学習を用いた高速タンパク質構造サンプリング手法の開発

武田科学振興財団医学系研究継続助成 2025年7月 - 2030年3月

林周斗
AIとシミュレーションによる次世代ナノ医薬分子設計

科学技術振興機構国家戦略分野の若手研究者及び博士後期課程学生支援事業（BOOST）次世代AI人材育成プログラム（若手研究者支援） 2025年4月 - 2030年3月

林周斗
mRNA医薬、進化分子工学、深層学習を基盤としたタンパク質間相互作用標的創薬

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2025年4月 - 2028年3月

内田智士, 藤島皓介, 林周斗
高速DBTLサイクルによる自律駆動型タンパク質設計

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業さきがけ 2024年10月 - 2028年3月

林周斗
深層学習を用いた高速タンパク質構造サンプリング手法の開発

武田科学振興財団医学系研究助成 2022年7月 - 2027年3月

林周斗
in silico解析と実験検証を融合した新規タンパク質設計法の開発、およびがん代謝酵素BCAT1を標的とした創薬への展開

日本対がん協会リレー・フォー・ライフ・ジャパン「プロジェクト未来」研究助成 2025年10月 - 2026年12月

林周斗
マルチモーダル深層アンサンブルと多目的バッチベイズ最適化による分子設計の加速

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2024年4月 - 2026年3月

林周斗
マウス発生休止胚において、再発生能の有無を予測する技術と付与する技術の創出

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2026年3月

高岡勝吉, 林周斗
深層学習を用いた高速分子動力学シミュレーション手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2022年4月 - 2025年3月

林周斗