飯田慎仁 (Shinji Iida) - マイポータル

基本情報

所属: 北里大学未来工学部・データサイエンス学科助教

連絡先: iida.shinjikitasato-u.ac.jp
研究者番号: 90976763
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-2094-495X
J-GLOBAL ID: 202201010166327829
researchmap会員ID: R000046387

外部リンク: https://s-iida.com/

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研究分野

経歴

2023年4月 - 現在

北里大学, 未来工学部, 助教
2021年6月 - 2023年3月

国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センターオーミクス情報研究チーム, 産総研特別研究員
2019年5月 - 2021年5月

次世代天然物化学技術研究組合, 創薬分子プロファイリング研究センター, 研究員
2018年11月 - 2019年3月

スイス連邦工科大学チューリッヒ校, 客員研究員
2018年4月 - 2019年3月

蛋白質研究所, 蛋白質データベース研究室, 特別研究員(PD)

論文

Xenon Explores Apparent and Cryptic Binding Sites

Shinji Iida

2025年5月7日筆頭著者
Data-efficient protein mutational effect prediction with weak supervision by molecular simulation and protein language models

Teppei Deguchi, Yoichi Kurumida, Shinji Iida, Kaito Kobayashi, Yutaka Saito

2025年4月14日
Dissociation Rate Calculation via Constant-Force Steered Molecular Dynamics Simulation

Shinji Iida, Tomoshi Kameda

Journal of Chemical Information and Modeling 2023年5月15日査読有り筆頭著者
Free energy and kinetic rate calculation via non-equilibrium molecular simulation: application to biomolecules

Shinji Iida, Kameda Tomoshi

Biophysical Reviews 14(6) 1303-1314 2022年12月29日査読有り招待有り筆頭著者
Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule

Junichi Higo, Kota Kasahara, Gert-Jan Bekker, Benson Ma, Shun Sakuraba, Shinji Iida, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Hidetoshi Kono, Yoshifumi Fukunishi …

SCIENTIFIC REPORTS 12(1) 2022年8月査読有り
Asymmetric dynamics of dimeric SARS-CoV-2 and SARS-CoV main proteases in an apo form: Molecular dynamics study on fluctuations of active site, catalytic dyad, and hydration water

Shinji Iida, Yoshifumi Fukunishi

BBA Advances 1 100016-100016 2021年査読有り筆頭著者責任著者
Continuum mechanical parameterisation of cytoplasmic dynein from atomistic simulation

Benjamin S. Hanson, Shinji Iida, Daniel J. Read, Oliver G. Harlen, Genji Kurisu, Haruki Nakamura, Sarah A. Harris

Methods 185 39-48 2021年1月査読有り
Structural Fluctuations of Aromatic Residues in an Apo-Form Reveal Cryptic Binding Sites: Implications for Fragment-Based Drug Design

Shinji Iida, Hironori K. Nakamura, Tadaaki Mashimo, Yoshifumi Fukunishi

The Journal of Physical Chemistry B 124(45) 9977-9986 2020年11月12日査読有り筆頭著者責任著者
Multimodal Structural Distribution of the p53 C-Terminal Domain upon Binding to S100B via a Generalized Ensemble Method: From Disorder to Extradisorder

Shinji Iida, Takeshi Kawabata, Kota Kasahara, Haruki Nakamura, Junichi Higo

Journal of Chemical Theory and Computation 15(4) 2597-2607 2019年4月9日査読有り筆頭著者
Variation of Free-Energy Landscape of the p53 C-Terminal Domain Induced by Acetylation: Enhanced Conformational Sampling

Shinji Iida, Tadaaki Mashimo, Takashi Kurosawa, Hironobu Hojo, Hiroya Muta, Yuji Goto, Yoshifumi Fukunishi, Haruki Nakamura, Junichi Higo

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 37(31) 2687-2700 2016年12月査読有り筆頭著者
Enhanced conformational sampling to visualize a free-energy landscape of protein complex formation

Shinji Iida, Haruki Nakamura, Junichi Higo

BIOCHEMICAL JOURNAL 473 1651-1662 2016年6月査読有り筆頭著者

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

自己集合ペプチドが形成する高次構造の解析・予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2025年4月 - 2030年3月

飯田慎仁
拡散モデルによる蛋白質の立体構造集団の生成

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 ACT-X 2023年 - 2025年

飯田慎仁
分子動力学法による翻訳後修飾を伴った天然変性領域の分子認識メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2017年4月 - 2019年3月

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