安田賢司 (Satoshi Yasuda) - マイポータル

基本情報

所属: 千葉大学大学院理学研究院特任准教授

学位: 博士 (エネルギー科学)(2013年3月京都大学)

研究者番号: 40792081
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-3555-1083
J-GLOBAL ID: 202001012819537091
researchmap会員ID: R000007785

論文

An entropy-based study of effects of neutral polymer additives on protein crystallization

Goki Ueyama, Mayu Utsumi, Marina Watanabe, Masahiro Maebayashi, Satoshi Yasuda, Ken-ichi Amano

Biophysical Chemistry 335 107648-107648 2026年8月査読有り
A Simple Methodology for Remarkably Fast and Accurate Computation of the Hydration Free Energy, Entropy, and Energy for Multiple Types of Solutes Including Proteins

Tomohiko Hayashi, Shunsuke Miyamoto, Masato Kawamura, Kouki Hattori, Satoshi Yasuda, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

The Journal of Physical Chemistry B 2026年7月23日
Angle-gated Na⁺ binding and release in the VO motor revealed by all-atom simulations

Satoshi Yasuda, Masao Inoue, Kano Suzuki, Mitsunori Ikeguchi, Takeshi Murata

2025年12月5日
The structure and function of the ghrelin receptor coding for drug actions

Yuki Shiimura, Dohyun Im, Ryosuke Tany, Hidetsugu Asada, Ryoji Kise, Eon Kurumiya, Hideko Wakasugi-Masuho, Satoshi Yasuda, Kazuma Matsui, Jun-ichi Kishikawa …

Nature Structural & Molecular Biology 2025年3月
Na+-V-ATPase inhibitor curbs VRE growth and unveils Na+ pathway structure

Kano Suzuki, Yoshiyuki Goto, Akihiro Otomo, Kouki Shimizu, Shohei Abe, Katsuhiko Moriyama, Satoshi Yasuda, Yusuke Hashimoto, Jun Kurushima, Sho Mikuriya …

Nature Structural & Molecular Biology 2025年3月
Statistical-Mechanics Analyses on Thermodynamics of Protein Folding Constructed by Privalov and Co-Workers.

Masao Inoue, Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Minoru Kato, Mitsunori Ikeguchi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

The journal of physical chemistry. B 128(41) 10110-10125 2024年10月17日
Improved higher resolution cryo-EM structures reveal the binding modes of hERG channel inhibitors.

Yasuomi Miyashita, Toshio Moriya, Takafumi Kato, Masato Kawasaki, Satoshi Yasuda, Naruhiko Adachi, Kano Suzuki, Satoshi Ogasawara, Tetsuichiro Saito, Toshiya Senda …

Structure (London, England : 1993) 2024年9月18日
BOD1L mediates chromatin binding and non-canonical function of H3K4 methyltransferase SETD1A

Takayuki Hoshii, Sota Kikuchi, Tomoya Kujirai, Takeshi Masuda, Tomoko Ito, Satoshi Yasuda, Makoto Matsumoto, Bahityar Rahmutulla, Masaki Fukuyo, Takeshi Murata …

Nucleic Acids Research 2024年7月11日査読有り
An accurate and rapid method for calculating hydration free energies of solutes including small organic molecules, peptides, and proteins

Tomohiko Hayashi, Masato Kawamura, Shunsuke Miyamoto, Satoshi Yasuda, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

Journal of Molecular Liquids 406 124989-124989 2024年7月査読有り
Cryo-EM structure of P-glycoprotein bound to triple elacridar inhibitor molecules

Norie Hamaguchi-Suzuki, Naruhiko Adachi, Toshio Moriya, Satoshi Yasuda, Masato Kawasaki, Kano Suzuki, Satoshi Ogasawara, Naohiko Anzai, Toshiya Senda, Takeshi Murata

Biochemical and Biophysical Research Communications 709 149855-149855 2024年5月査読有り
Anti-nanodisc antibodies specifically capture nanodiscs and facilitate molecular interaction kinetics studies for membrane protein

Fuhito Nakagawa, Marin Kikkawa, Sisi Chen, Yasuomi Miyashita, Norie Hamaguchi-Suzuki, Minami Shibuya, Soichi Yamashita, Lisa Nagase, Satoshi Yasuda, Mitsunori Shiroishi …

Scientific Reports 13(1) 2023年7月19日査読有り
Physical pictures of rotation mechanisms of F1- and V1-ATPases: Leading roles of translational, configurational entropy of water

Satoshi Yasuda, Tomohiko Hayashi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

Frontiers in Molecular Biosciences 10 2023年6月9日査読有り筆頭著者
統計熱力学計算と進化分子工学を用いたGPCR安定化変異体の創出手法

安田賢司, 安田賢司

生物物理(Web) 63(5) 2023年査読有り
Molecular basis for anti-insomnia drug design from structure of lemborexant-bound orexin 2 receptor.

Hidetsugu Asada, Dohyun Im, Yunhon Hotta, Satoshi Yasuda, Takeshi Murata, Ryoji Suno, So Iwata

Structure (London, England : 1993) 30(12) 1582-1589 2022年12月1日査読有り
A methodology for creating mutants of G‐protein coupled receptors stabilized in active state by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering

Taisei Yamamoto, Satoshi Yasuda, Rinshi S. Kasai, Ryosuke Nakano, Simon Hikiri, Kanna Sugaya, Tomohiko Hayashi, Satoshi Ogasawara, Mitsunori Shiroishi, Takahiro K. Fujiwara …

Protein Science 31(10) 2022年10月査読有り
A methodology for creating thermostabilized mutants of G‐protein coupled receptors by combining statistical thermodynamics and evolutionary molecular engineering

Kanna Sugaya, Satoshi Yasuda, Shingo Sato, Chen Sisi, Taisei Yamamoto, Daisuke Umeno, Tomoaki Matsuura, Tomohiko Hayashi, Satoshi Ogasawara, Masahiro Kinoshita …

Protein Science 31(9) 2022年8月13日査読有り
Development of an Outward Proton Pumping Rhodopsin with a New Record in Thermostability by Means of Amino Acid Mutations

Satoshi Yasuda, Tomoki Akiyama, Keiichi Kojima, Tetsuya Ueta, Tomohiko Hayashi, Satoshi Ogasawara, Satoru Nagatoishi, Kouhei Tsumoto, Naoki Kunishima, Yuki Sudo …

The Journal of Physical Chemistry B 126(5) 1004-1015 2022年2月10日査読有り
Controlling the Rigidity of Kinesin-Propelled Microtubules in an In Vitro Gliding Assay Using the Deep-Sea Osmolyte Trimethylamine N-Oxide

Arif Md. Rashedul Kabir, Tasrina Munmun, Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Atsushi P. Kimura, Masahiro Kinoshita, Takeshi Murata, Kazuki Sada, Akira Kakugo

ACS Omega 7(4) 3796-3803 2022年2月1日査読有り
最も安定な水素イオン排出ポンプの創出理論計算を駆使した膜タンパク質耐熱化手法の構築

安田賢司, 木下正弘, 村田武士

クリーンエネルギー 31(7) 2022年
膜タンパク質ロドプシンの熱安定性を向上させた変異体の創出

安田賢司, 村田武士, 木下正弘

バイオサイエンスとインダストリー 80(6) 2022年

もっとみる

MISC

高速AFMとクライオ電子顕微鏡解析を用いたABCトランスポーターP糖タンパク質の相関構造解析

濱口紀江, 濱口紀江, 濱口紀江, 安達成彦, 野中雄仁, 金岡優依, 川崎政人, 安田賢司, 安西尚彦, 千田俊哉 …

日本蛋白質科学会年会(Web) 24th 2024年
ATP合成酵素のペリフェラルストークの設計原理

上野博史, 丸井里駆, 安田秩都, 安達成彦, 濱口紀江, 守屋俊夫, 川崎政人, 池田聡人, 稲葉理美, 安田賢司 …

日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集 49th 2023年
ATP駆動型トランスポーターP糖タンパク質の基質結合様式解明を目指したクライオ電子顕微鏡構造解析

濱口紀江, 濱口紀江, 濱口紀江, 安達成彦, 川崎政人, 守屋俊夫, 安田賢司, 安西尚彦, 小笠原諭, 千田俊哉 …

日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集 49th 2023年
ヒト由来アデノシン受容体の細胞膜発現量向上を目指した部位特異的飽和変異導入とスクリーニング

山下瑛理香, 中嶋萌生, 岡部勇輝, 安田賢司, 村田武士, 佐藤裕介, 佐藤裕介, 永野真吾, 永野真吾, 日野智也 …

日本生化学会大会(Web) 96th 2023年
クライオ電子顕微鏡構造解析と高速AFM観察から見えてきたABCトランスポーター(P-gp)の構造ダイナミクス

濱口紀江, 濱口紀江, 安達成彦, 野中雄仁, 喜多俊介, 今野翔, 金岡優依, 守屋俊夫, 川崎政人, 安田賢司 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 23rd (CD-ROM) 2023年
統計熱力学計算と進化分子工学を融合したGPCR耐熱化置換体の構築手法の開発

安田賢司, 安田賢司, 安田賢司, 菅谷幹奈, 佐藤愼吾, 藤木祐美, 陳思思, 陳思思, 林智彦, 小笠原諭 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年
抗体を用いた膜タンパク質の精製・機能解析システムの構築

小笠原諭, 小笠原諭, 陳思思, 陳思思, 中川史, 渋谷南美, 濱口紀江, 佐久間一輝, 宮下靖臣, 安田賢司 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年
抗His-tagモノクローナル抗体を用いたアフィニティー精製系の最適化

小笠原諭, 小笠原諭, 陳思思, 陳思思, 渋谷南美, 中川史, 濱口紀江, 宮下靖臣, 安田賢司, 安田賢司 …

日本生化学会大会(Web) 95th 2022年
ATP駆動型多剤排出トランスポーターP-gpのクライオ電子顕微鏡単粒子構造解析

濱口紀江, 安達成彦, 今野翔, 川崎政人, 守屋俊夫, 安田賢司, 小笠原諭, 林良雄, 千田俊哉, 村田武士

日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集 48th 2022年
サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いに対する統計熱力学的解析

安田賢司, 安田賢司, 安田賢司, 林智彦, 林智彦, 村田武士, 村田武士, 木下正弘

アグリバイオ 5(2) 2021年
クライオ電子顕微鏡による多剤排出トランスポーターP-glycoproteinの構造解析

濱口紀江, 安達成彦, 守屋俊夫, 川崎政人, CHEN Sisi, 稲村光亮, 安田賢司, 千田俊哉, 小笠原諭, 村田武士

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
膜タンパク質の構造解析・機能解析のためのアフィニティ精製システムの構築

小笠原諭, 稲村光亮, CHEN Sisi, 中川史, 安田賢司, 村田武士

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 21st 2021年
Nanodiscの応用利用を目指した抗MSPモノクローナル抗体の樹立

中川史, 陳思思, 安田賢司, 村田武士, 小笠原諭

日本生化学会大会(Web) 94th 2021年
P2Y12受容体の理論的予測法による安定化とSaccharomyces cerevisiae発現系を用いた大量調製

白石充典, 松原直紀, 安田賢司, 齊藤秀俊, 津田誠, 木下正弘, 村田武士, 植田正

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
多剤排出トランスポーターP糖タンパク質に結合するコレステロールの構造とその役割

濱口紀江, 安達成彦, 守屋俊夫, 川崎政人, 陳思思, 安田賢司, 千田俊哉, 小笠原諭, 村田武士

日本生化学会大会(Web) 94th 2021年
抗ヒトアデノシンA_2a受容体モノクローナル抗体の樹立

小笠原諭, 高椋勇樹, 陳思思, 稲村光亮, 安田賢司, 村田武士

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
ヒトアデノシンA2a受容体に対するモノクローナル抗体の性質決定

小笠原諭, 高椋勇樹, 陳思思, 稲村光亮, 安田賢司, 村田武士

日本生化学会大会(Web) 92nd 2019年
選択的アンタゴニスト結合型熱安定化ムスカリンM2受容体の構造解析

寿野良二, LEE Sangbae, 前田将司, 安田賢司, 山下恵太郎, 平田邦生, 平田邦生, 堀田彰一郎, 田原本麻貴, 辻本浩一 …

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
統計熱力学に基づいた膜タンパク質-化合物結合自由エネルギー関数の開発

梶原佑太, 安田賢司, 安田賢司, 林智彦, 村田武士, 広川貴次, 広川貴次, 木下正弘

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
理論計算と進化工学を融合した効率的なGPCR安定化変異体スクリーニング系の構築

佐藤愼吾, 鈴木七緒, 梶原裕太, 安田賢司, 仲井宏紀, 一色衣香, 松浦友亮, 木下正弘, 村田武士

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018年

もっとみる

共同研究・競争的資金等の研究課題

統計熱力学計算に基づくナトリウム輸送性V-ATPaseのイオン輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2024年4月 - 2027年3月

安田賢司
液体論に根ざしたV1-ATPアーゼ回転メカニズムの描像構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

安田賢司
統計熱力学計算に基づくロドプシンの熱安定化アミノ酸置換体の創出

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2017年4月 - 2021年3月

安田賢司
液体論を基盤としたタンパク質立体構造予測法の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2012年 - 2013年

安田賢司

産業財産権

特許第6533324号熱安定化変異体予測装置、熱安定化変異体予測方法、および、プログラム

村田武士, 木下正弘, 安田賢司, 高椋勇樹, 水谷健二, 鈴木七緒, 梶原佑太
WO2015-199162 膜タンパク質の熱安定化変異体予測装置、熱安定化変異体予測方法、および、プログラム

村田武士, 木下正弘, 安田賢司, 高椋勇樹, 水谷健二, 鈴木七緒, 梶原佑太

安田賢司

基本情報

論文

MISC

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

メニュー

共著者の一覧