馬場清喜 (Seiki Baba) - マイポータル

基本情報

所属: 公益財団法人高輝度光科学研究センター構造生物学推進室主幹研究員

J-GLOBAL ID: 201801018776487842
researchmap会員ID: B000308391

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 / X線結晶構造解析

論文

dUTP pyrophosphatases from hyperthermophilic eubacterium and archaeon: Structural and functional examinations on the suitability for PCR application.

Kenji Fukui, Naoyuki Kondo, Takeshi Murakawa, Seiki Baba, Takashi Kumasaka, Takato Yano

Protein science : a publication of the Protein Society 33(11) e5185 2024年11月査読有り
Crystal structure of guanosine 5'-monophosphate synthetase from the thermophilic bacterium Thermus thermophilus HB8.

Naoki Nemoto, Seiki Baba, Gota Kawai, Gen Ichi Sampei

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 2024年10月1日査読有り
Homo-trimeric structure of the ribonuclease for rRNA processing, FAU-1, from Pyrococcus furiosus

Gota Kawai, Kiyoshi Okada, Seiki Baba, Asako Sato, Taiichi Sakamoto, Akio Kanai

The Journal of Biochemistry 2024年2月1日
Catalytic mechanism of the zinc-dependent MutL endonuclease reaction

Kenji Fukui, Tatsuya Yamamoto, Takeshi Murakawa, Seiki Baba, Takashi Kumasaka, Takato Yano

Life Science Alliance 6(10) e202302001-e202302001 2023年7月24日
X-ray Crystallographic Analysis of Copper Amine Oxidase in Physiological Environments using Humid Air and Glue-coating（HAG）Method

Seiki BABA, Takeshi MURAKAWA

Nihon Kessho Gakkaishi 64(4) 285-289 2022年12月15日
Crystal structure of a nucleotide-binding domain of fatty acid kinase FakA from Thermus thermophilus HB8

Maya Nakatani, Shun-ya Nakahara, Kenji Fukui, Momoka Urano, Yuki Fujii, Takeshi Murakawa, Seiki Baba, Takashi Kumasaka, Hiroki Okanishi, Yoshikatsu Kanai …

Journal of Structural Biology 214(4) 107904-107904 2022年12月
Structure of thaumatin under acidic conditions: Structural insight into the conformations in lysine residues responsible for maintaining the sweetness after heat-treatment.

Tetsuya Masuda, Kyohei Okubo, Seiki Baba, Mamoru Suzuki, Fumito Tani, Masayuki Yamasaki, Bunzo Mikami

Food chemistry 389 132996-132996 2022年9月30日
Single crystal spectroscopy and multiple structures from one crystal (MSOX) define catalysis in copper nitrite reductases.

Samuel L Rose, Seiki Baba, Hideo Okumura, Svetlana V Antonyuk, Daisuke Sasaki, Tobias M Hedison, Muralidharan Shanmugam, Derren J Heyes, Nigel S Scrutton, Takashi Kumasaka …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(30) e2205664119 2022年7月26日
In situ crystal data-collection and ligand-screening system at SPring-8.

Hideo Okumura, Naoki Sakai, Hironori Murakami, Nobuhiro Mizuno, Yuki Nakamura, Go Ueno, Takuya Masunaga, Takashi Kawamura, Seiki Baba, Kazuya Hasegawa …

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications 78(Pt 6) 241-251 2022年6月1日
Structural and functional insights into the mechanism by which MutS2 recognizes a DNA junction.

Kenji Fukui, Masao Inoue, Takeshi Murakawa, Seiki Baba, Takashi Kumasaka, Takato Yano

Structure (London, England : 1993) 30(7) 973-982 2022年4月8日
Metagenomic mining and structure-function studies of a hyper-thermostable cellobiohydrolase from hot spring sediment

Migiwa Takeda, Seiki Baba, Jiro Okuma, Yoshitsugu Hirose, Asuka Nishimura, Masaki Takata, Kohei Oda, Daisuke Shibata, Takashi Kumasaka, Yasuhiro Kondo

Communications Biology 5(1) 247 2022年3月22日査読有り
Guidelines for de novo phasing using multiple small-wedge data collection. Corrigendum

Seiki Baba, Hiroaki Matsuura, Takashi Kawamura, Naoki Sakai, Yuki Nakamura, Yoshiaki Kawano, Nobuhiro Mizuno, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Kunio Hirata

Journal of Synchrotron Radiation 29(2) 593-593 2022年3月1日
Radiation-induced defects in protein crystals observed by X-ray topography

Ryo Suzuki, Seiki Baba, Nobuhiro Mizuno, Kazuya Hasegawa, Haruhiko Koizumi, Kenichi Kojima, Takashi Kumasaka, Masaru Tachibana

Acta Crystallographica Section D Structural Biology 78(2) 196-203 2022年2月1日
Structures of oxygen dissociation intermediates of 400 kDa V2 hemoglobin provide coarse snapshots of the protein allostery

Nobutaka Numoto, Seiko Onoda, Yoshiaki Kawano, Hideo Okumura, Seiki Baba, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki, Nobutoshi Ito

Biophysics and Physicobiology 19 n/a-n/a 2022年
Coarse snapshots of oxygen-dissociation intermediates of a giant hemoglobin elucidated by determining the oxygen saturation in individual subunits in the crystalline state

Nobutaka Numoto, Yoshiaki Kawano, Hideo Okumura, Seiki Baba, Yoshihiro Fukumori, Kunio Miki, Nobutoshi Ito

IUCrJ 8(6) 954-962 2021年11月1日
Guidelines for de novo phasing using multiple small-wedge data collection

Seiki Baba, Hiroaki Matsuura, Takashi Kawamura, Naoki Sakai, Yuki Nakamura, Yoshiaki Kawano, Nobuhiro Mizuno, Takashi Kumasaka, Masaki Yamamoto, Kunio Hirata

Journal of Synchrotron Radiation 28(5) 1284-1295 2021年9月1日
Evaluation of the data-collection strategy for room-temperature micro-crystallography studied by serial synchrotron rotation crystallography combined with the humid air and glue-coating method

Kazuya Hasegawa, Seiki Baba, Takashi Kawamura, Masaki Yamamoto, Takashi Kumasaka

Acta Crystallographica Section D Structural Biology 77(3) 300-312 2021年3月1日
Computer-controlled liquid-nitrogen drizzling device for removing frost from cryopreserved crystals

Yuki Nakamura, Seiki Baba, Nobuhiro Mizuno, Takaki Irie, Go Ueno, Kunio Hirata, Sho Ito, Kazuya Hasegawa, Masaki Yamamoto, Takashi Kumasaka

Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications 76(12) 616-622 2020年12月1日
The high-resolution crystal structure of lobster hemocyanin shows its enzymatic capability as a phenoloxidase.

Taro Masuda, Seiki Baba, Koichi Matsuo, Shinji Ito, Bunzo Mikami

Archives of biochemistry and biophysics 688 108370-108370 2020年7月30日査読有り
A Lynch syndrome-associated mutation at a Bergerat ATP-binding fold destabilizes the structure of the DNA mismatch repair endonuclease MutL.

Keisuke Izuhara, Kenji Fukui, Takeshi Murakawa, Seiki Baba, Takashi Kumasaka, Kazuhisa Uchiyama, Takato Yano

The Journal of biological chemistry 295(33) 11643-11655 2020年6月22日査読有り

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MISC

室温構造解析・時分割構造解析に向けたSPring-8構造生物学ビームラインの高度化

矢野直峰, 馬場清喜, 奥村英夫, 河村高志, 村上博則, 増永拓也, NIPAWAN Nuemket, NIPAWAN Nuemket, KANG Jungmin, 保坂俊彰 …

日本結晶学会年会講演要旨集 2023 2023年
走化性制御系で酸素センサーとして機能するHemATの結晶構造解析

東田怜, 村木則文, 馬場清喜, 奥村英夫, 河野能顕, 青野重利

日本結晶学会年会講演要旨集 2023 2023年
酸性条件下における甘味タンパク質ソーマチンの構造

桝田哲哉, 馬場清喜, 鈴木守, 山崎正幸, 三上文三

日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集 522nd 2022年
DNAミスマッチ修復系エンドヌクレアーゼであるMutLのATP結合部位におけるリンチ症候群関連の変異はMutLの構造を不安定化させる—A Lynch syndrome-associated mutation at a Bergerat ATP-binding fold destabilizes the structure of the DNA mismatch repair endonuclease MutL

出原啓介, 福井健二, 村川武志, 馬場清喜, 熊坂崇, 内山和久, 矢野貴人

大阪医科薬科大学医学会雑誌 = Journal of the Medical Association of Osaka Medical and Pharmaceutical University 80(1・2) 85-91 2021年9月
微小結晶を利用したRas caged-GTP時分割測定の試み

河村高志, 槇野義輝, 長谷川和也, 中根崇智, 馬場清喜, 南後恵理子, 南後恵理子, 田中里枝, 田中里枝, 岩田想 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 33rd 2020年
理研構造ゲノムビームラインI&IIの現状

上野剛, 仲村勇樹, 奥村英夫, 伊藤翔, 水野伸宏, 水野伸宏, 引間孝明, 平田邦生, 河野能顕, 村上博則 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 33rd 2020年
SPring-8タンパク結晶ビームラインにおける自動データ収集システムの現状

平田邦生, 河野能顕, 上野剛, 山下恵太郎, 山下恵太郎, 坂井直樹, 馬場清喜, 水野伸宏, 仲村勇樹, 村上博則 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 33rd 2020年
立体構造から読み解くタイプ3銅タンパク質の機能分化について

増田太郎, 馬場清喜, 松尾光一, 三上文三

2019年6月
銅含有アミン酸化酵素触媒機構の“in crystallo“熱力学的解析

村川武志, 馬場清喜, 河野能顕, 林秀行, 矢野貴人, 熊坂崇, 山本雅貴, 谷澤克行, 岡島俊英

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
藍藻由来フェレドキシンの[2Fe-2S]クラスター還元に起因する構造変化の段階的可視化

大西裕介, 田中秀明, 奥村英夫, 馬場清喜, 河野能顕, 熊坂崇, 栗栖源嗣

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 32nd 2019年
理研構造ゲノムビームラインI&IIの現状

上野剛, 仲村勇樹, 奥村英夫, 伊藤翔, 水野伸宏, 水野伸宏, 引間孝明, 平田邦生, 河野能顕, 村上博則 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 32nd 2019年
高分解能の結晶構造解析により解明された還元に起因する藍藻由来フェレドキシンの構造変化

大西裕介, 田中秀明, 奥村英夫, 馬場清喜, 河野能顕, 熊坂崇, 栗栖源嗣

日本結晶学会年会講演要旨集 2018 70 2018年11月1日
Present status of SPring-8 macromolecular crystallography beamlines

Hideo Okumura, Kazuya Hasegawa, Seiki Baba, Nobuhiro Mizuno, Hironori Murakami, Takashi Kumasaka, Kunio Hirata, Go Ueno, Masaki Yamamoto

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES 74 E174-E174 2018年8月
酸化型フェレドキシンの精密な結晶構造解析に向けた,X線損傷の分光学的評価

大西裕介, 田中秀明, 奥村英夫, 馬場清喜, 河野能顕, 熊坂崇, 栗栖源嗣

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 98th ROMBUNNO.2PB‐108 2018年3月6日
理研構造ゲノムビームラインI&IIの現状

上野剛, 仲村勇樹, 奥村英夫, 伊藤翔, 水野伸宏, 水野伸宏, 引間孝明, 平田邦生, 山下恵太郎, 河野能顕 …

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web) 31st 2018年
XFEL時分割構造解析法を用いたチトクロム酸化酵素のプロトンポンプ経路開閉機構の解明

島田敦広, 久保稔, 馬場清喜

放射光 31 226‐237 2018年招待有り
生体分子モーターが力を発生させているところを見る静的・動的X線結晶構造解析による哺乳類F₁‐ATPaseの回転力発生機構の分析

鈴木俊治, 鈴木俊治, 鈴木俊治, 飯田直也, 平田邦生, 山下栄樹, 馬場清喜, 熊坂崇, 遠藤斗志也, 久堀徹 …

日本生体エネルギー研究会討論会講演要旨集 43rd 64‐65 2017年12月5日
酸化型フェレドキシン結晶のX線回折実験における還元損傷の確認と評価

大西裕介, 田中秀明, 奥村英夫, 馬場清喜, 河野能顕, 熊坂崇, 栗栖源嗣

日本結晶学会年会講演要旨集 2017 78 2017年11月23日
SPring‐8 BL38B1の高性能化と利用技術開発

馬場清喜, 奥村英夫, 仲村勇樹, 水野伸宏, 長谷川和也, 河野能顕, 上野剛, 梶原堅太郎, 木村滋, 鈴木凌 …

日本結晶学会年会講演要旨集 2017 93 2017年11月23日
Observation of water-channel opening of cytochrome c oxidase by time-resolved XFEL crystallography

M. Kubo, A. Shimada, S. Baba, K. Yamashita, K. Hirata, M. Yamamoto, K. Shinzawa-Itoh, H. Ago, S. Yoshikawa, T. Tsukihara

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 46 S149-S149 2017年7月

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

極限環境タンパク質科学を切り拓く、好熱菌タンパク質の高温X線結晶構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

福井健二, 馬場清喜, 村川武志
環境変化（温度・pH）による結晶内のリアルタイム構造ダイナミクス解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2027年3月

馬場清喜, 村川武志
環境変化（温度・pH）による結晶内のリアルタイム構造ダイナミクス解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2027年3月

馬場清喜, 村川武志
速度論および熱力学的手法を用いた"in crystallo" 酵素反応解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2026年3月

村川武志, 馬場清喜, 福井健二
非凍結結晶を用いた“in crystallo”酵素反応解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

村川武志, 林秀行, 馬場清喜
非凍結結晶を用いたタイムラプスX線回折測定による酵素反応の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2017年4月 - 2021年3月

村川武志, 林秀行, 馬場清喜

産業財産権

特許第5807946号結晶の回折測定方法及びそのための回折測定装置

熊坂崇, 馬場清喜, 星野武司
特開2012-137346 結晶の回折測定方法及びそのための回折測定装置

熊坂崇, 馬場清喜, 星野武司

馬場清喜

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