アミノ酸の合成や代謝に関与する遺伝子は, 生物の食性や生息環境を反映して進化というより退化してきた。動物における必須アミノ酸の種特異性は小さく, 基本的なセットは動物の起源とともに決定されたと思われる。必須アミノ酸の出現は, 環境との関係で冗長となった遺伝子が退化した結果である。遺伝子退化の好例として, 宿主 (アリマキ) と共生細菌 (ブフネラ) の間にみられる相補的な必須アミノ酸の関係を概観する。また, 神経伝達物質や味覚刺激としてのアミノ酸に関わる酵素や受容体分子の進化学的特徴を述べ, ヒトの進化との関わりを論じる。