伊藤暁 (Satoru G Itoh) - マイポータル

基本情報

J-GLOBAL ID: 201801006803526520
researchmap会員ID: B000303855

研究分野

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

論文

Single-Molecule Kinetic Observation of Antibody Interactions with Growing Amyloid β Fibrils

Maho Yagi-Utsumi, Yui Kanaoka, Shogo Miyajima, Satoru G. Itoh, Katsuhiko Yanagisawa, Hisashi Okumura, Takayuki Uchihashi, Koichi Kato

Journal of the american chemical society 2024年10月24日
Inhibition of amyloid-β(16–22) aggregation by polyphenols using replica permutation with solute tempering molecular dynamics simulation

Daiki Fukuhara, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura

Biophysics and Physicobiology 20(4) n/a-n/a 2023年12月
Dissociation process of polyalanine aggregates by free electron laser irradiation

Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh, Heishun Zen, Kazuhiro Nakamura

PLOS ONE 18(9) e0291093-e0291093 2023年9月8日
The Double-Layered Structure of Amyloid-β Assemblage on GM1-Containing Membranes Catalytically Promotes Fibrillization

Maho Yagi-Utsumi, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura, Katsuhiko Yanagisawa, Koichi Kato, Katsuyuki Nishimura

ACS Chemical Neuroscience 14(15) 2648-2657 2023年7月24日
Ingenuity in performing replica permutation: How to order the state labels for improving sampling efficiency

Daiki Fukuhara, Masataka Yamauchi, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 44(4) 534-545 2023年2月
Key Residue for Aggregation of Amyloid-β Peptides.

Satoru G Itoh, Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, Hisashi Okumura

ACS chemical neuroscience 13(22) 3139-3151 2022年11月16日
Molecular Dynamics Simulation Studies on the Aggregation of Amyloid-β Peptides and Their Disaggregation by Ultrasonic Wave and Infrared Laser Irradiation

HISASHI OKUMURA, Satoru Itoh

Molecules 2022年4月
Tardigrade Secretory-Abundant Heat-Soluble Protein Varies Entrance Propensity Depending on the Amino-Acid Sequence

Kazuhisa Miyazawa, Satoru G. Itoh, Yuki Yoshida, Kazuharu Arakawa, Hisashi Okumura

The Journal of Physical Chemistry B 126(12) 2361-2368 2022年3月31日
Implementations of Replica-Permutation and Replica Sub-Permutation Methods into LAMMPS

Masataka Yamauchi, Giovanni La Penna, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura

Computer Physics Communications 108362-108362 2022年3月
Replica permutation with solute tempering for molecular dynamics simulation and its application to the dimerization of amyloid-β fragments

Daiki Fukuhara, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura

The Journal of Chemical Physics 156(8) 084109-084109 2022年2月28日
Molecular dynamics simulations of amyloid-β peptides in heterogeneous environments

Yuhei Tachi, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura

Biophysics and Physicobiology 2022年
Dynamic properties of SARS-CoV and SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerases studied by molecular dynamics simulations

Satoru G. Itoh, Shoichi Tanimoto, Hisashi Okumura

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 778 2021年9月
Tardigrade Secretory-Abundant Heat-Soluble Protein Has a Flexible β-Barrel Structure in Solution and Keeps This Structure in Dehydration.

Kazuhisa Miyazawa, Satoru G Itoh, Hiroki Watanabe, Takayuki Uchihashi, Saeko Yanaka, Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, Kazuharu Arakawa, Hisashi Okumura

The journal of physical chemistry. B 125(32) 9145-9154 2021年8月19日
"Bucket brigade" using lysine residues in RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2.

Shoichi Tanimoto, Satoru G Itoh, Hisashi Okumura

Biophysical journal 2021年7月31日
Role of Water Molecules and Helix Structure Stabilization in the Laser-Induced Disruption of Amyloid Fibrils Observed by Nonequilibrium Molecular Dynamics Simulations

Hisashi Okumura, Satoru G. Itoh, Kazuhiro Nakamura, Takayasu Kawasaki

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 125(19) 4964-4976 2021年5月
Structural basis for promiscuous action of monoterpenes on TRP channels

Thi Hong Dung Nguyen, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura, Makoto Tominaga

COMMUNICATIONS BIOLOGY 4(1) 2021年3月
Promotion and Inhibition of Amyloid-β Peptide Aggregation: Molecular Dynamics Studies.

Satoru G Itoh, Hisashi Okumura

International journal of molecular sciences 22(4) 2021年2月13日
Involvement of pore helix in voltage-dependent inactivation of TRPM5 channel

Kunitoshi Uchida, Tomo Kita, Mitsutoki Hatta, Satoru G. Itoh, Hisashi Okumura, Makoto Tominaga, Jun Yamazaki

HELIYON 7(1) 2021年1月
Replica-permutation molecular dynamics simulations of an amyloid-beta(16-22) peptide and polyphenols

Lan Le Nguyen Ngoc, Satoru G. Itoh, Pornthep Sompornpisut, Hisashi Okumura

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 758 2020年11月
Energetics and kinetics of substrate analog-coupled staphylococcal nuclease folding revealed by a statistical mechanical approach

Takuya Mizukami, Shunta Furuzawa, Satoru G. Itoh, Saho Segawa, Teikichi Ikura, Kunio Ihara, Hisashi Okumura, Heinrich Roder, Kosuke Maki

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 117(33) 19953-19962 2020年8月査読有り

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MISC

アミロイドベータペプチドの凝集初期過程の分子シミュレーション—Molecular simulation on the early aggregation process of amyloid-β peptides

伊藤暁, 矢木真穂, 加藤晃一, 奥村久士

細胞 55(10) 784-788 2023年9月
IgGのフコシル化によるFcのダイナミクスの変化がFcγ受容体との相互作用に及ぼす影響

谷中冴子, 谷中冴子, 谷中冴子, 谷中冴子, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 矢木宏和, 伊藤暁, 伊藤暁 …

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
Fcの構造ダイナミクスがFcγ受容体との相互作用に及ぼす影響の解明

谷中冴子, 谷中冴子, 谷中冴子, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 矢木宏和, 伊藤暁, 伊藤暁, 奥村久士 …

日本薬学会年会要旨集(CD-ROM) 139th 2019年
Oligomerization pathway of A beta fragments by the Hamiltonian replica-permutation method

S. G. Itoh, H. Okumura

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 46 S218-S218 2017年7月査読有り
Oligomerization process of A beta(29-42) by Coulomb replica-permutation MD simulations

S. G. Itoh, H. Okumura

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 44 S147-S147 2015年7月査読有り
Nonequilibrium molecular dynamics simulations of amyloid disruption by ultrasonic cavitation

H. Okumura, S. G. Itoh

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 44 S207-S207 2015年7月査読有り
19aCT-5 ハミルトニアンレプリカ置換法によるAβ(29-42)のオリゴマー形成

伊藤暁, 奥村久士

日本物理学会講演概要集 70 3016-3016 2015年
19aCT-4 分子動力学法によるAβアミロイド線維の揺らぎと構造

奥村久士, 伊藤暁

日本物理学会講演概要集 70 3015-3015 2015年
23pAA-2 キャビテーションによるアミロイド線維破壊過程の非平衡分子動力学シミュレーション

奥村久士, 伊藤暁

日本物理学会講演概要集 70 3375-3375 2015年
A5 分子動力学法により調べたキャビテーションによるアミロイド線維の破壊過程(口頭発表)

奥村久士, 伊藤暁

ソノケミストリー討論会講演論文集 23 9-10 2014年
27aKN-5 諏訪・藤堂法を用いた拡張アンサンブル法 : レプリカ置換法(化学物理・生物物理(電子系・分子シミュレーション等),領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

伊藤暁, 奥村久士

日本物理学会講演概要集 68(2) 316-316 2013年8月26日
Amyloid Disruption by Hypersonic Wave in Non-equilibrium Molecular Dynamics Simulations

H. Okumura, S. G. Itoh

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 42 S68-S68 2013年7月査読有り
Replica-permutation method for biomolecules as a better alternative to replica-exchange method

S. G. Itoh, H. Okumura

EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS 42 S91-S91 2013年7月査読有り
3P021 超音波によるアミロイドβオリゴマー破壊の非平衡分子動力学シミュレーション(01A.蛋白質:構造,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Okumura Hisashi, Itoh Satoru

生物物理 53(1) S215 2013年
1P045 レプリカ置換法による生体分子に対する効率的な構造サンプリン(01B. 蛋白質:構造機能相関,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Itoh Satoru, Okumura Hisashi

生物物理 53(1) S113 2013年
20pAK-12 平均力ダイナミクスに基づく新しい自由エネルギー計算手法の開発(20pAK 化学物理2,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

森下徹也, 伊藤暁, 奥村久士, 三上益弘

日本物理学会講演概要集 67(2) 342-342 2012年8月24日
20pAB-2 αへリックス・βストランドレプリカ交換分子動力学シミュレーション法の開発とデザインペプチドへの応用(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

奥村久士, 伊藤暁

日本物理学会講演概要集 67(2) 337-337 2012年8月24日
Efficiency of the Coulomb replica-exchange method for biomolecular systems

Satoru Itoh, Hisashi Okumura

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 243 2012年3月
pH Replica-Exchange Method Based on Discrete Protonation States

Satoru G. Itoh, Ana Damjanovic, Bernard R. Brooks

BIOPHYSICAL JOURNAL 102(3) 40A-40A 2012年1月査読有り
3E1058 クーロンレプリカ交換法を用いたAβフラグメントに関する研究(蛋白質-構造,口頭発表)

Itoh Satoru, Okumura Hisashi

生物物理 52 S65 2012年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

計算機シミュレーションによる脂質膜上でのアミロイドベータペプチドの凝集過程の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

伊藤暁
新たなpH一定のシミュレーションによるアミロイドβのオリゴマー形成機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

伊藤暁
計算機シミュレーションで探るアミロイドベータペプチドのオリゴマー形成過程

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2012年4月 - 2015年3月

伊藤暁

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