河野信 (Shin Kawano) - マイポータル

基本情報

所属: 富山国際大学現代社会学部教授
: 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター客員教授
: 北里大学特任教授

学位: 修士(工学)(2000年3月北海道大学)
博士(工学)(2003年3月北海道大学)

研究者番号: 40470075
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-7969-2972
J-GLOBAL ID: 200901037038220690
researchmap会員ID: 1000309191

研究キーワード

研究分野

経歴

2022年10月 - 現在

北里大学特任教授
2022年4月 - 現在

大学共同利用機関法人情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター客員教授
2022年4月 - 現在

富山国際大学現代社会学部教授
2019年4月 - 2022年3月

富山国際大学現代社会学部准教授
2018年10月 - 2022年3月

情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター客員准教授
2018年10月 - 2019年3月

東京大学大学院理学系研究科特任研究員
2013年6月 - 2019年3月

科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター客員研究員
2016年4月 - 2018年9月

情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター特任准教授
2013年12月 - 2017年11月

国立がん研究センター先端医療開発センター外来研究員
2015年4月 - 2016年3月

情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター特任准教授
2007年7月 - 2015年3月

情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター特任助教
2008年6月 - 2014年9月

東京バイオテクノロジー専門学校非常勤講師
2011年4月 - 2011年9月

富山県立大学工学部非常勤講師
2010年9月 - 2011年1月

旭川工業高等専門学校応用化学専攻非常勤講師
2003年4月 - 2006年3月

京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター研究員
2000年4月 - 2003年1月

北海道大学工学部ティーチング・アシスタント

学歴

1998年4月 - 2003年3月

北海道大学工学研究科分子化学専攻
1994年4月 - 1998年3月

北海道大学工学部応用化学科

委員歴

2018年1月 - 現在

日本プロテオーム学会理事

受賞

2003年

ESF-JSPS Frontier Science Meetings for Young Researchers BEST POSTER AWARD JSPS

論文

The ProteomeXchange consortium at 10 years: 2023 update

Eric W Deutsch, Nuno Bandeira, Yasset Perez-Riverol, Vagisha Sharma, Jeremy J Carver, Luis Mendoza, Deepti J Kundu, Shengbo Wang, Chakradhar Bandla, Selvakumar Kamatchinathan, Suresh Hewapathirana, Benjamin S Pullman, Julie Wertz, Zhi Sun, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Brendan MacLean, Michael J MacCoss, Yunping Zhu, Yasushi Ishihama, Juan Antonio Vizcaíno

Nucleic Acids Research 2022年11月12日査読有り
The Proteomics Standards Initiative at Twenty Years: Current Activities and Future Work

Eric W Deutsch, Juan Antonio Vizcaíno, Andrew R Jones, Pierre-Alain Binz, Henry Lam, Joshua Klein, Wout Bittremieux, Yasset Perez-Riverol, David L Tabb, Mathias Walzer, Sylvie Ricard-Blum, Henning Hermjakob, Steffen Neumann, Tytus D Mak, Shin Kawano, Luis Mendoza, Tim Van Den Bossche, Ralf Gabriels, Nuno Bandeira, Jeremy Carver, Benjamin Pullman, Zhi Sun, Nils Hoffmann, Jim Shofstahl, Yunping Zhu, Luana Licata, Federica Quaglia, Silvio CE Tosatto, Sandra E Orchard

ChemRxiv 2022年10月17日
Proteomics Standards Initiative’s ProForma 2.0: Unifying the Encoding of Proteoforms and Peptidoforms

Richard D. LeDuc, Eric W. Deutsch, Pierre-Alain Binz, Ryan T. Fellers, Anthony J. Cesnik, Joshua A. Klein, Tim Van Den Bossche, Ralf Gabriels, Arshika Yalavarthi, Yasset Perez-Riverol, Jeremy Carver, Wout Bittremieux, Shin Kawano, Benjamin Pullman, Nuno Bandeira, Neil L. Kelleher, Paul M. Thomas, Juan Antonio Vizcaíno

Journal of Proteome Research 21(4) 1189-1195 2022年4月1日査読有り
Universal Spectrum Identifier for mass spectra

Eric W. Deutsch, Yasset Perez-Riverol, Jeremy Carver, Shin Kawano, Luis Mendoza, Tim Van Den Bossche, Ralf Gabriels, Pierre-Alain Binz, Benjamin Pullman, Zhi Sun, Jim Shofstahl, Wout Bittremieux, Tytus D. Mak, Joshua Klein, Yunping Zhu, Henry Lam, Juan Antonio Vizcaíno, Nuno Bandeira

Nature Methods 18(7) 768-770 2021年7月28日査読有り
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research [version 1; peer review: awaiting peer review]

F1000Research 2020年2月24日
The ProteomeXchange consortium in 2020: enabling 'big data' approaches in proteomics.

Deutsch EW, Bandeira N, Sharma V, Perez-Riverol Y, Carver JJ, Kundu DJ, García-Seisdedos D, Jarnuczak AF, Hewapathirana S, Pullman BS, Wertz J, Sun Z, Kawano S, Okuda S, Watanabe Y, Hermjakob H, MacLean B, MacCoss MJ, Zhu Y, Ishihama Y, Vizcaíno JA

Nucleic acids research 48(D1) D1145-D1152 2019年11月査読有り
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services

Katayama T, Kawashima S, Micklem G, Kawano S, Kim J, Kocbek S, Okamoto S, Wang Y, Wu H, Yamaguchi A, Yamamoto Y, Antezana E, Aoki-Kinoshita KF, Arakawa K, Banno M, Baran J, Bolleman JT, Bonnal RJ, Bono H, Fernández-Breis JT, Buels R, Campbell MP, Chiba H, Cock PJA, Cohen KB, Dumontier M, Fujisawa T, Fujiwara T, Garcia L, Gaudet P, Hattori E, Hoehndorf R, Itaya K, Ito M, Jamieson D, Jupp S, Juty N, Kalderimis A, Kato F, Kawaji H, Kawashima T, Kinjo AR, Komiyama Y, Kotera M, Kushida T, Malone J, Matsubara M, Mizuno S, Mizutani S, Mori H, Moriya Y, Murakami K, Nakazato T, Nishide H, Nishimura Y, Ogishima S, Ohta T, Okuda S, Ono H, Perez-Riverol Y, Shinmachi D, Splendiani A, Strozzi F, Suzuki S, Takehara J, Thompson M, Tokimatsu T, Uchiyama I, Verspoor K, Wilkinson MD, Wimalaratne S, Yamada I, Yamamoto N, Yarimizu M, Kawamoto S, Takagi T

F1000Research 8 2019年9月
The jPOST environment: an integrated proteomics data repository and database

Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Yoshinori Yamanouchi, Norie Araki, Akiyasu C Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

Nucleic Acids Research 47(D1) D1218-D1224 2019年1月8日査読有り
DBTSS/DBKERO for integrated analysis of transcriptional regulation.

Ayako Suzuki, Shin Kawano, Toutai Mitsuyama, Mikita Suyama, Yae Kanai, Katsuhiko Shirahige, Hiroyuki Sasaki, Katsushi Tokunaga, Katsuya Tsuchihara, Sumio Sugano, Kenta Nakai, Yutaka Suzuki

Nucleic acids research 46(D1) D229-D238-D238 2018年1月4日査読有り
Proteomics Standards Initiative: Fifteen Years of Progress and Future Work

Eric W. Deutsch, Sandra Orchard, Pierre-Alain Binz, Wout Bittremieux, Martin Eisenacher, Henning Hermjakob, Shin Kawano, Henry Lam, Gerhard Mayer, Gerben Menschaert, Yasset Perez-Riverol, Reza M. Salek, David L. Tabb, Stefan Tenzer, Juan Antonio Vizcaino, Mathias Walzer, Andrew R. Jones

JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH 16(12) 4288-4298 2017年12月査読有り
The ProteomeXchange consortium in 2017: supporting the cultural change in proteomics public data deposition

Eric W. Deutsch, Attila Csordas, Zhi Sun, Andrew Jarnuczak, Yasset Perez-Riverol, Tobias Ternent, David S. Campbell, Manuel Bernal-Llinares, Shujiro Okuda, Shin Kawano, Robert L. Moritz, Jeremy J. Carver, Mingxun Wang, Yasushi Ishihama, Nuno Bandeira, Henning Hermjakob, Juan Antonio Vizcaino

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 45(D1) D1100-D1106 2017年1月査読有り
jPOSTrepo: an international standard data repository for proteomes

Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Yuki Moriya, Shin Kawano, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Naoyuki Sugiyama, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 45(D1) D1107-D1111 2017年1月査読有り
In Vivo Curdlan/Cellulose Bionanocomposite Synthesis by Genetically Modified Gluconacetobacter xylinus

Ju Fang, Shin Kawano, Kenji Tajima, Tetsuo Kondo

BIOMACROMOLECULES 16(10) 3154-3160 2015年10月査読有り
GlycoRDF: an ontology to standardize glycomics data in RDF

Rene Ranzinger, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Matthew P. Campbell, Shin Kawano, Thomas Luetteke, Shujiro Okuda, Daisuke Shinmachi, Toshihide Shikanai, Hiromichi Sawaki, Philip Toukach, Masaaki Matsubara, Issaku Yamada, Hisashi Narimatsu

BIOINFORMATICS 31(6) 919-925 2015年3月査読有り
DBTSS as an integrative platform for transcriptome, epigenome and genome sequence variation data

Ayako Suzuki, Hiroyuki Wakaguri, Riu Yamashita, Shin Kawano, Katsuya Tsuchihara, Sumio Sugano, Yutaka Suzuki, Kenta Nakai

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 43(D1) D87-D91 2015年1月査読有り
TogoTable: cross-database annotation system using the Resource Description Framework (RDF) data model

Shin Kawano, Tsutomu Watanabe, Sohei Mizuguchi, Norie Araki, Toshiaki Katayama, Atsuko Yamaguchi

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 42(W1) W442-W448 2014年7月査読有り
WURCS: The Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures

Kenichi Tanaka, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Masaaki Kotera, Hiromichi Sawaki, Shinichiro Tsuchiya, Noriaki Fujita, Toshihide Shikanai, Masaki Kato, Shin Kawano, Issaku Yamada, Hisashi Narimatsu

JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING 54(6) 1558-1566 2014年6月査読有り
BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains.

Katayama T, Wilkinson MD, Aoki-Kinoshita KF, Kawashima S, Yamamoto Y, Yamaguchi A, Okamoto S, Kawano S, Kim JD, Wang Y, Wu H, Kano Y, Ono H, Bono H, Kocbek S, Aerts J, Akune Y, Antezana E, Arakawa K, Takagi T

5(1) 5 2014年査読有り
Introducing glycomics data into the Semantic Web

Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Jerven Bolleman, Matthew P. Campbell, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Thomas Luetteke, Masaaki Matsubara, Shujiro Okuda, Rene Ranzinger, Hiromichi Sawaki, Toshihide Shikanai, Daisuke Shinmachi, Yoshinori Suzuki, Philip Toukach, Issaku Yamada, Nicolle H. Packer, Hisashi Narimatsu

JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS 4(1) 39 2013年11月査読有り
Cellulose complementing factor (Ccp) is a new member of the cellulose synthase complex (terminal complex) in Acetobacter xylinum

Naoki Sunagawa, Takaaki Fujiwara, Takanori Yoda, Shin Kawano, Yasuharu Satoh, Min Yao, Kenji Tajima, Tohru Dairi

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 115(6) 607-612 2013年6月査読有り

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MISC

深層学習に基づくペプチド由来イオンピークの新規検出手法

守屋勇樹, 田畑剛, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 瀧川一学, 吉沢明康

質量分析総合討論会講演要旨集 67th 166 2019年4月26日
深層学習を用いたペプチド由来質量分析イオンピークの検出法の開発

守屋勇樹, 田畑剛, 田畑剛, 岩崎未央, 河野信, 河野信, 五斗進, 石濱泰, 瀧川一学, 瀧川一学, 吉沢明康

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
Mass++ ver.4: an open-source, quick and simple data viewer

Satoshi Tanaka, Masaki Murase, Tsuyoshi Takahashi, Masaki Kato, Maiko Kusano, Shin Kawano, Akiyasu C. Yoshizawa, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

66th ASMS 66th 2018年6月7日
jPOSTプロジェクトが提供するプロテオミクスデータとその解析ツール

五斗進, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 石濱泰

第41回日本分子生物学会 41st 2018年
プロテオーム統合データベースの機能深化

守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

第41回日本分子生物学会 41st 2018年
jPOST統合環境の開発

奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 山ノ内祥訓, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 岩崎未央, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

トーゴ―の日2018シンポジウム 2018年
Metadata Curation for fully utilizing raw MS data in jPOST repository

Kobayashi, D, Araki, N, Okuda, S, Watanabe, Y, Moriya, Y, Kawano, S, Yamamoto, T, Matsumoto, T, Takami, T, Yoshizawa, A.C, Tabata, T, Iwasaki, M, Sugiyama, N, Tanaka, S, Goto, S, Ishihama, Y

Mass Spectrometry and Proteomics 2018 (MSP2018)（日本質量分析学会・日本プロテオーム学会 2018年合同大会） 2018年
RDFによるデータベース統合化技術

河野信

生物工学会誌 95(7) 414-418 2017年7月招待有り
Controlling false discovery rate in accumulated public proteome dataset

Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

65th ASMS 65th MP321 2017年6月5日
データベース検索エンジンを用いたタンパク質同定における特異性向上

吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

質量分析総合討論会講演要旨集 65th 107 2017年5月1日
jPOST: Development of reanalysis protocol toward control of false discovery rate in peptide identification

Akiyasu C. Yoshizawa, Tsuyoshi Tabata, Mio Iwasaki, Yuki Moriya, Shin Kawano, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Tadashi Yamamoto, Masaki Matsumoto, Tomoyo Takami, Daiki Kobayashi, Norie Araki, Naoyuki Sugiyama, Satoshi Tanaka, Susumu Goto, Yasushi Ishihama

ConBio2017 2017年
jPOST：再解析プロトコルによる同定結果の質的向上

吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

トーゴ―の日シンポジウム2017 2017年
Reducing false positive identifications for proteome datasets accumulated in jPOST repository

Yoshizawa A, Tabata T, Moriya Y, Kawano S, Okuda S, Watanabe Y, Yamamoto T, Matsumoto M, Takami T, Kobayashi D, Araki N, Sugiyama N, Tanaka S, Goto S, Ishihama Y

16th Human Proteome Organization World Congress (HUPO2017) 2017年
jPOST:プロテオーム統合データベースの開発

守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石澤泰

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2017 116 2017年
jPOST再解析プロトコル:偽陽性と偽陰性の同時減少を目指す

吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2017 115-115 2017年
プロテオーム統合データベースjPOST:質量分析データ・リポジトリ

奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2017 114-197 2017年
jPOST:プロテオーム統合データベースプロジェクト

奥田修二郎, 渡辺由, 守屋勇樹, 河野信, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.3P‐0171 (WEB ONLY)-0171] 2017年
jPOST:プロテオームデータベースの開発

守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 吉沢明康, 田畑剛, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.3P‐0173 (WEB ONLY)-0173] 2017年
jPOST:同定結果のFDR改善を目指す再解析プロトコルの開発

吉沢明康, 田畑剛, 守屋勇樹, 河野信, 奥田修二郎, 渡辺由, 山本格, 松本雅記, 高見知代, 小林大樹, 荒木令江, 杉山直幸, 田中聡, 五斗進, 石濱泰

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.3P‐0172 (WEB ONLY)-0172] 2017年
キメラ酢酸菌によるカードラン/ナノセルロース複合体のin vivo合成

高濱良, 近藤哲男, FANG Ju, 河野信, 田島健次

化学関連支部合同九州大会・外国人研究者交流国際シンポジウム講演予稿集 53rd 149 2016年7月2日