宇田新介 (Uda Shinsuke) - マイポータル

基本情報

所属: 山口大学情報・データ科学教育センター

学位: 博士（理学）(東京工業大学)

J-GLOBAL ID: 201901005026998031
researchmap会員ID: B000362729

研究キーワード

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

論文

Comparison of hepatic responses to glucose perturbation between healthy and obese mice based on the edge type of network structures.

Yuki Ito, Shinsuke Uda, Toshiya Kokaji, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga, Yutaka Suzuki, Shinya Kuroda, Hiroyuki Kubota

Scientific reports 13(1) 4758-4758 2023年3月23日査読有り責任著者
Four features of temporal patterns characterize similarity among individuals and molecules by glucose ingestion in humans.

Suguru Fujita, Yasuaki Karasawa, Masashi Fujii, Ken-Ichi Hironaka, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Hiroshi Inoue, Yohei Sumitomo, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga …

NPJ systems biology and applications 8(1) 6-6 2022年2月8日査読有り
An extensive and dynamic trans-omic network illustrating prominent regulatory mechanisms in response to insulin in the liver.

Fumiko Matsuzaki, Shinsuke Uda, Yukiyo Yamauchi, Masaki Matsumoto, Tomoyoshi Soga, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa, Keiichi I Nakayama, Shinya Kuroda, Hiroyuki Kubota

Cell reports 36(8) 109569-109569 2021年8月24日査読有り
Trans-omic analysis reveals obesity-associated dysregulation of inter-organ metabolic cycles between the liver and skeletal muscle

Riku Egami, Toshiya Kokaji, Atsushi Hatano, Katsuyuki Yugi, Miki Eto, Keigo Morita, Satoshi Ohno, Masashi Fujii, Ken-ichi Hironaka, Saori Uematsu …

iScience 24(3) 102217-102217 2021年3月査読有り
Transomics analysis reveals allosteric and gene regulation axes for altered hepatic glucose-responsive metabolism in obesity

Toshiya Kokaji, Atsushi Hatano, Yuki Ito, Katsuyuki Yugi, Miki Eto, Keigo Morita, Satoshi Ohno, Masashi Fujii, Ken-ichi Hironaka, Riku Egami …

SCIENCE SIGNALING 13(660) 2020年12月査読有り
Single-Cell Information Analysis Reveals That Skeletal Muscles Incorporate Cell-to-Cell Variability as Information Not Noise

Takumi Wada, Ken-ichi Hironaka, Mitsutaka Wataya, Masashi Fujii, Miki Eto, Shinsuke Uda, Daisuke Hoshino, Katsuyuki Kunida, Haruki Inoue, Hiroyuki Kubota …

CELL REPORTS 32(9) 2020年9月査読有り
Approximate Conditional Independence Test using Residuals

Shinsuke Uda

ICAART: PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON AGENTS AND ARTIFICIAL INTELLIGENCE, VOL 2 297-304 2020年査読有り筆頭著者
Trans-omics Impact of Thymoproteasome in Cortical Thymic Epithelial Cells.

Izumi Ohigashi, Yu Tanaka, Kenta Kondo, Sayumi Fujimori, Hiroyuki Kondo, Amy C Palin, Victoria Hoffmann, Mina Kozai, Yosuke Matsushita, Shinsuke Uda …

Cell reports 29(9) 2901-2916 2019年11月26日査読有り
Logical design of oral glucose ingestion pattern minimizing blood glucose in humans.

Masashi Fujii, Yohei Murakami, Yasuaki Karasawa, Yohei Sumitomo, Suguru Fujita, Masanori Koyama, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Hiroshi Inoue, Katsumi Konishi …

NPJ systems biology and applications 5(1) 31-31 2019年9月2日
Reconstruction of global regulatory network from signaling to cellular functions using phosphoproteomic data.

Kentaro Kawata, Katsuyuki Yugi, Atsushi Hatano, Toshiya Kokaji, Yoko Tomizawa, Masashi Fujii, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Masaki Matsumoto, Keiichi I Nakayama …

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 24(1) 82-93 2019年1月査読有り
Logical design of oral glucose ingestion pattern minimizing blood glucose in humans.

Masashi Fujii, Yohei Murakami, Yasuaki Karasawa, Yohei Sumitomo, Suguru Fujita, Masanori Koyama, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Hiroshi Inoue, Katsumi Konishi …

NPJ systems biology and applications 5 31-31 2019年査読有り
Trans-omic Analysis Reveals Selective Responses to Induced and Basal Insulin across Signaling, Transcriptional, and Metabolic Networks.

Kentaro Kawata, Atsushi Hatano, Katsuyuki Yugi, Hiroyuki Kubota, Takanori Sano, Masashi Fujii, Yoko Tomizawa, Toshiya Kokaji, Kaori Y Tanaka, Shinsuke Uda …

iScience 7 212-229 2018年9月28日査読有り
Increase in hepatic and decrease in peripheral insulin clearance characterize abnormal temporal patterns of serum insulin in diabetic subjects.

Ohashi K, Fujii M, Uda S, Kubota H, Komada H, Sakaguchi K, Ogawa W, Kuroda S

NPJ systems biology and applications 4(1) 14 2018年3月14日査読有り
Matrix rank minimization approach to signal recovery and nonlinear function estimation for nonlinear ARX model with input nonlinearity

Katsumi Konishi, Masashi Fujii, Katsuyuki Kunida, Shinsuke Uda, Shinya Kuroda

2017 Asian Control Conference, ASCC 2017 2018- 1428-1431 2018年2月7日査読有り
Sparse Gaussian graphical model with missing values

Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota

Conference of Open Innovation Association, FRUCT 336-343 2018年1月8日査読有り
In Vivo Decoding Mechanisms of the Temporal Patterns of Blood Insulin by the Insulin-AKT Pathway in the Liver.

Kubota H, Uda S, Matsuzaki F, Yamauchi Y, Kuroda S

Cell systems 7(1) 118-128.e3 2018年査読有り
System identification of signaling dependent gene expression with different time-scale data

Takaho Tsuchiya, Masashi Fujii, Naoki Matsuda, Katsuyuki Kunida, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Katsumi Konishi, Shinya Kuroda

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 13(12) e1005913 2017年12月査読有り
System Identification Using Compressed Sensing Reveals Signaling-Decoding System by Gene Expression

Takaho Tsuchiya, Masashi Fujii, Naoki Matsuda, Katsuyuki Kunida, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Katsumi Konishi, Shinya Kuroda

2017年4月21日
Selective control of up-regulated and down-regulated genes by temporal patterns and doses of insulin

Takanori Sano, Kentaro Kawata, Satoshi Ohno, Katsuyuki Yugi, Hiroaki Kakuda, Hiroyuki Kubota, Shinsuke Uda, Masashi Fujii, Katsuyuki Kunida, Daisuke Hoshino …

Science Signaling 9(455) ra112 2016年11月査読有り
Laguerre Filter Analysis with Partial Least Square Regression Reveals a Priming Effect of ERK and CREB on c-FOS Induction

Takamasa Kudo, Shinsuke Uda, Takaho Tsuchiya, Takumi Wada, Yasuaki Karasawa, Masashi Fujii, Takeshi H. Saito, Shinya Kuroda

PLOS ONE 11(8) e0160548 2016年8月査読有り責任著者

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MISC

トランスオミックネットワーク作成による分子制御機構の可視化

松崎芙美子, 湯通堂紀子, 山内幸代, 宇田新介, 和泉自泰, 高橋政友, 中尾素直, 油屋駿介, 馬場健史, 曽我朋義 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
Application of information theory in systems biology.

Shinsuke Uda

Biophysical reviews 2020年3月6日査読有り筆頭著者責任著者
Single-cell information analysis reveals small intra- and large intercellular variations increase cellular information capacity

Wada T, Wataya M, Fujii M, Hironaka K, Eto M, Uda S, Hoshino D, Kunida K, Inoue H, Kubota H …

bioRxiv 2019年5月
システム同定に基づく細胞内シグナル伝達機構の解明

小西克巳, 藤井雅史, 国田勝行, 宇田新介, 黒田真也

「システム／制御／情報」 61(7) 259-264 2017年
不等間隔サンプリングデータによるシステム同定のための繰り返し核ノルム最小化法

小西克巳, 土屋貴穂, 国田勝行, 藤井雅史, 宇田新介, 黒田真也

システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集 60 6p 2016年5月25日
Analysis of cellular signal transduction from an information theoretic approach

Shinsuke Uda, Shinya Kuroda

SEMINARS IN CELL & DEVELOPMENTAL BIOLOGY 51 24-31 2016年3月査読有り筆頭著者責任著者
健常および肥満マウスの肝臓および筋肉におけるグルコース負荷に対する代謝変動の網羅的解析

小鍛治俊也, 久保田浩行, 伊藤有紀, 柚木克之, 藤井雅史, 宇田新介, 国田勝行, 曽我朋義, 黒田真也

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [2P0851]-[2P0851] 2015年12月
RNA-Seqを用いたインスリン依存的選択的スプライシング変動の網羅的解析

佐野貴規, 川田健太郎, 角田裕晶, 久保田浩行, 柚木克之, 宇田新介, 国田勝行, 小鍛治俊也, 鈴木穣, 黒田真也

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 86回 1P-310 2013年9月
Specific Features of Transient Ras and Sustained Rap1 Activation

Yu-ichi Ozaki, Shinsuke Uda, Shinya Kuroda

SYSTEMS BIOLOGY: THE CHALLENGE OF COMPLEXITY 121-+ 2009年査読有り
26aXD-6 適応TAP平均場アルゴリズムの改良とそのCDMA通信への応用(26aXD 情報統計力学,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

竹田晃人, 宇田新介, 樺島祥介

日本物理学会講演概要集 61(2) 226-226 2006年8月18日
パーセプトロン型確率モデルにおけるベイズ学習のための平均場アルゴリズム

宇田新介, 樺島祥介

電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 105(657) 51-56 2006年3月8日
30pUA-3 直交拡散系列を用いたCDMA通信の性能解析(30pUA 情報統計力学,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

竹田晃人, 宇田新介, 樺島祥介

日本物理学会講演概要集 61(1) 334-334 2006年3月4日
30pUA-2 パーセプトロン型確率モデルの適応TAP方程式に基くベイズ学習アルゴリズム(30pUA 情報統計力学,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

宇田新介, 竹田晃人, 樺島祥介

日本物理学会講演概要集 61(1) 334-334 2006年3月4日
19pYO-4 ベイズ予測に基づいた疎な確率モデルによるクラス識別機の開発と評価(情報統計力学,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

宇田新介, 樺島祥介

日本物理学会講演概要集 60(2) 156-156 2005年8月19日
確率伝播法による変数刈り込みを行うクラス識別機

宇田新介, 樺島祥介

電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 103(733) 163-168 2004年3月11日
30aWB-9 確率伝播法による変数刈り込みを行うクラス識別機(情報統計力学)(領域11)

宇田新介, 樺島祥介

日本物理学会講演概要集 59(1) 337-337 2004年3月3日
カーネルマシンによる複数情報源からのイースト菌遺伝子機能予測

宇田新介, 津田宏治

電子情報通信学会技術研究報告. NC, ニューロコンピューティング 102(729) 155-160 2003年3月10日
28pWJ-13 カーネルマシンによる複数情報源からのイースト菌遺伝子機能予測

宇田新介, 津田宏治

日本物理学会講演概要集 58(1) 266-266 2003年3月6日

書籍等出版物

システムバイオロジー

宇田, 新介

コロナ社 2022年11月 (ISBN: 9784339027341)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

情報量に基づいたトランスオミクスデータ解析手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2022年3月

宇田新介
胸腺T細胞における正負の選択を決定する情報伝達回路の情報理論を用いた同定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

宇田新介, 幡野敦, 比嘉綱己
データ駆動アプローチからのトランスオミクスネットワーク推定法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年4月 - 2020年3月

宇田新介
多階層オミクスデータのためのネットワーク推定方法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

宇田新介
ネットワークダイナミクスの数理的解析によるインスリン情報伝達機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年7月 - 2018年3月

松崎芙美子, 今井哲郎, 宇田新介, 久保田浩行, 松本雅記
疎性を用いた多階層ネットワークの同定

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

宇田新介
細胞内シグナル伝達ネットワークの情報論的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

宇田新介

宇田新介

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