黒田真也 (Shinya Kuroda) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻教授

研究者番号: 50273850
J-GLOBAL ID: 202101020004016887
researchmap会員ID: R000024069

研究キーワード

研究分野

論文

131

Transomic analysis reveals DNA methylation and transcription factor roles in obese liver protein expression.

Hideki Maehara, Atsushi Hatano, Masaki Shirai, Toshiya Kokaji, Yutaka Suzuki, Masaki Matsumoto, Riku Egami, Hiroyuki Kubota, Hiromitsu Araki, Fumihito Miura …

NPJ systems biology and applications 11(1) 130-130 2025年11月19日
Structural robustness and temporal vulnerability of the starvation-responsive metabolic network in healthy and obese mouse liver.

Keigo Morita, Atsushi Hatano, Toshiya Kokaji, Hikaru Sugimoto, Takaho Tsuchiya, Haruka Ozaki, Riku Egami, Dongzi Li, Akira Terakawa, Satoshi Ohno …

Science signaling 18(883) eads2547 2025年4月22日
Improved detection of decreased glucose handling capacities via continuous glucose monitoring-derived indices.

Hikaru Sugimoto, Ken-Ichi Hironaka, Tomoaki Nakamura, Tomoko Yamada, Hiroshi Miura, Natsu Otowa-Suematsu, Masashi Fujii, Yushi Hirota, Kazuhiko Sakaguchi, Wataru Ogawa …

Communications medicine 5(1) 103-103 2025年4月22日
Three components of glucose dynamics – value, variability, and autocorrelation – are independently associated with coronary plaque vulnerability

Hikaru Sugimoto, Ken-ichi Hironaka, Tomoko Yamada, Natsu Otowa-Suematsu, Yushi Hirota, Hiromasa Otake, Ken-Ichi Hirata, Kazuhiko Sakaguchi, Wataru Ogawa, Shinya Kuroda

eLife 2025年3月4日査読有り責任著者
iTraNet: a web-based platform for integrated trans-omics network visualization and analysis.

Hikaru Sugimoto, Keigo Morita, Dongzi Li, Yunfan Bai, Matthias Mattanovich, Shinya Kuroda

Bioinformatics advances 4(1) vbae141 2024年9月30日査読有り責任著者
Time and dose selective glucose metabolism for glucose homeostasis and energy conversion in the liver

Yifei Pan, Atsushi Hatano, Satoshi Ohno, Keigo Morita, Toshiya Kokaji, Yunfan Bai, Hikaru Sugimoto, Riku Egami, Akira Terakawa, Dongzi Li …

npj Systems Biology and Applications 10(1) 107-107 2024年9月30日査読有り責任著者
Model selection reveals selective regulation of blood amino acid and lipid metabolism by insulin in humans

Suguru Fujita, Ken-ichi Hironaka, Yasuaki Karasawa, Shinya Kuroda

iScience 109833-109833 2024年6月21日査読有り責任著者
Trans-omic analysis reveals opposite metabolic dysregulation between feeding and fasting in liver associated with obesity

Yunfan Bai, Keigo Morita, Toshiya Kokaji, Atsushi Hatano, Satoshi Ohno, Riku Egami, Yifei Pan, Dongzi Li, Katsuyuki Yugi, Saori Uematsu …

iScience 27(3) 109121-109121 2024年3月
DI/cle, a Measure Consisting of Insulin Sensitivity, Secretion, and Clearance, Captures Diabetic States.

Hikaru Sugimoto, Ken-Ichi Hironaka, Tomoko Yamada, Kazuhiko Sakaguchi, Wataru Ogawa, Shinya Kuroda

The Journal of clinical endocrinology and metabolism 108(12) 3080-3089 2023年11月17日
DNA hypomethylation characterizes genes encoding tissue-dominant functional proteins in liver and skeletal muscle

Hideki Maehara, Toshiya Kokaji, Atsushi Hatano, Yutaka Suzuki, Masaki Matsumoto, Keiichi I. Nakayama, Riku Egami, Takaho Tsuchiya, Haruka Ozaki, Keigo Morita …

Scientific Reports 13(1) 2023年11月5日
Comparison of hepatic responses to glucose perturbation between healthy and obese mice based on the edge type of network structures.

Yuki Ito, Shinsuke Uda, Toshiya Kokaji, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga, Yutaka Suzuki, Shinya Kuroda, Hiroyuki Kubota

Scientific reports 13(1) 4758-4758 2023年3月23日
Optogenetic decoding of Akt2-regulated metabolic signaling pathways in skeletal muscle cells using transomics analysis

Genki Kawamura, Toshiya Kokaji, Kentaro Kawata, Yuka Sekine, Yutaka Suzuki, Tomoyoshi Soga, Yoshibumi Ueda, Mizuki Endo, Shinya Kuroda, Takeaki Ozawa

Science Signaling 16(773) 2023年2月21日
Construction of an inter-organ transomic network for whole-body metabolism

Toshiya Kokaji, Shinya Kuroda

Current Opinion in Endocrine and Metabolic Research 25 100361-100361 2022年8月
Features extracted using tensor decomposition reflect the biological features of the temporal patterns of human blood multimodal metabolome

Suguru Fujita, Yasuaki Karasawa, Ken-ichi Hironaka, Y-h. Taguchi, Shinya Kuroda

2022年5月25日
Trans-omics analysis of insulin action reveals a cell growth subnetwork which co-regulates anabolic processes

Akira Terakawa, Yanhui Hu, Toshiya Kokaji, Katsuyuki Yugi, Keigo Morita, Satoshi Ohno, Yifei Pan, Yunfan Bai, Andrey A. Parkhitko, Xiaochun Ni …

iScience 25(5) 104231-104231 2022年5月
Quantitative metabolic fluxes regulated by trans-omic networks

Satoshi Ohno, Saori Uematsu, Shinya Kuroda

Biochemical Journal 479(6) 787-804 2022年3月31日
In vivo transomic analyses of glucose-responsive metabolism in skeletal muscle reveal core differences between the healthy and obese states

Toshiya Kokaji, Miki Eto, Atsushi Hatano, Katsuyuki Yugi, Keigo Morita, Satoshi Ohno, Masashi Fujii, Ken-ichi Hironaka, Yuki Ito, Riku Egami …

2022年3月28日
Multi-omics-based label-free metabolic flux inference reveals obesity-associated dysregulatory mechanisms in liver glucose metabolism.

Saori Uematsu, Satoshi Ohno, Kaori Y Tanaka, Atsushi Hatano, Toshiya Kokaji, Yuki Ito, Hiroyuki Kubota, Ken-Ichi Hironaka, Yutaka Suzuki, Masaki Matsumoto …

iScience 25(2) 103787-103787 2022年2月18日
Four features of temporal patterns characterize similarity among individuals and molecules by glucose ingestion in humans.

Suguru Fujita, Yasuaki Karasawa, Masashi Fujii, Ken-Ichi Hironaka, Shinsuke Uda, Hiroyuki Kubota, Hiroshi Inoue, Yohei Sumitomo, Akiyoshi Hirayama, Tomoyoshi Soga …

NPJ systems biology and applications 8(1) 6-6 2022年2月8日
An extensive and dynamic trans-omic network illustrating prominent regulatory mechanisms in response to insulin in the liver.

Fumiko Matsuzaki, Shinsuke Uda, Yukiyo Yamauchi, Masaki Matsumoto, Tomoyoshi Soga, Kazumitsu Maehara, Yasuyuki Ohkawa, Keiichi I Nakayama, Shinya Kuroda, Hiroyuki Kubota

Cell reports 36(8) 109569-109569 2021年8月24日

もっとみる

MISC

トランスオミクス解析による休眠・冬眠現象の包括的理解に向けて

黒田真也

月刊「細胞」 12月号 1125-1129 2023年
【マルチオミクスを使って得られた最新知見糖尿病・がん・腸内細菌研究における実例と解析法】マウス肝臓における肥満特異的な代謝制御トランスオミクスネットワーク構築

小鍛治俊也, 幡野敦, 柚木克之, 黒田真也

実験医学 38(8) 1289-1294 2020年5月
Rate-oriented trans-omics: integration of multiple omic data on the basis of reaction kinetics

Katsuyuki Yugi, Satoshi Ohno, James R. Krycer, David E. James, Shinya Kuroda

Current Opinion in Systems Biology 15 109-120 2019年6月1日
Single-cell information analysis reveals small intra- and large intercellular variations increase cellular information capacity

Takumi Wada, Mitsutaka Wataya, Masashi Fujii, Ken-ichi Hironaka, Miki Eto, Shinsuke Uda, Daisuke Hoshino, Katsuyuki Kunida, Haruki Inoue, Hiroyuki Kubota …

bioRxiv 2019年5月
Metabolism as a signal generator across trans-omic networks at distinct time scales

Katsuyuki Yugi, Shinya Kuroda

Current Opinion in Systems Biology 8 59-66 2018年4月1日
Matrix rank minimization approach to signal recovery and nonlinear function estimation for nonlinear ARX model with input nonlinearity

Katsumi Konishi, Masashi Fujii, Katsuyuki Kunida, Shinsuke Uda, Shinya Kuroda

2017 Asian Control Conference, ASCC 2017 2018- 1428-1431 2018年2月7日査読有り
動的13C-メタボロミクスおよびリン酸化プロテオミクスの統合解析により明らかとなった脂肪細胞の代謝プライミング機構

柚木克之, Krycer James R, 平山明由, Fazakerley Daniel J, Quek Lake-Ee, Scalzo Richard, 大野聡, Hodson Mark P, 池田五月, 庄司二葉 …

JSBMS Letters 42(Suppl.) 108-108 2017年8月
細胞応答計測のためのマイクロ流体制御技術と細胞培養システム

木下晴之, 前川敏郎, 国田勝行, 黒田真也, 藤井輝夫

「システム／制御／情報」 61(7) 2017年
システム同定に基づく細胞内シグナル伝達機構の解明 (「生体を探る・真似る・整える」総合特集号)

小西克巳, 藤井雅史, 国田勝行, 宇田新介, 黒田真也

システム・制御・情報 = Systems, control and information : システム制御情報学会誌 61(7) 259-264 2017年
不等間隔サンプリングデータによるシステム同定のための繰り返し核ノルム最小化法

小西克巳, 土屋貴穂, 国田勝行, 藤井雅史, 宇田新介, 黒田真也

システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集 60 6p 2016年5月25日
健常および肥満マウスの肝臓および筋肉におけるグルコース負荷に対する代謝変動の網羅的解析

小鍛治俊也, 久保田浩行, 伊藤有紀, 柚木克之, 藤井雅史, 宇田新介, 国田勝行, 曽我朋義, 黒田真也

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [2P0851]-[2P0851] 2015年12月
Temporal coding of insulin signaling

Hiroyuki Kubota, Shinya Kuroda

Protein Modifications in Pathogenic Dysregulation of Signaling 95-109 2015年9月2日
神経細胞スパインにおける確率的な応答と情報コーディング (AYUMI 理論生物学 : 数理科学の医学への応用)

藤井雅史, 黒田真也

医学のあゆみ 253(12) 1167-1172 2015年6月20日
トランスオミクス解析 : マルチオミクスデータから代謝制御ネットワークを再構築する

柚木克之, 久保田浩行, 黒田真也

バイオサイエンスとインダストリー 73(5) 392-394 2015年
Observation of CaMKII autophosphorylation with Phos-tag SDS-PAGE

Hidetoshi Urakubo, Shinya Kuroda

NEUROSCIENCE RESEARCH 71 E325-E325 2011年
Emerging direction sensitivity through STDP in a model of Xenopus visual system

Minoru Honda, Hidetoshi Urakubo, Shinya Kuroda

NEUROSCIENCE RESEARCH 68 E437-E437 2010年
周波数応答を応用したAktシグナル伝達経路のダイナミクスの解析 (特集動き出す次世代システムズバイオロジー--研究が広がる定量的データ取得と解析)

藤田一広, 豊島有, 黒田真也

細胞工学 29(4) 349-354 2010年
Acquirement of direction selectivity through STDP in retinotectum

Minoru Honda, Hidetoshi Urakubo, Shinya Kuroda

NEUROSCIENCE RESEARCH 65 S65-S65 2009年
The involvement of Raf-kinase inhibitory protein in cerebellar long-term depression

Keiko Tanaka-Yamamoto, Shinya Kuroda

NEUROSCIENCE RESEARCH 65 S145-S146 2009年
Specific Features of Transient Ras and Sustained Rap1 Activation

Yu-ichi Ozaki, Shinsuke Uda, Shinya Kuroda

SYSTEMS BIOLOGY: THE CHALLENGE OF COMPLEXITY 121-+ 2009年査読有り

もっとみる

書籍等出版物

トランスオミクスネットワークを構築・解析するウェブツール「iTraNet」

杉本光, 黒田真也 (担当:共著)

羊土社 2025年3月 (ISBN: 9784758125895)
「特集」トランスオミクスで生命の地図を描け!

黒田, 真也, 中山, 敬一

羊土社 2014年5月 (ISBN: 9784758101271)

講演・口頭発表等

トランスオミクスによる肥満に伴う肝臓での代謝応答システムの破綻

黒田真也

APPW2025 第130回日本解剖学会/第102回日本生理学会/第98回日本薬理学会合同大会 2025年3月18日招待有り
Trans-omic analysis of glucose metabolism and its dysfunction associated with obesity

Shinya Kuroda

23rd International Conference on Systems Biology 2024年12月4日招待有り
飢餓時代謝ネットワークの構造的堅牢性と時間的脆弱性

守田啓悟, 幡野敦, 小鍛冶俊也, 杉本光, 土屋貴穂, 尾崎遼, 江上陸, 李冬子, 寺川瑛, 大野聡, 井上啓, 稲葉有香, 鈴木穣, 松本雅記, 高橋政友, 和泉自泰, 馬場健史, 平山明由, 曽我朋義, 黒田真也

第47回日本分子生物学会年会 2024年11月29日
My Systems Biology and Beyond

黒田真也

第47回分子生物学会年会 2024年11月29日招待有り
Metabolic regulation by tissue-specific splicing variants in the mouse liver

白井均樹, 黒田真也

第47回日本分子生物学会年会 2024年11月28日
トランスオミクスによる肝臓での糖応答代謝システムの解析

黒田真也

第18回メタボロームシンポジウム 2024年10月24日招待有り
Investigation of specific splicing patterns for metabolic regulation in mouse liver

白井均樹, 黒田真也

Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference (APBJC2024) 2024年10月24日
インスリンの時空間ダイナミクスによる下流分子の応答性の数理

渡邊絵美理, 黒田真也

理論と実験2024 2024年10月11日
絶食時マウス肝臓における代謝の熱力学とその生理的影響

安部川拓海, 大野聡, 黒田真也

日本物理学会第79回年次大会 2024年9月16日
Metabolome Analysis in Mice Liver Using Thermodynamics

第21回国際生物物理会議 2024年6月26日
Structureome analysis of protein phosphorylation and kinase substrate specificity

高栁龍, 富井健太郎, 西羽美, 黒田真也

第24回日本蛋白質科学会年会 2024年6月11日
Transomic network analysis of glucose metabolism and its dysfunction associated with obesity

Shinya Kuroda

2023 5th MHRC Symposium at SIMS 2023年8月招待有り
トランスオミクスによる肝臓での糖応答システムの解析

黒田真也

東海糖尿病代謝連携懇話会学術講演会 2023年7月8日招待有り

共同研究・競争的資金等の研究課題

冬眠・休眠のトランスオミクス解析

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2023年4月 - 2028年3月

黒田真也, 曽我朋義
冬眠生物学2.0 総括班

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2023年4月 - 2028年3月

山口良文, 榎木亮介, 田中和正, 清成寛, 黒田真也, 桜井武, 砂川玄志郎, 金尚宏, 岡松優子
時空間トランスオミクスを用いた多細胞・臓器連関代謝制御の解明

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2021年 - 2026年

黒田真也
細胞の不均一性から読み解く空間情報コードの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2021年4月 - 2024年3月

黒田真也
2型糖尿病の代謝アダプテーション

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年6月 - 2022年3月

黒田真也, 稲葉有香, 土屋貴穂, 小林大樹, 幡野敦, 尾崎遼
代謝アダプテーションのトランスオミクス解析の総括

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年6月 - 2022年3月

黒田真也, 角田達彦, 岡田眞里子, 馬場健史, 鈴木穣, 松田史生, 伊藤隆司, 中山敬一
代謝アダプテーションのトランスオミクス解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年6月 - 2022年3月

黒田真也
神経スパインの小ささが生み出すロバスト情報コード

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2021年3月

黒田真也
1細胞レベルでのシグナル伝達の時間情報コードの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2018年4月 - 2021年3月

黒田真也, 眞鍋康子
時間情報コードによる細胞制御システムの解明

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2012年 - 2017年

黒田真也
細胞内シグナル伝達機構における時間情報コードのシステム生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2012年4月 - 2014年3月

黒田真也
高速定量的免疫染色手法と1細胞レベルのシグナル伝達ネットワークの確率的モデル化手法開発

国際的な科学技術共同研究などの推進戦略的国際科学技術協力推進事業 SICP イギリス 2009年 - 2011年

黒田真也
細胞成長を制御するAkt経路のシステム生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2009年 - 2011年

黒田真也
シグナル伝達機構の情報コーディング

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2006年 - 2011年

黒田真也
シグナル伝達ネットワークの安定性と可塑性の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2009年

黒田真也, 川人光男, 前田彰男, 笹川覚, 尾碕裕一
ERK経路のシステム生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2006年 - 2008年

黒田真也
細胞の極性形成と遊走を制御する分子機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術創成研究費 2003年 - 2007年

貝淵弘三, 臼倉治郎, 黒田真也, 天野睦紀, 田谷真一郎, 有村奈利子
シグナル伝達機構のシステム解析

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業さきがけ 2002年 - 2005年

黒田真也
生化学反応シミュレーションを用いた分子ネットワークの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2004年

黒田真也, 川人光男, 前田彰男, 笹川覚, 尾崎裕一, SIVAKUMARAN Sudhir
細胞接着のダイナミクス

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業さきがけ 1996年 - 1999年

黒田真也

もっとみる

メディア報道

肥満マウス肝臓の飢餓適応

科学新聞 2025年5月16日（金）第４０１９号（４）に記載 2025年5月16日新聞・雑誌

黒田真也

基本情報

研究キーワード

研究分野

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

共同研究・競争的資金等の研究課題

メディア報道

メニュー

共著者の一覧