矢部志央理 (Shiori YABE) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構作物研究部門研究員

学位: 農学(東京大学)

研究者番号: 60767771
J-GLOBAL ID: 201601002360217473
researchmap会員ID: B000262637

統計遺伝学的解析や、コンピューターを用いた育種シミュレーションを通して、作物の育種に貢献できるよう努めています。遺伝子と環境の交互作用の解析にも着手しています。

研究キーワード

研究分野

環境・農学 / 遺伝育種科学 /

経歴

2021年10月 - 現在

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 作物研究部門, 主任研究員
2021年4月 - 2021年9月

国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 作物研究部門, 研究員
2019年4月 - 2021年3月

農研機構次世代作物開発研究センター, 基盤研究領域情報解析ユニット, 研究員
2016年4月 - 2019年3月

農研機構次世代作物開発研究センター, 基盤研究領域情報解析ユニット, 任期付研究員
2015年12月 - 2019年3月

JST, さきがけ, 研究員
2015年4月 - 2015年11月

農研機構中央農業総合研究センター, 情報利用研究領域, 契約研究員

受賞

2024年

日本育種学会奨励賞

矢部志央理
2023年

日本作物学会論文賞

Shiori Yabe, Hiroe Yoshida, Erina Fushimi, Masanori Yamasaki, Hiroshi Nakagawa
2021年10月

日本育種学会論文賞

関根大輔, 矢部志央理
2018年4月

第245回講演会優秀発表賞, 日本作物学会

矢部志央理
2016年

第130回講演会優秀発表賞, 日本育種学会

矢部志央理
2015年

日本育種学会論文賞

矢部志央理, 原尚資, 上野まりこ, 榎宏征, 木村達郎, 西村哲, 安井康夫, 大澤良, 岩田洋佳
2012年

第122回講演会優秀発表賞, 日本育種学会

矢部志央理

論文

Dual ensemble approach to predict rice heading date by integrating multiple rice phenology models and machine learning-based genetic parameter regression models

Satoshi Kawakita, Masanori Yamasaki, Ryo Teratani, Shiori Yabe, Hiromi Kajiya-Kanegae, Hiroe Yoshida, Erina Fushimi, Hiroshi Nakagawa

Agricultural and Forest Meteorology 344 109821-109821 2024年1月査読有り
Genome- and Transcriptome-wide Association Studies to Discover Candidate Genes for Diverse Root Phenotypes in Cultivated Rice

Shujun Wei, Ryokei Tanaka, Taiji Kawakatsu, Shota Teramoto, Nobuhiro Tanaka, Matthew Shenton, Yusaku Uga, Shiori Yabe

Rice 16(1) 55 2023年12月8日査読有り責任著者
Independent control of organ number and distribution pattern in rice panicle

Eiji Yamamoto, Shiori Yabe, Mayuko Inari-Ikeda, Hideki Yoshida, Yoichi Morinaka, Makoto Matsuoka, Hidemi Kitano

Frontiers in Plant Science 14 1119770-1119770 2023年2月査読有り筆頭著者
γ‐Oryzanol concentrations in various rice genotypes ripened under different air temperatures

Hiroshi Nakano, Hiroe Yoshida, Shiori Yabe, Erina Fushimi, Ryo Tanaka, Masanori Yamasaki, Hiroshi Nakagawa

Cereal Chemistry 2022年9月5日査読有り
Genetic basis of maturity time is independent from that of flowering time and contributes to ecotype differentiation in common buckwheat (Fagopyrum esculentum Moench)

Ryoma Takeshima, Shiori Yabe, Katsuhiro Matsui

BMC Plant Biology 22 353 2022年7月査読有り
多収・良食味水稲の移植時期の違いによる収量変動要因の検討

荒井(三王) 裕見子, 岡村昌樹, 吉永悟志, 矢部志央理, 荻原均, 小林伸哉

日本作物学会紀事 91(2) 129-135 2022年4月5日査読有り
A novel index to evaluate resource allocation pattern in panicles in Japanese rice cultivars

Shiori Yabe, Hiroe Yoshida, Erina Fushimi, Masanori Yamasaki, Hideo Maeda, Takeshi Hayashi, Hiroshi Nakagawa

PLANT PRODUCTION SCIENCE 25(2) 195-210 2022年4月査読有り筆頭著者
Integration of Genomics with Crop Modeling for Predicting Rice Days to Flowering: A Multi-Model Analysis

Yubin Yang, Lloyd T. Wilson, Tao Li, Livia Paleari, Roberto Confalonieri, Yan Zhu, Liang Tang, Xiaolei Qiu, Fulu Tao, Yi Chen …

Field Crops Research 276 2022年2月1日査読有り
A quantitative staging system for describing rice panicle development and its application for a crop phenological model

Erina Fushimi, Hiroe Yoshida, Shiori Yabe, Hiroki Ikawa, Hiroshi Nakagawa

AGRONOMY JOURNAL 113(6) 5040-5053 2021年11月査読有り
Improving Quantitative Traits in Self-Pollinated Crops Using Simulation-Based Selection With Minimal Crossing.

Daisuke Sekine, Mai Tsuda, Shiori Yabe, Takehiko Shimizu, Kayo Machita, Masayasu Saruta, Tetsuya Yamada, Masao Ishimoto, Hiroyoshi Iwata, Akito Kaga

Frontiers in plant science 12 729645-729645 2021年査読有り
非破壊計測による水稲生育形質の推定精度の検討

荒井(三王) 裕見子, 岡村昌樹, 建石邦夫, 矢部志央理, 荻原均, 吉田ひろえ, 吉永悟志, 小林伸哉

日本作物学会紀事 90(2) 160-167 2021年査読有り
Analysis of the Segregation Distortion of FcRAN1 Genotypes Based on Whole-Genome Resequencing of Fig (Ficus carica L.) Breeding Parents.

Hidetoshi Ikegami, Kenta Shirasawa, Hiroshi Yakushiji, Shiori Yabe, Masaru Sato, Takeshi Hayashi, Kosuke Tashiro, Hitoshi Nogata

Frontiers in plant science 12 647599-647599 2021年査読有り
Coupling day length data and genomic prediction tools for predicting time-related traits under complex scenarios.

Diego Jarquin, Hiromi Kajiya-Kanegae, Chen Taishen, Shiori Yabe, Reyna Persa, Jianming Yu, Hiroshi Nakagawa, Masanori Yamasaki, Hiroyoshi Iwata

Scientific reports 10(1) 13382-13382 2020年8月7日査読有り
IonBreeders: bioinformatics plugins toward genomics-assisted breeding.

Eri Ogiso-Tanaka, Shiori Yabe, Tsuyoshi Tanaka

Breeding science 70(3) 396-401 2020年6月査読有り
Simulation-based optimization of genomic selection scheme for accelerating genetic gain while preventing inbreeding depression in onion breeding

Daisuke Sekine, Shiori Yabe

BREEDING SCIENCE 70(5) 594-604 2020年査読有り責任著者
Choosing the optimal population for a genome-wide association study: a simulation using whole-genome sequences from rice.

Hamazaki Kosuke, Kajiya-Kanegae Hiromi, Kajiya-Kanegae Hiromi, Yamasaki Masanori, Ebana Kaworu, Yabe Shiori, Nakagawa Hiroshi, Iwata Hiroyoshi

Plant Genome 13(1) e20005 2019年12月査読有り
Whole genome sequencing data of Oryza sativa L. cv. Takanari

Hiromi Kajiya-Kanegae, Shiori Yabe, Hiroe Yoshida, Kaworu Ebana, Masanori Yamasaki, Hiroshi Nakagawa, Hiroyoshi Iwata

Data in Brief 27 104546 2019年12月査読有り
Description of grain weight distribution leading to genomic selection for grain-filling characteristics in rice

Yabe Shiori, Yoshida Hiroe, Kajiya-Kanegae Hiromi, Yamasaki Masanori, Iwata Hiroyoshi, Ebana Kaworu, Hayashi Takeshi, Nakagawa Hiroshi

PLoS ONE 13(11) e0207627 2018年11月20日査読有り
Model analysis of genotypic difference in the variation of the duration from heading to flower opening based on the flower position on a panicle in high-yielding rice cultivars

Shiori Yabe, Hiroshi Nakagawa, Shunsuke Adachi, Takehiro Mukouyama, Yumiko Arai-Sanoh, Masaki Okamura, Motohiko Kondo, Hiroe Yoshida

Field Crops Research 223 155-163 2018年6月15日査読有り
Characterization of high-yielding rice cultivars with different grain-filling properties to clarify limiting factors for improving grain yield

Masaki Okamura, Yumiko Arai-Sanoh, Hiroe Yoshida, Takehiro Mukouyama, Shunsuke Adachi, Shiori Yabe, Hiroshi Nakagawa, Koichi Tsutsumi, Yojiro Taniguchi, Nobuya Kobayashi …

Field Crops Research 219 139-147 2018年4月15日査読有り

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MISC

特集記事 2015年第57回シンポジウム（シンポジウム・ワークショップ）報告:育種学と農学のこれからを考える 30 ~フェノタイピングは頭痛の種?~

矢部志央理, 上原奏子, 吉津祐貴, 渡辺翔, 野下浩司

育種学研究 18(2) 67-71 2016年査読有り招待有り
特集記事 2016年第59回シンポジウム（シンポジウム・ワークショップ）報告:育種学と農学のこれからを考える 32

吉津祐貴, 別所– 上原奏子, 矢部志央理, 世古智一, 宮武宏治

育種学研究 19(1) 48-53 2017年査読有り招待有り
特集記事 2017年第61回シンポジウム（シンポジウム・ワークショップ）報告:育種学と農学のこれからを考える34-形態をキーワードに育種を再考する-

別所–上原奏子, 吉津祐貴, 斉藤希, 坂本莉沙, 矢部志央理, 山地直樹, 永井啓祐

育種学研究 20(1) 69-75 2018年査読有り招待有り
特集記事 2017年第61回シンポジウム（シンポジウム・ワークショップ）報告:ダイズにおける育種の新しい流れ

小木曽映里, 矢部志央理, 山田哲也, 小野木章雄, 関根大輔, 加賀秋人, 山田哲也, 石本政男

育種学研究 20(1) 76-81 2018年査読有り招待有り
特集記事 2018年第60回シンポジウム（シンポジウム・ワークショップ）報告:明日の育種学を考える

谷坂隆俊, 築山拓司, 西尾剛, 矢野昌裕, 小林麻子, 加屋隆士, 坂本理沙, 斎藤希, 矢部志央理

育種学研究 21(2) 157-168 2019年12月1日査読有り
Genomics-assisted breeding in minor and pseudo-cereals

Shiori Yabe, Hiroyoshi Iwata

BREEDING SCIENCE 70(1) 19-31 2020年査読有り招待有り筆頭著者責任著者

書籍等出版物

植物の超階層生物学 : ゲノミクス×フェノミクス×生態学でひもとく多様性

種生物学会, 佐藤, 安弘, 村中, 智明 (担当:分担執筆, 範囲:第４章大量ゲノム情報時代の植物育種)

文一総合出版 2023年8月 (ISBN: 9784829962107)

講演・口頭発表等

気象データを利用した水稲の幼穂長推定モデルの開発

伏見栄利奈, 吉田ひろえ, 矢部志央理, 中川博視

日本作物学会第255回講演会 2023年3月
Genome and transcriptome wide association studies for root traits in world rice core collection

魏書君, 田中凌慧, 矢部志央理, 川勝泰二, 田中伸裕, Shenton Matthew, 宇賀優作

日本育種学会第143回講演会 2023年3月
発育予測モデルを用いた水稲の出穂に関する環境応答QTLの検出法の開発

矢部志央理, 吉田ひろえ, 澤田寛子, 鐘ヶ江弘美, 後藤明俊, 山崎将紀, 中川博視

日本作物学会第255回講演会 2023年3月
Simulation based optimization for genomics-assisted breeding scheme in an outcrossing crop assuming traits in a trade-off relationship depending on the situation

Shiori Yabe, Takashi Hara

Plant and Animal Genome 30 2023年1月
知識注入型ニューラルネットワークによる水稲発育予測モデルの検証とチューニング法

中川博視, 寺谷諒, 山崎将紀, 矢部志央理, 吉田ひろえ, 伏見栄利奈

日本作物学会第254回講演会 2022年9月
イネWRC集団におけるゲノム・トランスクリプトームを用いた表現型予測モデルの構築

田中凌慧, 矢部志央理, 川勝泰二, 田中伸裕, Shenton Matthew, 宇賀優作

日本育種学会第142回講演会 2022年9月
iPUPIL: IoT-based Platform of Unmanned Phenotyping with Imitated Land condition

Fumiyuki Soma, Shiori Yabe, Nobuhiro Tanaka, Atsushi Hayashi, Nobuo Kochi, Kenichi Tokuda, Takanari Tanabata, Yusaku Uga

IPPS 2022 2022年9月
ソバの開花期とは独立した成熟期早晩性の遺伝解析と生態型との関連について

竹島亮馬, 矢部志央理, 松井勝弘

日本育種学会141回講演会 2022年3月
炊飯食味計質のゲノムワイド連関解析と形質予測モデルの検証

堀清純, 望月賢太, 辻井良政, 飯島健, 朱紅加, 鈴木啓太郎, 矢部志央理, Matthew Shenton

日本育種学会141回講演会 2022年3月
高解像全ゲノム関連解析によるイチジク果皮色形質原因遺伝子候補の同定

池上秀利, 矢部志央理, 林武司, 白澤健太, 吉川郁恵, 石橋美咲, 白武勝裕, 佐藤大, 田代康介, 野方仁

日本園芸学会令和3年度秋季大会 2021年9月
A Metabolite Profiling to Seek the Molecular Determinant of Spikelet Number in Rice

Ryutaro Morita, Masaki Okamura, Shiori Yabe, Hiroe Yoshida, Satoru Sukegawa, Hiroshi Nakagawa, Naohiro Aoki

ACSAC10 2021年9月
Determination and genetic analysis of genotype-specific parameters of crop growth model using large-scale data of rice crop trials in Japan

Hiroe Yoshida, Satoru Sukegawa, Shiori Yabe, Akitoshi Goto, Hiromi Kajiya-Kanegae, Kaworu Ebana, Hiroyoshi Iwata, Masanori Yamasaki, Hiroshi Nakagawa

ACSAC10 2021年9月
Characteristics of the grain weight distribution relating to the ability of resource allocation in a rice panicle

Shiori Yabe, Hiroe Yoshida, Hiromi Kajiya-Kanegae, Masanori Yamasaki, Hiroyoshi Iwata, Kaworu Ebana, Erina Fushimi, Hideo Maeda, Takeshi Hayashi, Hiroshi Nakagawa

ACSAC10 2021年9月
新たな水稲幼穂発育スケールの開発

伏見栄利奈, 吉田ひろえ, 矢部志央理, 伊川浩樹, 中川博視

日本作物学会第251回講演会 2021年3月
遺伝子情報と作物生育モデルを組み合わせた水稲の生育・収量予測シミュレーター開発

矢部志央理, 澤田寛子, 吉田ひろえ, 西村和紗, 小梶裕之, 森田隆太郎, 岡村昌樹, 後藤明俊, 江花薫子, 鐘ヶ江弘美, 斎藤大樹, 中﨑鉄也, 青木直大, 山崎将紀, 中川博視

日本作物学会第251回講演会 2021年3月
全ゲノム情報を利用した水稲の穎花生産効率パラメータに関する遺伝解析と収量予測モデルの開発

澤田寛子, 矢部志央理, 吉田ひろえ, 助川聖, 後藤明俊, 江花薫子, 鐘ヶ江弘美, 森田隆太郎, 岡村昌樹, 青木直大, 山崎将紀, 中川博視

日本作物学会第251回講演会 2021年3月
低温によるBVPからPSPへの相転換の遅延に関する分子機構の解明

小梶裕之, 齊藤大樹, 西村和紗, 矢部志央理, 清水顕史, 中川博視, 永野惇, 中﨑鉄也

日本育種学会139回講演会 2021年3月
植物育種におけるゲノム情報と統計遺伝学の活用

矢部志央理

令和2年度富山県農林水産総合技術センター農業研究所セミナー 2020年10月22日
イチジクFcRAN1座アリルにおける分離比歪みの観察とその遺伝的要因の解析

池上秀利, 白澤健太, 薬師寺博, 矢部志央理, 佐藤大, 林武司, 田代康介, 野方仁

日本育種学会第138回講演会 2020年10月
イネ品種台中65号の出穂日はBVPにおける日長条件によって変化する

安部学, 小梶裕之, 西村和紗, 齋藤大樹, 清水顕史, 中川博視, 矢部志央理, 永野惇, 間合絵里, 元木航, 中野龍平, 中崎鉄也

日本育種学会138回講演会 2020年10月

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担当経験のある科目(授業)

2020年

応用統計学 (名古屋市立大学)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

作物モデルを知識層とするAIを活用した品種設計シミュレーターの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2026年3月

吉田ひろえ, 寺谷諒, 中川博視, 矢部志央理, 岡村昌樹, 山崎将紀
アンバランスなデータにおける環境変動を考慮したQTL検出法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

矢部志央理
サイバーフィジカルシステムを利用した作物強靭化による食糧リスクゼロの実現

ムーンショット型研究開発制度 2020年 - 2025年3月
ゲノミック予測とシミュレーションによる育種最適化基盤の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2020年4月 - 2023年3月

矢部志央理
育種ビッグデータの整備および情報解析技術を活用した高度育種システムの開発

農林水産研究推進事業委託プロジェクト研究 2018年4月 - 2023年3月
イチジク遺伝資源を用いた果実の味・香り制御遺伝子の網羅的解析と食味科学への展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

池上秀利, 田代康介, 佐藤大, 白澤健太, 矢部志央理, 林武司
量的遺伝学に基づく環境応答型イネ選抜モデル開発

科学技術振興機構さきがけ 2015年12月 - 2019年3月

矢部志央理
シミュレーションおよび選抜試験に基づく植物育種におけるゲノミックセレクション

日本学術振興会特別研究員 2013年4月 - 2015年3月

矢部志央理