高田彰二 (Shoji Takada) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学大学院理学研究科生物科学専攻教授

学位: 博士（理学）

研究者番号: 60304086
J-GLOBAL ID: 201401036258474646
researchmap会員ID: 7000008641

外部リンク: http://theory.biophys.kyoto-u.ac.jp

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

経歴

学歴

1994年3月

総合研究大学院大学博士（理学）
1990年4月 - 1991年9月

総合研究大学院大学数物科学研究科機能分子科学専攻博士後期課程
1988年4月 - 1990年3月

京都大学大学院理学研究科修士課程修了
1984年4月 - 1988年3月

京都大学理学部卒業

論文

226

Molecular dynamics simulations of human cohesin subunits identify DNA binding sites and their potential roles in DNA loop extrusion

Chenyang Gu, Shoji Takada, Giovanni B. Brandani, Tsuyoshi Terakawa

PLOS Computational Biology 21(4) e1012493-e1012493 2025年4月4日
Particle Smoother to Assimilate Asynchronous Movie Data of High-Speed AFM with MD Simulations

Suguru Kato, Shoji Takada, Sotaro Fuchigami

Journal of Chemical Theory and Computation 2023年7月25日査読有り
Micelle-like clusters in phase-separated Nanog condensates: A molecular simulation study

Azuki Mizutani, Cheng Tan, Yuji Sugita, Shoji Takada

PLOS Computational Biology 19(7) e1011321-e1011321 2023年7月24日
Histone chaperone Nap1 dismantles an H2A/H2B dimer from a partially unwrapped nucleosome

Fritz Nagae, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa

Nucleic Acids Research 51(11) 5351-5363 2023年5月13日
End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images.

Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Tomonori Ogane, Shoji Takada

Scientific reports 13(1) 129-129 2023年1月4日
Using incomplete Cholesky factorization to increase the time step in molecular dynamics simulations

Takumi Washio, Xiaoke Cui, Ryo Kanada, Jun-ichi Okada, Seiryo Sugiura, Yasushi Okuno, Shoji Takada, Toshiaki Hisada

Journal of Computational and Applied Mathematics 2022年12月査読有り
Molecular dynamics simulations for the study of chromatin biology

Giovanni B. Brandani, Soundhararajan Gopi, MasatakaYamauchi, Shoji Takada

Current Opinion in Structural Biology 77 102485 2022年10月査読有り招待有り
Rotational Mechanism of FO Motor in the F-Type ATP Synthase Driven by the Proton Motive Force

Shintaroh Kubo, Shoji Takada

Frontiers in Microbiology 13 2022年6月16日
Inferring Conformational State of Myosin Motor in an Atomic Force Microscopy Image via Flexible Fitting Molecular Simulations

Sotaro Fuchigami, Shoji Takada

Frontiers in Molecular Biosciences 9 2022年4月29日査読有り
Implementation of residue-level coarse-grained models in GENESIS for large-scale molecular dynamics simulations

Cheng Tan, Jaewoon Jung, Chigusa Kobayashi, Diego Ugarte La Torre, Shoji Takada, Yuji Sugita

PLOS Computational Biology 18(4) e1009578-e1009578 2022年4月5日査読有り
Key residue on cytoplasmic dynein for asymmetric unbinding and unidirectional movement along microtubule

Shintaroh Kubo, Tomohiro Shima, Takahide Kon, Shoji Takada

2022年3月27日
Coarse-grained molecular dynamics simulations of base-pair mismatch recognition protein MutS sliding along DNA

Keisuke Inoue, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa

Biophysics and Physicobiology 19 n/a-n/a 2022年
F₀-F₁ coupling and symmetry mismatch in ATP synthase resolved in every F₀ rotation step

Shintaroh Kubo, Toru Niina, Shoji Takada

2021年11月14日
Modeling lipid-protein interactions for coarse-grained lipid and Cα protein models

Diego Ugarte La Torre, Shoji Takada

Journal of Chemical Physics 155(15) 2021年10月21日
Testing mechanisms of DNA sliding by architectural DNA-binding proteins: dynamics of single wild-type and mutant protein molecules in vitro and in vivo.

Kiyoto Kamagata, Yuji Itoh, Cheng Tan, Eriko Mano, Yining Wu, Sridhar Mandali, Shoji Takada, Reid C Johnson

Nucleic acids research 49(15) 8642-8664 2021年9月7日
The lane-switch mechanism for nucleosome repositioning by DNA translocase.

Fritz Nagae, Giovanni B Brandani, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa

Nucleic acids research 2021年8月7日
Rigid-body fitting to atomic force microscopy images for inferring probe shape and biomolecular structure

Toru Niina, Yasuhiro Matsunaga, Shoji Takada

PLoS Computational Biology 17(7) 2021年7月
The kinetic landscape of nucleosome assembly: A coarse-grained molecular dynamics study

Giovanni B. Brandani, Cheng Tan, Shoji Takada

PLoS Computational Biology 17(7) 2021年7月
Modeling of DNA binding to the condensin hinge domain using molecular dynamics simulations guided by atomic force microscopy

Hiroki Koide, Noriyuki Kodera, Shveta Bisht, Shoji Takada, Tsuyoshi Terakawa

PLoS Computational Biology 17(7) 2021年7月
Role of bacterial RNA polymerase gate opening dynamics in DNA loading and antibiotics inhibition elucidated by quasi-Markov State Model.

Ilona Christy Unarta, Siqin Cao, Shintaroh Kubo, Wei Wang, Peter Pak-Hang Cheung, Xin Gao, Shoji Takada, Xuhui Huang

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118(17) 2021年4月27日

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MISC

粗視化生体分子シミュレーション法

高田彰二

生物物理(Web) 61(3) 2021年
染色体はどのようにして折り畳まれるのか?2.分子動力学シミュレーションでみるクロマチン動態

高田彰二

実験医学 36(17) 2018年
粗視化シミュレーションによるヘテロクロマチン蛋白質1のヌクレオソームへの結合研究

WATANABE Shuhei, MISHIMA Yuichi, SUETAKE Isao, TAKADA Shoji

生物物理(Web) 55(Supplement 1-2) 2015年
計算科学と実験科学の組み合わせにより明らかになった多剤排出トランスポーターAcrBの分子メカニズム

村上聡, 山根努, 池口満徳, 高田彰二

生物物理 55(1) 2015年
G0210202 ニューロフィラメントの力学挙動解析:粗視化分子動力学法による検討(バイオエンジニアリング部門一般セッション(2))

松下慎二, SAFINYA Cyrus, 高田彰二

年次大会 : Mechanical Engineering Congress, Japan 2014 "G0210202-1"-"G0210202-2" 2014年9月7日
生体分子の分子動力学シミュレーション

高田彰二

日本機械学會誌 = Journal of the Society of Mechanical Engineers 116(1131) 78-80 2013年2月5日
物理はどこまで生命を理解できるかタンパク質折れたたみ問題はどこまで理解できたか?

高田彰二

パリティ 28(7) 2013年
Energy landscape and multiroute folding of topologically complex proteins adenylate kinase and 2out-knot (vol 109, pg 17789, 2012)

Wenfei Li, Tsuyoshi Terakawa, Wei Wang, Shoji Takada

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 109(45) 18625-18625 2012年11月査読有り
1PT171 粗視化シミュレーションによる3ドメインタンパク質suf1のコ・トランスレーショナルフォールディングの研究(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Tanaka Tomohiro, Hori Naoto, Takada Syoji

生物物理 52(1) S98 2012年8月15日
1PS037 キネシンのヘッド間張力がヌクレオチド結合部位に与える影響 : 分子シミュレーションによる調査(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Kanada Ryo, Makino Tsukasa, Tomishige Michio, Takada Shoji

生物物理 52 S80 2012年
巨大生体分子のダイナミクス

高田彰二

CSJ Current Review (8) 2012年
タンパク質のアロステリーと配列デザイン原理

高田彰二

生物物理 52(3) 2012年
Structural Basis for the Coordinated Processive Movement of Kinesin-1 studied by Structural and Single Molecule Analyses

Tsukasa Makino, Teppei Mori, Ryo Kanada, Ken-ichi Miyazono, Shoji Takada, Masaru Tanokura, Michio Tomishige

BIOPHYSICAL JOURNAL 100(3) 120-121 2011年2月
「拡張アンサンブル法」の特集にあたって[3-4]ハミルトニアンレプリカ交換法

高田彰二

アンサンブル 12(2) 2010年
Biomolecular Coarse-Grained Simulation Program CafeMol

Hiroo Kenzaki, Nobuyasu Koga, Shinji Fujiwara, Naoto Hori, Ryo Kanada, Kei-ichi Okazaki, Xin-Qiu Yao, Wenfei Li, Shoji Takada

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 574A-574A 2010年1月
Functionally Rotating Mechanism of a Multidrug Transporter Studied by Coarse-Grained Simulation

Xin-Qiu Yao, Hiroo Kenzaki, Shoji Takada

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 685A-685A 2010年1月
Mechanism of Unidirectional Move of KIF1A Motor Studied by Coarse-Grained Simulations

Ryo Kanada, Takeshi Kuwata, Hiroo Kenzaki, Shoji Takada

BIOPHYSICAL JOURNAL 98(3) 167A-167A 2010年1月
Molecular Simulation Study of Kinesin: Coupling between ATPase Domain Conformational Change and Mechanical Stepping

Ryo Kanada, Kei-ichi Okazaki, Shoji Takada

BIOPHYSICAL JOURNAL 96(3) 136A-136A 2009年2月
アロステリーの分子機構:MWCかあるいはKNFか?-理論モデル計算によるアプローチ

岡崎圭一, 高田彰二

生物物理 49(3) 2009年
3P-023 全原子モデルによる小球状タンパク質のフォールディングエネルギー地形 : マルチスケールモデリング(蛋白質・物性(3),第46回日本生物物理学会年会)

Yoshii Hiroaki, Hori Naoto, Kameda Tomoshi, Takada Shoji

生物物理 48(1) S131 2008年10月25日

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書籍等出版物

タンパク質の立体構造入門 : 基礎から構造バイオインフォマティクスへ

藤, 博幸, 太田, 元規, 川端, 猛, 木下, 賢吾, 白井, 剛, 諏訪, 牧子, 高田, 彰二, 高橋, 聡, 廣明, 秀一, 真柳, 浩太, 倭, 剛久, 由良, 敬

講談社 2010年12月 (ISBN: 9784061538818)

共同研究・競争的資金等の研究課題

細胞内複雑環境下の相分離による生体分子凝縮体形成の生物物理

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2024年4月 - 2027年3月

高田彰二, 寺川剛
ゲノムモダリティのマルチスケール理論

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2020年11月 - 2025年3月

高田彰二, 剣持貴弘, 石本志高, 山本哲也
細胞内構造体解析に向けた次世代粗視化シミュレーション法の開発研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

高田彰二
複雑生体分子複合系の状態遷移経路の探索と制御に関する理論研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2016年7月 - 2019年3月

高田彰二
ヌクレオソーム動構造とそのエピジェネティック制御の分子シミュレーション研究

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年4月 - 2018年3月

高田彰二
クロマチン構造と共役した転写因子動態の分子シミュレーション研究

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年4月 - 2017年3月

高田彰二
多機能多ドメイン蛋白質の構造可塑性と機能統合：構造からシステムへの理論研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2013年4月 - 2017年3月

高田彰二, 検崎博生
柔らかいタンパク質・DNA分子認識のマルチスケール計算研究

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

高田彰二
転写因子DNA探索のエネルギーランドスケープ理論：速度‐親和性パラドックス

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年4月 - 2016年3月

高田彰二
生体分子の構造遍歴ダイナミクスと機能発現の分子機構の理論的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

斉藤真司, 高田彰二, 秋山修志, 小野純一, 森俊文, 甲田信一
Ｆ型ＡＴＰ合成酵素のＦＩ複合体の構造、機能および選択性

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2013年4月 - 2015年3月

高田彰二, KRAH Alexander
蛋白質の大振幅ゆらぎの理論解析：構造変化経路から天然変性まで

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2013年3月

高田彰二
液体論を基盤とした蛋白質立体構造予測法の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2010年 - 2012年

木下正弘, 高田彰二
生体分子モーターのシミュレーション研究:運動から化学反応制御への構造機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2010年 - 2012年

高田彰二
蛋白質のレアな大振幅ゆらぎの理論解析:クラッキングの探索

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年 - 2010年

高田彰二
蛋白質が主導する膜形態変化の分子シミュレーション研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2007年 - 2009年

高田彰二
タンパク質のフォールディング理論、立体構造予測、及び分子設計

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2003年 - 2007年

高田彰二
プロテオーム時代におけるタンパク質立体構造の第一原理的予測

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2002年 - 2002年

高田彰二
プロテオーム時代におけるタンパク質立体構造の第一原理的予測

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 特定領域研究(C) 2001年 - 2001年

高田彰二
人工タンパク質の理論設計と合成

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(A) 特定領域研究(A) 2000年 - 2001年

高田彰二, 田村厚夫

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