川島秀一 (Shuichi Kawashima) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所バイオデータ研究拠点 (特任准教授)

学位: 博士（科学）(東京大学)

連絡先: kwsmdbcls.rois.ac.jp
J-GLOBAL ID: 201801003095599572
researchmap会員ID: B000317905

バイオインフォマティクス、データベース、データベース統合技術開発、セマンティック・ウェブ、オントロジー

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年8月 - 現在

情報・システム研究機構, データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター, 特任准教授

論文

Accurate SPARQL generation via in-context learning and schema-based query construction

Hikaru Nagazumi, Yuki Moriya, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Kana Shimizu

Bioinformatics 42(5) 2026年4月8日
A curated resource of chemolithoautotrophic genomes and marker genes for CO₂ fixation pathway prediction

Shuichi Kawashima, Yoko Okabeppu, Seiha Miyazawa, Natsuko Ichikawa, Hikaru Nagazumi, Yutaka Nishihara, Takeru Nakazato, Susumu Goto, Ken Kurokawa, Masaharu Ishii …

Scientific Data 13(1) 2026年2月11日
JoGo 1.0: the ACTG hierarchical nomenclature and database covering 4.7 million haplotypes across 19,194 human genes

Masao Nagasaki, Toshiaki Katayama, Yuki Moriya, Yayoi Sekiya, Shuichi Kawashima, Ryo Teraoka, Shuto Machida, Taichi Matsubara, Hiroki Hashimoto, Akihiro Asakura …

Nucleic Acids Research 2025年11月29日
Leveraging RDF and CURIE metadata resolution with identifiers.org

Renato Juacaba Neto, Nick Juty, Vijay Subramoniam, Rose Neis, Shuya Ikeda, Shuichi Kawashima, Yasunori Yamamoto, Toshiaki Katayama, Henning Hermjakob

2025年6月2日
BioHackEU24 report: Expanding FAIR database integration through elucidation and transformation of underlying graph schemas

Javier Millán Acosta, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Jerven Bolleman, Dominik Martinat, Harald Detering, Jose Emilio Labra Gayo, Yojana Gadiya, Tooba Abbassi-Daloii

2025年5月17日
Expanding the concept of ID conversion in TogoID by introducing multi-semantic and label features

Shuya Ikeda, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Hirokazu Chiba, Susumu Goto, Masae Hosoda, Shuichi Kawashima, Jin-Dong Kim, Yuki Moriya, Tazro Ohta, Hiromasa Ono …

Journal of Biomedical Semantics 16(1) 2025年1月8日
Extraction of biological terms using large language models enhances the usability of metadata in the BioSample database

Shuya Ikeda, Zhaonan Zou, Hidemasa Bono, Yuki Moriya, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Shinya Oki, Tazro Ohta

GigaScience 14 2025年1月6日査読有り
医薬品情報を構造化する!～サステナブルな構造化された医薬品情報への取り組み～医薬品関連文書の利活用に向けたインタビューフォームの構造化の試み

長尾知生子, 鎌田真由美, 中津井雅彦, 深川明子, 片山俊明, 川島秀一, 安倍理加

日本医薬品情報学会総会・学術大会講演要旨集 25回 71-71 2023年6月
医薬品関連文書の利活用に向けたインタビューフォームの構造化の提案

長尾知生子, 鎌田真由美, 中津井雅彦, 深川明子, 片山俊明, 川島秀一, 水口賢司, 安倍理加

医薬品情報学 24(4) 187-195 2023年2月28日査読有り
TogoVar: A comprehensive Japanese genetic variation database.

Nobutaka Mitsuhashi, Licht Toyo-Oka, Toshiaki Katayama, Minae Kawashima, Shuichi Kawashima, Kazunori Miyazaki, Toshihisa Takagi

Human genome variation 9(1) 44-44 2022年12月12日査読有り
統合データベース探索フレームワークTogoDXの開発とその応用

高月照江, 池田秀也, 井手隆広, 大田達郎, 小野浩雅, 片山俊明, 川島秀一, 申在紋, 建石由佳, 千葉啓和 …

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
TogoID: データベース統合の基盤となるID変換サービス

池田秀也, 千葉啓和, 藤原豊史, 五斗進, 井手隆広, 川島秀一, 箕輪真理, 三橋信孝, 守屋勇樹, 内藤雄樹 …

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
日本人ゲノムバリアント統合データベースTogoVarの機能拡張

三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 守屋勇樹, 豊岡理人

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
TogoID: an exploratory ID converter to bridge biological datasets

Shuya Ikeda, Hiromasa Ono, Tazro Ohta, Hirokazu Chiba, Yuki Naito, Yuki Moriya, Shuichi Kawashima, Yasunori Yamamoto, Shinobu Okamoto, Susumu Goto …

Bioinformatics 2022年7月8日査読有り
The Data Use Ontology to streamline responsible access to human biomedical datasets

Jonathan Lawson, Moran N. Cabili, Giselle Kerry, Tiffany Boughtwood, Adrian Thorogood, Pinar Alper, Sarion R. Bowers, Rebecca R. Boyles, Anthony J. Brookes, Matthew Brush …

Cell Genomics 1(2) 100028-100028 2021年11月査読有り
TogoID: データベース統合の基盤となるID変換サービス

池田秀也, 千葉啓和, 藤原豊史, 原薗陛正, 井手隆広, 片山俊明, 川島秀一, 箕輪真理, 三橋信孝, 守屋勇樹 …

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
日本人ヒトゲノムのバリアント情報統合サービス「TogoVar」

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
日本の難病に関する中心的基盤となる難病オントロジーNANDOと難病ポータルサイトNanbyoDataの正式リリース

仁宮洸太, 高月照江, 菊池敦生, 櫛田達矢, 山田涼太, 浅野由衣, 山本泰智, Orion Buske, 片山俊明, 桝屋啓志 …

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
The Lethal(2)-Essential-for-Life [L(2)EFL] Gene Family Modulates Dengue Virus Infection in Aedes aegypti.

Lucky R Runtuwene, Shuichi Kawashima, Victor D Pijoh, Josef S B Tuda, Kyoko Hayashida, Junya Yamagishi, Chihiro Sugimoto, Shoko Nishiyama, Michihito Sasaki, Yasuko Orba …

International journal of molecular sciences 21(20) 2020年10月12日査読有り
Logic Programming for the Biomedical Sciences

Chris Mungall, Hirokazu Chiba, Shuichi Kawashima, Pjotr Prins, Yasunori Yamamoto

2020年4月10日

もっとみる

MISC

TogoDX/Human:ヒトに関するデータを統合的に探索・俯瞰・抽出するためのアプリケーション

守屋勇樹, 池田秀也, 井手隆広, 大田達郎, 小野浩雅, 川島秀一, SHIN Jae-Moon, 高月照江, 建石由佳, 千葉啓和 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
日本人ゲノムバリアント統合データベースTogoVarのアップデート

三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 守屋勇樹, 秦千比呂, 福田亜沙美, 児玉悠一, 藤澤貴智, 豊岡理人 …

日本人類遺伝学会大会(CD-ROM) 67th 2022年
TogoVarによるバリアント頻度情報統合とNBDCヒトデータベースによるデータ共有推進

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 秦千比呂, 福田亜沙美, 児玉悠一, 藤澤貴智, 高木利久 …

日本人類遺伝学会大会(CD-ROM) 66th 2021年
データ共有の推進とアリル頻度データベース統合のためのNBDCヒトデータベースとTogoVar

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 建石由佳, 片山俊明, 川島秀一, 秦千比呂, 福田亜沙美, 児玉悠一, 高木利久 …

日本人類遺伝学会大会(CD-ROM) 65th 2020年
ゲノム研究に役立つヒトゲノムバリアントデータベース「TogoVar」

豊岡理人, 三橋信孝, 川嶋実苗, 片山俊明, 川島秀一, 建石由佳, 藤原豊史

トーゴーの日2018 1 2018年10月5日
TogoVar(日本版変異統合DB）の開発

三橋信孝, 片山俊明, 川嶋実苗, 川島秀一, 宮崎和典, 河野信, 建石由佳, 藤原豊史, 豊岡理人

トーゴーの日2017 1 2017年10月5日
Genome Refine:自動ゲノムアノテーション統合環境を提供するウェブサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明 …

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 2015年
今日から使えるデータベース・ウェブツール第2章ゲノム/遺伝子/塩基配列を調べる

三嶋博之, 坊農秀雅, 片山俊明, 川島秀一, 天竺桂弘子, 児玉悠一, 平川英樹, 市原寿子, 浅水恵理香, 中谷明弘 …

実験医学 32(20) 2014年
Genome Refine:ゲノムアノテーションの精緻化と解析支援のためのサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 36th 2013年
KEGG OC:系統関係に基づいた大規模オーソログクラスタの自動生成

守屋勇樹, 中谷明弘, 片山俊明, 伊藤真純, 平糠和志, 川島秀一, 奥田修二郎, 田中道廣, 時松敏明, 山西芳裕 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 35th 3P-0075 (WEB ONLY) 2012年
KEGG OC:全生物種ゲノムにおけるオーソログ遺伝子のバリエーションと高速検索技術

片山俊明, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕 …

生化学 81回・31回 4T9-4-4 2008年11月
KEGG OC:オーソログクラスターのマニュアルアノテーション

川島秀一, 伊藤真純, 奥田修二郎, 片山俊明, 田中道廣, 時松敏明, 中谷明弘, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕 …

生化学 4P-0987 2008年
KEGG OC:網羅的なオーソログクラスターの自動生成

中谷明弘, 伊藤真純, 奥田修二郎, 川島秀一, 田中道廣, 時松敏明, 片山俊明, 平糠和志, 守屋勇樹, 山西芳裕 …

生化学 4P-0986 2008年
ライフサイエンス統合データベース基盤整備のためのデータベースポータル構築:WINGpro

黒田雅子, 小池俊行, 安田絵美, 佐藤早苗, 藤田晶子, 河村明子, 川越千晴, 坊農秀雅, 川島秀一, 谷口丈晃 …

生化学 2007年
細胞内輸送関与蛋白質のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察

吉沢明康, 奥田修二郎, 守屋勇樹, 伊藤真純, 川島秀一, 五斗進, 金久実, 金久実

日本分子生物学会年会講演要旨集 28th 2005年
SNARE分子のパラログ数変化に基づく真核細胞内輸送経路の多様化の考察

吉沢明康, 奥田修二郎, 伊藤真純, 守屋勇樹, 川島秀一, 五斗進, 金久実

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 27th 2004年
SNARE分子の分類とデータベース構築

吉沢明康, 五斗進, 川島秀一, 金久実

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 26th 2003年
Comprehensive Analysis of Tandem Repeat Sequences in Cyanobacteria Genome

Katayama Toshiaki, Okamoto Shinobu, Narikawa Rei, Fujisawa Takatomo, Kawashima Shuichi, Itoh Masumi, Ohmori Masayuki, Kanehisa Minoru

Genome Informatics 13 400-401 2002年
FUNCTIONAL GENOMICS USING GENE EXPRESSION DATABASE :

KAWASHIMA Shuichi, KANEHISA Minoru

Plant and cell physiology 42 s21 2001年
AAindex: Amino acid index database

Shuichi Kawashima, Minoru Kanehisa

Nucleic Acids Research 28(1) 374 2000年1月1日

もっとみる

書籍等出版物

SPARQL : オープンデータ時代の標準Web API

加藤, 文彦, 川島, 秀一, 岡別府, 陽子, 山本, 㤗智, 片山, 俊明

インプレスR&D 2015年 (ISBN: 9784802090438)

共同研究・競争的資金等の研究課題

多因子疾患の環境曝露の発症機序への影響の深層学習によるシステム的解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

荻島創一, 川島秀一, 宮下哲典, 片山俊明, 鎌田真由美, 小島諒介, 水野聖士
日本人のゲノム・健康・診療情報と公共知識ベースのセマンティック統合システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2022年3月

片山俊明, 荻島創一, 川島秀一, 藤原豊史
文献全文からの網羅的な生物メタ情報抽出技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2018年3月

山本泰智, 川島秀一, 片山俊明, 岡本忍
完全長cDNAライブラリを利用したダニアレルギーワクチンの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2010年 - 2011年

二瓶秋子, 菅野純夫, 中江進, 川島秀一, 野上貞雄
微生物ゲノムと細胞機能の統合データベースの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2004年

金久實, 川島秀一, 片山俊明

川島秀一

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

論文

MISC

書籍等出版物

共同研究・競争的資金等の研究課題

メニュー

共著者の一覧