朴聖俊 (Sung-Joon Park) - マイポータル

基本情報

所属: 公益財団法人かずさDNA研究所 AIゲノム情報学研究室

学位: 博士（工学）(2005年3月東京工業大学)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-1774-9590
J-GLOBAL ID: 200901079407237092
researchmap会員ID: 1000325861

研究分野

経歴

2025年10月 - 現在

公益財団法人かずさDNA研究所, AIゲノム情報学研究室, 室長
2020年5月 - 2025年9月

東京大学, 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター, 准教授
2014年9月 - 2020年4月

東京大学, 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター, 特任講師
2010年4月 - 2014年8月

東京大学, 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター, 特任研究員
2007年4月 - 2010年3月

京都大学大学院, 情報学研究科知能情報学専攻, 特任助教

論文

Single-Cell RNA-Seq Reveals Conserved Cellular Communication Mechanisms Governing Ocular Lineage Specification from Human iPS Cells

Laura Howard, Yuki Ishikawa, Rei Kamuro, Tomohiko Katayama, Kiranjit Bains, Matthew Hill, Derek Blake, Sung-Joon Park, Ryuhei Hayashi, Andrew Quantock …

Cells 2026年1月7日
STAIG: Spatial transcriptomics analysis via image-aided graph contrastive learning for domain exploration and alignment-free integration.

Yitao Yang, Yang Cui, Xin Zeng, Yubo Zhang, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Nature communications 16(1) 1067-1067 2025年1月27日
Machine Learning-Based Predictive Modeling Maximizes the Efficacy of mTOR/p53 Co-Targeting Therapy Against AML

Jingmei Li, Emi Sugimoto, Keita Yamamoto, Yutong Dai, Wenyu Zhang, Yu‐Hsuan Chang, Jakushin Nakahara, Tomohiro Yabushita, Toshio Kitamura, Sung‐Joon Park …

Cancer Science 2025年
RNA secondary structure prediction by conducting multi-class classifications.

Jiyuan Yang, Kengo Sato, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Computational and structural biotechnology journal 27 1449-1459 2025年
In Silico Analysis Revealed Marco (SR-A6) and Abca1/2 as Potential Regulators of Lipid Metabolism in M1 Macrophage Hysteresis.

Yubo Zhang, Wenbo Yang, Yutaro Kumagai, Martin Loza, Yitao Yang, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

International journal of molecular sciences 26(1) 2024年12月26日
Single-cell transcriptomics reveals the molecular basis of human iPS cell differentiation into ectodermal ocular lineages.

Laura Howard, Yuki Ishikawa, Tomohiko Katayama, Sung-Joon Park, Matthew J Hill, Derek J Blake, Kohji Nishida, Ryuhei Hayashi, Andrew J Quantock

Communications biology 7(1) 1495-1495 2024年11月12日
A computational approach for deciphering the interactions between proximal and distal gene regulators in GC B-cell response.

Sung-Joon Park, Kenta Nakai

NAR genomics and bioinformatics 6(2) lqae050 2024年6月
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data.

Weihang Zhang, Yang Cui, Bowen Liu, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Briefings in bioinformatics 25(3) 2024年3月27日
Genome-wide ATAC-see screening identifies TFDP1 as a modulator of global chromatin accessibility.

Satoko Ishii, Taishi Kakizuka, Sung-Joon Park, Ayako Tagawa, Chiaki Sanbo, Hideyuki Tanabe, Yasuyuki Ohkawa, Mahito Nakanishi, Kenta Nakai, Yusuke Miyanari

Nature genetics 56(3) 473-482 2024年3月
Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer.

Yang Cui, Weihang Zhang, Xin Zeng, Yitao Yang, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Frontiers in immunology 15 1497251-1497251 2024年
TF-EPI: an interpretable enhancer-promoter interaction detection method based on Transformer.

Bowen Liu, Weihang Zhang, Xin Zeng, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Frontiers in genetics 15 1444459-1444459 2024年8月9日
Integrative analysis of cancer multimodality data identifying COPS5 as a novel biomarker of diffuse large B-cell lymphoma.

Yutong Dai, Jingmei Li, Keita Yamamoto, Susumu Goyama, Martin Loza, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Frontiers in genetics 15 1407765-1407765 2024年
A computational approach for deciphering the interactions between proximal and distal regulators in B cell differentiation

Sung-Joon Park, Kenta Nakai

2023年11月4日
Multi-omics computational analysis unveils the involvement of AP-1 and CTCF in hysteresis of chromatin states during macrophage polarization.

Yubo Zhang, Wenbo Yang, Yutaro Kumagai, Martin Loza, Weihang Zhang, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Frontiers in immunology 14 1304778-1304778 2023年
Signaling Pathway of Taurine-Induced Upregulation of TXNIP.

Hideo Satsu, Yusuke Gondo, Hana Shimanaka, Masato Imae, Shigeru Murakami, Kenji Watari, Shunichi Wakabayashi, Sung-Joon Park, Kenta Nakai, Makoto Shimizu

Metabolites 12(7) 2022年7月11日
Generation of 3D lacrimal gland organoids from human pluripotent stem cells.

Ryuhei Hayashi, Toru Okubo, Yuji Kudo, Yuki Ishikawa, Tsutomu Imaizumi, Kenji Suzuki, Shun Shibata, Tomohiko Katayama, Sung-Joon Park, Robert D Young …

Nature 605(7908) 126-131 2022年5月
OpenContami: a web-based application for detecting microbial contaminants in next-generation sequencing data.

Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Bioinformatics (Oxford, England) 37(18) 3021-3022 2021年9月29日
A semi-supervised deep learning approach for predicting the functional effects of genomic non-coding variations.

Hao Jia, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

BMC bioinformatics 22(Suppl 6) 128-128 2021年6月2日
Characterizing Promoter and Enhancer Sequences by a Deep Learning Method.

Xin Zeng, Sung-Joon Park, Kenta Nakai

Frontiers in genetics 12 681259-681259 2021年
HHEX promotes myeloid transformation in cooperation with mutant ASXL1.

Reina Takeda, Shuhei Asada, Sung-Joon Park, Akihiko Yokoyama, Hans Jiro Becker, Akinori Kanai, Valeria Visconte, Courtney Hershberger, Yasutaka Hayashi, Taishi Yonezawa …

Blood 136(14) 1670-1684 2020年10月1日

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

間葉系幹細胞エクソソームによる創傷治癒・抗炎症作用メカニズムの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

岩田隆紀, 丸川恵理子, 朴聖俊, 水谷幸嗣
間葉系幹細胞エクソソームによる創傷治癒・抗炎症作用メカニズムの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

岩田隆紀, 丸川恵理子, 朴聖俊, 水谷幸嗣
発生・分化のゲノムモダリティと疾患

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2020年11月 - 2025年3月

白髭克彦, 泉幸佑, 朴聖俊
遺伝子転写制御領域の空間構造を定量的に解析する計算手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

朴聖俊
染色体構造データベースを利用した転写制御のモデリング

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年4月 - 2020年3月

朴聖俊
網羅的塩基配列解読データを用いたコンタミネーションの検出と影響解析手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2017年4月 - 2020年3月

朴聖俊
受精卵のゲノムアダプテーションの理解

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年4月 - 2015年3月

岡田由紀, 白髭克彦, 伊藤武彦, 牧野吉倫, 朴聖俊, 青島圭佑, 羽田政司