篠田優 (Suguru Shinoda) - マイポータル

基本情報

J-GLOBAL ID: 202401013529731299
researchmap会員ID: R000077196

研究分野

ライフサイエンス / 応用生物化学 / 酵素学・タンパク質工学・遺伝子工学

経歴

2021年4月 - 2025年3月

富山県立大学, 工学部生物工学科, 特定助教
2016年4月 - 2021年3月

富山県立大学, 工学部生物工学科, 特定研究員
2014年4月 - 2016年3月

日本大学, 工学部生命応用化学科, 日本大学工学部研究員
2013年4月 - 2014年3月

中部大学, 応用生物学部応用生物化学科, 博士特別研究員
2012年4月 - 2013年3月

中部大学大学院, 研究生

学歴

2009年4月 - 2012年3月

中部大学大学院, 応用生物学研究科応用生物学専攻, 博士後期課程

論文

Machine Learning for Protein Solubility Prediction

Kodai Suzuki, Kazutoshi Sakakibara, Masaki Nakamura, Suguru Shinoda, Yasuhisa Asano

2022 International Conference on Machine Learning and Cybernetics (ICMLC) 237-241 2022年9月9日
Rational Design of the Soluble Variant of <scp>l</scp>-Pipecolic Acid Hydroxylase using the α-Helix Rule and the Hydropathy Contradiction Rule

Suguru Shinoda, Aoi Itakura, Haruka Sasano, Ryoma Miyake, Hiroshi Kawabata, Yasuhisa Asano

ACS Omega 7(33) 29508-29516 2022年8月11日
Examination of the substrate scope of prenylated flavin mononucleotide-dependent ferulic acid decarboxylase from Aspergillus niger

C. Peel, S. Shinoda, Y. Asano

Bull. Toyama Pref. Univ 32 59-64 2022年3月
Aldoxime Dehydratase Mutants as Improved Biocatalysts for a Sustainable Synthesis of Biorenewables-Based 2-Furonitrile

Ji Eun Choi, Suguru Shinoda, Yasuhisa Asano, Harald Gröger

Catalysts 10(4) 362-362 2020年3月26日
Effect of Escherichia coli on phospholipid monolayers: surface tensiometry and Brewster angle microscopy measurements

Masaya Okabe, Keijiro Taga, Akihiro Yoshino, Yasushi Yamamoto, Akiko Taneda, Suguru Shinoda, Shin Kanamasa, Zameer Shervani

European Biophysics Journal 49(1) 71-84 2019年12月20日
In vitro assembly and cellulolytic activity of a β-glucosidase-integrated cellulosome complex

Katsuaki Hirano, Tsubasa Saito, Suguru Shinoda, Mitsuru Haruki, Nobutaka Hirano

FEMS Microbiology Letters 366(17) 2019年9月1日
Cyanide-free synthesis of an aromatic nitrile from a biorenewable-based aldoxime: Development and application of a recombinant aldoxime dehydratase as a biocatalyst

Ji Eun Choi, Suguru Shinoda, Risa Inoue, Daijun Zheng, Harald Gröger, Yasuhisa Asano

Biocatalysis and Biotransformation 37(6) 414-420 2019年5月23日
Comparative Biochemical Analysis of Cellulosomes Isolated from Clostridium clariflavum DSM 19732 and Clostridium thermocellum ATCC 27405 Grown on Plant Biomass

Suguru Shinoda, Masahiro Kurosaki, Takaaki Kokuzawa, Katsuaki Hirano, Hatsumi Takano, Kenji Ueda, Mitsuru Haruki, Nobutaka Hirano

Applied Biochemistry and Biotechnology 187(3) 994-1010 2018年8月23日
Benchmark Analysis of Native and Artificial NAD⁺-Dependent Enzymes Generated by a Sequence-Based Design Method with or without Phylogenetic Data

Shogo Nakano, Tomoharu Motoyama, Yurina Miyashita, Yuki Ishizuka, Naoya Matsuo, Hiroaki Tokiwa, Suguru Shinoda, Yasuhisa Asano, Sohei Ito

Biochemistry 57(26) 3722-3732 2018年5月22日
How to design artificial protein surpassing native enzyme function ~ Design and multidisciplinary analysis of artificial L‐threonine 3‐dehydrogenase ~

Shogo Nakano, Tomoharu Motoyama, Yurina Miyashita, Yuki Ishizuka, Naoya Matsuo, Hiroaki Tokiwa, Suguru Shinoda, Yasuhisa Asano, Sohei Ito

The FASEB Journal 32(S1) 2018年4月
Enzymatic diversity of the Clostridium thermocellum cellulosome is crucial for the degradation of crystalline cellulose and plant biomass

Katsuaki Hirano, Masahiro Kurosaki, Satoshi Nihei, Hiroki Hasegawa, Suguru Shinoda, Mitsuru Haruki, Nobutaka Hirano

Scientific Reports 6(1) 2016年10月19日
Improved reaction pattern of an endoglycanase from Paenibacillus cookii for chitosan oligosaccharide production

Suguru Shinoda, Shin Kanamasa, Motoo Arai

Carbohydrate Research 359 54-58 2012年10月
Cloning of an endoglycanase gene from Paenibacillus cookii and characterization of the recombinant enzyme

Suguru Shinoda, Shin Kanamasa, Motoo Arai

Biotechnology Letters 34(2) 281-286 2011年10月5日

MISC

セルロースの酵素糖化には酵素同士の協力が大切

篠田優

生物工学会誌 –『バイオミディア』 96(4) 213 2018年

講演・口頭発表等

酵素を構成するアミノ酸の性質に基づく可溶性変異の導入－タンパク質の記憶をたどって－

篠田優, 浅野泰久

日本農芸化学会2024年度大会 2024年3月
機械学習と形式概念分析を用いた異種発現系における可溶性発現の改善に寄与する因子の探索手法の開発

篠田優, 鈴木皓大, 中村正樹, 榊原一紀, 浅野泰久

日本農芸化学会2023年度大会 2023年3月
Rational design of soluble 2-oxoglutarate-dependent L-pipecolic acid hydroxylase using the α-helix rule and the hydropathy contradiction rule

Shinoda S, Itakura A, Sasano H, Miyake R, Kawabata H, Asano Y

3rd Japan-Switzerland-Germany Workshop on Biocatalysis and Bioprocess Development, Japan 2023年
合理的変異導入法によるヤンバルトサカヤスデ由来ヒドロキシニトリルリアーゼの凝集ホットスポットの解析

篠田優, 浅野泰久

日本農芸化学会2022年度大会 2022年3月
Computational design of soluble 2-oxoglutarate-dependent L-pipecolic acid hydroxylase from Xenorhabdus doucetiae.

Shinoda S, Itakura A, Sasano H, Miyake R, Kawabata H, Asano Y

Active Enzyme Molecule 2022, Japan 2022年
合理的変異導入法を用いるβ-シート構造中の不溶性発現に関与するアミノ酸残基の探索―ランダム変異との比較―

篠田優, 浅野泰久

日本農芸化学会2019年度大会 2019年3月
Aggregation hotspot in the β-sheet structure for the heterologous soluble expression

Shinoda S, Asano Y

1st Japan-Germany-Switzerland Workshop for Enzyme Technology and Bioprocess Development, Japan 2019年
大腸菌を宿主とした可溶性発現におけるα-ヘリックス構造の親水性・疎水性領域の重要性

篠田優, 浅野泰久

日本農芸化学会2018年度大会 2018年3月
様々な構造のタンパク質に対する新規な可溶性発現に関わるアミノ酸残基予測法の検討

篠田優, 松井大亮, 浅野泰久

日本農芸化学会2017年度大会 2017年3月
Application of α-helix and hydropathy contradiction rules to soluble expression of proteins of various fold types

Shinoda S, Asano Y

Italy-Japan Joint Symposiu New Trends in Enzyme and Microbial Science in the Translational Biology Era, Italy 2017年
好熱性セルラーゼ/ヘミセルラーゼ/ラッカーゼによるバイオマス分解酵素複合体の構築

篠田優, 本田紘樹, 黒崎正浩, 白澤智行, 平野勝紹, 春木満, 平野展孝

日本生化学会大会 2015年12月
Thermobifida fusca 由来糖質分解酵素から成る人工セルロソームによるバイオマス分解

篠田優, 本田紘樹, 黒崎正浩, 白澤智行, 平野勝紹, 春木満, 平野展孝

日本農芸化学会2015年度大会 2015年3月
Aspergillus terreus のイタコン酸生産におけるシス・アコニット酸デカルボキシラーゼの重要性

篠田優, 山田智士, 朴龍洙, 荒井基夫, 金政真

日本農芸化学会2014年度大会 2014年3月
糸状菌由来の糖化酵素と相乗作用を示す細菌由来酵素の探索

篠田優, 金政真, 荒井基夫

日本農芸化学会2013年度大会 2013年3月
Paenibacillus cookii SS-24 由来セルラーゼの固定化の効果

篠田優, 金政真, 荒井基夫

日本生物工学会大会 2011年9月
Paenibacillus cookii SS-24 由来セルラーゼのキトサン分解活性

篠田優, 金政真, 荒井基夫

日本農芸化学会2011年度大会 2011年3月
Paenibacillus cookii SS-24 由来セルラーゼ遺伝子のクローニング

篠田優, 金政真, 荒井基夫

日本農芸化学会2010年度大会 2010年3月
Paenibacillus cookii SS-24 由来セルラーゼの精製と性質

篠田優, 金政真, 荒井基夫

日本農芸化学会2009年度大会 2009年3月

産業財産権

特許WO/2022/138969 変異型Ｌ－ピペコリン酸水酸化酵素及びそれを利用したｃｉｓ－５－ヒドロキシ－Ｌ－ピペコリン酸の製造方法

浅野泰久, 篠田優, 榎純一, 三宅良磨, 佐々野晴花

学術貢献活動

一般講演座長（日本農芸化学会2024年度大会）

パネル司会・セッションチェア等

公益社団法人日本農芸化学会 2024年3月25日
一般講演質疑応答進行役（日本農芸化学会2023年度大会）

パネル司会・セッションチェア等

公益社団法人日本農芸化学会 2023年3月16日
一般講演座長（日本農芸化学会2018年度大会）

パネル司会・セッションチェア等

公益社団法人日本農芸化学会 2018年3月17日