清水隆之 (Takayuki Shimizu) - マイポータル

基本情報

所属: 奈良女子大学研究院自然科学系生物科学領域准教授

学位: 博士（理学）(東京工業大学)

研究者番号: 90817214
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-2956-9386
J-GLOBAL ID: 201801004787840012
researchmap会員ID: B000306415

外部リンク: https://tshimizu-lab.jp/

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年 - 現在

奈良女子大学, 研究院自然科学系生物科学領域, 准教授
2017年 - 2023年

東京大学, 大学院総合文化研究科広域科学専攻広域システム科学系, 助教

学歴

2013年 - 2017年

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 生体システム専攻博士後期課程
2011年 - 2013年

首都大学東京, 大学院理工学研究科, 生命科学専攻博士前期課程
2007年 - 2011年

首都大学東京, 都市教養学部, 都市教養学科生命科学コース

委員歴

2025年3月 - 現在

日本植物学会, ダイバーシティ推進委員
2018年3月 - 2021年3月

日本光合成学会若手の会, 会長

受賞

2024年11月

2024年度日本生化学会奨励賞, 日本生化学会

清水隆之
2024年11月

2024年度JAICI賞, 化学情報協会

清水隆之
2024年8月

2024年度クリタ水・環境科学研究優秀賞, 公益財団法人クリタ水・環境科学振興財団

清水隆之
2017年4月

2016年度笹川科学研究奨励賞, 日本科学協会

清水隆之
2017年3月

第22回赤池ジャーナル賞, 東京工業大学

清水隆之
2016年5月

第7回日本光合成学会大会優秀発表賞, 日本光合成学会

清水隆之

論文

Evolutionary-conserved RLF, a cytochrome b5-like heme-binding protein, regulates organ development in Marchantia polymorpha.

Kentaro P Iwata, Takayuki Shimizu, Yuuki Sakai, Tomoyuki Furuya, Hinatamaru Fukumura, Yuki Kondo, Tatsuru Masuda, Kimitsune Ishizaki, Hidehiro Fukaki

The New phytologist 2025年5月25日査読有り
Evolutionary conserved RLF, a plant cytochromeb₅-like heme-binding protein, is essential for organ development inMarchantia polymorpha

Kentaro P. Iwata, Takayuki Shimizu, Yuuki Sakai, Tomoyuki Furuya, Hinatamaru Fukumura, Yuki Kondo, Tatsuru Masuda, Kimitsune Ishizaki, Hidehiro Fukaki

bioRxiv 2024年9月3日
TED: Enhancing Translation Efficiency in Bacterial Expression Systems.

Tomo Kondo, Takayuki Shimizu

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2844 211-218 2024年7月
Alternative localization of HEME OXYGENASE 1 in plant cells regulates cytosolic heme catabolism

Yingxi Chen, Kohji Nishimura, Mutsutomo Tokizawa, Yoshiharu Y Yamamoto, Yoshito Oka, Tomonao Matsushita, Kousuke Hanada, Kazumasa Shirai, Shoji Mano, Takayuki Shimizu …

Plant Physiology 195(4) 2937-2951 2024年5月28日査読有り
Translation Enhancement by a Short Nucleotide Insertion at 5′UTR: Application to an In Vitro Cell-Free System and a Photosynthetic Bacterium

Tomo Kondo, Takayuki Shimizu

Applied Microbiology 2023年7月2日査読有り招待有り最終著者
Thioredoxin-2 Regulates SqrR-Mediated Polysulfide-Responsive Transcription via Reduction of a Polysulfide Link in SqrR

Takayuki Shimizu, Masaru Hashimoto, Tatsuru Masuda

Antioxidants 2023年3月11日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Polysulfide metabolizing enzymes influence SqrR-mediated sulfide-induced transcription by impacting intracellular polysulfide dynamics

Takayuki Shimizu, Tomoaki Ida, Giuliano T Antelo, Yuta Ihara, Joseph N Fakhoury, Shinji Masuda, David P Giedroc, Takaaki Akaike, Daiana A Capdevila, Tatsuru Masuda

PNAS Nexus 2(3) pgad048 2023年2月10日査読有り筆頭著者責任著者
The Sulfide-Responsive SqrR/BigR Homologous Regulator YgaV of Escherichia coli Controls Expression of Anaerobic Respiratory Genes and Antibiotic Tolerance

Rajalakshmi Balasubramanian, Koichi Hori, Takayuki Shimizu, Shingo Kasamatsu, Kae Okamura, Kan Tanaka, Hideshi Ihara, Shinji Masuda

Antioxidants 11(12) 2022年11月28日査読有り招待有り
Persulfide-Responsive Transcription Factor SqrR Regulates Gene Transfer and Biofilm Formation via the Metabolic Modulation of Cyclic di-GMP in Rhodobacter capsulatus

Takayuki Shimizu, Toma Aritoshi, J. Thomas Beatty, Tatsuru Masuda

Microorganisms 10(5) 908-908 2022年4月26日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Repressor Activity of SqrR, a Master Regulator of Persulfide-Responsive Genes, Is Regulated by Heme Coordination.

Takayuki Shimizu, Yuuki Hayashi, Munehito Arai, Shawn E McGlynn, Tatsuru Masuda, Shinji Masuda

Plant & cell physiology 62(1) 100-110 2021年3月25日査読有り筆頭著者責任著者
The Role of Tetrapyrrole- and GUN1-Dependent Signaling on Chloroplast Biogenesis.

Takayuki Shimizu, Tatsuru Masuda

Plants (Basel, Switzerland) 10(2) 2021年1月21日査読有り筆頭著者
Proteomic analysis of haem-binding protein from Arabidopsis thaliana and Cyanidioschyzon merolae.

Takayuki Shimizu, Rintaro Yasuda, Yui Mukai, Ryo Tanoue, Tomohiro Shimada, Sousuke Imamura, Kan Tanaka, Satoru Watanabe, Tatsuru Masuda

Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences 375(1801) 20190488-20190488 2020年6月22日査読有り筆頭著者
Persulphide-responsive transcriptional regulation and metabolism in bacteria.

Takayuki Shimizu, Shinji Masuda

Journal of biochemistry 167(2) 125-132 2020年2月1日査読有り筆頭著者責任著者
The retrograde signaling protein GUN1 regulates tetrapyrrole biosynthesis.

Takayuki Shimizu, Sylwia M Kacprzak, Nobuyoshi Mochizuki, Akira Nagatani, Satoru Watanabe, Tomohiro Shimada, Kan Tanaka, Yuuki Hayashi, Munehito Arai, Dario Leister …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(49) 24900-24906 2019年12月3日査読有り筆頭著者
Nitrite-reducing ability is related to growth inhibition by nitrite in Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans

Takayuki Shimizu, Kouhei Horiguchi, Yui Hatanaka, Shinji Masuda, Keizo Shimada, Katsumi Matsuura, Shin Haruta

Bioscience, Biotechnology and Biochemistry 82(1) 148-151 2018年査読有り筆頭著者
Characterization of redox-active cysteine residues of persulfide-responsive transcriptional repressor SqrR

Shimizu T, Masuda S

Communicative & Integrative Biology 10(4) e1329786 2017年7月査読有り招待有り筆頭著者
Sulfide-responsive transcriptional repressor SqrR functions as a master regulator of sulfide-dependent photosynthesis

Takayuki Shimizu, Jiangchuan Shen, Mingxu Fang, Yixiang Zhang, Koichi Hori, Jonathan C. Trinidad, Carl E. Bauer, David P. Giedroc, Shinji Masuda

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 114(9) 2355-2360 2017年2月査読有り筆頭著者
Evidence that Altered Cis Element Spacing Affects PpsR Mediated Redox Control of Photosynthesis Gene Expression in Rubrivivax gelatinosus

Takayuki Shimizu, Zhuo Cheng, Katsumi Matsuura, Shinji Masuda, Carl E. Bauer

PLoS ONE 10(6) e0128446 2015年6月査読有り筆頭著者
Complete Genome Sequence of Phototrophic Betaproteobacterium Rubrivivax gelatinosus IL144

Sakiko Nagashima, Akiko Kamimura, Takayuki Shimizu, Sanae Nakamura-Isaki, Eiji Aono, Koji Sakamoto, Natsuko Ichikawa, Hidekazu Nakazawa, Mitsuo Sekine, Shuji Yamazaki …

Journal of Bacteriology 194(13) 3541-3542 2012年7月査読有り

MISC

細菌における超硫黄分子センシング機構と金属の関係性

清水隆之

月間「アグリバイオ」 6(4) 58-62 2022年3月招待有り責任著者
細菌における活性硫黄種センシング機構と金属の関係性

清水隆之

月刊「細胞」 54(3) 26-28 2022年2月招待有り筆頭著者責任著者
硫化水素・超硫黄分子のセンシング機構

清水隆之, 増田真二

生化学 93(5) 637-642 2021年10月査読有り筆頭著者責任著者
テトラピロールおよびGUN1プラスチドシグナルを介した葉緑体形成 (解説特集諸刃の剣 : 光合成との付き合い方)

清水隆之, 増田建

光合成研究 = News letter 31(1) 50-62 2021年4月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
細菌性ウイルス様粒子GTAによる環境適応機構の分子基盤

清水隆之

Institute for Fermentation, Osaka. Research Communications (35) 2021年
硫化水素依存的に光合成を行う細菌から発見された新規パースルフィド応答性転写因子SqrRを介した遺伝子発現の分子機構

清水隆之, 増田真二

硫酸と工業 71(7) 95-102 2018年7月査読有り招待有り筆頭著者
システインのポリスルフィド化による硫化水素・活性イオウ分子種の細胞内認識

増田真二, 清水隆之

生物物理 58(3) 163-164 2018年査読有り
硫化水素を電子供与体とする電子伝達系遺伝子の発現誘導 : 転写制御タンパク質SqrRの同定とその硫化水素応答機構

清水隆之

光合成研究 = News letter 27(1) 16-21 2017年4月査読有り招待有り
硫化水素に応答した遺伝子発現制御

清水隆之, 増田真二

バイオサイエンスとインダストリー 75 516-517 2017年査読有り招待有り筆頭著者

書籍等出版物

基礎生命科学実験 = Introductory course in life science experiments

東京大学教養学部基礎生命科学実験編集委員会, 東京大学教養学部

東京大学出版会 2021年2月 (ISBN: 9784130622271)

講演・口頭発表等

紅色光合成細菌から明らかにする超硫黄分子シグナル

清水隆之

藻類談話会 2025年11月22日招待有り
進化的に保存されたシトクロムb5様ヘム結合タンパク質RLFはゼニゴケの器官発生を制御する

岩田健太郎, 清水隆之, 酒井友希, 古谷朋之, 福村日向丸, 近藤侑貴, 増田建, 石崎公庸, 深城英弘

近畿植物学会第14回講演会 2025年11月8日
紅色光合成細菌における超硫黄分子・活性酸素応答性転写因子の細胞内でのチオール基修飾状態の解析

武田音波, 橋本将, 増田建, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会 2025年11月8日
光合成細菌を用いた超硫黄分子と活性酸素に応答した転写制御機構の解析

王淑賢, 瀬戸陽介, 熊谷雄太郎, 橋本将, 前野慎太朗, 後藤恭宏, 林哲也, 増田建, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会 2025年11月8日
原始的な硫化水素依存型光合成で産生される硫黄顆粒の代謝・細胞外排出機構の解析

幾島美夢, 菅野菜々子, 河合繁, 重藤真介, 増田建, Dahl Christiane, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会 2025年11月8日
光依存的な葉緑体形成におけるポリスルフィドシグナルの役割の解析

松井響愛, 笠松真吾, 瀬戸陽介, 渡辺智, 柘植知彦, 居原秀, 増田建, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会 2025年11月8日
シロイヌナズナにおけるヘム輸送能の欠失とその影響の解析

太田万葉, 吉岡佑真, 西村浩二, 増田真二, 多部田弘光, 榊原均, 宮地孝明, 増田建, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会 2025年11月8日
環化超硫黄分子による真核生物・ヒトのミトコンドリア呼吸鎖機能解析

松永哲郎, Uladzimir Barayeu, 守田匡伸, 高田剛, 緒方星陵, Minkyung Jung, 張田力, 清水隆之, 吉沢道人, 本橋ほづみ, 赤池孝章

第98回日本生化学会 2025年11月4日
光合成細菌における超硫黄分子輸送体の同定とその機能解析

清水隆之, 幾島美夢, 菅野菜々子, 河合繁, 重藤真介, 増田建, Christiane Dahl

第98回日本生化学会 2025年11月3日
光合成細菌を用いた超硫黄分子と活性酸素に応答した転写制御機構の解析

王淑賢, 武田音波, 瀬戸陽介, 熊谷雄太郎, 橋本将, 前野慎太朗, 後藤恭宏, 林哲也, 増田建, 清水隆之

第89回日本植物学会 2025年9月20日
進化的に保存されたシトクロムb5様ヘム結合タンパク質RLFはゼニゴケの器官発生を制御する

岩田健太郎, 清水隆之, 酒井友希, 古谷朋之, 福村日向丸, 近藤侑貴, 増田建, 石崎公庸, 深城英弘

第89回日本植物学会 2025年9月20日
ゼニゴケにおけるスフィンゴ脂質脂肪酸2-ヒドロキシラーゼの役割

井上美彩, 坪山智香, 児玉豊, 石川寿樹, 清水隆之, 増田建, 深尾陽一朗, 長野稔

第89回日本植物学会 2025年9月19日
Analysis of localizations and physiological functions of heme catabolic enzymes in Arabidopsis

Mihoko Takenoya, Yuhei Song, Kohji Nishimura, Yingxi Chen, Takayuki Shimizu, Keita Miyake, Tatsuru Masuda

第89回日本植物学会 2025年9月19日
ゼニゴケの葉緑体包膜に局在するヘム特異的ABCトランスポーターの機能解析

竹野谷美穂子, 末次憲之, 清水隆之, 陳穎茜, 宮地孝明, 西村浩二, 榊原均, 小嶋美紀子, 竹林裕美子, 平井優美, 多部田弘光, 佐藤心郎, 三宅敬太, 増田建

第89回日本植物学会 2025年9月19日
超硫黄分子がシロイヌナズナの光依存的な葉緑体形成におよぼす影響の解析

松井響愛, 笠松真吾, 居原秀, 増田建, 清水隆之

第89回日本植物学会 2025年9月19日
pre-mRNAスプライシングを介したプラスチド機能依存的な側根形態制御

高柳なつ, 荒江星拓, 清水隆之, 増田建, 大谷美沙都

第89回日本植物学会 2025年9月18日
紅色細菌における硫黄顆粒の細胞外排出機構

清水隆之, 幾島美夢, 菅野菜々子, 河合繁, 重藤真介, 増田建, Christiane Dahl

第38回日本微生物生態学会 2025年9月8日
シロイヌナズナの葉緑体形成において超硫黄分子が光合成関連遺伝子の転写におよぼす影響の解析

松井響愛, 笠松真吾, 居原秀, 増田建, 清水隆之

第15回日本光合成学会 2025年6月7日
紅色光合成細菌における活性酸素および超硫黄分子応答に関わる転写因子の機能解析

王淑賢, 瀬戸陽介, 熊谷雄太郎, 橋本将, 前野慎太朗, 後藤恭宏, 林哲也, 増田建, 清水隆之

第15回日本光合成学会 2025年6月7日
ゼニゴケの葉緑体包膜に局在するヘム特異的ABCトランスポーターの機能解析

竹野谷美穂子, 末次憲之, 清水隆之, 陳穎茜, 宮地孝明, 村浩二, 榊原均, 小嶋美紀子, 竹林裕美子, 平井優, 多部田弘光, 佐藤心郎, 三宅敬太, 増田建

第15回日本光合成学会 2025年6月7日

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担当経験のある科目(授業)

2024年4月 - 現在

細胞分子代謝・制御論演習II (奈良女子大学博士後期課程自然科学専攻)
2024年4月 - 現在

細胞分子代謝・制御論演習I (奈良女子大学博士後期課程自然科学専攻)
2024年4月 - 現在

細胞分子代謝・制御論II (奈良女子大学博士後期課程自然科学専攻)
2024年4月 - 現在

細胞分子代謝・制御論I (奈良女子大学博士後期課程自然科学専攻)
2024年4月 - 現在

細胞分子調節学特論 (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
2024年4月 - 現在

細胞分子調節学演習Ⅲ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
2024年4月 - 現在

細胞分子調節学演習Ⅰ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
2024年4月 - 現在

分子細胞生物学実習 (奈良女子大学理学部生物科学コース)
2024年4月 - 現在

生物形態分類学実習Ⅰ (奈良女子大学理学部生物科学コース)
2024年4月 - 現在

生物学実験（B） (奈良女子大学理学部化学生物環境学共通科目)
2024年4月 - 現在

生物学実験（A） (奈良女子大学理学部物理学コース)
2023年10月 - 現在

細胞分子調節学セミナーⅡ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
2023年10月 - 現在

細胞分子調節学セミナーⅠ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
2023年10月 - 現在

細胞分子調節学演習Ⅱ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
2023年10月 - 現在

細胞分子調節学演習Ⅳ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
2023年10月 - 現在

分子細胞生物学特論1 (奈良女子大学理学部生物科学コース)
2023年10月 - 現在

生物環境科学展開実習Ⅲ (奈良女子大学理学部生物科学コース)
2023年10月 - 現在

生物環境科学基礎演習Ⅱ (奈良女子大学理学部化学生物環境学共通科目)
2023年10月 - 現在

分子遺伝学 (奈良女子大学理学部生物科学コース)
2024年10月 - 2025年2月

植物生理学 (奈良女子大学理学部生物科学コース)

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

超硫黄分子を考慮したレドックス制御から生理機能を理解する

公益財団法人武田科学振興財団ライフサイエンス研究助成 2024年10月 - 2029年3月
超硫黄分子輸送体の機能解析による生理機能制御システムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2025年4月 - 2028年3月

清水隆之
環状化硫黄S8による超硫黄分子シグナル伝達の制御機構

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(海外連携研究) 2023年9月 - 2027年3月

清水隆之
超硫⻩分⼦によるレドックス代謝制御

公益財団法人東レ科学振興会東レ科学技術研究助成 2025年4月 - 2027年3月
超硫黄分子の輸送機構から解明する生体機能調節システム

京都大学エネルギー理工学研究所「ゼロエミッションエネルギー研究拠点」共同利用・共同研究 2025年9月 - 2026年3月
超硫黄分子による葉緑体形成の制御機構

公益財団法人三菱財団自然科学研究助成（若手助成） 2025年4月 - 2026年3月
植物の葉緑体形成を制御する超硫黄分子シグナル伝達機構の解明

公益財団法人ノバルティス科学振興財団ノバルティス研究奨励金 2025年4月 - 2026年3月
光合成細菌の超硫黄分子代謝を利用した生物脱硫装置の開発

岩谷直治記念財団岩谷科学技術研究助成 2025年4月 - 2026年3月
超硫黄分子で切り拓くレドックスシグナルの新展開

国立研究開発法人科学技術振興機構（JST） ACT-X 2023年10月 - 2026年3月

清水隆之
硫化水素によるシグナル伝達

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2026年3月

増田真二、清水隆之
プロテインキナーゼCK2が関与する超硫黄分子に応答した植物生理制御システムの分子基盤

東京農業大学生物資源ゲノム解析センター「生物資源ゲノム解析拠点」共同研究 2024年10月 - 2025年3月
活性硫黄シグナルを考慮した新たなレドックスシグナル伝達概念の構築

公益財団法人発酵研究所若手研究助成 2023年4月 - 2025年3月

清水隆之
超硫黄分子シグナルで開拓する新規レドックス応答機構

公益財団法人千里ライフサイエンス振興財団岸本基金研究助成 2024年1月 - 2025年1月
超硫黄分子を利用した「おいしい」作物の効率的な栽培技術の開発基盤

公益財団法人ホクト生物科学振興財団研究奨励金 2023年12月 - 2024年11月
超硫黄分子による光形態形成の制御機構

東京農業大学生物資源ゲノム解析センター「生物資源ゲノム解析拠点」共同研究 2023年10月 - 2024年3月
タンパク質の過イオウ化によるシグナル伝達機構の分子基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2021年4月 - 2023年3月

清水隆之
光合成生物に広く保存された栄養欠乏時の脂質転換制御とその応用の分子基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2018年4月 - 2023年3月

太田啓之, 増田建, 西村浩二, 小林康一, 堀孝一, 粟井光一郎, 下嶋美恵, 清水隆之
「先進ゲノム支援」（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム）支援課題採択

文部科学省（科学研究費助成事業新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』） 2022年11月 - 2023年3月
超硫黄分子による生理活性調節のためのシグナル伝達機構の分子基盤

公益財団法人住友財団基礎科学研究助成 2021年11月 - 2022年11月

清水隆之
水圏に生息する細菌における遺伝子拡散システムの分子基盤の解明（継続）

公益財団法人クリタ水・環境科学振興財団国内研究助成 2021年10月 - 2022年9月

清水隆之

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産業財産権

特開2018-121557 活性イオウ分子種に応答して遺伝子発現を制御するタンパク質

増田真二, 清水隆之

学術貢献活動

ダイバーシティ推進ランチョンセミナー「研究者のワーク・イン・ライフ～九州大学の事例を参考に～」

企画立案・運営等

日本植物学会・ダイバーシティ推進委員会主催 2025年9月18日
15th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors in Photosynthetic Organisms 大会実行委員

企画立案・運営等

2023年9月19日 - 2023年9月22日

社会貢献活動

科学技術振興機構スーパーサイエンスハイスクール（SSH）事業

助言・指導

西大和学園中学校・高等学校 2024年4月 - 2024年12月

清水隆之

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

学術貢献活動

社会貢献活動

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