Takayuki Shimizu

Profile Information

Affiliation: Nara Women's University

Degree: 博士（理学）(東京工業大学)

Researcher number: 90817214
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-2956-9386
J-GLOBAL ID: 201801004787840012
researchmap Member ID: B000306415

External link: https://tshimizu-lab.jp/

Research Interests

Research Areas

Research History

2023 - Present

Nara Women's University
2017 - 2023

Graduate School of Arts and Sciences Department of Multi-Disciplinary Sciences,General Systems Sciences, The University of Tokyo

Education

2013 - 2017

Graduate School of Bioscience and Biotechnology, Tokyo Institute of Technology
2011 - 2013

Tokyo Metropolitan University
2007 - 2011

Faculty of Urban Liberal Arts, Faculty of Urban Liberal Arts, Tokyo Metropolitan University

Committee Memberships

Mar, 2025 - Present

ダイバーシティ推進委員, 日本植物学会
Mar, 2018 - Mar, 2021

会長, 日本光合成学会若手の会

Awards

Nov, 2024

2024年度日本生化学会奨励賞, 日本生化学会

清水隆之
Nov, 2024

2024年度JAICI賞, 化学情報協会

清水隆之
Aug, 2024

2024年度クリタ水・環境科学研究優秀賞, 公益財団法人クリタ水・環境科学振興財団

清水隆之
Apr, 2017

2016年度笹川科学研究奨励賞, 日本科学協会

清水隆之
Mar, 2017

第22回赤池ジャーナル賞, 東京工業大学

清水隆之
May, 2016

第7回日本光合成学会大会優秀発表賞, 日本光合成学会

清水隆之

Papers

Evolutionary-conserved RLF, a cytochrome b5-like heme-binding protein, regulates organ development in Marchantia polymorpha.

Kentaro P Iwata, Takayuki Shimizu, Yuuki Sakai, Tomoyuki Furuya, Hinatamaru Fukumura, Yuki Kondo, Tatsuru Masuda, Kimitsune Ishizaki, Hidehiro Fukaki

The New phytologist, May 25, 2025 Peer-reviewed
Evolutionary conserved RLF, a plant cytochromeb₅-like heme-binding protein, is essential for organ development inMarchantia polymorpha

Kentaro P. Iwata, Takayuki Shimizu, Yuuki Sakai, Tomoyuki Furuya, Hinatamaru Fukumura, Yuki Kondo, Tatsuru Masuda, Kimitsune Ishizaki, Hidehiro Fukaki

bioRxiv, Sep 3, 2024
TED: Enhancing Translation Efficiency in Bacterial Expression Systems.

Tomo Kondo, Takayuki Shimizu

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), 2844 211-218, Jul, 2024
Alternative localization of HEME OXYGENASE 1 in plant cells regulates cytosolic heme catabolism

Yingxi Chen, Kohji Nishimura, Mutsutomo Tokizawa, Yoshiharu Y Yamamoto, Yoshito Oka, Tomonao Matsushita, Kousuke Hanada, Kazumasa Shirai, Shoji Mano, Takayuki Shimizu …

Plant Physiology, 195(4) 2937-2951, May 28, 2024 Peer-reviewed
Translation Enhancement by a Short Nucleotide Insertion at 5′UTR: Application to an In Vitro Cell-Free System and a Photosynthetic Bacterium

Tomo Kondo, Takayuki Shimizu

Applied Microbiology, Jul 2, 2023 Peer-reviewedInvitedLast author
Thioredoxin-2 Regulates SqrR-Mediated Polysulfide-Responsive Transcription via Reduction of a Polysulfide Link in SqrR

Takayuki Shimizu, Masaru Hashimoto, Tatsuru Masuda

Antioxidants, Mar 11, 2023 Peer-reviewedInvitedLead authorCorresponding author
Polysulfide metabolizing enzymes influence SqrR-mediated sulfide-induced transcription by impacting intracellular polysulfide dynamics

Takayuki Shimizu, Tomoaki Ida, Giuliano T Antelo, Yuta Ihara, Joseph N Fakhoury, Shinji Masuda, David P Giedroc, Takaaki Akaike, Daiana A Capdevila, Tatsuru Masuda

PNAS Nexus, 2(3) pgad048, Feb 10, 2023 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
The Sulfide-Responsive SqrR/BigR Homologous Regulator YgaV of Escherichia coli Controls Expression of Anaerobic Respiratory Genes and Antibiotic Tolerance

Rajalakshmi Balasubramanian, Koichi Hori, Takayuki Shimizu, Shingo Kasamatsu, Kae Okamura, Kan Tanaka, Hideshi Ihara, Shinji Masuda

Antioxidants, 11(12), Nov 28, 2022 Peer-reviewedInvited
Persulfide-Responsive Transcription Factor SqrR Regulates Gene Transfer and Biofilm Formation via the Metabolic Modulation of Cyclic di-GMP in Rhodobacter capsulatus

Takayuki Shimizu, Toma Aritoshi, J. Thomas Beatty, Tatsuru Masuda

Microorganisms, 10(5) 908-908, Apr 26, 2022 Peer-reviewedInvitedLead authorCorresponding author
Repressor Activity of SqrR, a Master Regulator of Persulfide-Responsive Genes, Is Regulated by Heme Coordination.

Takayuki Shimizu, Yuuki Hayashi, Munehito Arai, Shawn E McGlynn, Tatsuru Masuda, Shinji Masuda

Plant & cell physiology, 62(1) 100-110, Mar 25, 2021 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
The Role of Tetrapyrrole- and GUN1-Dependent Signaling on Chloroplast Biogenesis.

Takayuki Shimizu, Tatsuru Masuda

Plants (Basel, Switzerland), 10(2), Jan 21, 2021 Peer-reviewedLead author
Proteomic analysis of haem-binding protein from Arabidopsis thaliana and Cyanidioschyzon merolae.

Takayuki Shimizu, Rintaro Yasuda, Yui Mukai, Ryo Tanoue, Tomohiro Shimada, Sousuke Imamura, Kan Tanaka, Satoru Watanabe, Tatsuru Masuda

Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences, 375(1801) 20190488-20190488, Jun 22, 2020 Peer-reviewedLead author
Persulphide-responsive transcriptional regulation and metabolism in bacteria.

Takayuki Shimizu, Shinji Masuda

Journal of biochemistry, 167(2) 125-132, Feb 1, 2020 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
The retrograde signaling protein GUN1 regulates tetrapyrrole biosynthesis.

Takayuki Shimizu, Sylwia M Kacprzak, Nobuyoshi Mochizuki, Akira Nagatani, Satoru Watanabe, Tomohiro Shimada, Kan Tanaka, Yuuki Hayashi, Munehito Arai, Dario Leister …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 116(49) 24900-24906, Dec 3, 2019 Peer-reviewedLead author
Nitrite-reducing ability is related to growth inhibition by nitrite in Rhodobacter sphaeroides f. sp. denitrificans

Takayuki Shimizu, Kouhei Horiguchi, Yui Hatanaka, Shinji Masuda, Keizo Shimada, Katsumi Matsuura, Shin Haruta

Bioscience, Biotechnology and Biochemistry, 82(1) 148-151, 2018 Peer-reviewedLead author
Characterization of redox-active cysteine residues of persulfide-responsive transcriptional repressor SqrR

Shimizu T, Masuda S

Communicative & Integrative Biology, 10(4) e1329786, Jul, 2017 Peer-reviewedInvitedLead author
Sulfide-responsive transcriptional repressor SqrR functions as a master regulator of sulfide-dependent photosynthesis

Takayuki Shimizu, Jiangchuan Shen, Mingxu Fang, Yixiang Zhang, Koichi Hori, Jonathan C. Trinidad, Carl E. Bauer, David P. Giedroc, Shinji Masuda

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 114(9) 2355-2360, Feb, 2017 Peer-reviewedLead author
Evidence that Altered Cis Element Spacing Affects PpsR Mediated Redox Control of Photosynthesis Gene Expression in Rubrivivax gelatinosus

Takayuki Shimizu, Zhuo Cheng, Katsumi Matsuura, Shinji Masuda, Carl E. Bauer

PLoS ONE, 10(6) e0128446, Jun, 2015 Peer-reviewedLead author
Complete Genome Sequence of Phototrophic Betaproteobacterium Rubrivivax gelatinosus IL144

Sakiko Nagashima, Akiko Kamimura, Takayuki Shimizu, Sanae Nakamura-Isaki, Eiji Aono, Koji Sakamoto, Natsuko Ichikawa, Hidekazu Nakazawa, Mitsuo Sekine, Shuji Yamazaki …

Journal of Bacteriology, 194(13) 3541-3542, Jul, 2012 Peer-reviewed

Misc.

細菌における超硫黄分子センシング機構と金属の関係性

清水隆之

月間「アグリバイオ」, 6(4) 58-62, Mar, 2022 InvitedCorresponding author
細菌における活性硫黄種センシング機構と金属の関係性

清水隆之

月刊「細胞」, 54(3) 26-28, Feb, 2022 InvitedLead authorCorresponding author
硫化水素・超硫黄分子のセンシング機構

清水隆之, 増田真二

生化学, 93(5) 637-642, Oct, 2021 Peer-reviewedLead authorCorresponding author
Tetrapyrrole- and GUN1-Dependent Plastid Signaling on Chloroplast Biogenesis

31(1) 50-62, Apr, 2021 Peer-reviewedInvitedLead authorCorresponding author
細菌性ウイルス様粒子GTAによる環境適応機構の分子基盤

清水隆之

Institute for Fermentation, Osaka. Research Communications, (35), 2021
Molecular basis of transcriptional regulation by the novel persulfide-responsive transcriptional factor SqrR identified from a hydrogen sulfide-utilizing photosynthetic bacterium

清水隆之, 増田真二

硫酸と工業, 71(7) 95-102, Jul, 2018 Peer-reviewedInvitedLead author
Sensory Mechanism of H₂S and Reactive-sulfur-species through Polysulfidation of Cysteine Residues

MASUDA Shinji, SHIMIZU Takayuki

Seibutsu Butsuri, 58(3) 163-164, 2018 Peer-reviewed
The induction of an electron transport chain involved in sulfide oxidation : The identification and sulfide-responsive mechanism of transcriptional factor SqrR

清水隆之

光合成研究 = News letter, 27(1) 16-21, Apr, 2017 Peer-reviewedInvited
硫化水素に応答した遺伝子発現制御

清水隆之, 増田真二

バイオサイエンスとインダストリー, 75 516-517, 2017 Peer-reviewedInvitedLead author

Books and Other Publications

基礎生命科学実験 = Introductory course in life science experiments

東京大学教養学部基礎生命科学実験編集委員会, 東京大学教養学部

東京大学出版会, Feb, 2021 (ISBN: 9784130622271)

Presentations

進化的に保存されたシトクロムb5様ヘム結合タンパク質RLFはゼニゴケの器官発生を制御する

岩田健太郎, 清水隆之, 酒井友希, 古谷朋之, 福村日向丸, 近藤侑貴, 増田建, 石崎公庸, 深城英弘

近畿植物学会第14回講演会, Nov 8, 2025
紅色光合成細菌における超硫黄分子・活性酸素応答性転写因子の細胞内でのチオール基修飾状態の解析

武田音波, 橋本将, 増田建, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会, Nov 8, 2025
光合成細菌を用いた超硫黄分子と活性酸素に応答した転写制御機構の解析

王淑賢, 瀬戸陽介, 熊谷雄太郎, 橋本将, 前野慎太朗, 後藤恭宏, 林哲也, 増田建, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会, Nov 8, 2025
原始的な硫化水素依存型光合成で産生される硫黄顆粒の代謝・細胞外排出機構の解析

幾島美夢, 菅野菜々子, 河合繁, 重藤真介, 増田建, Dahl Christiane, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会, Nov 8, 2025
光依存的な葉緑体形成におけるポリスルフィドシグナルの役割の解析

松井響愛, 笠松真吾, 瀬戸陽介, 渡辺智, 柘植知彦, 居原秀, 増田建, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会, Nov 8, 2025
シロイヌナズナにおけるヘム輸送能の欠失とその影響の解析

太田万葉, 吉岡佑真, 西村浩二, 増田真二, 多部田弘光, 榊原均, 宮地孝明, 増田建, 清水隆之

近畿植物学会第14回講演会, Nov 8, 2025
環化超硫黄分子による真核生物・ヒトのミトコンドリア呼吸鎖機能解析

松永哲郎, Uladzimir Barayeu, 守田匡伸, 高田剛, 緒方星陵, Minkyung Jung, 張田力, 清水隆之, 吉沢道人, 本橋ほづみ, 赤池孝章

第98回日本生化学会, Nov 4, 2025
光合成細菌における超硫黄分子輸送体の同定とその機能解析

清水隆之, 幾島美夢, 菅野菜々子, 河合繁, 重藤真介, 増田建, Christiane Dahl

第98回日本生化学会, Nov 3, 2025
光合成細菌を用いた超硫黄分子と活性酸素に応答した転写制御機構の解析

王淑賢, 武田音波, 瀬戸陽介, 熊谷雄太郎, 橋本将, 前野慎太朗, 後藤恭宏, 林哲也, 増田建, 清水隆之

第89回日本植物学会, Sep 20, 2025
進化的に保存されたシトクロムb5様ヘム結合タンパク質RLFはゼニゴケの器官発生を制御する

岩田健太郎, 清水隆之, 酒井友希, 古谷朋之, 福村日向丸, 近藤侑貴, 増田建, 石崎公庸, 深城英弘

第89回日本植物学会, Sep 20, 2025
ゼニゴケにおけるスフィンゴ脂質脂肪酸2-ヒドロキシラーゼの役割

井上美彩, 坪山智香, 児玉豊, 石川寿樹, 清水隆之, 増田建, 深尾陽一朗, 長野稔

第89回日本植物学会, Sep 19, 2025
Analysis of localizations and physiological functions of heme catabolic enzymes in Arabidopsis

Mihoko Takenoya, Yuhei Song, Kohji Nishimura, Yingxi Chen, Takayuki Shimizu, Keita Miyake, Tatsuru Masuda

第89回日本植物学会, Sep 19, 2025
ゼニゴケの葉緑体包膜に局在するヘム特異的ABCトランスポーターの機能解析

竹野谷美穂子, 末次憲之, 清水隆之, 陳穎茜, 宮地孝明, 西村浩二, 榊原均, 小嶋美紀子, 竹林裕美子, 平井優美, 多部田弘光, 佐藤心郎, 三宅敬太, 増田建

第89回日本植物学会, Sep 19, 2025
超硫黄分子がシロイヌナズナの光依存的な葉緑体形成におよぼす影響の解析

松井響愛, 笠松真吾, 居原秀, 増田建, 清水隆之

第89回日本植物学会, Sep 19, 2025
pre-mRNAスプライシングを介したプラスチド機能依存的な側根形態制御

高柳なつ, 荒江星拓, 清水隆之, 増田建, 大谷美沙都

第89回日本植物学会, Sep 18, 2025
紅色細菌における硫黄顆粒の細胞外排出機構

清水隆之, 幾島美夢, 菅野菜々子, 河合繁, 重藤真介, 増田建, Christiane Dahl

第38回日本微生物生態学会, Sep 8, 2025
シロイヌナズナの葉緑体形成において超硫黄分子が光合成関連遺伝子の転写におよぼす影響の解析

松井響愛, 笠松真吾, 居原秀, 増田建, 清水隆之

第15回日本光合成学会, Jun 7, 2025
紅色光合成細菌における活性酸素および超硫黄分子応答に関わる転写因子の機能解析

王淑賢, 瀬戸陽介, 熊谷雄太郎, 橋本将, 前野慎太朗, 後藤恭宏, 林哲也, 増田建, 清水隆之

第15回日本光合成学会, Jun 7, 2025
ゼニゴケの葉緑体包膜に局在するヘム特異的ABCトランスポーターの機能解析

竹野谷美穂子, 末次憲之, 清水隆之, 陳穎茜, 宮地孝明, 村浩二, 榊原均, 小嶋美紀子, 竹林裕美子, 平井優, 多部田弘光, 佐藤心郎, 三宅敬太, 増田建

第15回日本光合成学会, Jun 7, 2025
光合成細菌で解き明かす超硫黄分子シグナル伝達機構

清水隆之

第4回日本医学会連合Rising Star リトリート, May 29, 2025 Invited

Teaching Experience

Apr, 2024 - Present

細胞分子代謝・制御論演習II (奈良女子大学博士後期課程自然科学専攻)
Apr, 2024 - Present

細胞分子代謝・制御論演習I (奈良女子大学博士後期課程自然科学専攻)
Apr, 2024 - Present

細胞分子代謝・制御論II (奈良女子大学博士後期課程自然科学専攻)
Apr, 2024 - Present

細胞分子代謝・制御論I (奈良女子大学博士後期課程自然科学専攻)
Apr, 2024 - Present

細胞分子調節学特論 (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
Apr, 2024 - Present

細胞分子調節学演習Ⅲ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
Apr, 2024 - Present

細胞分子調節学演習Ⅰ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
Apr, 2024 - Present

分子細胞生物学実習 (奈良女子大学理学部生物科学コース)
Apr, 2024 - Present

生物形態分類学実習Ⅰ (奈良女子大学理学部生物科学コース)
Apr, 2024 - Present

生物学実験（B） (奈良女子大学理学部化学生物環境学共通科目)
Apr, 2024 - Present

生物学実験（A） (奈良女子大学理学部物理学コース)
Oct, 2023 - Present

細胞分子調節学セミナーⅡ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
Oct, 2023 - Present

細胞分子調節学セミナーⅠ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
Oct, 2023 - Present

細胞分子調節学演習Ⅱ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
Oct, 2023 - Present

細胞分子調節学演習Ⅳ (奈良女子大学博士前期課程化学生物環境学専攻)
Oct, 2023 - Present

分子細胞生物学特論1 (奈良女子大学理学部生物科学コース)
Oct, 2023 - Present

生物環境科学展開実習Ⅲ (奈良女子大学理学部生物科学コース)
Oct, 2023 - Present

生物環境科学基礎演習Ⅱ (奈良女子大学理学部化学生物環境学共通科目)
Oct, 2023 - Present

分子遺伝学 (奈良女子大学理学部生物科学コース)
Oct, 2024 - Feb, 2025

植物生理学 (奈良女子大学理学部生物科学コース)

Professional Memberships

Research Projects

超硫黄分子を考慮したレドックス制御から生理機能を理解する

ライフサイエンス研究助成, 公益財団法人武田科学振興財団, Oct, 2024 - Mar, 2029
超硫黄分子輸送体の機能解析による生理機能制御システムの解明

科学研究費助成事業, 基盤研究(C), 日本学術振興会, Apr, 2025 - Mar, 2028

清水隆之
環状化硫黄S8による超硫黄分子シグナル伝達の制御機構

科学研究費助成事業, 国際共同研究加速基金(海外連携研究), 日本学術振興会, Sep, 2023 - Mar, 2027

清水隆之
超硫⻩分⼦によるレドックス代謝制御

東レ科学技術研究助成, 公益財団法人東レ科学振興会, Apr, 2025 - Mar, 2027
超硫黄分子の輸送機構から解明する生体機能調節システム

「ゼロエミッションエネルギー研究拠点」共同利用・共同研究, 京都大学エネルギー理工学研究所, Sep, 2025 - Mar, 2026
超硫黄分子による葉緑体形成の制御機構

自然科学研究助成（若手助成）, 公益財団法人三菱財団, Apr, 2025 - Mar, 2026
植物の葉緑体形成を制御する超硫黄分子シグナル伝達機構の解明

ノバルティス研究奨励金, 公益財団法人ノバルティス科学振興財団, Apr, 2025 - Mar, 2026
光合成細菌の超硫黄分子代謝を利用した生物脱硫装置の開発

岩谷科学技術研究助成, 岩谷直治記念財団, Apr, 2025 - Mar, 2026
超硫黄分子で切り拓くレドックスシグナルの新展開

ACT-X, 国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）, Oct, 2023 - Mar, 2026

清水隆之
硫化水素によるシグナル伝達

科学研究費助成事業学術変革領域研究(A), 学術変革領域研究(A), 日本学術振興会, Sep, 2021 - Mar, 2026

増田真二、清水隆之
プロテインキナーゼCK2が関与する超硫黄分子に応答した植物生理制御システムの分子基盤

「生物資源ゲノム解析拠点」共同研究, 東京農業大学生物資源ゲノム解析センター, Oct, 2024 - Mar, 2025
活性硫黄シグナルを考慮した新たなレドックスシグナル伝達概念の構築

若手研究助成, 公益財団法人発酵研究所, Apr, 2023 - Mar, 2025

清水隆之
超硫黄分子シグナルで開拓する新規レドックス応答機構

岸本基金研究助成, 公益財団法人千里ライフサイエンス振興財団, Jan, 2024 - Jan, 2025
超硫黄分子を利用した「おいしい」作物の効率的な栽培技術の開発基盤

研究奨励金, 公益財団法人ホクト生物科学振興財団, Dec, 2023 - Nov, 2024
超硫黄分子による光形態形成の制御機構

「生物資源ゲノム解析拠点」共同研究, 東京農業大学生物資源ゲノム解析センター, Oct, 2023 - Mar, 2024
タンパク質の過イオウ化によるシグナル伝達機構の分子基盤

科学研究費助成事業若手研究, 若手研究, 日本学術振興会, Apr, 2021 - Mar, 2023

清水隆之
光合成生物に広く保存された栄養欠乏時の脂質転換制御とその応用の分子基盤

科学研究費助成事業基盤研究(A), 基盤研究(A), 日本学術振興会, Apr, 2018 - Mar, 2023

太田啓之, 増田建, 西村浩二, 小林康一, 堀孝一, 粟井光一郎, 下嶋美恵, 清水隆之
「先進ゲノム支援」（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム）支援課題採択

文部科学省（科学研究費助成事業新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』）, Nov, 2022 - Mar, 2023
超硫黄分子による生理活性調節のためのシグナル伝達機構の分子基盤

基礎科学研究助成, 公益財団法人住友財団, Nov, 2021 - Nov, 2022

清水隆之
水圏に生息する細菌における遺伝子拡散システムの分子基盤の解明（継続）

国内研究助成, 公益財団法人クリタ水・環境科学振興財団, Oct, 2021 - Sep, 2022

清水隆之

Industrial Property Rights

特開2018-121557 活性イオウ分子種に応答して遺伝子発現を制御するタンパク質

増田真二, 清水隆之

Academic Activities

ダイバーシティ推進ランチョンセミナー「研究者のワーク・イン・ライフ～九州大学の事例を参考に～」

Planning, management, etc.

日本植物学会・ダイバーシティ推進委員会主催, Sep 18, 2025
15th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors in Photosynthetic Organisms 大会実行委員

Planning, management, etc.

Sep 19, 2023 - Sep 22, 2023

Social Activities

科学技術振興機構スーパーサイエンスハイスクール（SSH）事業

Consultant

西大和学園中学校・高等学校, Apr, 2024 - Dec, 2024

Profile Information

Research Interests

Research Areas

Research History

Education

Committee Memberships

Awards

Papers

Misc.

Books and Other Publications

Presentations

Teaching Experience

Professional Memberships

Research Projects

Industrial Property Rights

Academic Activities

Social Activities

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Coauthors