阿部貴志 (Takashi Abe) - マイポータル

基本情報

所属: 新潟大学工学部工学科教授

学位: 博士（理学）(総合研究大学院大学)

研究者番号: 30390628
J-GLOBAL ID: 201201016324022314
researchmap会員ID: B000225386

外部リンク: http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/

研究分野

経歴

2020年10月 - 現在

新潟大学, 大学院自然科学研究科電気情報工学専攻, 教授
2020年10月 - 現在

新潟大学, 工学部工学科, 教授
2021年6月 - 2024年3月

国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 特命教授
2017年4月 - 2020年9月

新潟大学, 工学部工学科, 准教授
2011年10月 - 2020年9月

新潟大学, 自然科学研究科電気情報工学専攻, 准教授
2011年10月 - 2017年3月

新潟大学, 工学部情報工学科コンピュータサイエンス, 准教授
2007年4月 - 2011年9月

長浜バイオ大学, 助教
2004年4月 - 2007年3月

総合研究大学院大学生命科学研究科遺伝学専攻（併任）, 助教
2004年4月 - 2007年3月

国立遺伝学研究所生命情報・DDBJセンター, 助教
2001年4月 - 2004年3月

協和発酵工業株式会社, 研究員

受賞

2024年9月

GGS PRIZE 2024, SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan, 日本遺伝学会

So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu, Jun-ichi Onami, Takashi Abe, Masanori Arita
2020年9月

2019年（第81巻）JVMS優秀論文賞, Viral population analysis of the taiga tick, Ixodes persulcatus, by using Batch Learning Self-Organizing Maps and BLAST search. The Journal of Veterinary Medical Science 81(3)401-410, 2019, 日本獣医学会

Yongjin Qiu, Takashi Abe, Ryo Nakao, Kenro Satoh, Chihiro Sugimoto
2011年3月

日本ゲノム微生物学会研究奨励賞, 日本ゲノム微生物学会

阿部貴志
2008年6月

日本生理人類学会優秀論文賞, 日本生理人類学会

安納住子, 阿部貴志, 西良浩一, 工藤奨, 山本卓志, 緒方是嗣, Vijay K. Goel
2003年8月

日本進化学会第5回大会最優秀ポスター賞, 日本進化学会

阿部貴志
1999年11月

第22回情報科学討論会ポスター賞, 社団法人日本化学会情報化学部会

阿部貴志, 金谷重彦, 工藤喜弘, 木ノ内誠, 大平賢

論文

104

Structural-model-based genome mining can efficiently discover novel non-canonical terpene synthases hidden in genomes of diverse species

Tohru Abe, Haruna Shiratori, Kosuke Kashiwazaki, Kazuma Hiasa, Daijiro Ueda, Tohru Taniguchi, Hajime Sato, Takashi Abe, Tsutomu Sato

Chemical Science 2024年6月査読有り責任著者
SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotype spread in Japan

So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu …

Genes & Genetic Systems 2023年10月責任著者
Oligonucleotide usage in coronavirus genomes mimics that in exon regions in host genomes.

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura

Virology journal 20(1) 39-39 2023年3月1日査読有り
Identification of microbes coexisting with Legionella spp. in bathwaters

Masaki Okunaga, Kenta Kushiro, Ryohei Horie, Akihiro Kondo, Takashi Abe

NPJ CLEAN WATER 5(1) 2022年12月査読有り責任著者
Comparative genomic analysis of the human genome and six bat genomes using unsupervised machine learning: Mb-level CpG and TFBS islands

Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe

BMC Genomics 23(1) 2022年12月査読有り責任著者
AI-based search for convergently expanding, advantageous mutations in SARS-CoV-2 by focusing on oligonucleotide frequencies

Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe

PLOS ONE 17(8) e0273860-e0273860 2022年8月31日査読有り責任著者
Unsupervised explainable AI for molecular evolutionary study of forty thousand SARS-CoV-2 genomes.

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura

BMC microbiology 22(1) 73-73 2022年3月10日査読有り
Epidemiology and Genetic Analysis of SARS-CoV-2 in Myanmar during the Community Outbreaks in 2020.

Wint Wint Phyu, Reiko Saito, Keita Wagatsuma, Takashi Abe, Htay Htay Tin, Eh Htoo Pe, Su Mon Kyaw Win, Nay Chi Win, Lasham Di Ja, Sekizuka Tsuyoshi …

Viruses 14(2) 2022年1月27日査読有り
AI for the collective analysis of a massive number of genome sequences: various examples from the small genome of pandemic SARS-CoV-2 to the human genome.

Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe

Genes & genetic systems 96(4) 165-176 2021年12月16日査読有り責任著者
Time-Series Trend of Pandemic SARS-CoV-2 Variants Visualized Using Batch-Learning Self-Organizing Map for Oligonucleotide Compositions

Takashi Abe, Ryuki Furukawa, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura

Data Science Journal 20(1) 29-29 2021年9月21日査読有り筆頭著者責任著者
Human cell-dependent, directional, time-dependent changes in the mono- and oligonucleotide compositions of SARS-CoV-2 genomes.

Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura

BMC microbiology 21(1) 89-89 2021年3月23日査読有り
An African tick flavivirus forming an independent clade exhibits unique exoribonuclease-resistant RNA structures in the genomic 3'-untranslated region.

Hayato Harima, Yasuko Orba, Shiho Torii, Yongjin Qiu, Masahiro Kajihara, Yoshiki Eto, Naoya Matsuta, Bernard M Hang'ombe, Yuki Eshita, Kentaro Uemura …

Scientific reports 11(1) 4883-4883 2021年3月1日査読有り
Genomic Epidemiology Reveals Multiple Introductions of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 in Niigata City, Japan, Between February and May 2020.

Keita Wagatsuma, Ryosuke Sato, Satoru Yamazaki, Masako Iwaya, Yoshiki Takahashi, Akiko Nojima, Mitsuru Oseki, Takashi Abe, Wint Wint Phyu, Tsutomu Tamura …

Frontiers in microbiology 12 749149-749149 2021年査読有り
Batch-Learning Self-Organizing Map Identifies Horizontal Gene Transfer Candidates and Their Origins in Entire Genomes

Takashi Abe, Yu Akazawa, Atsushi Toyoda, Hironori Niki, Tomoya Baba

Frontiers in Microbiology 11 1486-1486 2020年7月3日査読有り筆頭著者責任著者
Behavioral and brain- transcriptomic synchronization between the two opponents of a fighting pair of the fish Betta splendens.

Trieu-Duc Vu, Yuki Iwasaki, Shuji Shigenobu, Akiko Maruko, Kenshiro Oshima, Erica Iioka, Chao-Li Huang, Takashi Abe, Satoshi Tamaki, Yi-Wen Lin …

PLoS genetics 16(6) e1008831 2020年6月査読有り
A strategy for predicting gene functions from genome and metagenome sequences on the basis of oligopeptide frequency distance.

Takashi Abe, Ryo Ikarashi, Masaya Mizoguchi, Masashi Otake, Toshimichi Ikemura

Genes & genetic systems 95(1) 11-19 2020年4月22日査読有り
The complete mitochondrial genome of Sarcoptes scabiei var. nyctereutis from the Japanese raccoon dog: Prediction and detection of two transfer RNAs (tRNA-A and tRNA-Y)

Takafumi Ueda, Hiroshi Tarui, Nobuhide Kido, Keitaro Imaizumi, Kenji Hikosaka, Takashi Abe, Daisuke Minegishi, Yoshifumi Tada, Masataka Nakagawa, Sohei Tanaka …

Genomics 111(6) 1183-1191 2019年12月査読有り
Viral population analysis of the taiga tick, Ixodes persulcatus, by using Batch Learning Self-Organizing Maps and BLAST search.

Yongjin Qiu, Takashi Abe, Ryo Nakao, Kenro Satoh, Chihiro Sugimoto

The Journal of veterinary medical science 81(3) 401-410 2019年3月20日査読有り
Phylogeographic analysis of human influenza A and B viruses in Myanmar, 2010-2015.

Khin Thu Zar Htwe, Clyde Dapat, Yugo Shobugawa, Takashi Odagiri, Akinobu Hibino, Hiroki Kondo, Ren Yagami, Takehiko Saito, Nobuhiro Takemae, Tsutomu Tamura …

PloS one 14(1) e0210550 2019年査読有り
Complete Genome Sequence of Acidithiobacillus ferridurans JCM 18981.

Tomoko Miyauchi, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, Kazuya Watanabe

Microbiology Resource Announcements 7 e01028018 2018年8月23日査読有り

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MISC

病原体媒介節足動物と共生微生物間の遺伝子水平伝播

中尾亮, 阿部貴志, 杉本千尋

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 92nd 2020年
マダニの共生関係に着目した水平伝播候補領域の検出

松本光司, 菊池亮仁, 中尾亮, 杉本千尋, 池村淑道, 阿部貴志

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 11th 95 2017年
一括学習型自己組織化マップに基づく水平伝播候補遺伝子の探索法の開発

阿部貴志, 中尾亮, 杉本千尋

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.4AT27‐02(3P‐1460) (WEB ONLY) 2017年
超高速遺伝子解析技術によるマダニ保有微生物の探索

中尾亮, 中尾亮, QIU Yongjin, 木下豪太, THU May June, 阿部貴志, 片倉賢, 杉本千尋

日本寄生虫学会大会プログラム・抄録集 85th 83 2016年2月
相対エントロピーによる水平伝播候補領域検出法の開発

舩山俊介, 中尾亮, 杉本千尋, 阿部貴志

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 81 2015年
Allele-specific gene expression analysis by mouse inter-subspecific genome divergence

Toyoyuki Takada, Shinji Kondo, Takashi Abe, Hidenori Kiyosawa, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Toshihiko Shiroishi

GENES & GENETIC SYSTEMS 89(6) 327-327 2014年12月
Unsupervised data mining suitable for evolutionary and genomic studies in the era of big data

Hiroki Iwasaki, Takashi Abe, Yoshiko Wada, Kennosuke Wada, Toshimichi Ikemura

GENES & GENETIC SYSTEMS 89(6) 285-285 2014年12月
一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)法を用いたマダニ保有ウイルス叢の網羅的解析

邱永晋, 中尾亮, 阿部貴志, 杉本千尋

日本獣医学会学術集会講演要旨集 157th 406 2014年8月11日
A novel approach, based on BLSOMs (Batch Learning Self-Organizing Maps), to the microbiome analysis of ticks (vol 7, pg 1003, 2013)

Ryo Nakao, Takashi Abe, Ard M. Nijhof, Seigo Yamamoto, Frans Jongejan, Toshimichi Ikemura, Chihiro Sugimoto

ISME JOURNAL 8(8) 1752-1752 2014年8月
遺伝子工学・リモートセンシング・地理情報システムの技術を応用したヒトの環境適応能における遺伝‐環境の相互作用解明への新研究法

安納住子, 大島一彦, 阿部貴志, 田殿武雄, 山本彩, 五十嵐保

日本生理人類学会誌 19(1) 13-18 2014年2月25日
Evolutionary changes of vertebrate genome signatures with special focus on coelacanth

Yuki Iwasaki, Norihiro Okada, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura

GENES & GENETIC SYSTEMS 88(6) 381-381 2013年12月
遺伝子工学・リモートセンシング・地理情報システムの技術を応用したヒトの環境適応能における遺伝‐環境の相互作用解明への新研究法

安納住子, 大島一彦, 阿部貴志

日本生理人類学会誌 18 206-207 2013年6月8日
PJ-003 酢酸微生物燃料電池中の微生物群集のメタゲノム解析(ゲノミクス・メタゲノミクス,ポスター発表)

月田匠二, 高妻篤史, 阿部貴志, 渡邉一哉

日本微生物生態学会講演要旨集 (29) 134-134 2013年
PJ-002 メタノールを基質とする発電微生物群の集積とメタゲノム解析(ゲノミクス・メタゲノミクス,ポスター発表)

山室彩香, 高妻篤史, 阿部貴志, 渡邉一哉

日本微生物生態学会講演要旨集 (29) 134-134 2013年
OJ-001 水田土壌を利用した微生物発電に関連する微生物群集の比較メタゲノム解析(ゲノミクス・メタゲノミクス,口頭発表)

高妻篤史, 阿部貴志, 渡邉一哉

日本微生物生態学会講演要旨集 (29) 92-92 2013年
BLSOM解析を活用したマダニ媒介性病原体の検索

中尾亮, 阿部貴志, 山本正悟, ARD Nijhof, FRANS Jongejan, 池村淑道, 杉本千尋

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 7th 57 2013年
新規情報学的手法を用いたインフルエンザウイルスのゲノム塩基配列の変化の方向性の予測

岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 池村淑道

生物工学会誌 90(12) 769-772 2012年12月26日
メタゲノム解析による微生物群集構造の解明への一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）の活用

阿部貴志, 中尾亮, 杉本千尋

生物工学会誌 90(12) 765-768 2012年12月26日
次世代ゲノム解析技術により明らかとなりつつあるマダニ保有微生物叢の多様性

中尾亮, 杉本千尋, 阿部貴志, 山本正悟, ARD Nijhof, FRANS Jongejan, 池村淑道

大原綜合病院年報 52 107 2012年12月15日
Detection of viral segments with oligonucleotide compositions similar with host RNAs for studies of viral adaptation to host

Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Taiki Akiba, Ayumi Ogura, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura

GENES & GENETIC SYSTEMS 87(6) 428-428 2012年12月

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書籍等出版物

バイオインフォマティクス入門

日本バイオインフォマティクス学会編集 (担当:分担執筆, 範囲:第3章配列解析)

慶応義塾大学出版会 2015年8月31日 (ISBN: 9784766422511)
生命のビッグデータ利用の最前線. 3.2 一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いた大量メタゲノム解析

植田充美, 監修, 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道 (担当:分担執筆)

シーエムシー出版 2014年4月 (ISBN: 9784781305370)
Advances in Viral Genomes Research; Novel bioinformatics method to analyze more than 10,000 influenza virus strains easily at once: Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).

Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe (担当:分担執筆)

Nova Science Publishers, Inc. 2013年12月
ベーシックマスター分子生物学; 16章ゲノミクス

東中川徹, 大山隆, 清水光弘共編, 池村淑道, 阿部貴志 (担当:分担執筆)

オーム社 2013年10月
Encyclopedia of Metagenomics; tRNADB-CE and use of tRNAs as phylogenetic markers for metagenomic sequences.

Karen E. Nelson, Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura (担当:分担執筆)

Springer 2013年3月
Knowledge-Based Bioinformatics; 10 Sequences from prokaryotic, eukaryotic and viral genomes currently available clustered according to phylotype on a large-scale Self-Organizing Map.

Gil Alterovitz, Marco Ramoni (Eds, Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura (担当:分担執筆, 範囲:233-249)

Wiley & Sons, Ltd. 2010年9月 (ISBN: 4781301142)
マリンメタゲノムの有効利用第17章環境由来大量DNA配列を利用した難培養性生物群の系統推定のための新規情報学手法

松永是, 竹山春子, 阿部貴志, 上原啓史, 金谷重彦, 池村淑道 (担当:共著, 範囲:228-239)

シーエムシー出版 2009年8月 (ISBN: 4781301142)
Computational Biology: New Research; A Linkage Disequilibrium-based Statistical Approach to Discovering Interractions among SNP Alleles at Multiple Loci Contributing to Human Skin Pigmentation Variation.

Alona S. Russe, Sumiko Anno, Takashi Abe (担当:共著, 範囲:19-27)

Nova Science Publishers 2008年10月 (ISBN: 1606920405)
自己組織化マップとその応用第７章 SOMの医学・生物学からバイオ産業への応用まで；第８章球面SOMによるゲノム解析

徳高平蔵, 第, 章阿部貴志, 池村淑道, 木ノ内誠, 中村由紀子, 前野聖, 金谷重彦, 第8章松浦弥三郎, 阿部貴志, 池村淑道, 徳高平蔵, 大北正昭 (担当:共著, 範囲:87-103)

シュプリンガー・ジャパン株式会社 2007年7月 (ISBN: 4431723153)
DNAチップ活用テクノロジーと応用第3章2節自己組織化法のバイオインフォマティクスへの応用－メタボロームおよびトランスクリプトデータの統合解析に向けて

久原哲, 編, 中村由紀子, 真保陽子, 矢野美弦, モハマド・アルタフル・アミン, 黒川顕, 阿部貴志, 木ノ内誠, 斉藤和季, 池村淑道, 金谷重彦 (担当:共著, 範囲:191-200)

シーエムシー出版 2006年10月 (ISBN: 4882315904)
DNA structure, Chromatin and Gene Expression; Characterization of transcriptional regulatory signals with novel bioinformatics tools.

Ryoichi Kiyama, Misuhiro Shimizu (Eds, Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Yoko Kosaka, Toshimichi Ikemura (担当:共著, 範囲:1-16)

Transworld Research Network. 2006年1月 (ISBN: 8178952289)
生物工学ハンドブック I編2.5.4〔4〕（d）コドン使用頻度と生産収量との関連

日本生物工学会, 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道 (担当:共著, 範囲:131-132)

コロナ社 2005年6月 (ISBN: 4339067342)
DDBJの利用法 5.1章マルチプルアラインメント、5.2章進化系統解析

五條堀孝, 菅原秀明, 編, 阿部貴志 (担当:共著, 範囲:107-127)

共立出版 2005年5月 (ISBN: 4320056299)
ゲノミクス・プロテオミクスの新展開第3編第2章第4節自己組織化マップ（SOM）：比較ゲノムと生物多様性研究への新規な情報学的手法

今中忠行, 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道 (担当:共著, 範囲:890-896)

エヌ・ティ・エス 2004年4月 (ISBN: 4860430492)
ゲノムからみた生物の多様性と進化 8. ゲノム配列にひそむ特徴的なサインからみた生物多様性

五條堀孝, 金谷重彦, 阿部貴志, 木ノ内誠, 池村淑道 (担当:共著, 範囲:58-64)

シュプリンガー・フェアラーク東京. 2003年6月 (ISBN: 4431710221)

講演・口頭発表等

微生物ゲノムとメタゲノムからの効率的な知識発見に向けて

阿部貴志

木村資生記念第2回進化学セミナー 2018年9月
ウイルスゲノムの連続塩基組成を活用した効率的な知識発見

阿部貴志

進化学会第20回大会 2018年8月招待有り
ゲノムアノテーション

阿部貴志

統合データベース講習会AJACS越後 2018年6月
ビッグデータ時代のデータ分析の実践～統計分析や機械学習を上手く活用しよう～

阿部貴志

新潟大学産学連携協力会IoT／ビッグデータ研修会 2017年11月
ゲノムデータからの効率的な知識発見に向けた一括学習型自己組織化マップの活用

阿部貴志

第27回日本数理生物学会年会 2017年10月招待有り
シニア研究者の専門知識を活用したtRNA遺伝子データベースtRNADB-CEの運用

阿部貴志

日本遺伝学会第89回大会 2017年9月
機械学習を活用したゲノムビッグデータからの知識発見

阿部貴志

第１回新潟大学シーズプレゼンテーション 2017年4月
連続塩基組成に基づくウイルスゲノムの多様性の解明

阿部貴志

第1回内在性ウイルス様エレメント研究会 2016年12月招待有り
「統計ソフトウェア「R」を活用したデータ分析コース」

阿部貴志

平成28年度新潟大学高度技術研修 2016年11月
A bioinformatics analysis for efficient knowledge discovery from big sequence data with BLSOM

阿部貴志

第89回日本細菌学会総会 2016年3月招待有り
メタゲノム解析を活用した新規微生物群の効率的な探索

阿部貴志

第157回日本獣医学会学術集会 2014年9月招待有り
ゲノムアノテーション

阿部貴志

統合データベース講習会：AJASC琉球 2013年7月
Metagenomic analysis for unveiling of microbial diversities within tick guts

阿部貴志

International Union of Microbiological Societies 2011 Congress 2011年9月招待有り
全地球レベルの環境微生物多様性を把握・俯瞰するための新規情報学的手法の開発

阿部貴志

静岡大学GPLバイオサイエンスセミナー 2011年6月招待有り
学部教育における DDBJ の活用について

阿部貴志

DDBJing講習会 2008年6月
自己組織化マップ(SOM)によるゲノムとタンパク質配列からの効率的な知識発見

阿部貴志

化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム 2007年12月招待有り

担当経験のある科目(授業)

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所属学協会

Works(作品等)

Codon Usage Generator

阿部貴志, 柳田駿介

2018年9月5日 - 現在コンピュータソフト
BLSOMviewer

阿部貴志, 馬場一郎

2018年3月 - 現在コンピュータソフト
PEMS (Phylogenetic Estimation of Metagenomic sequence using BLSOM)

阿部貴志, 和田健之介, 金谷重彦, 池村淑道

2011年10月 - 現在コンピュータソフト
健康への貢献遺伝子データベース

上原啓史, 阿部貴志, 池村淑道

2009年3月 - 現在データベース
tRNADB-CE

Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi

2008年8月 - 現在データベース

共同研究・競争的資金等の研究課題

下水ゲノム疫学による新型コロナ変異株と薬剤耐性の国際比較と越境移動要因分析

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2021年10月 - 2025年3月

本多了, 阿部貴志, 松浦哲久, 沈尚
汎フィロウイルス治療薬開発に向けたドライ-ウェット融合型研究基盤の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

五十嵐学, 広川貴次, 阿部貴志, 松野啓太
細胞膜自動透過性ＤＮＡアプタマーの分子基盤解明とポスト抗体医薬への展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

中馬吉郎, 寺尾豊, 東元祐一郎, 阿部貴志
エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース

日本学術振興会科学研究費助成事業研究成果公開促進費・データベース 2017年4月 - 2022年3月

阿部貴志
神経回路網アルゴリズムを用いた非結核性抗酸菌の統合的オミックス解析と病態予測

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年7月 - 2021年3月

菊地利明, 阿部貴志
RSウイルスはなぜ夏に流行るようになったか？温暖化とウイルス変異の多角的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

齋藤玲子, 菖蒲川由郷, 阿部貴志
水平伝播遺伝子予測システムの開発と環境適応と共進化過程の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2017年4月 - 2020年3月

阿部貴志, 池村淑道
中枢神経系で働くマウス新規摂食行動制御遺伝子の機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

高田豊行, 阿部貴志
病原体媒介節足動物の共生微生物ライブラリーの構築と病原体制御への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 若手研究(A) 2015年4月 - 2019年3月

中尾亮, 阿部貴志, 田仲哲也
遺伝子の水平伝播ワールドにおける細菌分類の指標探索

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2019年3月

馬場知哉, 阿部貴志
電気共生を利用した革新的嫌気消化プロセスに関する基盤研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2015年4月 - 2019年3月

渡辺一哉, 阿部貴志, 上野嘉之, 高妻篤史
病原微生物の潜伏環境としての原生生物の役割

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2018年3月

中尾亮, 阿部貴志
ゲノムビックデータ解析のための高速データマイニングシステムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

阿部貴志
東南極の湖沼におけるコケ坊主生物圏のゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2012年4月 - 2017年3月

馬場知哉, 阿部貴志, 松浦俊一, 伊村智, 豊田敦, 長沼毅
エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース

日本学術振興会科学研究費助成事業研究成果公開促進費・データベース 2015年4月 - 2017年3月

阿部貴志
RNA編集様式の亜種間差を利用したエネルギー代謝関連・量的形質遺伝子の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

高田豊行, 阿部貴志, 矢坂拓
マダニ保有ウイルス叢の網羅的解明に向けた情報学的手法の開発

北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター一般共同研究北海道大学人獣共通感染症リサーチセンター一般共同研究 2015年4月 - 2016年3月

阿部貴志
Kampo Signal Panelの構築

富山大学和漢医薬学総合研究所(S)特定研究富山大学和漢医薬学総合研究所(S)特定研究 2015年4月 - 2016年3月

阿部貴志
シニア専門家との協働作業による遺伝学関係データベースのアノテーションの高品質化

国立遺伝学研究所共同研究(A) 国立遺伝学研究所共同研究(A) 2015年4月 - 2016年3月

阿部貴志
東南極の湖沼におけるコケ坊主生物圏のゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2012年4月 - 2016年3月