阿部 貴志

J-GLOBALへ         更新日: 18/11/14 16:16
 
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研究者氏名
阿部 貴志
 
アベ タカシ
所属
新潟大学
部署
工学部 工学科
職名
准教授
学位
博士(理学)(総合研究大学院大学)

研究分野

 
 

経歴

 
2001年4月
 - 
2004年3月
協和発酵工業株式会社 研究員
 
2004年4月
 - 
2007年3月
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJセンター 助教
 
2004年4月
 - 
2007年3月
総合研究大学院大学 生命科学研究科遺伝学専攻 (併任) 助教
 
2007年4月
 - 
2011年9月
長浜バイオ大学 助教
 
2011年10月
 - 
2017年3月
新潟大学 工学部 情報工学科 コンピュータサイエンス 准教授
 
2011年10月
 - 
現在
新潟大学 自然科学研究科 電気情報工学専攻 准教授
 
2017年4月
 - 
現在
新潟大学 工学部 工学科 准教授
 

受賞

 
2011年3月
日本ゲノム微生物学会 日本ゲノム微生物学会研究奨励賞
 
2008年6月
日本生理人類学会 日本生理人類学会優秀論文賞
受賞者: 安納住子、阿部貴志、西良浩一、工藤奨、山本卓志、緒方是嗣、Vijay K. Goel
 
2003年8月
日本進化学会 日本進化学会第5回大会最優秀ポスター賞
 
1999年11月
社団法人日本化学会情報化学部会 第22回情報科学討論会ポスター賞
受賞者: 阿部貴志、金谷重彦、工藤喜弘、木ノ内誠、大平賢
 

論文

 
Takafumi Ueda, Hiroshi Tarui, Nobuhide Kido, Keitaro Imaizumi, Kenji Hikosaka, Takashi Abe, Daisuke Minegishi, Yoshifumi Tada, Masataka Nakagawa, Sohei Tanaka, Tomoko Omiya, Kouki Morikaku, Minori Kawahara, Takane Kikuchi-Ueda, Teruo Akuta, and Yasuo Ono
Genomics   In Press.    2018年9月   [査読有り]
Tomoko Miyauchi, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, and Kazuya Watanabe.
Microbiology Resource Announcements   7 e01028018   2018年8月   [査読有り]
Shiho Torii, Yasuko Orba, Bernard M. Hang’ombe, Aaron S. Mweene, Yuji Wada, Paulina D. Anindita, Wallaya Phongphaew, Yongjin Qiu, Masahiro Kajihara, Akina Mori-Kajihara, Yoshiki Eto, Hayato Harima, Michihito Sasaki, Michael Carr, William W. Hall, Yuki Eshita, Takashi Abe, and Hirofumi Sawa.
Virus Reserach   250 31-36   2018年5月   [査読有り]
Methylomusa anaerophila gen. nov., sp. nov., an anaerobic methanol-utilizing bacterium isolated from a microbial fuel cell.
Nanako Amano, Ayaka Yamamuro, Morio Miyahara, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, and Kazuya Watanabe.
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology   68 1118-1122   2018年2月   [査読有り]
Daniel J. Shea, Motoki Shimizu, Namiko Nishida, Eigo Fukai, Takashi Abe, Ryo Fujimoto and Keiichi Okazaki.
BMC Genetics   18(101)    2017年12月   [査読有り]

Misc

 
新規情報学的手法を用いたインフルエンザウイルスのゲノム塩基配列の変化の方向性の予測
岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 池村淑道
生物工学会誌   90(12) 769-772   2012年12月
メタゲノム解析による微生物群集構造の解明への 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)の活用
阿部貴志, 中尾亮, 杉本千尋
生物工学会誌   90(12) 765-768   2012年12月
インフルエンザウイルスゲノム配列の変化方向の予測
岩崎裕貴, 和田健之介, 阿部貴志, 池村淑道
アドバンスシミュレーション   12 56-57   2012年6月
遺伝分野の教育における高校と大学の連携の可能性
上原啓史, 阿部貴志, 池村淑道
遺伝   63(1) 92-96   2009年1月

書籍等出版物

 
日本バイオインフォマティクス学会編集 (担当:分担執筆, 範囲:第3章 配列解析)
慶応義塾大学出版会   2015年8月   ISBN:978-4-7664-2251-1
生命のビックデータ利用の最前線. 3.2 一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)を用いた大量メタゲノム解析
植田充美 監修. 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道. (担当:分担執筆)
シーエムシー出版   2014年4月   ISBN:978-4-7813-0537-0
Advances in Viral Genomes Research; Novel bioinformatics method to analyze more than 10,000 influenza virus strains easily at once: Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM).
Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe. (担当:分担執筆)
Nova Science Publishers, Inc.   2013年12月   
ベーシックマスター分子生物学; 16章 ゲノミクス
東中川徹, 大山隆, 清水光弘共編. 池村淑道, 阿部貴志 (担当:分担執筆)
オーム社   2013年10月   
Encyclopedia of Metagenomics; tRNADB-CE and use of tRNAs as phylogenetic markers for metagenomic sequences.
Karen E. Nelson (Ed.) Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura. (担当:分担執筆)
Springer   2013年3月   

講演・口頭発表等

 
微生物ゲノムとメタゲノムからの効率的な知識発見に向けて
阿部 貴志
木村資生記念 第2回進化学セミナー   2018年9月   
ウイルスゲノムの連続塩基組成を活用した効率的な知識発見 [招待有り]
阿部 貴志
進化学会第20回大会   2018年8月   
ゲノムアノテーション
阿部 貴志
統合データベース講習会AJACS越後   2018年6月   
ビックデータ時代のデータ分析の実践~統計分析や機械学習を上手く活用しよう~
阿部 貴志
新潟大学産学連携協力会IoT/ビッグデータ研修会   2017年11月   
ゲノムデータからの効率的な知識発見に向けた一括学習型自己組織化マップの活用 [招待有り]
阿部 貴志
第27回日本数理生物学会年会   2017年10月   

担当経験のある科目

 

Works

 
Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi   データベース   2008年8月 - 現在
上原 啓史,阿部 貴志,池村 淑道   データベース   2009年3月 - 現在
阿部貴志、和田健之介、金谷重彦、池村淑道   コンピュータソフト   2011年10月 - 現在
阿部 貴志,馬場 一郎   コンピュータソフト   2018年3月 - 現在
阿部 貴志,柳田 駿介   コンピュータソフト   2018年9月 - 現在

競争的資金等の研究課題

 
エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
研究期間: 2017年4月 - 2022年3月    代表者: 阿部 貴志
神経回路網アルゴリズムを用いた非結核性抗酸菌の統合的オミックス解析と病態予測
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
研究期間: 2018年7月 - 2021年3月    代表者: 菊池 利明
水平伝播遺伝子予測システムの開発と環境適応と共進化過程の解明
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
研究期間: 2017年4月 - 2020年3月    代表者: 阿部 貴志
電気共生を利用した革新的嫌気消化プロセスに関する基盤研究
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
研究期間: 2015年4月 - 2019年3月    代表者: 渡邉一哉
エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース
日本学術振興会: 科学研究費助成事業
研究期間: 2015年4月 - 2017年3月    代表者: 阿部 貴志

社会貢献活動

 
課題解決型合同インターンシップ(変革人材育成推進委員会)協力教員
【】  2013年8月 - 現在
電子情報通信学会信越支部主催 100周年記念フォーラム
【企画, 運営参加・支援】  電子情報通信学会信越支部  2017年9月
JSTイノベーションジャパン
【実演】  2017年8月
出前講義(新潟明訓高等学校)
【講師】  2017年6月
日本寄生虫学会主催 サイエンスカフェ「観て, 触って, 知ろう 身近な微生物 と その研究者!」
【実演】  日本寄生虫学会  2017年5月