MISC

2009年9月10日

オリゴヌクレオチド組成を用いた一括学習型自己組織化地図法によるA型インフルエンザウイルスの俯瞰的な特徴解明

研究報告バイオ情報学(BIO)
  • 岩崎 裕貴
  • ,
  • 池村 淑道
  • ,
  • 伊藤 正恵
  • ,
  • 阿部 貴志

2009
5
開始ページ
1
終了ページ
6
記述言語
日本語
掲載種別
出版者・発行元
情報処理学会

A 型インフルエンザウイルスの全ゲノム配列を対象に,オリゴヌクレオチド組成を基にゲノム配列の俯瞰的な特徴把握が可能な BLSOM 解析を行った.宿主・セグメント・サブタイプを反映して分離 (自己組織化) しており,これらの分離に寄与している特徴的なオリゴヌクレオチド頻度を知ることができ,宿主や亜型の特徴,感染性や毒性などに関連した特徴,時系列的な変化を効率的に把握することが可能となった.We used Batch-Learning Self-Organizing Map (BLSOM) for oligonucleotide frequencies (e.g., tri-, tetra-, and pentanucleotides) to clarify features of influenza A virus genomes. Eight fragments were separated (self-organized) from each other. When we focused on each segment, separation according to host (human, avian, etc.), subtype (H1N1, H2N2, etc.) and epidemic year was observed, visualizing diagnostic oligonucleotides responsible for the separation.

リンク情報
CiNii Articles
http://ci.nii.ac.jp/naid/110007990815
CiNii Books
http://ci.nii.ac.jp/ncid/AA12055912
URL
http://id.ndl.go.jp/bib/024792782
URL
http://id.nii.ac.jp/1001/00066226/
ID情報
  • ISSN : 0919-6072
  • CiNii Articles ID : 110007990815
  • CiNii Books ID : AA12055912

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