塩基やアミノ酸配列の相同性検索は解読されたゲノムの、生物系統や遺伝子機能推定に不可欠の技術として利用されゲノム解析の基本手法となった。しかしながら、新規性の高いゲノムが解読された際には、配列相同性検索でタンパク質の機能が推定できない遺伝子は半数近くに及ぶ。タンパク質の機能については機能部品類の3次元上での配置が重要であり、同一ないしは類似の機能を持つタンパク質間でも1次元配列上での有意な相同性を見付けられない例が見られる。異なった原理に基づくタンパク質の機能推定法の確立が急務と言える。タンパク質の連続アミノ酸頻度を対象にしたBLSOM法を開発した。機能カテゴリー別のデータベースであるCOGに収録されたタンパク質を解析に用いた。2連アミノ酸頻度、アミノ酸を物理化学的な類似性で11のカテゴリーに集約した上での3連アミノ酸頻度、ならびに6カテゴリーに集約した上での4連アミノ酸頻度に着目したBLSOMを行った。地球シミュレー