仲吉朝希 (Tomoki Nakayoshi) - マイポータル

基本情報

所属: 名城大学薬学部薬学科助教
: 名古屋大学高等研究院客員研究員

学位: 博士（薬学）(2021年3月名城大学)
修士（創薬科学）(2018年3月金沢大学)

J-GLOBAL ID: 202401003541834529
researchmap会員ID: R000063405

研究分野

経歴

2026年4月 - 現在

大阪大学, 蛋白質研究所, 共同研究員
2025年4月 - 現在

名古屋大学, 高等研究院, 客員研究員
2024年12月 - 現在

名城大学, 総合研究所, 所員
2024年4月 - 現在

広島市立大学大学院, 情報科学研究科, 客員研究員
2024年4月 - 現在

名城大学, 薬学部薬学科, 助教
2021年4月 - 2024年3月

名城大学, 薬学部, 研究員
2021年4月 - 2024年3月

広島市立大学大学院, 情報科学研究科, 特任助教
2019年4月 - 2021年3月

名城大学大学院, 薬学研究科, 日本学術振興会特別研究員 (DC1)
2017年4月 - 2018年3月

名城大学, 薬学部, 研究員

学歴

2018年4月 - 2021年3月

名城大学大学院, 薬学研究科, 薬学専攻博士課程
2016年4月 - 2018年3月

金沢大学大学院, 医薬保健学総合研究科, 創薬科学専攻博士前期課程

受賞

2026年6月

奨励賞, D-アミノ酸学会
2025年11月

構造活性相関シンポジウム優秀発表賞 SAR Presentation Award, 第53回構造活性相関シンポジウム
2022年5月

Forest Award, 学術変革領域 (A) 「超秩序構造が創造する物性科学」第2回若手の学校
2021年11月

若手講演奨励賞, 第44回日本生体医工学会中国四国支部大会
2021年4月

学生優秀発表賞, 日本薬学会第141年会
2020年3月

学長表彰, 名城大学
2019年3月

学生優秀発表賞, 日本薬学会第139年会
2017年9月

若手研究者奨励賞, 第15回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム

論文

Differences in reactive metabolite formation and cytochrome P450 binding between acetaminophen and its bicyclo[1.1.1]pentane bioisostere

Minami Shibata, Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Masaya Nakajima, Masanobu Uchiyama, Masahiro Hiratsuka, Yoshihiro Yamanishi, Kouichi Yoshinari

Drug Metabolism and Pharmacokinetics 69 101539 2026年8月査読有り
Effect of Cytochrome P450 3A4 Genetic Polymorphisms on Heme Recognition by Using Molecular Dynamics Simulations

Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Emi Mizutani, Masahiro Hiratsuka, Koichi Kato, Akifumi Oda

Biological and Pharmaceutical Bulletin 49(3) 578-588 2026年3月28日査読有り
Computational analysis of structural features in tetrameric amyloid β1-42 peptides containing D-Asp1, 7, and 23 residues

Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Kenju Inaoka, Ayumi Shingaki, Koichi Kato, Akifumi Oda

Chemistry Letters 55(2) upag015 2026年2月11日査読有り
Virtual alanine scan for an entire sequence of SARS-CoV-2 main protease complexed with ensitrelvir to detect drug resistance

Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda

Bulletin of the Chemical Society of Japan 99(2) uoag005 2026年2月5日査読有り
Indirubin derivatives bearing an oxirane moiety are promising chemosensitizers for combination treatment in pancreatic cancer

Koushirou Sogawa, Koichi Kato, Makoto Sano, Tomoki Nakayoshi, Hiroki Yoshioka, Hideaki Kato, Akifumi Oda, Masahiko Funada, Tsutomu Suzuki, Masaaki Kurihara …

Medicinal Chemistry Research 35 105-117 2026年1月査読有り
Computational Estimation of the Residues Involved in the Emergence of Drug Resistance to the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitor Nirmatrelvir using a Virtual Alanine Scan

Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Tadashi Kiyoi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda

Chem-Bio Informatics Journal 25 90-106 2025年11月26日査読有り
Comprehensive functional characterization of rare and known CYP2E1 allelic variants identified in a Japanese population

Yuki Ohmori, Eiji Hishinuma, Yuma Suzuki, Akiko Ueda, Caroline Mwendwa Kijogi, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Sakae Saito, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita …

Biochemical Pharmacology 242 117396 2025年10月9日査読有り
Reduction-Induced Structural and Motional Changes of Plant-Type Ferredoxin Using Molecular Dynamics and Umbrella Sampling Simulations

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano

Journal of Computational Chemistry 46(20) e70180 2025年7月23日査読有り筆頭著者責任著者
Investigation of the Effect of C-Terminal Adjacent Phenylalanine Residues on Asparagine Deamidation by Quantum Chemical Calculations

Koichi Kato, Haruka Asai, Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa

International Journal of Molecular Sciences 26(14) 6819-6819 2025年7月16日査読有り
Molecular Dynamics Simulations of Monomeric and Tetrameric Amyloid β1-42 Peptides with D-Aspartic Acid Residues

Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Kenju Inaoka, Ayumi Shingaki, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda

ChemBioChem 26(12) e202500171 2025年5月13日査読有り
Quantum Chemical Calculations of the Nonenzymatic Bicarbonate Ion-Catalyzed Lactamization of Ornithine Residues to Identify the Components of Primitive Proteins

Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda

The Journal of Physical Chemistry A 129(10) 2387-2395 2025年2月査読有り
Molecular dynamics simulations of putative primitive proteins including β-aspartic acid residues

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Mayuka Yabu, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

Bulletin of the Chemical Society of Japan 98(1) uoae143 2025年1月8日査読有り
Computational study of the Ring-Opening Process in Nonenzymatic Peptide-Bond Cleavage at the C-Terminal Side of an Asparagine Residue

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa

Springer Proceedings in Physics in press 2025年査読有り
Molecular dynamics simulations of computationally predicted protein–ligand complex structures to evaluate the structural validity

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yuna Moritsuki, Saki Makino, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

Springer Proceedings in Physics in press 2025年査読有り
Functional significance of CYP2B6 gene rare allelic variants identified in Japanese individuals

Shuki Yamazaki, Eiji Hishinuma, Yuma Suzuki, Akiko Ueda, Caroline Kijogi, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Sakae Saito, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita …

Biochemical Pharmacology 229 116515 2024年8月31日査読有り
Highly regio- and stereoselective (3 + 2) annulation reaction of allenoates with 3-methyleneindolin-2-ones catalyzed by a planar chiral [2.2]paracyclophane-based bifunctional phosphine–phenol catalyst

Shinji Kitagaki, Tomoki Nakayoshi, Sota Masunaka, Akane Uchida, Mai Inano, Emika Yoshida, Yusuke Washino, Hiroshi Aoyama, Keisuke Yoshida

Organic & Biomolecular Chemistry 22(38) 7817-7833 2024年7月15日査読有り責任著者
Computational Estimation of Residues Involving Resistance to the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitor Ensitrelvir Based on Virtual Alanine Scan of the Active Site

Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

Biological and Pharmaceutical Bulletin 47(5) 967-977 2024年5月17日査読有り責任著者
Theoretical Studies on the Reaction Mechanism of Schiff Base Formation from Hexoses

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yasuro Shinohara, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa

The Journal of Physical Chemistry B 128(20) 4952-4958 2024年5月10日査読有り
Structural Impact Assessment of Cytochrome P450 2A13 Polymorphisms Using Molecular Dynamics Simulations

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Sho Hioki, Masahiro Hiratsuka, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

Biological and Pharmaceutical Bulletin 47(3) 620-628 2024年3月13日査読有り
Three-dimensional structure prediction of [GADS]-proteins as tentative primitive proteins

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

Chemistry Letters 53(3) upae018 2024年1月25日査読有り筆頭著者

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MISC

生体内で起こる「美しくない」化学反応:生体内非酵素的反応のコンピュータによる解析

小田彰史, 仲吉朝希

ファルマシア 57(6) 500-504 2021年
日本人4776人の全ゲノム解析により同定された18種のCYP3A4遺伝子多型に由来するバリアント酵素の機能変化解析

公文代將希, Gutierrez Evelyn, 菱沼英史, 齋藤さかえ, 田高周, 木下賢吾, 前川正充, 三枝大輔, 仲吉朝希, 小田彰史 …

臨床薬理 51(Suppl.) S302-S302 2020年10月

講演・口頭発表等

Structural predictions of complex of protein L-isoaspartyl O-methyltransferase and substrates

Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda

13th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2025) 2025年6月26日
Computational studies of substrate recognition mechanisms of human PIMT based on molecular dynamics simulations

Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda

24th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships (24th EuroQSAR) 2024年9月23日
Computational Studies of Substrate Recognition Mechanisms of Human PIMT Based on Molecular Dynamics Simulations

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

The 6th International Conference of D-Amino Acid Research and 18th Joint Conference of the D-Amino Acid Research Society Japan (IDAR2024) 2024年8月21日
Computational estimation of the free energy change of peptide- bond rotation induced by reduction of "plant-type" ferredoxin

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano

21st International Union of Pure and Applied Biophysics and 62nd Biophysics Society of Japan Joint Congress (IUPAB2024) 2024年6月28日
Computational estimation of the activation energy for the peptide-bond flip induced by active-center reduction of plant-type ferredoxin

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Yakano

The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023) 2023年9月
Structural Analysis of the Oxidized and Reduced Plant-Type Ferredoxin Using Long-Time Molecular Dynamics Simulations

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Yakano

34th IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2023) 2023年8月
Computational study of the effect of active-center reduction on the structure of plant-type ferredoxin

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano

788. WE-Heraeus-Seminar 2023年5月招待有り
Effects of Active-Center Reduction of Plant-Type Ferredoxin on Its Structure and Dynamics: Computational Analysis Using Molecular Dynamics Simulations

Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Yakano

10th Asian Biological Inorganic Chemistry (AsBIC10) 2022年11月
タンパク質中におけるアミノ酸残基の非酵素的立体反転についての計算化学的研究

仲吉朝希

日本薬学会第142年会物理系薬学部会シンポジウム 2022年3月招待有り
コンピュータ・シミュレーションを用いたタンパク質の構造や機能の予測

仲吉朝希

日本薬学会東海支部特別講演会 2022年1月招待有り
Computational analysis on deamidation mechanisms of asparagine residues catalyzed by acetic acid

Tomoki Nakayoshi, Kota Wanita, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

The 60th Sanibel Symposium 2020年2月
Computational studies on nonenzymatic succinimide-formation mechanisms of the aspartic acid residues catalyzed by two water molecules

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

The 4th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2019) 2019年9月
Influence of the conformations of alpha A-crystallin peptides on the isomerization rates of aspartic acid residues

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

The 4th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2019) 2019年9月
Computational studies on pyroglutamylation mechanism of N-Terminal glutamic acid residues in aqueous conditions

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

The 59th Sanibel Symposium 2019年2月
Computational studies of substrate recognition mechanisms of human PIMT based on molecular dynamics simulations

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships (22nd EuroQSAR) 2018年9月
Quantum chemical studies on nonenzymatic repair mechanism of isomerized aspartic acid residues

Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

The 3rd International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2017) 2017年7月
Computational studies on water-catalyzed stereoinversion mechanism of glutamic acid residues in peptides and proteins

Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

29th International Symposium on Chirality (Chilarity2017) 2017年7月
Computational studies on cyclic imide formation mechanism of glutamic acid residues catalyzed by two water molecules

Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Koichi Kato, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda

29th IUPAP Conference on Computational Physics 2017年7月
A computational study of racemization mechanism of aspartate residue catalyzed by phosphate ion

Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda

The 57th Sanibel Symposium 2017年2月

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

2026年6月 - 現在

情報計算化学生物学会 (CBI学会)
2022年6月 - 現在

日本生物物理学会
2020年5月 - 現在

日本生化学会
2020年3月 - 現在

日本蛋白質科学会
2016年11月 - 現在

日本薬学会
2016年9月 - 現在

D-アミノ酸学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

タンパク質中アミノ酸残基の非酵素的立体反転についての計算化学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2019年4月 - 2021年3月

仲吉朝希

学術貢献活動

第50回構造活性相関シンポジウム実行委員

企画立案・運営等

2021年11月 - 2023年1月

仲吉朝希

基本情報

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

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