本研究では、細胞核内で起こるRNA polymerase II (Pol II) 転写装置とRNAプロセシング装置のクロストークや非コードゲノム転写制御機構の解明を目標としている。また、RNAプロセシング機構が破綻している骨髄異形性症候群や腎臓がんなどの疾患細胞モデルを用いて、その異常ゲノム転写-RNAプロセシング制御を解析する。このアプローチにより、基礎的なゲノム転写制御機構とがん細胞増殖や細胞分化の解明に貢献する。
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本研究における第一目標は新生RNA一分子解析法（Polymerase-Intact Nascent Transcript、POINT法）の確立であった。この目標はすでに達成できおり、POINT法を用いて哺乳類細胞でのスプライシングキネティクスや二つのRNAプロセシング（スプライシング-3'end RNA切断）間制御機構を明らかにした（Sousa-Luis et al., Molecular Cell 2021）。
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また。転写終結機構の解析も順調であり、がんクロマチン環境下での転写終結破綻や抗がん剤処理下での未成熟転写終結由来の非コードRNAの解析をすすめている。2021年度は帰国後の研究室立ち上げに注力し、研究室設備を整備していた。本支援により基本的な実験設備等を整えることができた。それと同時に、非コードRNA転写制御に関する英文総説（Nature Reviews Molecular Cell Biology, 2022）を執筆し、分野内で高い評価を得ている。国際共同研究も精力的に行い、二報がpreprintとして現在公開中である。