堀之内貴明 (Takaaki Horinouchi) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人理化学研究所生命機能科学研究センター技師 (Ph. D.)

学位: 博士（情報科学）(大阪大学)

研究者番号: 60610988
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-9141-9103
J-GLOBAL ID: 201801020753773745
researchmap会員ID: B000298579

外部リンク: https://sites.google.com/site/takaakihorinouchi/

研究分野

経歴

2025年7月 - 現在

国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 技師 (Ph. D.)
2025年4月 - 2025年6月

国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究嘱託
2021年8月 - 2025年3月

国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 客員研究員
2021年8月 - 2025年3月

国立研究開発法人産業技術総合研究所, 人工知能研究センター, 主任研究員
2018年4月 - 2021年7月

理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員
2016年4月 - 2018年3月

理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員
2011年4月 - 2016年3月

理化学研究所, 生命システム研究センター, 特別研究員

学歴

2006年4月 - 2011年3月

大阪大学大学院, 情報科学研究科, バイオ情報工学専攻

委員歴

2021年 - 現在

Young Asian Biochemical Engineers’ Community, YABEC Japan Office, Member
2019年5月 - 現在

Laboratory Automation Suppliers' Association, 役員・会計監査
2017年4月 - 現在

日本生物工学会, バイオインフォマティクス相談部会代表
2011年 - 現在

日本生物工学会, 代謝工学研究部会部会員
2019年4月 - 2020年3月

生物工学若手研究者の集い, 夏のセミナー実行委員
2014年4月 - 2019年3月

生命情報科学若手の会, 運営スタッフ
2016年4月 - 2017年3月

生命情報科学若手の会, 代表
2015年4月 - 2016年3月

生命情報科学若手の会, 会計

受賞

2022年8月

日本生物工学会東日本支部長賞, 進化工学とデータ駆動型アプローチによる微生物ストレス耐性の理解と制御, 日本生物工学会東日本支部

堀之内貴明

論文

Evaluation of microplate handling accuracy for applying robotic arms in laboratory automation.

Yoritaka Harazono, Haruko Shimono, Kikumi Hata, Toutai Mitsuyama, Takaaki Horinouchi

SLAS technology 29(6) 100200-100200 2024年10月11日最終著者責任著者
Regional developers’ community accelerates laboratory automation

Akari Kato, Takaaki Horinouchi, Haruka Ozaki, Genki N. Kanda

SLAS Technology 100211-100211 2024年10月
SAGAS: Simulated annealing and greedy algorithm scheduler for laboratory automation.

Yuya Arai, Ko Takahashi, Takaaki Horinouchi, Koichi Takahashi, Haruka Ozaki

SLAS technology 2023年3月28日査読有り
Bioinformatics in bioscience and bioengineering: Recent advances, applications, and perspectives.

Kazuma Uesaka, Hiroya Oka, Ryuji Kato, Kei Kanie, Takaaki Kojima, Hiroshi Tsugawa, Yosuke Toda, Takaaki Horinouchi

Journal of bioscience and bioengineering 134(5) 363-373 2022年11月査読有り招待有り責任著者
Automated evaluation of retinal pigment epithelium disease area in eyes with age-related macular degeneration.

Naohiro Motozawa, Takuya Miura, Koji Ochiai, Midori Yamamoto, Takaaki Horinouchi, Taku Tsuzuki, Genki N Kanda, Yosuke Ozawa, Akitaka Tsujikawa, Koichi Takahashi …

Scientific reports 12(1) 892-892 2022年1月18日査読有り
Acceleration of target production in co-culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution.

Ryutaro Kawai, Yoshihiro Toya, Kenta Miyoshi, Manami Murakami, Teppei Niide, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

Biotechnology and bioengineering 119(3) 936-945 2021年12月16日査読有り
Optimal Scheduling for Laboratory Automation of Life Science Experiments with Time Constraints.

Takeshi D Itoh, Takaaki Horinouchi, Hiroki Uchida, Koichi Takahashi, Haruka Ozaki

SLAS technology 26(6) 24726303211021790-24726303211021790 2021年6月25日査読有り
A Variable Scheduling Maintenance Culture Platform for Mammalian Cells.

Koji Ochiai, Naohiro Motozawa, Motoki Terada, Takaaki Horinouchi, Tomohiro Masuda, Taku Kudo, Motohisa Kamei, Akitaka Tsujikawa, Kenji Matsukuma, Tohru Natsume …

SLAS technology 26(2) 2472630320972109-2472630320972109 2020年12月3日査読有り
High-throughput laboratory evolution reveals evolutionary constraints in Escherichia coli.

Tomoya Maeda, Junichiro Iwasawa, Hazuki Kotani, Natsue Sakata, Masako Kawada, Takaaki Horinouchi, Aki Sakai, Kumi Tanabe, Chikara Furusawa

Nature communications 11(1) 5970-5970 2020年11月24日査読有り
Understanding metabolic adaptation by using bacterial laboratory evolution and trans-omics analysis.

Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa

Biophysical reviews 12(3) 677-682 2020年5月11日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Suppression of antibiotic resistance evolution by single-gene deletion.

Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Hazuki Kotani, Chikara Furusawa

Scientific reports 10(1) 4178-4178 2020年3月6日査読有り
Toward Predicting Gene Expression and Metabolic Functions from Label-Free Raman Imaging of Living Cells

Arno Germond, Vipin Kumar, Taro Ichimura, Takaaki Horinouchi, Tomonobu Watanabe, Chikara Furusawa

BIOPHYSICAL JOURNAL 118(3) 347A-347A 2020年2月査読有り
Estimation of relationships between chemical substructures and antibiotic resistance-related gene expression in bacteria: Adapting a canonical correlation analysis for small sample data of gathered features using consensus clustering

Esaki Tsuyoshi, Horinouchi Takaaki, Natsume-Kitatani Yayoi, Nojima Yosui, Sakane Iwao, Matsui Hidetoshi

ＣＢＩジャーナル 20 58-61 2020年
High-throughput identification of the sensitivities of an Escherichia coli ΔrecA mutant strain to various chemical compounds.

Maeda T, Horinouchi T, Sakata N, Sakai A, Furusawa C

The Journal of antibiotics 72(7) 566-573 2019年2月査読有り
Toward prediction and control of antibiotic-resistance evolution

Chikara Furusawa, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda

Current Opinion in Biotechnology 54 45-49 2018年12月1日査読有り
Enhancement of K-strategy evolution in histidine utilization using a container with compartments.

Komori T, Shibai A, Saito H, Akeno Y, Germond A, Horinouchi T, Furusawa C, Tsuru S

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 23(10) 893-903 2018年10月査読有り
Understanding and engineering alcohol-tolerant bacteria using OMICS technology.

Horinouchi T, Maeda T, Furusawa C

World journal of microbiology & biotechnology 34(11) 157-157 2018年10月査読有り招待有り責任著者
Application of adaptive laboratory evolution to overcome a flux limitation in an Escherichia coli production strain

Kento Tokuyama, Yoshihiro Toya, Takaaki Horinouchi, Chikara Furusawa, Fumio Matsuda, Hiroshi Shimizu

Biotechnology and Bioengineering 115(6) 1542-1551 2018年6月1日査読有り
Raman spectral signature reflects transcriptomic features of antibiotic resistance in Escherichia coli

Arno Germond, Taro Ichimura, Takaaki Horinouchi, Hideaki Fujita, Chikara Furusawa, Tomonobu M. Watanabe

COMMUNICATIONS BIOLOGY 1(85) 2018年査読有り
Prediction of Cross-resistance and Collateral Sensitivity by Gene Expression profiles and Genomic Mutations

Takaaki Horinouchi, Shingo Suzuki, Hazuki Kotani, Kumi Tanabe, Natsue Sakata, Hiroshi Shimizu, Chikara Furusawa

SCIENTIFIC REPORTS 7(14009) 14009 2017年10月査読有り

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MISC

ロボティクス・AI技術が拓く細胞培養工学の未来

堀之内貴明

生物工学会誌 101(7) 2023年
生物工学分野における実験自動化の今昔

堀之内貴明

生物工学会誌 100(8) 2022年
ウィズコロナ,アフターコロナ双腕型ロボットとAIによる自律細胞培養

堀之内貴明, 高橋恒一

ロボット (261) 2021年
生物工学分野におけるバイオインフォマティクス技術の利活用の現状と展望大規模データ取得のための実験自動化技術の現状と展望

堀之内貴明

生物工学会誌 97(5) 269‐272-264 2019年5月25日
微生物進化実験の定量解析：予測・制御・細胞状態論へ向けて

古澤力, 堀之内貴明

生物物理 59(5) 262-265 2019年
生命情報科学若手の会との連携による若手人材ネットワークの形成

尾崎遼, 河野暢明, 堀之内貴明

日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター 33 3-4 2018年
小特集日本のAI 元気な若手の動き「生命情報科学若手の会」

堀之内貴明, 尾崎遼, 大上雅史

人工知能 32(2) 2017年3月招待有り
大腸菌進化実験を用いた遺伝子発現量からの抗生物質耐性メカニズムの解析

古澤力, 鈴木真吾, 堀之内貴明

バイオサイエンスとインダストリー 74(2) 138-140 2016年3月1日招待有り
合成生物工学の未来展望微生物の適応進化過程の理解とその応用

堀之内貴明, 鈴木真吾, 古澤力

生物工学会誌 93(9) 536-538 2015年9月招待有り
ゲノムで進化の謎を解く!第6回適応進化はどのように起こるのか?~進化実験によるアプローチ~

堀之内貴明, 古澤力

細胞工学 33(6) 666-669 2014年5月22日招待有り
エタノールストレス環境下の進化実験により得られた大腸菌のゲノムワイドな変異解析と遺伝子発現解析とストレス耐性賦与

堀之内貴明, 古澤力, 小野直亮, 鈴木真吾, 平沢敬, 四方哲也, 清水浩

化学工学会バイオ部会ニュースレター 29 9-12 2012年
Analysis of lager brewing yeast at low temperature fermentation using DNA microarray

Takaaki Horinouchi, Katsunori Yoshikawa, Chikara Furusawa, Yoshihiro Nakao, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY 136 S351-S352 2008年10月

書籍等出版物

未培養微生物研究の最新動向（監修：青柳秀紀)

堀之内貴明 (担当:分担執筆, 範囲:pp. 257-264, 第IV編第3章ロボティクス・AIによる自動化技術からのダークマター微生物研究へのアプローチと期待)

シーエムシー出版 2023年4月 (ISBN: 9784781317328)
論文図表を読む作法 : はじめて出会う実験&解析法も正しく解釈! : 生命科学・医学論文をスラスラ読むためのFigure事典

堀之内貴明 (担当:分担執筆, 範囲:pp 192-193, 201-205, 219-221, 242-243)

羊土社 2022年6月 (ISBN: 9784758122603)
実験医学別冊あなたのラボにAI（人工知能）×ロボットがやってくるラボ内での全自動実験室進化システムの構築

古澤力, 前田智也, 堀之内貴明 (担当:分担執筆)

羊土社 2017年12月
実験医学別冊あなたのラボにAI（人工知能）×ロボットがやってくる AI・ロボットコミュニティレポート生命情報科学若手の会

河野暢明, 大上雅史, 黒木健, 堀之内貴明 (担当:分担執筆)

羊土社 2017年12月 (ISBN: 9784758122368)
細胞工学別冊進化の謎をゲノムで解く, “2章進化の仕組みと原動力をゲノムで探る適応進化はどのように起こるのか？ ~進化実験によるアプローチ~”

堀之内貴明, 古澤力 (担当:分担執筆)

学研メディカル秀潤社 2015年8月 (ISBN: 9784780909227)
高等研報告書1005 生物進化の持続性と転移第2章大腸菌の長期植え継ぎ培養における表現型・遺伝子型の網羅的解析

古澤力, 堀之内貴明, 清水浩 (担当:分担執筆)

財団法人国際高等研究所 2011年 (ISBN: 9784906671823)

講演・口頭発表等

ロボット連携システムによるRamDA-seqプロトコルの自動化

堀之内貴明, 林哲太郎, 八田知久, 久世真理子, 下野晴子, 秦喜久美, 笹川洋平, 松熊研司, 二階堂愛, 光山統泰

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月8日
細胞懸濁におけるピペッティングパラメータの分注機による定量評価

堀之内貴明, 下野晴子, 秦喜久美, 光山統泰

第46回日本分子生物学会年会 2023年12月8日
ロボットでのバイオ実験自動化

堀之内貴明

セラミックスのためのインフォマティクス研究会2023年度機械学習ハンズオン講習会「材料DX Boot Camp」 2023年11月29日招待有り
バイオものづくり分野における様々なスケールのラボオートメーション

堀之内貴明

「マルチモーダルAI技術の多様な材料・プロセス開発への水平展開」講演会 2023年11月7日招待有り
自動分注ロボットによる細胞懸濁パラメータの定量評価

堀之内貴明, 下野晴子, 秦喜久美, 光山統泰

第75回日本生物工学会大会, 2023年9月5日
シングルセルRNA-seqプロトコルの自動化

堀之内貴明, 林哲太郎, 八田知久, 久世真理子, 下野晴子, 秦喜久美, 笹川洋平, 松熊研司, 二階堂愛, 光山統泰

IIBMP2023 2023年9月
DOBOTを用いたバイオ実験自動化の低コスト化の試み

堀之内貴明

DOBOT User Conference 2023 2023年7月20日招待有り
ロボットとかがエラーを出したりしたときにやるべきこと

堀之内貴明

Laboratory Automation勉強会2023.03 2023年3月25日
自動化がもたらす新たなデータサイエンス~大腸菌のハイスループット解析を例に~

堀之内貴明

日本農芸化学会中部支部例会講演要旨集(Web) 2021年招待有り
連続培養を用いた指向性進化実験による大腸菌のメバロン酸取り込み能力の強化

村上茉奈美, 川井隆太郎, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2021年
代謝シミュレーションと指向性進化に基づく有用物質生産微生物の開発

戸谷吉博, 川井隆太郎, 三吉健太, 村上茉奈美, 一色衣香, 堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 2021年
メバロン酸取り込み能力が強化された進化株のゲノム変異解析

村上茉奈美, 川井隆太郎, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集 2021年
実験室進化実験による大腸菌の非酸化的解糖経路のフラックス増強

三吉健太, 川井隆太郎, 堀之内貴明, 前田智也, 古澤力, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 2020年
in silico代謝デザインに基づく非酸化的解糖系依存の大腸菌株の創出

三吉健太, 川井隆太郎, 堀之内貴明, 戸谷吉博, 清水浩

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2020年
機械学習と大腸菌実験室進化データを用いた進化拘束の解析

岩澤諄一郎, 前田智也, 堀之内貴明, 古澤力, 古澤力

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 2020年
大腸菌の大規模実験室進化とオミクス解析による適応進化動態の解析

堀之内貴明

個体群生態学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 2019年招待有り
微生物進化実験の定量解析：予測・制御・細胞状態論へ向けて

古澤力, 堀之内貴明

生物物理 2019年一般社団法人日本生物物理学会
全自動培養システムを用いた多種ストレス環境下における大腸菌の大規模実験室進化

前田智也, 岩澤諄一郎, 堀之内貴明, 阪田奈津枝, 小谷葉月, 川田正子, 田邊久美, 古澤力, 古澤力

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 2019年
大腸菌の大規模実験室進化による適応進化過程の解析

堀之内貴明

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 2018年招待有り
高変異率条件における細菌の長期実験進化

芝井厚, 津留三良, 堀之内貴明, 古澤力, 古澤力

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 2018年

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担当経験のある科目(授業)

2022年11月 - 2022年11月

名古屋大学大学院医学系研究科2022年度基礎医学特論, 特徴あるプログラムCIBoG/AI-MAILs オミクス解析学プログラム (名古屋大学大学院医学系研究科)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

DIYバイオDX:タンパク質分子進化工学の自律化による「誰でもバイオDX」の実証

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

堀之内貴明
モデルベース設計を基盤とした指向性進化による高効率細胞プロセス創製の確立と展開

科学研究費補助金: 基盤研究(S) 2019年6月 - 2024年3月

清水浩
実験室進化による代謝アダプテーションの状態遷移ダイナミクスの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2022年3月

堀之内貴明
ゲノムスケールモデルを利用した代謝経路律速点の解消による化成品生産技術の開発

科学研究費補助金基盤研究(A) 2019年4月 - 2022年3月

清水浩
ゲノム構造変化が適応進化過程に与える影響の解析

科学研究費補助金: 基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

堀之内貴明
トランスオミクス解析による大腸菌の様々な代謝阻害剤に対する適応進化過程の解析

理研ー九大科学技術ハブ共同研究プログラム 2019年10月 - 2020年3月

和泉自泰, 堀之内貴明
実験室進化による代謝アダプテーションの制約の解析

科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 公募研究 2018年4月 - 2020年3月

堀之内貴明
大腸菌の実験室進化とエピゲノム状態の解析による表現型メモリー機構の解明

科学研究費補助金若手研究(B) 2017年4月 - 2019年3月

堀之内貴明
Analysis of epigenetic adaptive evolution by high-throughput screening approach

理化学研究所奨励課題 2016年4月 - 2018年3月

堀之内貴明
進化実験を用いた抗生物質耐性の進化ダイナミクスの解析

科学研究費補助金基盤研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

古澤力
大腸菌のストレス環境への適応過程における遺伝子ネットワークと細胞内部状態の解析

文部科学省グローバルCOEプログラム「アンビエント情報謝意基盤創生拠点 -生物に学ぶ情報環境技術の確立-」提案型研究企画支援制度 2008年4月 - 2011年3月

堀之内貴明

産業財産権

特開2022-170525 実験計画プログラム、実験計画装置及び実験計画方法

尾崎遼, 高橋恒一, 伊藤健史, 堀之内貴明
特開2018-085948 メタクリル酸耐性微生物及びその製造方法

白井智量, 古澤力, 堀之内貴明, 折下涼子, 阪田奈津江, 田邊久美, 小谷葉月

その他

技術研修生受入

2023年8月 - 2023年9月

産総研技術研修制度による技術研修生受入（龍谷大学先端理工学部「理工インターンシップ」実習生1名）・技術研修で設定したテーマ、課題：変分オートエンコーダーを用いたバイオ実験用自動分注機における異物検知の試み
技術研修生受入

2023年1月 - 2023年3月

産総研技術研修制度による技術研修生受入（大学院生1名）・技術研修で設定したテーマ、課題：ロボットを用いたバイオ実験自動化に関する実証実験系の構築と実施

堀之内貴明

基本情報

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

その他

メニュー

共著者の一覧