黒毛和種では遺伝的多様性の確保が育種上の重要な課題となっているが，そのためには，固有の遺伝的特徴を持つ多様な系統を交配に利用することで，集団の遺伝的構成の均質化を防ぐことが重要であり，本研究では岡山県の希少系統の集団の遺伝的特徴について解析した．マイクロサテライトマーカーの解析では，アレリックリッチネスと平均ヘテロ接合度は，いずれも他の黒毛和種の地域集団と比べて低い値であった．集団の構造解析では，他の地域集団とは異なる単一のクラスターよりなる集団を形成した．ミトコンドリアDループ領域では，80％の個体が単一のハプロタイプを持っていたが，一方で新規のハプロタイプが存在していた．生産形質に関連する遺伝子では，調べた6遺伝子のうち2遺伝子で単一のアリルに固定されていた．以上のことから，本希少系統集団の遺伝的多様性は他の黒毛和種の集団と比べて低いが，他の集団とは異なる遺伝的特徴を持つことから，黒毛和種の遺伝的多様性を維持する上で貴重な集団であると考えられた．