山本尚貴 (Takaki Yamamoto) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所開拓研究所客員研究員

学位: 博士 (理学)(東京大学)

研究者番号: 30805338
J-GLOBAL ID: 201801011895367575
researchmap会員ID: B000319507

研究キーワード

研究分野

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

経歴

2025年4月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究所, 客員研究員
2024年5月 - 2025年3月

理化学研究所生命機能科学研究センター, 客員研究員
2019年10月 - 2024年3月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 研究員
2018年4月 - 2019年9月

理化学研究所, 生命機能科学研究センター, 学振特別研究員 (PD)
2017年4月 - 2018年3月

理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員

学歴

2014年4月 - 2017年3月

東京大学, 理学系研究科物理学専攻博士課程
2012年4月 - 2014年3月

東京大学, 理学系研究科物理学専攻修士課程
2011年4月 - 2012年3月

東京大学, 理学系研究科化学専攻修士課程
2007年4月 - 2011年3月

東京大学, 工学部化学生命工学科

委員歴

2020年10月 - 2021年9月

日本物理学会, 領域12運営委員

受賞

2015年2月

最優秀ポスター賞, International WE-Heraeus Physics School on "Model systems for understanding biological processes"

山本尚貴
2009年

銅賞, iGEM 2009

山本尚貴

論文

Left-Right Symmetry Breaking in CLIP-style Vision-Language Models Trained on Synthetic Spatial-Relation Data

2026年1月
Offline Reinforcement Learning for End-to-End Autonomous Driving

2025年12月
Epithelial cell chirality emerges through the dynamic concentric pattern of actomyosin cytoskeleton

Takaki Yamamoto, Tomoki Ishibashi, Yuko Mimori-Kiyosue, Sylvain Hiver, Naoko Tokushige, Mitsusuke Tarama, Masatoshi Takeichi, Tatsuo Shibata

eLife 14 2025年7月8日
From Binary to Semantic: Utilizing Large-Scale Binary Occupancy Data for 3D Semantic Occupancy Prediction

ICCV workshop 2025 2025年7月筆頭著者最終著者責任著者
Non-monotonic fluidization generated by fluctuating edge tensions in confluent tissues

Takaki Yamamoto, Daniel M. Sussman, Tatsuo Shibata, M. Lisa Manning

Soft Matter 18(11) 2168-2175 2022年査読有り筆頭著者責任著者
Tracheal motile cilia in mice require CAMSAP3 for the formation of central microtubule pair and coordinated beating

Hiroko Saito, Fumiko Matsukawa-Usami, Toshihiko Fujimori, Toshiya Kimura, Takahiro Ide, Takaki Yamamoto, Tatsuo Shibata, Kenta Onoue, Satoko Okayama, Shigenobu Yonemura …

Molecular Biology of the Cell 32(20) ar12-ar12 2021年10月1日
Tracing the origin of hair follicle stem cells

Ritsuko Morita, Noriko Sanzen, Hiroko Sasaki, Tetsutaro Hayashi, Mana Umeda, Mika Yoshimura, Takaki Yamamoto, Tatsuo Shibata, Takaya Abe, Hiroshi Kiyonari …

Nature 594(7864) 547-552 2021年6月24日査読有り
Graph-based machine learning reveals rules of spatiotemporal cell interactions in tissues

Takaki Yamamoto, Katie Cockburn, Valentina Greco, Kyogo Kawaguchi

2021年6月23日
Probing the rules of cell coordination in live tissues by interpretable machine learning based on graph neural networks

bioRxiv 2021年6月23日筆頭著者責任著者
Cell cycle–dependent active stress drives epithelia remodeling

John Devany, Daniel M. Sussman, Takaki Yamamoto, M. Lisa Manning, Margaret L. Gardel

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(10) 2021年3月9日査読有り
Collective cell migration of epithelial cells driven by chiral torque generation

Takaki Yamamoto, Tetsuya Hiraiwa, Tatsuo Shibata

Physical Review Research 2(4) 2020年12月7日査読有り筆頭著者責任著者
Adherens junction regulates cryptic lamellipodia formation for epithelial cell migration

Masayuki Ozawa, Sylvain Hiver, Takaki Yamamoto, Tatsuo Shibata, Srigokul Upadhyayula, Yuko Mimori-Kiyosue, Masatoshi Takeichi

Journal of Cell Biology 219(10) 1-17 2020年9月査読有り
Adherens junction serves to generate cryptic lamellipodia required for collective migration of epithelial cells

Masayuki Ozawa, Sylvain Hiver, Takaki Yamamoto, Tatsuo Shibata, Srigokul Upadhyayula, Yuko Mimori-Kiyosue and Masatoshi Takeichi

bioRxiv 2020年4月
Reorientation behavior in the helical motility of light-responsive spiral droplets

Federico lancia, Takaki Yamamoto, Alexander Ryabchun, Tadatsugu Yamaguchi, Masaki Sano, Nathalie Katsonis

Nature Communications 10(5238) 2019年10月査読有り
Collective cell migration of epithelial cells driven by chiral torque generation

Takaki Yamamoto, Tetsuya Hiraiwa and Tatsuo Shibata

arXiv 2019年9月筆頭著者責任著者
Hydrodynamic rotlet dipole driven by spinning chiral liquid crystal droplets

Takaki Yamamoto, Masaki Sano

Physical Review E 99(2) 2019年2月25日査読有り筆頭著者責任著者
Theoretical model of chirality-induced helical self-propulsion

Takaki Yamamoto, Masaki Sano

Physical Review E 97(1) 2018年1月12日査読有り筆頭著者責任著者
Chirality-induced helical self-propulsion of cholesteric liquid crystal droplets

Takaki Yamamoto, Masaki Sano

SOFT MATTER 13(18) 3328-3333 2017年5月査読有り筆頭著者責任著者
Three-dimensional analysis of thermo-mechanically rotating cholesteric liquid crystal droplets under a temperature gradient

T. Yamamoto, M. Kuroda, M. Sano

EPL 109(4) 46001 2015年2月査読有り筆頭著者責任著者
Small molecule solution-processed bulk heterojunction solar cells with inverted structure using porphyrin donor

Takaki Yamamoto, Junichi Hatano, Takafumi Nakagawa, Shigeru Yamaguchi, Yutaka Matsuo

APPLIED PHYSICS LETTERS 102(1) 013305 2013年1月査読有り筆頭著者

MISC

10aAM-3 温度勾配下でレーマン回転をおこなうコレステリック液晶液滴のFCPMによる構造決定と現象の定量評価(10aAM 液晶・界面,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

山本尚貴, 佐野雅己

日本物理学会講演概要集 69(2) 224-224 2014年8月22日
28aAA-5 カイラルな液晶の温度勾配によるレーマン効果(28aAA 液晶・コロイド,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

山本尚貴, 佐野雅己

日本物理学会講演概要集 69(1) 401-401 2014年3月5日

講演・口頭発表等

グラフニューラルネットワークによる多細胞ダイナミクスのルール推定

山本尚貴

液体・ガラスへのデータ駆動アプローチ - グラフニューラルネットワークとその周辺 - 2023年11月28日招待有り
Probing the rules of cell coordination in live tissues by interpretable machine learning based on graph neural networks

Takaki Yamamoto

STATPHYS28 2023年8月7日
Probing the rules of cell coordination in live tissues by interpretable machine learning based on graph neural networks

Takaki Yamamoto

Physics of life (UK) 2023年3月28日
Chiral cytoplasmic flow emerging from the spatial organization of actin and myosin cytoskeleton

Takaki Yamamoto

WCB2022 2022年7月招待有り
Graph-based machine learning reveals rules of spatiotemporal cell interactions in tissues

Takaki Yamamoto

RIKEN BDR Symposium 2022 “Emergence in Biological Systems: Emergence in Biological Systems: Challenges to Bridging Hierarchies” 2022年
グラフニューラルネットワークによる細胞間の時空間相互作用の推定

山本尚貴

日本物理学会第77回年次大会 2022年
Non-monotonic fluidization generated by fluctuating edge tensions in confluent tissues

Takaki Yamamoto, Daniel M. Sussman, Tatsuo Shibata, M. Lisa Manning

RIKEN BDR symposium 2021 2021年3月
Collective cell migration of epithelial cells driven by chiral torque generation

Takaki Yamamoto

EMBO Workshop Physics of living systems: From molecules to tissues 2021年
Graph-based machine learning reveals rules of spatiotemporal cell interactions in tissues

Takaki Yamamoto

RIKEN BDR Retreat 2021 2020年
Theoretical model of dynamics of epithelial tissue with cellular chirality

Takaki Yamamoto

第57回日本生物物理学会 2019年9月
細胞のキラリティを考慮した上皮細胞組織の運動モデル

山本尚貴

日本物理学会 2019年秋季大会 2019年9月
キラルな液晶液滴のマランゴニ効果駆動の回転運動とその流体場

山本尚貴

日本物理学会 2019年秋季大会 2019年9月
Theoretical model of dynamics of epithelial cells with cellular chiral torque generation

Takaki Yamamoto

Gordon Research Conference "Living and Non-Living Soft Matter on the Edge: Out of Equilibrium, Marginal, in Extreme Conditions and at Interfaces” 2019年8月
Chirality-induced helical self-propulsion of chiral liquid crystal droplets

Takaki yamamoto

Gordon Research Seminar "Designing Mechanics and Dynamics in Soft Matter” 2019年8月
Theoretical model of dynamics of epithelial cells with cellular chiral torque generation

山本尚貴

APEF (Advances in Physics of Emergent Orders in Fluctuations) 2018年11月
細胞のキラルなトルク生成を考慮した上皮細胞組織の力学モデル

山本尚貴

細胞を創る研究会11.0 2018年10月
カイラルな液晶液滴の自発らせん運動

山本尚貴

細胞を創る研究会11.0 2018年10月招待有り
細胞のキラリティを考慮した上皮細胞組織の運動モデル

山本尚貴

日本物理学会第７３回年次大会 2018年3月
キラルな液晶液滴の自発らせん運動

山本尚貴

日本物理学会 2016年秋季大会ソフトアクティブマターシンポジウム 2016年9月招待有り
Chirality-induced helical self-propulsion of cholesteric liquid crystal droplets

山本尚貴

STATPHYS26 (France, Lyon) 2016年7月

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共同研究・競争的資金等の研究課題

上皮組織のミニマルな多細胞ユニットの力学制御メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2019年4月 - 2022年3月

山本尚貴
1細胞の生成するトルクから解き明かす形態形成のキラリティ

日本学術振興会日本学術振興会特別研究員 (PD) 2018年4月 - 2021年3月

山本尚貴
細胞が生成するトルクの新規測定手法を用いたキラルな細胞動態の解明

日本学術振興会研究活動スタート支援 2017年9月 - 2018年3月

山本尚貴
キラルな液晶と場の相互作用による非平衡現象

日本学術振興会日本学術振興会特別研究員 (DC1) 2014年4月 - 2017年3月

山本尚貴

社会貢献活動

物理で眺める右手と左手 ‒カイラルな現象を理解する‒

出演

東京大学駒場祭10分で伝えます!東大研究最前線東京大学駒場祭10分で伝えます!東大研究最前線 2015年11月

山本尚貴

基本情報

研究キーワード

研究分野

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学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

共同研究・競争的資金等の研究課題

社会貢献活動

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