Ryuichi Takase

Profile Information

Affiliation: Kyoto University

Degree: 博士（農学）(京都大学)

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-7423-9407
J-GLOBAL ID: 201901005163523903
researchmap Member ID: B000352149

2009年3月京都大学農学部卒業
2011年3月京都大学大学院農学研究科修士課程修了
2015年5月京都大学大学院農学研究科博士後期課程修了
2015年6月～2018年12月 Thomas Jefferson University ポストドクトラルフェロー
2019年1月京都大学農学研究科研究員
2019年2月～京都大学農学研究科助教

Research Areas

Life sciences / Applied microbiology /

Papers

Substrate size-dependent conformational changes of bacterial pectin-binding protein crucial for chemotaxis and assimilation

Kotaro Anamizu, Ryuichi Takase, Mamoru Hio, Daisuke Watanabe, Bunzo Mikami, Wataru Hashimoto

Scientific Reports, 12(1), Dec, 2022
Enhanced propagation of Granulicatella adiacens from human oral microbiota by hyaluronan.

Shun Yabuuchi, Sayoko Oiki, Shuma Minami, Ryuichi Takase, Daisuke Watanabe, Wataru Hashimoto

Scientific reports, 12(1) 10948-10948, Jun 29, 2022
Direct production of polyhydroxybutyrate and alginate from crude glycerol by Azotobacter vinelandii using atmospheric nitrogen

Nobuhiro Yoshida, Ryuichi Takase, Yoshimi Sugahara, Yuko Nambu, Wataru Hashimoto

Scientific Reports, 12(1) 8032-8032, Jun 7, 2022 Peer-reviewed
Crystal structures of EfeB and EfeO in a bacterial siderophore-independent iron transport system

Sakiko Nakatsuji, Kenji Okumura, Ryuichi Takase, Daisuke Watanabe, Bunzo Mikami, Wataru Hashimoto

Biochemical and Biophysical Research Communications, 594 124-130, Feb 26, 2022
Crystal structures of EfeB and EfeO in a bacterial siderophore-independent iron transport system.

Sakiko Nakatsuji, Kenji Okumura, Ryuichi Takase, Daisuke Watanabe, Bunzo Mikami, Wataru Hashimoto

Biochemical and biophysical research communications, 594 124-130, Feb 26, 2022
Bacterial chemotaxis towards polysaccharide pectin by pectin-binding protein

Hidenori Konishi, Mamoru Hio, Masahiro Kobayashi, Ryuichi Takase, Wataru Hashimoto

Scientific Reports, 10(1), Dec, 2020 Peer-reviewed
Polyunsaturated fatty acids-enriched lipid from reduced sugar alcohol mannitol by marine yeast Rhodosporidiobolus fluvialis Y2

Ryuichi Takase

Biochemical and Biophysical Research Communications, 526(4) 1138-1142, Jun, 2020 Peer-reviewed
Allele-specific RNA interference prevents neuropathy in Charcot-Marie-Tooth disease type 2D mouse models

Kathryn H. Morelli, Laurie B. Griffin, Nettie K. Pyne, Lindsay M. Wallace, Allison M. Fowler, Stephanie N. Oprescu, Ryuichi Takase, Na Wei, Rebecca Meyer-Schuman, Dattatreya Mellacheruvu …

Journal of Clinical Investigation, Nov 11, 2019 Peer-reviewed
Hypermorphic and hypomorphic AARS alleles in patients with CMT2N expand clinical and molecular heterogeneities.

Weterman MAJ, Kuo M, Kenter SB, Gordillo S, Karjosukarso DW, Takase R, Bronk M, Oprescu S, van Ruissen F, Witteveen RJW …

Human molecular genetics, 27(23) 4036-4050, Dec, 2018 Peer-reviewed
Stabilization of Cyclin-Dependent Kinase 4 by Methionyl-tRNA Synthetase in p16INK4a-Negative Cancer

Nam Hoon Kwon, Jin Young Lee, Ye-Lim Ryu, Chanhee Kim, Jiwon Kong, Seongeun Oh, Beom Sik Kang, Hye Won Ahn, Sung Gwe Ahn, Joon Jeong …

ACS Pharmacology & Translational Science, Sep 14, 2018 Peer-reviewed
Selective terminal methylation of a tRNA wobble base.

Masuda I, Takase R, Matsubara R, Paulines MJ, Gamper H, Limbach PA, Hou YM

Nucleic acids research, 46(7) e37, Apr, 2018 Peer-reviewed
Compound heterozygosity for loss-of-functionGARSvariants results in a multisystem developmental syndrome that includes severe growth retardation

Ryuichi Takase

Human Mutation, 38(10) 1412-1420, Oct, 2017 Peer-reviewed
A genetically encoded fluorescent tRNA is active in live-cell protein synthesis

Isao Masuda, Takao Igarashi, Reiko Sakaguchi, Ram G. Nitharwal, Ryuichi Takase, Kyu Young Han, Benjamin J. Leslie, Cuiping Liu, Howard Gamper, Taekjip Ha …

NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 45(7) 4081-4093, Apr, 2017 Peer-reviewed
TrmD: A Methyl Transferase for tRNA Methylation With m¹G37.

Hou YM, Matsubara R, Takase R, Masuda I, Sulkowska JI

The Enzymes, 41 89-115, 2017 Peer-reviewed
Structural determinants in bacterial 2-keto-3-deoxy-D-gluconate dehydrogenase KduD for dual-coenzyme specificity

Ryuichi Takase, Yukie Maruyama, Sayoko Oiki, Bunzo Mikami, Kousaku Murata, Wataru Hashimoto

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 84(7) 934-947, Jul, 2016 Peer-reviewed
Molecular Basis and Consequences of the Cytochrome c-tRNA Interaction

Cuiping Liu, Aaron J. Stonestrom, Thomas Christian, Jeongsik Yong, Ryuichi Takase, Ya-Ming Hou, Xiaolu Yang

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 291(19) 10426-10436, May, 2016 Peer-reviewed
A novel HSD17B10 mutation impairing the activities of the mitochondrial RNase P complex causes X-linked intractable epilepsy and neurodevelopmental regression

Marni J. Falk, Xiaowu Gai, Megumi Shigematsu, Elisa Vilardo, Ryuichi Takase, Elizabeth McCormick, Thomas Christian, Emily Place, Eric A. Pierce, Mark Consugar …

RNA BIOLOGY, 13(5) 477-485, 2016 Peer-reviewed
Metabolic Fate of Unsaturated Glucuronic/Iduronic Acids from Glycosaminoglycans MOLECULAR IDENTIFICATION AND STRUCTURE DETERMINATION OF STREPTOCOCCAL ISOMERASE AND DEHYDROGENASE

Yukie Maruyama, Sayoko Oiki, Ryuichi Takase, Bunzo Mikami, Kousaku Murata, Wataru Hashimoto

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 290(10) 6281-6292, Mar, 2015 Peer-reviewed
Structure-based Conversion of the Coenzyme Requirement of a Short-chain Dehydrogenase/Reductase Involved in Bacterial Alginate Metabolism

Ryuichi Takase, Bunzo Mikami, Shigeyuki Kawai, Kousaku Murata, Wataru Hashimoto

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY, 289(48) 33198-33214, Nov, 2014 Peer-reviewed
Alginate-Dependent Gene Expression Mechanism in Sphingomonas sp Strain A1

Chie Hayashi, Ryuichi Takase, Keiko Momma, Yukie Maruyama, Kousaku Murata, Wataru Hashimoto

JOURNAL OF BACTERIOLOGY, 196(14) 2691-2700, Jul, 2014 Peer-reviewed

Misc.

Molecular mechanism for bacterial chemotaxis toward polysaccharide

Ryuichi Takase, Kousaku Murata, Shigeyuki Kawai, Wataru Hashimoto

Journal of Japanese Biochemical Society, 93(2) 257-261, Apr, 2021 Peer-reviewedInvitedLead author
海洋酵母と細菌の共生による海藻多糖アルギン酸の利用

中田翔太, 高瀬隆一, 河井重幸, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会西日本支部大会およびシンポジウム講演要旨集, 2021 (CD-ROM), 2021
Structural Basis of Bacterial Supramolecules for Import of Heteropolysaccharide

Wataru HASHIMOTO, Yukie MARUYAMA, Takafumi ITOH, Ryuichi TAKASE, Kousaku MURATA

KAGAKU TO SEIBUTSU, 54(12) 885-891, 2016 Peer-reviewed
2P-138 Production of bioethanol from alginate using yeast Saccharomyces cerevisiae as a platform

Mikami Shin-ichi, Takase Ryuichi, Murata Kousaku, Kawai Shigeyuki

65 139-139, 2013
4Ip04 Construction of NAD(H)-dependent ethanol producing bacterium, Sphingomonas sp. A1.

Takase Ryuichi, Hashimoto Wataru, Kawai Shigeyuki, Murata Kousaku

64 244-244, 2012
Structure and function of alginate-metabolizing enzymes

Ochiai, A, Takase, R, Mikami, B, Hashimoto, W, Murata, K

VITAMINS, 84(11) 525-531, Nov, 2010 Peer-reviewed
2-III-34 アルギン酸代謝に関わるNADPH依存α-ケト酸還元酵素の構造機能相関(一般研究発表,日本ビタミン学会第61回大会研究発表要旨)

落合秋人, 高瀬隆一, 三上文三, 橋本渉, 村田幸作

ビタミン, 83(4) 225-225, Apr 25, 2009
アルギン酸代謝に関わる細菌由来α-ケト酸還元酵素のX線結晶構造

高瀬隆一, 落合秋人, 三上文三, 橋本渉, 村田幸作

日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集, 458th, 2009
Coenzyme-binding mode in α-keto acid reductase responsible for alginate metabolism

高瀬隆一, 落合秋人, 三上文三, 橋本渉, 村田幸作

生化学, 2009
2Gp09 Molecular identification of reductase involved in detoxifying alpha-keto acid derived from alginate mononsaccharide

OCHIAI Akihito, TAAKSE Ryuichi, HASHIMOTO Wataru, MURATA Kousaku

20 182-182, 2008

Presentations

窒素固定細菌の細胞外膜由来膜小胞に関するプロテオーム解析

髙瀬隆一, 吉田暢広, 橋本渉

第67回日本生化学会近畿支部例会, May, 2021
動物宿主多糖由来不飽和ウロン酸を代謝する腸内優占菌酵素の構造と機能

髙瀬隆一, 幸田有希渚, 渡辺大輔, 橋本渉

第21回関西グライコサイエンスフォーラム, May, 2021
ヒト腸内優占Bacteroides属細菌による動物宿主グリコサミノグリカン由来不飽和ウロン酸の代謝

髙瀬隆一, 幸田有希渚, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会2021年度大会, Mar, 2021
走化性発現に関わる細菌由来ペクチン結合タンパク質のドメインダイナミクス

穴水康太郎, 髙瀬隆一, 日尾守, 渡辺大輔, 三上文三, 橋本渉

日本農芸化学会2021年度大会, Mar, 2021
ヒアルロン酸サプリメントに応答するヒト口腔内細菌叢の動態と病原性優占菌の新規な遺伝子クラスター

藪内駿, 髙瀬隆一, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会関西支部第514回講演会, Feb, 2021
ヒト腸内細菌叢による海藻多糖アルギン酸の分解と単離菌のゲノム構造

宮本侑季, 髙瀬隆一, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会関西支部第514回講演会, Feb, 2021
食事非依存的環境における腸内細菌叢の動態シミュレーション

梶川幹太, 佐藤賢宏, 髙瀬隆一, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会関西支部第513回講演会, Nov, 2020
プロバイオティクス性乳酸菌由来不飽和ウロン酸代謝の初発酵素KduIのX線結晶構造解析

山本雄大, 髙瀬隆一, 岩瀬久夢, 渡辺大輔, 三上文三, 橋本渉

日本応用糖質科学会第46回近畿支部会, Nov, 2020
走化性発現に関わる細菌由来ペクチン認識タンパク質の立体構造

穴水康太郎, 髙瀬隆一, 日尾守, 渡辺大輔, 三上文三, 橋本渉

第93回日本生化学会大会, Sep, 2020
動物宿主由来多糖を資化する腸内優占菌の膜小胞形成

幸田有希渚, 髙瀬隆一, 渡辺大輔, 野村暢彦, 橋本渉

第93回日本生化学会大会, Sep, 2020
海洋由来酵母による褐藻類主要成分マンニトールからの油脂生産

中田翔太, 日尾守, 髙瀬隆一, 河井重幸, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会2020年度大会, Mar, 2020
宿主細胞外多糖ヒアルロン酸の分解によるヒト口腔内常在細菌叢の形成

藪内駿, 髙瀬隆一, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会関西支部第512回講演会, Feb, 2020
子宮内無菌仮説の例外としてのB群連鎖球菌による宿主細胞外多糖の資化

佐藤賢宏, 老木紗予子, 髙瀬隆一, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会関西支部第512回講演会, Feb, 2020
プロバイオティクス性Bacteroides属細菌による次世代発酵乳

山本雄大, 佐藤賢宏, 髙瀬隆一, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会関西支部第511回講演会, Dec, 2019
海洋微生物コミュニティによる褐藻類の利用

中田翔太, 日尾守, 髙瀬隆一, 河井重幸, 渡辺大輔, 橋本渉

日本農芸化学会関西・中部支部2019年度合同大会（第510回記念講演会）, Sep, 2019
動物細胞外粘性物質を窒素源として利用する腸内優占菌とそのプロバイオティクスへの応用

梶川幹太, 佐藤賢宏, 髙瀬隆一, 橋本渉

日本農芸化学会関西・中部支部2019年度合同大会（第510回記念講演会）, Sep, 2019
フソバクテリアによる宿主動物由来細胞外グリコサミノグリカンの認識

老木紗予子, 藪内駿, 三上文三, 髙瀬隆一, 橋本渉

第92回日本生化学会大会, Sep, 2019
大豆上で納豆菌の細胞極に生じる巨大な洞穴の発見とその形成に関わる遺伝子の同定

長瀬鮎美, 杉浦春香, 南部優子, 髙瀬隆一, 橋本渉

日本農芸化学会関西支部第509回講演会, Jul, 2019
腸内細菌叢による食品添加物多糖の分解と分解菌の性状

宮本侑季, 髙瀬隆一, 橋本渉

日本生化学会66回近畿支部例会, May, 2019
褐藻類多糖アルギン酸を資化する海洋微生物のエコシステム

日尾守, 中田翔太, 髙瀬隆一, 橋本渉

第20回関西グライコサイエンスフォーラム, May, 2019

Research Projects

動物細胞外粘液物質を介した腸内優占菌と宿主との相利共生機構の解明

科学研究費助成事業, 基盤研究(B), 日本学術振興会, Apr, 2021 - Mar, 2024

橋本渉, 三上文三, 小倉康平, 高瀬隆一, 渡辺大輔
Function and formation of exosome-like membrane vesicles of nitrogen-fixing bacterium

Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Research Activity Start-up, Japan Society for the Promotion of Science, Aug, 2019 - Mar, 2022

Takase Ryuichi
Elucidation of dynamics and colonization mechanisms of microbiota targeting animal extracellular matrices and their application development

Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (B), Japan Society for the Promotion of Science, Apr, 2018 - Mar, 2021

Hashimoto Wataru
細菌α-ケト酸還元酵素の構造機能相関解析による補酵素要求性の変換とその応用

科学研究費助成事業, 特別研究員奨励費, 日本学術振興会, 2011 - 2013

高瀬隆一

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