藤澤貴智 (Takatomo Fujisawa) - マイポータル

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所生命情報・DDBJセンター特任研究員 (データベース部門長)
: (兼任)大量遺伝情報研究室特任研究員

学位: 博士（学術）(東京大学)

通称等の別名: 藤澤貴智
J-GLOBAL ID: 201301018781550644
researchmap会員ID: B000233289

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

論文

Complete sequence and structure of the genome of the harmful algal bloom-forming cyanobacterium Planktothrix agardhii NIES-204T and detailed analysis of secondary metabolite gene clusters

Yohei Shimura, Takatomo Fujisawa, Yuu Hirose, Naomi Misawa, Yu Kanesaki, Yasukazu Nakamura, Masanobu Kawachi

Harmful Algae 101942-101942 2020年12月
DDBJ update: streamlining submission and access of human data.

Asami Fukuda, Yuichi Kodama, Jun Mashima, Takatomo Fujisawa, Osamu Ogasawara

Nucleic acids research 2020年11月6日
DDBJ Data Analysis Challenge: a machine learning competition to predict Arabidopsis chromatin feature annotations from DNA sequences

Eli Kaminuma, Yukino Baba, Masahiro Mochizuki, Hirotaka Matsumoto, Haruka Ozaki, Toshitsugu Okayama, Takuya Kato, Shinya Oki, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura, Masanori Arita, Osamu Ogasawara, Hisashi Kashima, Toshihisa Takagi

GENES & GENETIC SYSTEMS 95(1) 43-50 2020年2月査読有り
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research.

Rutger A Vos, Toshiaki Katayama, Hiroyuki Mishima, Shin Kawano, Shuichi Kawashima, Jin-Dong Kim, Yuki Moriya, Toshiaki Tokimatsu, Atsuko Yamaguchi, Yasunori Yamamoto, Hongyan Wu, Peter Amstutz, Erick Antezana, Nobuyuki P Aoki, Kazuharu Arakawa, Jerven T Bolleman, Evan Bolton, Raoul J P Bonnal, Hidemasa Bono, Kees Burger, Hirokazu Chiba, Kevin B Cohen, Eric W Deutsch, Jesualdo T Fernández-Breis, Gang Fu, Takatomo Fujisawa, Atsushi Fukushima, Alexander García, Naohisa Goto, Tudor Groza, Colin Hercus, Robert Hoehndorf, Kotone Itaya, Nick Juty, Takeshi Kawashima, Jee-Hyub Kim, Akira R Kinjo, Masaaki Kotera, Kouji Kozaki, Sadahiro Kumagai, Tatsuya Kushida, Thomas Lütteke, Masaaki Matsubara, Joe Miyamoto, Attayeb Mohsen, Hiroshi Mori, Yuki Naito, Takeru Nakazato, Jeremy Nguyen-Xuan, Kozo Nishida, Naoki Nishida, Hiroyo Nishide, Soichi Ogishima, Tazro Ohta, Shujiro Okuda, Benedict Paten, Jean-Luc Perret, Philip Prathipati, Pjotr Prins, Núria Queralt-Rosinach, Daisuke Shinmachi, Shinya Suzuki, Tsuyosi Tabata, Terue Takatsuki, Kieron Taylor, Mark Thompson, Ikuo Uchiyama, Bruno Vieira, Chih-Hsuan Wei, Mark Wilkinson, Issaku Yamada, Ryota Yamanaka, Kazutoshi Yoshitake, Akiyasu C Yoshizawa, Michel Dumontier, Kenjiro Kosaki, Toshihisa Takagi

F1000Research 9 136-136 2020年査読有り
DDBJ Database updates and computational infrastructure enhancement

Osamu Ogasawara, Yuichi Kodama, Jun Mashima, Takehide Kosuge, Takatomo Fujisawa

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 48(D1) D45-D50 2020年1月査読有り
Protochromic absorption changes in the two-cysteine photocycle of a blue/orange cyanobacteriochrome.

Sato T, Kikukawa T, Miyoshi R, Kajimoto K, Yonekawa C, Fujisawa T, Unno M, Eki T, Hirose Y

The Journal of biological chemistry 294(49) 18909-18922 2019年10月査読有り
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services

Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Gos Micklem, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Simon Kocbek, Shinobu Okamoto, Yue Wang, Hongyan Wu, Atsuko Yamaguchi, Yasunori Yamamoto, Erick Antezana, Kiyoko F. Aoki-Kinoshita, Kazuharu Arakawa, Masaki Banno, Joachim Baran, Jerven T. Bolleman, Raoul J.P. Bonnal, Hidemasa Bono, Jesualdo T. Fernández-Breis, Robert Buels, Matthew, P. Campbell, Hirokazu Chiba, Peter J. A. Cock, Kevin B. Cohen, Michel Dumontier, Takatomo Fujisawa, Toyofumi Fujiwara, Leyla Garcia, Pascale Gaudet, Emi Hattori, Robert Hoehndorf, Kotone Itaya, Maori Ito, Daniel Jamieson, Simon Jupp, Nick Juty, Alex Kalderimis, Fumihiro Kato, Hideya Kawaji, Takeshi Kawashima, Akira R. Kinjo, Yusuke Komiyama, Masaaki Kotera, Tatsuya Kushida, James Malone, Masaaki Matsubara, Satoshi Mizuno, Sayaka Mizutani, Hiroshi Mori, Yuki Moriya, Katsuhiko Murakami, Takeru Nakazato, Hiroyo Nishide, Yosuke Nishimura, Soichi Ogishima, Tazro Ohta, Shujiro Okuda, Hiromasa Ono, Yasset Perez-Riverol, Daisuke Shinmachi, Andrea Splendiani, Francesco Strozzi, Shinya Suzuki, Junichi Takehara, Mark Thompson, Toshiaki Tokimatsu, Ikuo Uchiyama, Karin Verspoor, Mark D. Wilkinson, Sarala Wimalaratne, Issaku Yamada, Nozomi Yamamoto, Masayuki Yarimizu, Shoko Kawamoto, Toshihisa Takagi

F1000Research 8 1677 2019年9月
Identification of the Deprotonated Pyrrole Nitrogen of the Bilin-based Photoreceptor by Raman Spectroscopy with an Advanced Computational Analysis.

Osoegawa S, Miyoshi R, Watanabe K, Hirose Y, Fujisawa T, Ikeuchi M, Unno M

J Phys Chem B 123(15) 3242-3247 2019年4月査読有り
TogoGenome/TogoStanza: modularized Semantic Web genome database

Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Shinobu Okamoto, Yuki Moriya, Hirokazu Chiba, Yuki Naito, Takatomo Fujisawa, Hiroshi Mori, Toshihisa Takagi

DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION 2019-132 2019年1月査読有り
Generating Publication-Ready Prokaryotic Genome Annotations with DFAST.

Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Masanori Arita, Yasukazu Nakamura

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 1962 215-226 2019年査読有り
ライフサイエンス研究におけるクラウドソーシングの利用と実践

神沼英里, 藤澤貴智, 中村保一

デジタルプラクティス 9(4) 886-899 2018年10月15日査読有り招待有り
DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation pipeline for faster genome publication

Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura

BIOINFORMATICS 34(6) 1037-1039 2018年3月査読有り
Draft Genome Sequence of the Nitrogen-Fixing and Hormogonia-Inducing Cyanobacterium Nostoc cycadae Strain WK-1, Isolated from the Coralloid Roots of Cycas revoluta

Yu Kanesaki, Masaki Hirose, Yuu Hirose, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura, Satoru Watanabe, Shigeru Matsunaga, Hiroko Uchida, Akio Murakami

MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS 6(7) 2018年2月査読有り
Complete Genome Sequence of a Coastal Cyanobacterium, Synechococcus sp. Strain NIES-970

Yohei Shimura, Yuu Hirose, Naomi Misawa, Sachiko Wakazuki, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura, Yu Kanesaki, Haruyo Yamaguchi, Masanobu Kawachi

MICROBIOLOGY RESOURCE ANNOUNCEMENTS 5(14) 2017年4月査読有り
DNApod: DNA polymorphism annotation database from next-generation sequence read archives

Takako Mochizuki, Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Tazro Ohta, Naruo Nikoh, Tokurou Shimizu, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Nori Kurata, Hideki Nagasaki, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura

PLOS ONE 12(2) e0172269 2017年2月査読有り
CyanoBase: a large-scale update on its 20th anniversary.

Fujisawa T, Narikawa R, Maeda SI, Watanabe S, Kanesaki Y, Kobayashi K, Nomata J, Hanaoka M, Watanabe M, Ehira S, Suzuki E, Awai K, Nakamura Y

Nucleic acids research 45(D1) D551-D554 2017年1月査読有り
DNA Data Bank of Japan

Jun Mashima, Yuichi Kodama, Takatomo Fujisawa, Toshiaki Katayama, Yoshihiro Okuda, Eli Kaminuma, Osamu Ogasawara, Kousaku Okubo, Yasukazu Nakamura, Toshihisa Takagi

NUCLEIC ACIDS RESEARCH 45(D1) D25-D31 2017年1月査読有り
Genome sequence and overview of Oligoflexus tunisiensis Shr3(T) in the eighth class Oligoflexia of the phylum Proteobacteria

Ryosuke Nakai, Takatomo Fujisawa, Yasukazu Nakamura, Tomoya Baba, Miyuki Nishijima, Fatma Karray, Sami Sayadi, Hiroko Isoda, Takeshi Naganuma, Hironori Niki

STANDARDS IN GENOMIC SCIENCES 11 90-90 2016年12月査読有り
DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources

Yasuhiro Tanizawa, Takatomo Fujisawa, Eli Kaminuma, Yasukazu Nakamura, Masanori Arita

BIOSCIENCE OF MICROBIOTA FOOD AND HEALTH 35(4) 173-184 2016年10月査読有り
FALDO: a semantic standard for describing the location of nucleotide and protein feature annotation

Jerven T. Bolleman, Christopher J. Mungall, Francesco Strozzi, Joachim Baran, Michel Dumontier, Raoul J. P. Bonnal, Robert Buels, Robert Hoehndorf, Takatomo Fujisawa, Toshiaki Katayama, Peter J. A. Cock

JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS 7 39-39 2016年6月査読有り

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MISC

植物メタボローム解析メタデータのRDF化および測定生データの再解析

長崎英樹, 荒武, 福島敦史, 大澤祥子, 高橋みき子, 小林紀郎, 藤澤貴智, 櫻井望, 平川英樹, 有田正規, 有田正規

日本植物生理学会年会(Web) 62nd 2021年
MicrobeDB.jpポータル:統合微生物データベースのポータルサイト構築

藤澤貴智, 森宙史, 谷沢靖洋, 神沼英里, 内山郁夫, 山田拓司, 高橋弘喜, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 12th 79 2018年3月5日
網羅ゲノムシークエンスによるシアノバクテリアの補色応答の多様性の解析

広瀬侑, 米川千夏, 藤澤貴智, 志村遥平, 兼崎友, 渡辺麻衣, 中村保一, 河地正伸, 池内昌彦, 浴俊彦

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 12th 59 2018年3月5日
陸棲シアノバクテリアであるイシクラゲ(Nostoc commune)のゲノム解析

加藤浩, 広瀬侑, 兼崎友, 兼崎友, 藤澤貴智, 中村保一, 吉川博文

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 12th 97 2018年3月5日
陸棲藍藻の宇宙環境に関わる遺伝子の検索

加藤浩, 広瀬侑, 兼崎友, 兼崎友, 藤澤貴智, 中村保一, 吉川博文, 木村駿太, 富田(横谷)香織

日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web) 2018 ROMBUNNO.HCG30‐03 (WEB ONLY) 2018年
極限環境下で棲息可能な陸棲藍藻Nostoc sp.HK‐01(NIES‐2109)のドラフトゲノム解析

加藤浩, 木村駿太, 兼崎友, 藤澤貴智, 中村保一, 吉川博文, 富田(横谷)香織

日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web) 2017 ROMBUNNO.HCG34‐04 (WEB ONLY) 2017年
藍藻ゲノムからみた極限環境耐性

加藤浩, 兼崎友, 藤澤貴智, 中村保一, 吉川博文

宇宙科学技術連合講演会講演集(CD-ROM) 61st ROMBUNNO.1G20 2017年
次世代シーケンサーデータの解析手法第 9 回ゲノムアノテーションとその可視化、DDBJ への登録

谷澤靖洋, 真島淳, 藤澤貴智, 李慶範, 中村保一*, 清水謙多郎, 門田幸二*

日本乳酸菌学会誌 28(1) 3-11 2017年
次世代シーケンサーデータの解析手法第 10 回 DDBJ への塩基配列の登録（実践編）

谷澤靖洋, 門田幸二, 藤澤貴智, 真島淳, 李慶範, 遠野雅徳, 坂本光央, 大熊盛也, 中村保一, 清水謙多郎

日本乳酸菌学会誌 28(2) 94-100 2017年招待有り
MCC‐NIESが保有するシアノバクテリア株のゲノム情報整備

志村遥平, 広瀬侑, 三澤直美, 藤澤貴智, 兼崎友, 森史, 山口晴代, 河地正伸

日本微生物資源学会誌 32(1) 73‐74 2016年6月1日
DNApod:NGS公共データ由来のDNA多型と形質データとの統合に向けて

望月孝子, 谷澤靖洋, 藤澤貴智, 二河成男, 清水徳朗, 豊田敦, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 藤山秋佐夫, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 倉田のり, 長崎英樹, 神沼英里, 神沼英里, 中村保一, 中村保一

育種学研究 18 234 2016年3月21日
シアノバクテリアに特化したCyanoBaseゲノムアノテーションパイプラインの構築

藤澤貴智, 広瀬侑, 兼崎友, 志村遥平, 谷澤靖洋, 山本泰智, 李慶範, 河地正伸, 中村保一, 中村保一

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 10th 2016年
CrowdR&D: クラウド協働評価のための参加型R&Dプロジェクト情報統合基盤

神沼英里, 望月芳樹, 藤澤貴智, 馬場雪乃, 藤山秋佐夫, 鹿島久嗣, 中村保一

人工知能学会全国大会論文集 2016 1L4OS09a6-1L4OS09a6 2016年
陸棲藍藻Nostoc sp.HK‐01(NIES‐2109)のドラフトゲノム解析

加藤浩, 木村駿太, 兼崎友, 藤澤貴智, 中村保一, 吉川博文, 富田(横谷)香織

日本宇宙航空環境医学会大会プログラム・予稿集 62nd 126 2016年
陸棲藍藻Nostoc sp.HK‐01(NIES‐2109)のドラフトゲノム解析

加藤浩, 木村駿太, 兼崎友, 藤澤貴智, 中村保一, 吉川博文, 富田(横谷)香織

日本微生物生態学会大会(Web) 31st 201 (WEB ONLY) 2016年
微生物統合データベースMicrobeDB.jpの検索システムの高度化と新解析パイプライン

森宙史, 藤澤貴智, 千葉啓和, 山本希, 内山郁夫, 菅原秀明, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 10th 60 2016年
DNApod:ワークフローの仮想マシン化とGenotype Imputation

望月孝子, 鐘ケ江弘美, 谷澤靖洋, 藤澤貴智, 二河成男, 清水徳朗, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 藤山秋佐夫, 倉田のり, 長崎英樹, 岩田洋佳, 神沼英里, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th ROMBUNNO.3P‐0879 (WEB ONLY) 2016年
リアノテーションを効率的に進めるためのゲノムアノテーション支援システム

山本泰智, 藤澤貴智, 岡本忍, 中村保一

日本生化学会大会(Web) 88th 2015年
Genome Refine:自動ゲノムアノテーション統合環境を提供するウェブサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明, 内山郁夫, 黒川顕, 中村保一

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 2015年
寒冷地のサイレージより単離したLactobacillus hokkaidonensisのPacBioシーケンスによる全ゲノム解析

谷沢靖洋, 遠野雅徳, 藤澤貴智, 望月孝子, 神沼英里, 中村保一, 有田正規

日本乳酸菌学会誌 25(2) 117 2014年7月5日

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書籍等出版物

実験医学増刊 29―15―日本発のデータベース戦略から,ゲノム・疾患情報の有使えるデータベース・ウェブツール (実験医学増刊 Vol. 29-15)

有田正規

羊土社 2011年9月1日 (ISBN: 4758103178)
改訂第2版バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法 ― 遺伝子の配列・機能解析、タンパク質解析、プロテオミクス、文献検索、検索エンジン…etc.真に役立つサイトを使い倒す！

中村保一, 石川淳, 礒合敦, 平川美夏, 坊農秀雅

羊土社 2007年10月1日 (ISBN: 4758108110)

藤澤貴智

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