藤江拓哉 (Takuya Fujie) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学情報理工学院研究員

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-2103-6195
J-GLOBAL ID: 202501011735378109
researchmap会員ID: R000084087

研究キーワード

計算化学

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

東京科学大学, 情報理工学院情報工学系, 研究員
2019年12月 - 2024年9月

東京工業大学, 情報理工学院情報工学系, 研究員

学歴

2017年4月 - 2019年9月

名古屋大学, 大学院情報学研究科, 複雑系科学専攻博士課程後期課程退学
2015年4月 - 2017年3月

名古屋大学, 大学院情報科学研究科, 複雑系科学専攻博士課程前期課程
2013年4月 - 2015年3月

豊橋技術科学大学, 工学部, 電気・電子情報工学課程
2008年4月 - 2013年3月

石川工業高等専門学校, 電子情報工学科

論文

Protocol for Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides using Descriptors Obtained from Extended Ensemble Molecular Dynamics Simulations and Chemical Structures

Masatake Sugita, Yudai Noso, Jianan Li, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama

2025年6月21日
Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization

Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Proceedings of the 53rd International Conference on Parallel Processing 1082-1091 2024年8月12日
QUBO Problem Formulation of Fragment-Based Protein–Ligand Flexible Docking

Keisuke Yanagisawa, Takuya Fujie, Kazuki Takabatake, Yutaka Akiyama

Entropy 2024年4月30日
CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides

Jianan Li, Keisuke Yanagisawa, Masatake Sugita, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of Chemical Information and Modeling 2023年3月17日
Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations

Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of Chemical Information and Modeling 62(18) 4549-4560 2022年9月26日
Large-Scale Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides Crossing a Lipid Bilayer Based on Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations

Masatake Sugita, Satoshi Sugiyama, Takuya Fujie, Yasushi Yoshikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of Chemical Information and Modeling 61(7) 3681-3695 2021年7月26日
Impact of cis- versus trans-Configuration of Butylene Carbonate Electrolyte on Microscopic Solid Electrolyte Interphase Formation Processes in Lithium-Ion Batteries

Kasumi Miyazaki, Norio Takenaka, Takuya Fujie, Eriko Watanabe, Yuki Yamada, Atsuo Yamada, Masataka Nagaoka

ACS Applied Materials & Interfaces 11(17) 15623-15629 2019年5月1日
Concentration Effect of Fluoroethylene Carbonate on the Formation of Solid Electrolyte Interphase Layer in Sodium-Ion Batteries

Amine Bouibes, Norio Takenaka, Takuya Fujie, Kei Kubota, Shinichi Komaba, Masataka Nagaoka

ACS Applied Materials & Interfaces 10(34) 28525-28532 2018年8月29日
Red Moon methodology compatible with quantum mechanics/molecular mechanics framework: Application to solid electrolyte interphase film formation in lithium-ion battery system

Takuya Fujie, Norio Takenaka, Yuichi Suzuki, Masataka Nagaoka

The Journal of Chemical Physics 149(4) 044113-044113 2018年7月28日
Microscopic Formation Mechanism of Solid Electrolyte Interphase Film in Lithium-Ion Batteries with Highly Concentrated Electrolyte

Norio Takenaka, Takuya Fujie, Amine Bouibes, Yuki Yamada, Atsuo Yamada, Masataka Nagaoka

The Journal of Physical Chemistry C 122(5) 2564-2571 2018年2月8日

MISC

分子動力学シミュレーションに基づく環状テトラペプチドの合成効率予測

金川, 藤江拓哉, 岡田洋平, 大上雅史

情報処理学会研究報告(Web) 2025(MPS-153) 2025年
環状ペプチドの膜透過過程のMarkov state Modelに基づいた速度論的な解析

寺倉慶, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
分子動力学シミュレーションと機械学習を組み合わせた環状ペプチド膜透過性の予測法の開発

杉田昌岳, 能祖雄大, 李佳男, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測

能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2024(MPS-147) 2024年
拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用

杉田昌岳, 藤江拓哉, 能祖雄大, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会(Web) 24th 2024年
CycPeptMPDB:包括的な環状ペプチド膜透過率データベースの開発

LI Jianan, 柳澤渓甫, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2023(MPS-143) 2023年
拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用

杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会(Web) 23rd (CD-ROM) 2023年
分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出

能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2022(MPS-138) 2022年
分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過率の大規模予測

杉田昌岳, 杉山聡, 藤江拓哉, 吉川寧, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

溶液化学シンポジウム講演要旨集 43rd 2021年
非晶質炭素電極モデルを用いた電極電解液界面の分子動力学シミュレーション解析

藤江拓哉, 竹中規雄, 稲垣泰一, 長岡正隆

日本化学会春季年会講演予稿集(CD-ROM) 99th 2019年
QM/MM 法を組み合わせた Red Moon 法による SEI 膜形成シミュレーション

藤江拓哉, 竹中規雄, 長岡正隆

Journal of Computer Chemistry, Japan 18(1) 29-37 2019年
カーボネート電解液中で形成されるSEI膜に対する溶媒和相互作用の影響

宮崎かすみ, 竹中規雄, 藤江拓哉, 渡部絵里子, 山田裕貴, 山田淳夫, 長岡正隆

電池討論会講演要旨集 59th 2018年
Liイオン二次電池における正極電解液相間膜形成機構の理論的研究

西川拓哉, 竹中規雄, 鈴木雄一, 藤江拓哉, 金丸未紀, 麻田俊雄, 小関史朗, 長岡正隆

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 11th 2017年
高濃度電解液を用いたLiイオン電池のSEI膜形成機構の理論的解析

竹中規雄, 竹中規雄, 藤江拓哉, BOUIBES Amine, BOUIBES Amine, 長岡正隆, 長岡正隆, 長岡正隆

電池討論会講演要旨集 58th 2017年
QM/MMに基づくRed Moon法におけるポテンシャルエネルギー評価

藤江拓哉, 竹中規雄, 竹中規雄, 鈴木雄一, 長岡正隆, 長岡正隆, 長岡正隆

分子シミュレーション討論会講演要旨集 31st 2017年
QM/MM法を導入した混合MC/MD反応法の開発:二次電池の固体電解液相間(SEI)膜形成への適用

藤江拓哉, 竹中規雄, 鈴木雄一, 長岡正隆

分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web) 10th 2016年
混合MC/MD反応法におけるQM/MM計算による汎用的エネルギー評価法の開発

藤江拓哉, 竹中規雄, 鈴木雄一, 長岡正隆

分子シミュレーション討論会講演要旨集 30th 2016年
D-6-12 Xeon Phi^<TM>コプロセッサの予備的性能評価(D-6.コンピュータシステムC(高性能ソフトウェアとネットワーク),一般セッション)

藤江拓哉, 松岡俊佑, 藤枝直輝, 市川周一

電子情報通信学会総合大会講演論文集 2015(1) 76 2015年2月24日