上田卓也 (Takuya Ueda) - マイポータル

基本情報

所属: 早稲田大学理工学術院教授（任期付）

学位: 農学博士(東京大学)
農学修士(東京大学)

研究者番号: 80184927
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-7760-8271
J-GLOBAL ID: 200901036710442609
researchmap会員ID: 1000012421

研究キーワード

研究分野

主要な経歴

2011年4月 - 2013年3月

東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 研究科長

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学歴

1981年4月 - 1984年3月

東京大学, 大学院農学系研究科, 農芸化学専攻博士課程
1979年4月 - 1981年3月

東京大学, 大学院農学系研究科, 農芸化学専攻修士課程
1977年4月 - 1979年3月

東京大学, 農学部, 農芸化学科
1974年4月 - 1977年3月

東京大学, 理科二類

受賞

論文

249

Size-Selective Capturing of Exosomes Using DNA Tripods.

Ryosuke Iinuma, Xiaoxia Chen, Takeya Masubuchi, Takuya Ueda, Hisashi Tadakuma

Journal of the American Chemical Society 146(15) 10293-10298 2024年4月17日
Extracellular aaRSs drive autoimmune and inflammatory responses in rheumatoid arthritis via the release of cytokines and PAD4.

Akihiro Kimura, Takeshi Takagi, Thiprampai Thamamongood, Satoshi Sakamoto, Takumi Ito, Iwao Seki, Masahiro Okamoto, Hiroyuki Aono, Satoshi Serada, Tetsuji Naka …

Annals of the rheumatic diseases 82(9) 1153-1161 2023年9月
Evaluating the effect of two-dimensional molecular layout on DNA origami-based transporters

Kodai Fukumoto, Yuya Miyazono, Takuya Ueda, Yoshie Harada, Hisashi Tadakuma

Nanoscale Advances 5(9) 2590-2601 2023年
The Escherichia coli DnaK chaperone stimulates the α-complementation of β-galactosidase

Samuel Berhanu, Takuya Ueda, Jean Hervé Alix

Journal of Basic Microbiology 62(6) 669-688 2022年6月
In vitro reconstitution of the Escherichia coli 70S ribosome with a full set of recombinant ribosomal proteins

Ryo Aoyama, Keiko Masuda, Masaru Shimojo, Takashi Kanamori, Takuya Ueda, Yoshihiro Shimizu

Journal of Biochemistry 171(2) 227-237 2022年2月1日
Transfer RNA Synthesis and Regulation

Hiroyuki Hori, Akira Hirata, Takuya Ueda, Kimitsuna Watanabe, Chie Tomikawa, Kozo Tomita

eLS 1-20 2021年11月23日
Interleukin-6 sensitizes TNF-α and TRAIL/Apo2L dependent cell death through upregulation of death receptors in human cancer cells

Emiko Sano, Akira Kazaana, Hisashi Tadakuma, Toshiaki Takei, Sodai Yoshimura, Yuya Hanashima, Yoshinari Ozawa, Atsuo Yoshino, Yutaka Suzuki, Takuya Ueda

Biochimica et Biophysica Acta - Molecular Cell Research 1868(7) 2021年6月
Force measurements show that uL4 and uL24 mechanically stabilize a fragment of 23S rRNA essential for ribosome assembly

Laurent Geffroy, Thierry Bizebard, Ryo Aoyama, Takuya Ueda, Ulrich Bockelmann

RNA 25(4) 472-480 2021年4月査読有り
Snapshots of native pre-50S ribosomes reveal a biogenesis factor network and evolutionary specialization

Rainer Nikolay, Tarek Hilal, Sabine Schmidt, Bo Qin, David Schwefel, Carlos H. Vieira-Vieira, Thorsten Mielke, Jörg Bürger, Justus Loerke, Kazuaki Amikura …

Molecular Cell 81(6) 1200-1215.e9 2021年3月18日
Reconstitution of mammalian mitochondrial translation system capable of correct initiation and long polypeptide synthesis from leaderless mRNA

Muhoon Lee, Noriko Matsunaga, Shiori Akabane, Ippei Yasuda, Takuya Ueda, Nono Takeuchi-Tomita

Nucleic Acids Research 49(1) 371-382 2021年1月11日
Reconstituted cell-free protein synthesis using in vitro transcribed tRNAs

Keita Hibi, Kazuaki Amikura, Naoki Sugiura, Keiko Masuda, Satoshi Ohno, Takashi Yokogawa, Takuya Ueda, Yoshihiro Shimizu

Communications Biology 3(1) 350-350 2020年12月1日査読有り
In vitro reconstitution of functional small ribosomal subunit assembly for comprehensive analysis of ribosomal elements in E. coli

Masaru Shimojo, Kazuaki Amikura, Keiko Masuda, Takashi Kanamori, Takuya Ueda, Yoshihiro Shimizu

Communications Biology 3(1) 142-142 2020年12月1日査読有り
Antitumor effects of ribavirin in combination with TMZ and IFN-β in malignant glioma cells

Yushi Ochiai, Koichiro Sumi, Emiko Sano, Sodai Yoshimura, Shun Yamamuro, Akiyoshi Ogino, Takuya Ueda, Yutaka Suzuki, Tomohiro Nakayama, Hiroyuki Hara …

Oncology Letters 20(5) 2020年11月
Antitumor effect of lenalidomide in malignant glioma cell lines

Yuya Hanashima, Emiko Sano, Koichiro Sumi, Yoshinari Ozawa, Chihiro Yagi, Juri Tatsuoka, Sodai Yoshimura, Shun Yamamuro, Takuya Ueda, Tomohiro Nakayama …

Oncology Reports 43(5) 1580-1590 2020年
The bacterial protein YidC accelerates MPIase-dependent integration of membrane proteins

Masaru Sasaki, Hanako Nishikawa, Sonomi Suzuki, Michael Moser, Maria Huber, Katsuhiro Sawasato, Hideaki T. Matsubayashi, Kaoru Kumazaki, Tomoya Tsukazaki, Yutetsu Kuruma …

Journal of Biological Chemistry 294(49) 18898-18908 2019年12月6日査読有り
CdsA is involved in biosynthesis of glycolipid MPIase essential for membrane protein integration in vivo

Katsuhiro Sawasato, Ryo Sato, Hanako Nishikawa, Naoki Iimura, Yuki Kamemoto, Kohki Fujikawa, Toshiyuki Yamaguchi, Yutetsu Kuruma, Yasushi Tamura, Toshiya Endo …

Scientific Reports 9(1) 2019年12月1日査読有り
Artificial photosynthetic cell producing energy for protein synthesis

Samuel Berhanu, Takuya Ueda, Yutetsu Kuruma

Nature Communications 10(1) 2019年12月1日査読有り
Promotion of TRAIL/Apo2L-induced apoptosis by low-dose interferon-β in human malignant melanoma cells

Kazaana A, Sano E, Yoshimura S, Makita K, Hara H, Yoshino A, Ueda T

Journal of Cellular Physiology 234(8) 13510-13524 2019年8月査読有り
Interferon-β sensitizes human malignant melanoma cells to temozolomide-induced apoptosis and autophagy

Makita K, Hara H, Sano E, Okamoto Y, Ochiai Y, Harada T, Ueda T, Nakayama T, Aizawa S, Yoshino A

International Journal of Oncology 54(5) 1864-1874 2019年4月査読有り
High-resolution crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Thermus thermophilus

Ami Matsumoto, Yuji Uehara, Yoshihiro Shimizu, Takuya Ueda, Toshio Uchiumi, Kosuke Ito

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 87(3) 226-235 2019年3月1日査読有り

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MISC

147

タンパク質膜挿入反応に関与する糖脂質酵素MPlaseは生育に必須である

沢里克宏, 佐藤諒, 西川華子, 飯村直樹, 藤川紘樹, 山口敏幸, 車ゆうてつ, 田村康, 遠藤斗志也, 上田卓也 …

生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [4AT26-09(3P 2017年12月
タンパク質の溶解度と配列・構造特徴との網羅的相関解析

中村周吾, 丹羽達也, 清水謙多郎, 田口英樹, 上田卓也

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 28 2016年5月19日
タンパク質の溶解度と配列・構造特徴の相関解析および溶解度予測ツールの開発

中村周吾, 丹羽達也, 田口英樹, 上田卓也

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 15th 143 2015年5月26日
2P-231 PURE Ribosome Display 法によるProtein L の改良(バイオプロセス,一般講演)

伍広明, 松林英明, 長田江里子, 上田卓也

日本生物工学会大会講演要旨集 67 232-232 2015年
P17.63 * COMBINATION THERAPY WITH TEMOZOLOMIDE, INTERFERON-BETA, AND RIBAVIRIN IN GLIOMA CELL LINES

Y. Ochiai, E. Sano, S. Yamamuro, A. Ogino, T. Fukushima, K. Tsumoto, T. Ueda, O. Yutaka, A. Yoshino, K. Yoichi

Neuro-Oncology 16(suppl 2) ii102-ii102 2014年9月1日
mRNA配列に制御された翻訳終結反応の解析

高橋俊太郎, 上田卓也, 岡畑惠雄

日本RNA学会年会要旨集 14th 88 2012年7月18日
翻訳速度と翻訳異常終結の関連性評価

廣瀬敦, 高橋俊太郎, 上田卓也, 岡畑惠雄

日本RNA学会年会要旨集 14th 201 2012年7月18日
1S4p01 日本の大学における学生チームの編成と活動の実際(iGEMを通した合成生物学研究者の育成,ワークショップ)

上田卓也

日本生物工学会大会講演要旨集 63 15-15 2011年
大腸菌翻訳開始複合体形成における翻訳エンハンサー配列の効果

秋山裕也, 高橋俊太郎, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本RNA学会年会要旨集 12th 158 2010年7月27日
水晶発振子を用いた一連の大腸菌翻訳反応のリアルタイム測定

高橋俊太郎, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本RNA学会年会要旨集 12th 42 2010年7月27日
リボソーム再生過程に特化したバクテリアのEF-Gホモログ

末松卓真, 横堀伸一, 森田寛幸, 吉成茂夫, 上田卓也, 北潔, 竹内野乃, 渡邊洋一

日本RNA学会年会要旨集 12th 2010年
水晶発振子と無細胞翻訳系を組み合わせて可能にしたタンパク質生合成のその場観察

高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本化学会バイオテクノロジー部会シンポジウム講演要旨集 12th 50 2009年9月13日
再構築型無細胞タンパク質合成系 PURE system の開発と利用

金森崇, 上田卓也

バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry 67(7) 320-323 2009年9月1日
水晶発振子と無細胞合成系を組み合わせた翻訳反応のリアルタイム解析

黒田大介, 高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本RNA学会年会要旨集 11th 121 2009年7月27日
水晶発振子上で観察した翻訳開始複合体からの翻訳開始因子の解離過程

高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本RNA学会年会要旨集 11th 90 2009年7月27日
タンパク質合成の実時間観察によるmRNA配列依存的翻訳効率の評価

高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本化学会講演予稿集 89th(2) 1425 2009年3月13日
翻訳開始複合体を固定化した水晶発振子上での伸長過程の観察

本田智子, 高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本化学会講演予稿集 89th(2) 1311 2009年3月13日
リボソーム再生過程に特化したバクテリアのEF-Gホモログの発見

末松卓真, 横堀伸一, 森田寛幸, 吉成茂夫, 上田卓也, 北潔, 竹内野乃, 渡邊洋一

日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd(Vol.3) 2009年
γ phage由来lysin PlyGBのBacillus anthracis特異的結合に関する解析

吉川ひとみ, 藤波良仁, 中村周吾, 鈴木真一, 安田二朗, 上田卓也

日本分子生物学会年会講演要旨集 32nd(Vol.4) 79 2009年
水晶発振子上での無細胞翻訳系タンパク質合成のその場観察

飯田匡章, 高橋俊太郎, 古澤宏幸, 清水義宏, 上田卓也, 岡畑恵雄

日本化学会バイオテクノロジー部会シンポジウム講演要旨集 11th 197 2008年9月8日

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書籍等出版物

Molecular mechanism of the genetic code variations found in Candida species and its implications in evolution of the genetic code

The translational apparatns Structure, Function, Regulation, Evolution 1993年

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

人工細胞を指向したバイオシステムの無細胞合成系の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2016年4月 - 2019年3月

上田卓也
冥王代プレ生命システムの実験室内再現

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年4月 - 2017年3月

上田卓也
合成生物学的な手法による人工光合成システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2016年3月

上田卓也
合成生物学的手法による超分子複合体形成の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2011年4月 - 2014年3月

上田卓也
翻訳と共役した無細胞蛋白質成熟システムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2006年 - 2008年

上田卓也, 清水義宏
セルフリーイムノロジーによる人工抗体作製法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2006年 - 2006年

上田卓也
試験管内遺伝子発現系を用いたタンパク質の機能発現プロセスの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2006年

上田卓也
翻訳における終結と開始の連携機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2006年

上田卓也
疾患関連蛋白質の生産技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2004年

上田卓也, 田口英樹, 富田野乃
可変領域の安定性を利用した抗原濃度測定法の実用化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2002年 - 2004年

上田宏, 長棟輝行, 上田卓也
新規リボソームディスプレー法によるプロテインネットワークの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2002年 - 2004年

上田卓也, 上田宏, 富田野乃
試験管内遺伝子発現系を用いたタンパク質の機能発現プロセスの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2003年

上田卓也, 富田野乃
翻訳の終結機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2003年

上田卓也
試験管内遺伝子発現系を用いたタンパク質の機能発現プロセスの研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2002年 - 2002年

上田卓也, 富田野乃
翻訳の終結機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2002年 - 2002年

上田卓也
Whole-in-oneシステムによる生命の創成

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽的研究 2000年 - 2000年

上田卓也
RNAをターゲティングする蛋白質の検索システムのデザイン

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(A) 2000年 - 2000年

上田卓也
ゲノムの侵略と協調に関する総合的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1999年 - 2000年

嶋昭紘, 上田卓也, 馳沢盛一郎, 雨宮昭南, 大矢禎一, 河野重行
複雑系としての蛋白質合成系

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1999年 - 2000年

上田卓也, 鈴木勉, 大矢禎一
リボソームRNAの機能構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1998年 - 2000年

渡辺公綱, 鈴木勉, 上田卓世, 新田至, NIERHAUS K.H, NOLLER H.F.

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産業財産権

特許第5948673号リポ多糖混入量を低減した蛋白質合成用組成物、該組成物を用いた蛋白質製造方法

金森崇, 速水友紀, 古城周久, 上田卓也, 對比地, 久美子, 布施朋重, 中村美紀子, 加藤静恵
特許第5920835号無細胞翻訳系でFabを提示しうるポリヌクレオチド構築物ならびにそれを用いたFabの製造方法およびスクリーニング方法

藤野泰寛, 藤田梨紗子, 和田浩一, 小田古都美, 上田卓也, 清水義宏, 金森崇
特許第5850460号蛋白質ライブラリ調製を目的としたオリゴヌクレオチドライブラリの高速成熟化法

上田卓也, 金森崇, 古城周久, 加藤静恵, 宮越陽
WO2012-074029 無細胞翻訳系でFabを提示しうるポリヌクレオチド構築物ならびにそれを用いたFabの製造方法およびスクリーニング方法

藤野泰寛, 藤田梨紗子, 和田浩一, 小田古都美, 上田卓也, 清水義宏, 金森崇
特許第4931135号リボソームディスプレイ

上田卓也, 清水義宏, 大橋広行, インベイウェン, 金森崇
WO2011-162355 蛋白質ライブラリ調製を目的としたオリゴヌクレオチドライブラリの高速成熟化法

上田卓也, 金森崇, 古城周久, 加藤静恵, 宮越陽
特許第4061043号 invitro転写/翻訳系によるペプチド等の製造方法

井上暁夫, 清水義宏, 上田卓也
特許第3603330号アミノ酸重縮合体の製造方法

新田至, 上田卓也, 渡辺公綱
特許第3119364号チオ―メッセンジャRNAを用いるタンパク質の製造法

渡辺公綱, 上田卓也, 近角信利

上田卓也

基本情報

研究キーワード

研究分野

主要な経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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