島村徹平 (Teppei Shimamura) - マイポータル

基本情報

所属: 東京医科歯科大学難治疾患研究所教授
: （クロスアポイントメント）名古屋大学大学院医学系研究科特任教授
: （兼任）名古屋大学糖鎖生命コア研究所統合生命医科学糖鎖研究センター数理解析部門特任教授

学位: 博士（情報科学）(北海道大学)

J-GLOBAL ID: 201801006737971186
researchmap会員ID: B000345387

2007年4月より、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター DNA 情報解析分野宮野悟教授の下で、特任研究員を経て助教に着任。スーパーコンピュータの利用を前提とした大規模オミクスデータ解析のための統計科学的・システム生物学的方法論の開発に従事した。2014年4月より、名古屋大学大学院医学系研究科神経疾患・腫瘍分子医学研究センター・システム生物学分野に特任准教授として着任。リーディング大学院プログラム「実世界データ循環学」メンター教員としてプログラム履修生に医学データの情報解析の教育・指導を行うとともに、日々蓄積される多様かつ膨大なオミクスデータから医学・生物学的に有用な情報を抽出する数理モデリングに関する研究に従事した。2019年6月より、同分野に教授に着任。2023年1月より、東京医科歯科大学難治疾患研究所計算システム生物学分野教授に着任。がんや精神疾患の病態の包括的理解を目的として、データサイエンスに基づく最適医療の実現に向けた研究を推進している。

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年5月 - 現在

（兼任）名古屋大学糖鎖生命コア研究所統合生命医科学糖鎖研究センター数理解析部門特任教授
2023年5月 - 現在

（クロスアポイントメント）名古屋大学大学院医学系研究科特任教授
2023年4月 - 現在

名古屋大学糖鎖生命コア研究所統合生命医科学糖鎖研究センター数理解析部門特任教授
2023年4月 - 現在

名古屋大学大学院医学系研究科特任教授
2023年1月 - 現在

東京医科歯科大学難治疾患研究所教授
2021年1月 - 2023年3月

（兼任）名古屋大学糖鎖生命コア研究所統合生命医科学糖鎖研究センター数理解析部門教授
2019年6月 - 2023年3月

名古屋大学大学院医学系研究科教授
2014年4月 - 2019年5月

名古屋大学大学院医学系研究科特任准教授
2011年8月 - 2014年3月

東京大学医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター助教
2010年4月 - 2011年8月

東京大学医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター特任助教
2007年4月 - 2010年3月

東京大学医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター特任研究員
2006年4月 - 2007年3月

日本学術振興会特別研究員

学歴

2004年4月 - 2007年3月

北海道大学大学院情報科学研究科複合情報学専攻博士後期課程
2002年4月 - 2004年3月

北海道大学大学院工学研究科情報工学専攻修士課程
1998年4月 - 2002年3月

北海道大学工学部

委員歴

2020年7月 - 現在

日本メディカルAI学会評議員

受賞

2016年3月

スキルと実践を重視したビッグデータ・イノベーション人材育成ビッグデータチャレンジ賞文部科学省委託事業

島村徹平
2016年3月

平成28年度データ解析コンペティションID-POS部門最優秀賞日本計算機統計学会

島村徹平
2011年12月

Japanese Society for Bioinformatics Prize Winners 日本バイオインフォマティクス学会

島村徹平

論文

117

Topological data analysis of protein structure and inter/intra- molecular interaction changes attributable to amino acid mutations

Jun Koseki, Shuto Hayashi, Yasuhiro Kojima, Haruka Hirose, Teppei Shimamura

Computational and Structural Biotechnology Journal 2023年5月
Increased flexibility of the SARS-CoV-2 RNA-binding site causes resistance to remdesivir

Shiho Torii, Kwang Su Kim, Jun Koseki, Rigel Suzuki, Shoya Iwanami, Yasuhisa Fujita, Yong Dam Jeong, Jumpei Ito, Hiroyuki Asakura, Mami Nagashima, Kenji Sadamasu, Kazuhisa Yoshimura, Kei Sato, Yoshiharu Matsuura, Teppei Shimamura, Shingo Iwami, Takasuke Fukuhara

PLOS Pathogens 19(3) e1011231-e1011231 2023年3月27日
Spatial and single-cell transcriptomics decipher the cellular environment containing HLA-G+ cancer cells and SPP1+ macrophages in colorectal cancer.

Yuki Ozato, Yasuhiro Kojima, Yuta Kobayashi, Yuuichi Hisamatsu, Takeo Toshima, Yusuke Yonemura, Takaaki Masuda, Kouichi Kagawa, Yasuhiro Goto, Mitsuaki Utou, Mituko Fukunaga, Ayako Gamachi, Kiyomi Imamura, Yuta Kuze, Junko Zenkoh, Ayako Suzuki, Atsushi Niida, Haruka Hirose, Shuto Hayashi, Jun Koseki, Eiji Oki, Satoshi Fukuchi, Kazunari Murakami, Taro Tobo, Satoshi Nagayama, Mamoru Uemura, Takeharu Sakamoto, Masanobu Oshima, Yuichiro Doki, Hidetoshi Eguchi, Masaki Mori, Takeshi Iwasaki, Yoshinao Oda, Tatsuhiro Shibata, Yutaka Suzuki, Teppei Shimamura, Koshi Mimori

Cell reports 42(1) 111929-111929 2023年1月17日
Theoretical Computational Analysis Predicts Interaction Changes Due to Differences of a Single Molecule in DNA

Jun Koseki, Haruka Hirose, Masamitsu Konno, Teppei Shimamura

Applied Sciences 13(1) 510 2023年査読有り招待有り
Detecting time-evolving phenotypic components of adverse reactions against BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccine via non-negative tensor factorization.

Kei Ikeda, Taka-Aki Nakada, Takahiro Kageyama, Shigeru Tanaka, Naoki Yoshida, Tetsuo Ishikawa, Yuki Goshima, Natsuko Otaki, Shingo Iwami, Teppei Shimamura, Toshibumi Taniguchi, Hidetoshi Igari, Hideki Hanaoka, Koutaro Yokote, Koki Tsuyuzaki, Hiroshi Nakajima, Eiryo Kawakami

iScience 25(10) 105237-105237 2022年10月21日
Smoking enhances the expression of angiotensin-converting enzyme 2 involved in the efficiency of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infection.

Rigel Suzuki, Yuki Ono, Koji Noshita, Kwang Su Kim, Hayato Ito, Yuhei Morioka, Tomokazu Tamura, Daisuke Okuzaki, Tetsuzo Tagawa, Tomoyoshi Takenaka, Tomoharu Yoshizumi, Teppei Shimamura, Shingo Iwami, Takasuke Fukuhara

Microbiology and immunology 67(1) 22-31 2022年10月18日
Metabolome and transcriptome analysis on muscle of sporadic inclusion body myositis.

Ayuka Murakami, Seiya Noda, Tomoyuki Kazuta, Satoko Hirano, Seigo Kimura, Hirotaka Nakanishi, Koji Matsuo, Koyo Tsujikawa, Madoka Iida, Haruki Koike, Kazuma Sakamoto, Yuichiro Hara, Satoshi Kuru, Kenji Kadomatsu, Teppei Shimamura, Tomoo Ogi, Masahisa Katsuno

Annals of clinical and translational neurology 9(10) 1602-1615 2022年10月
Metabolic remodeling of pyrimidine synthesis pathway and serine synthesis pathway in human glioblastoma.

Akira Nakamizo, Yuichiro Miyamatsu, Haruka Hirose, Toshiyuki Amano, Satoshi Matsuo, Minako Fujiwara, Teppei Shimamura, Koji Yoshimoto

Scientific reports 12(1) 16277-16277 2022年9月29日
An analysis modality for vascular structures combining tissue-clearing technology and topological data analysis.

Kei Takahashi, Ko Abe, Shimpei I Kubota, Noriaki Fukatsu, Yasuyuki Morishita, Yasuhiro Yoshimatsu, Satoshi Hirakawa, Yoshiaki Kubota, Tetsuro Watabe, Shogo Ehata, Hiroki R Ueda, Teppei Shimamura, Kohei Miyazono

Nature communications 13(1) 5239-5239 2022年9月12日査読有り
A bifurcation concept for B-lymphoid/plasmacytoid dendritic cells with largely fluctuating transcriptome dynamics.

Keiki Nagaharu, Yasuhiro Kojima, Haruka Hirose, Kodai Minoura, Kunihiko Hinohara, Hirohito Minami, Yuki Kageyama, Yuka Sugimoto, Masahiro Masuya, Shigeru Nii, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Isao Tawara, Teppei Shimamura, Naoyuki Katayama, Hiroyoshi Nishikawa, Kohshi Ohishi

Cell reports 40(9) 111260-111260 2022年8月30日
Exome sequencing of Japanese schizophrenia multiplex families supports the involvement of calcium ion channels

Miho Toyama, Yuto Takasaki, Aleksic Branko, Hiroki Kimura, Hidekazu Kato, Yoshihiro Nawa, Itaru Kushima, Kanako Ishizuka, Teppei Shimamura, Tomoo Ogi, Norio Ozaki

PLOS ONE 17(5) e0268321-e0268321 2022年5月10日
Characterization of various remdesivir-resistant mutations of SARS-CoV-2 by mathematical modeling and molecular dynamics simulation

Shiho Torii, Kwang Su Kim, Jun Koseki, Rigel Suzuki, Shoya Iwanami, Yasuhisa Fujita, Yong Dam Jeong, Yoshiharu Matsuura, Teppei Shimamura, Shingo Iwami, Takasuke Fukuhara

2022年2月24日
Single-cell RNAseq identifies subpopulations of drug resistant cancer stem-like cells in patient-derived breast cancer

Li Mengjiao, Tatsunori Nishimura, Daisuke Shiokawa, Shimamura Teppei, Asako Sasahara, Masao Yano, Satoko Ishikawa, Tetsuo Ota, Keiichiro Tada, Koji Okamoto, Arinobu Tojo, Noriko Gotoh

CANCER SCIENCE 113 1325-1325 2022年2月
Bayesian statistical method for detecting structural and topological diversity in polymorphic proteins.

Shuto Hayashi, Jun Koseki, Teppei Shimamura

Computational and structural biotechnology journal 20 6519-6525 2022年
UVB-Induced Skin Autoinflammation Due to Nlrp1b Mutation and Its Inhibition by Anti-IL-1β Antibody.

Yuya Murase, Takuya Takeichi, Jun Koseki, Yuki Miyasaka, Yoshinao Muro, Tamio Ohno, Teppei Shimamura, Masashi Akiyama

Frontiers in immunology 13 876390-876390 2022年
A mixture-of-experts deep generative model for integrated analysis of single-cell multiomics data

Kodai Minoura, Ko Abe, Hyunha Nam, Hiroyoshi Nishikawa, Teppei Shimamura

Cell Reports Methods 1(5) 100071-100071 2021年9月
CYBERTRACK2.0: zero-inflated model-based cell clustering and population tracking method for longitudinal mass cytometry data.

Kodai Minoura, Ko Abe, Yuka Maeda, Hiroyoshi Nishikawa, Teppei Shimamura

Bioinformatics (Oxford, England) 37(11) 1632-1634 2021年7月12日査読有り
Hierarchical non-negative matrix factorization using clinical information for microbial communities.

Ko Abe, Masaaki Hirayama, Kinji Ohno, Teppei Shimamura

BMC genomics 22(1) 104-104 2021年2月4日
Short-Chain Fatty Acid-Producing Gut Microbiota Is Decreased in Parkinson's Disease but Not in Rapid-Eye-Movement Sleep Behavior Disorder.

Hiroshi Nishiwaki, Tomonari Hamaguchi, Mikako Ito, Tomohiro Ishida, Tetsuya Maeda, Kenichi Kashihara, Yoshio Tsuboi, Jun Ueyama, Teppei Shimamura, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Masahisa Katsuno, Masaaki Hirayama, Kinji Ohno

mSystems 5(6) 2020年12月8日
Model-based clustering for flow and mass cytometry data with clinical information

Abe K, Minoura K, Maeda Y, Nishikawa H, Shimamura T

BMC Systems Biology. in press 21(S13) 2020年9月査読有り

もっとみる

MISC

Nlrp1機能獲得変異による自己炎症性角化症のモデルマウスの作成・病態解析と治療法の開発

村瀬友哉, 武市拓也, 小関準, 宮坂勇輝, 室慶直, 大野民生, 島村徹平, 秋山真志

日本皮膚科学会雑誌 132(5) 1375-1375 2022年5月
Nlrp1機能獲得変異による自己炎症性角化症のモデルマウスの作成・病態解析と治療法の開発

村瀬友哉, 武市拓也, 小関準, 宮坂勇輝, 室慶直, 大野民生, 島村徹平, 秋山真志

日本皮膚科学会雑誌 132(5) 1375-1375 2022年5月
Myxofibrosarcoma is characterized by frequent abnormalities in TP53 and increased genetic instability

Yasuhide Takeuchi, Annegret Kunitz, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraishi, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Teppei Shimamura, Nobuyuki Kakiuchi, Yusuke Shiozawa, Akira Yokoyama, Tetsuichi Yoshizato, Kosuke Aoki, Yoichi Fujii, Yasuhito Nannya, Hideki Makishima, Satoru Miyano, Hironori Haga, Frederik Damm, Seishi Ogawa

CANCER RESEARCH 79(13) 2019年7月
Comprehensive analysis of genetic alterations and intratumor heterogeneity in myxofibrosarcoma

Yasuhide Takeuchi, Annegret Kunitz, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Nobuyuki Kakiuchi, Yusuke Shiozawa, Akira Yokoyama, Yoichi Fujii, Tetsuichi Yoshizato, Kosuke Aoki, Keisuke Kataoka, Yasuhito Nannya, Yuichi Shiraishi, Teppei Shimamura, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Hideki Makishima, Satoru Miyano, Hironori Haga, Frederik Damm, Seishi Ogawa

CANCER RESEARCH 78(13) 2018年7月
Comprehensive Analysis of Genetic Alterations and Intratumor Heterogeneity in Myxofibrosarcoma

Yasuhide Takeuchi, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraish, Teppei Shimamura, Tetsuichi Yoshizato, Yusuke Shiozawa, Kenichi Chiba, Hideki Makishima, Satoru Miyano, Hironori Haga, Frederik Damm, Seishi Ogawa

CANCER SCIENCE 109 716-716 2018年1月
Comprehensive genetic analysis of myxofibrosarcoma and comparison with other soft tissue sarcomas

Yasuhide Takeuchi, Annegret Kunitz, Hiromichi Suzuki, Kenichi Yoshida, Yuichi Shiraishi, Teppei Shimamura, Kenichi Chiba, Hiroko Tanaka, Nobuyuki Kakiuchi, Yusuke Shiozawa, Akira Yokoyama, Tetsuichi Yoshizato, Kosuke Aoki, Yoichi Fujii, Hideki Makishima, Hironori Haga, Satoru Miyano, Frederik Damm, Seishi Ogawa

CANCER RESEARCH 77 2017年7月
腫瘍微小環境における細胞膜リン脂質代謝の役割

大澤毅, 島村徹平, 近藤彩乃, 宮野悟, 油谷浩幸, 曽我朋義, 児玉龍彦

がんと代謝研究会プログラム&抄録集 5th 36 2017年7月
低pH腫瘍微小環境における転写・代謝機構の解明

近藤彩乃, 島村徹平, 児玉龍彦, 油谷浩幸, 大澤毅

がんと代謝研究会プログラム&抄録集 5th 30 2017年7月
High-resolution copy number variation analysis of schizophrenia in Japan

I. Kushima, B. Aleksic, M. Nakatochi, T. Shimamura, T. Shiino, A. Yoshimi, H. Kimura, Y. Takasaki, C. Wang, J. Xing, K. Ishizuka, T. Oya-Ito, Y. Nakamura, Y. Arioka, T. Maeda, M. Yamamoto, M. Yoshida, H. Noma, S. Hamada, M. Morikawa, Y. Uno, T. Okada, T. Iidaka, S. Iritani, T. Yamamoto, M. Miyashita, A. Kobori, M. Arai, M. Itokawa, M-C Cheng, Y-A Chuang, C-H Chen, M. Suzuki, T. Takahashi, R. Hashimoto, H. Yamamori, Y. Yasuda, Y. Watanabe, A. Nunokawa, T. Someya, M. Ikeda, T. Toyota, T. Yoshikawa, S. Numata, T. Ohmori, S. Kunimoto, D. Mori, N. Iwata, N. Ozaki

MOLECULAR PSYCHIATRY 22(3) 430-440 2017年3月
ニュートリオミクスから迫るがんの病態解明と治療戦略

大澤毅, 島村徹平, 近藤彩乃, 油谷浩幸, 宮野悟, 曽我朋義, 児玉龍彦

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.1PW08‐7 (WEB ONLY) 2017年
低悪性度神経膠腫の予後に関与する遺伝子異常の解析

青木恒介, 鈴木啓道, 松尾恵太郎, 片岡圭亮, 島村徹平, 永田安伸, 吉里哲一, 真田昌, 宮野悟, 若林俊彦, 小川誠司, 夏目敦至

日本癌学会総会記事 75回 E-1013 2016年10月
がん微小環境と代謝・エピゲノム制御の研究

大澤毅, 島村徹平, 近藤彩乃, 宮野悟, 油谷浩幸, 曽我朋義, 児玉龍彦

日本がん転移学会学術集会・総会プログラム抄録集 25th 58 2016年7月
腫瘍微小環境から捉えたがんの代謝戦略

大澤毅, 島村徹平, 近藤彩乃, 宮野悟, 油谷浩幸, 曽我朋義, 児玉龍彦

がんと代謝研究会プログラム&抄録集 4th 53 2016年7月
マルチオミックス統合解析の新機軸低悪性度神経膠腫における遺伝子異常とクローン進化の解明

鈴木啓道, 青木恒介, 千葉健一, 佐藤悠佑, 塩澤裕介, 白石友一, 島村徹平, 新井田厚司, 若林俊彦, 宮野悟, 夏目敦至, 小川誠司

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [2W16-p 2015年12月
肺腺癌におけるβカテニンの活性化はイレッサ(gefitinib)への耐性に寄与する

中田飛鳥, 吉田亮, 山口類, 玉田嘉紀, 藤田アンドレ, 島村徹平, 井元清哉, 樋口知之, 野村将春, 木村達郎, 軒原浩, 東山聖彦, 近藤和也, 西原広史, 東條有伸, 矢野聖二, 宮野悟, 後藤典子

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [3P1117]-[3P1117] 2015年12月
低悪性度神経膠腫の予後に関与する遺伝子異常、コピー数異常の解析

青木恒介, 鈴木啓道, 千葉健一, 白石友一, 阿部竜也, 島村徹平, 新井田厚司, 真田昌, 宮野悟, 若林俊彦, 小川誠司, 夏目敦至

日本癌学会総会記事 74回 E-1244 2015年10月
グレード2/3グリオーマにおける遺伝子異常の全体図とクローン構造の解析

鈴木啓道, 青木恒介, 千葉健一, 佐藤悠佑, 塩澤裕介, 白石友一, 島村徹平, 真田昌, 若林俊彦, 宮野悟, 夏目敦至, 小川誠司

日本癌学会総会記事 74回 E-1297 2015年10月
肺腺癌におけるβカテニンの活性化はイレッサ(gefitinib)への耐性に寄与する

中田飛鳥, 吉田亮, 山口類, 玉田嘉紀, 藤田アンドレ, 島村徹平, 井元清哉, 樋口知之, 野村将春, 木村達郎, 軒原浩, 東山聖彦, 近藤和也, 西原広史, 東條有伸, 矢野聖二, 宮野悟, 後藤典子

日本分子腫瘍マーカー研究会プログラム・講演抄録 35回 72-73 2015年9月
The landscape and clonal architecture in lower grade glioma

Hiromichi Suzuki, Kosuke Aoki, Kenichi Chiba, Yusuke Sato, Yusuke Shiozawa, Yuichi Shiraishi, Atsushi Niida, Teppei Shimamura, Masashi Sanada, Satoru Miyano, Toshihiko Wakabayashi, Atsushi Natsume, Seishi Ogawa

CANCER RESEARCH 75 2015年8月
Integrated genetic and epigenetic analysis defines novel molecular clusters in rhabdomyosarcoma

Masafumi Seki, Riki Nishimura, Kenichi Yoshida, Teppei Shimamura, Yuichi Shiraishi, Yusuke Sato, Motohiro Kato, Kenichi Chiba, Hlroko Tanaka, Genta Nagae, Yusuke Okuno, Hajime Hosoi, Yukichi Tanaka, Hajime Ohkita, Mitsuru Miyashi, Tomoaki Taguchi, Katsuyoshi Koh, Ryoji Hanada, Akira Oka, Satoru Miyano, Hiroyuki Aburatani, Yasuhide Hayashi, Seishi Ogawa, Junko Takita

CANCER RESEARCH 75 2015年8月

もっとみる

講演・口頭発表等

細胞集団のダイナミクスを捉えるためのベイズモデリング

島村徹平

第5回理論免疫学ワークショップ 2021年2月11日
がん研究における一細胞解析のためのモデリング・AI 技術の最新動向

島村徹平

第79回日本癌学会学術総会 2020年10月1日招待有り
臓器連関トランスオミクス解析のためのベイズモデリング

島村徹平

第93回日本生化学会大会 2020年9月16日招待有り
今こそ知りたい！行列因子分解～ゼロから始めるマルチオミクス解析～

島村徹平

代謝統合オミクス若手技術セミナー 2020年8月28日招待有り

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ウイルス-人体相互作用ネットワークの理解と制御

国立研究開発法人科学技術振興機構ムーンショット型研究開発事業 2020年11月 - 2025年11月
ベイズ深層学習による細胞ダイナミクスの新次元俯瞰

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2022年4月 - 2024年3月

島村徹平
常在細菌叢の機能理解に向けた疾患関連細菌叢アトラスの創出

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2020年7月 - 2023年3月

島村徹平
多細胞ダイナミクスを紐解くベイズモデリング技術の開発

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

島村徹平
臓器連関トランスオミクスを読み解くベイズモデリング技術の開発

日本学術振興会科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2022年3月

島村徹平
精神疾患の階層横断的理解を加速する数理モデリング技術の開発

日本学術振興会科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年 - 2021年

島村徹平
生命現象の階層横断的な理解を可能する統計的モデリング技術の開発

日本学術振興会科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年 - 2020年

島村徹平
スーパーコンピューティングと革新的情報技術によるがんシステムの新次元探索

日本学術振興会科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年 - 2020年

宮野悟
細胞内代謝シフトを解析、統合、理解するためのベイズモデリング

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究(A) 2015年 - 2019年

島村徹平
低pH腫瘍微小環境による悪性化機構の解明

日本学術振興会科学研究費補助金挑戦的萌芽研究 2016年 - 2018年

大澤毅
機能性ncRNA探索のための転写調節ネットワークアトラス

日本学術振興会科学研究費補助金挑戦的萌芽研究 2015年 - 2018年

島村徹平
高次エピゲノムが生み出す生命情報を読み解く統計解析法の開発

日本学術振興会科学研究費補助金若手研究(B) 2013年 - 2016年

島村徹平
計算とシミュレーションによるがんシステム学の創成

日本学術振興会科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年 - 2015年

宮野悟

島村徹平