山田貴大 (Takahiro Yamada) - マイポータル

基本情報

所属: カリフォルニア大学サンディエゴ校

学位: 博士(理学)(2020年9月慶應義塾大学)

研究者番号: 20837736
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-1665-1778
J-GLOBAL ID: 202001014526765556
researchmap会員ID: R000008283

外部リンク: https://scholar.google.com/citations?hl=ja&user=72AQxi4AAAAJ

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / システムゲノム科学 /

経歴

2023年5月

University of California, San Diego, Department of Molecular Biology, Postdoctoral Researcher
2021年4月 - 2023年3月

慶應義塾大学, 理工学部生命情報学科, 専任講師(有期)
2018年4月 - 2021年3月

慶應義塾大学, 理工学部生命情報学科, 助教(有期)

学歴

2017年4月 - 2020年9月

慶應義塾大学, 理工学研究科, 基礎理工学専攻
2015年4月 - 2017年3月

慶應義塾大学, 理工学研究科, 基礎理工学専攻
2011年4月 - 2015年3月

慶應義塾大学, 理工学部, 生命情報学科

受賞

2021年3月

藤原賞, 慶應義塾大学理工学部・大学院理工学研究科藤原奨学基金運営委員会

山田貴大
2017年8月

第1回慶應ライフサイエンスシンポジウムポスター賞, 時系列RNA-seqデータに基づくネムリユスリカ乾燥耐性機構の転写制御ネットワークの同定, 第1回慶應ライフサイエンスシンポジウム実行委員会

山田貴大, 末次克行, Ruslan Deviatiiarov, Oleg Gusev, Richard Cornette, Alexander Nesmelov, 広井賀子, 黄川田隆洋, 舟橋啓

論文

Nuclear segmentation in four-dimensional label-free microscopy images for predicting live birth potential of mouse embryos

Taichi Kanazawa, Tatsuma Yao, Sora Takeshita, Tatsuki Hirai, Ryo Suenaga, Takahiro G. Yamada, Yuta Tokuoka, Kazuo Yamagata, Akira Funahashi

Computers in Biology and Medicine 198 111179-111179 2025年11月
Zinc eluted from glassware is a risk factor for embryo development in human and animal assisted reproduction

Tatsuma Yao, Hisato Kobayashi, Tatsuki Hirai, Yuta Tokuoka, Mikiko Tokoro, Yuta Asayama, Yuka Suzuki, Yu Hatano, Hiroki Ikeda, Satoshi Sugimura …

Biology of Reproduction 2025年4月2日査読有り
Regulating Cell Orientation Using a Femtosecond Laser-Induced Macro Stripe Design on Metallic Culture Surfaces with Laser-Treated and Mirrored Areas

Chikahiro IMASHIRO, Atsushi EZURA, Takahiro G. YAMADA, Yoshikatsu AKIYAMA, Jun KOMOTORI

Advanced Biomedical Engineering 14 126-133 2025年
Metabolic Tug-of-War between Glycolysis and Translation Revealed by Biochemical Reconstitution

Gaku Sato, Saki Kinoshita, Takahiro G. Yamada, Satoshi Arai, Tetsuya Kitaguchi, Akira Funahashi, Nobuhide Doi, Kei Fujiwara

ACS Synthetic Biology 2024年5月8日査読有り
Drug-target identification in COVID-19 disease mechanisms using computational systems biology approaches

Anna Niarakis, Marek Ostaszewski, Alexander Mazein, Inna Kuperstein, Martina Kutmon, Marc E. Gillespie, Akira Funahashi, Marcio Luis Acencio, Ahmed Hemedan, Michael Aichem …

Frontiers in Immunology 14 2024年2月13日
Switching from weak to strong cortical attachment of microtubules accounts for the transition from nuclear centration to spindle elongation in metazoans

Shohei Tada, Yoshitaka Yamazaki, Kazunori Yamamoto, Ken Fujii, Takahiro G. Yamada, Noriko F. Hiroi, Akatsuki Kimura, Akira Funahashi

Heliyon 10(3) e25494-e25494 2024年2月
Titanium Culture Vessel Presenting Temperature Gradation for the Thermotolerance Estimation of Cells

Chikahiro Imashiro, Yangyan Jin, Motoaki Hayama, Takahiro G. Yamada, Akira Funahashi, Katsuhisa Sakaguchi, Shinjiro Umezu, Jun Komotori

Cyborg and Bionic Systems 4 2023年1月査読有り
Development of non-bias phenotypic drug screening for cardiomyocyte hypertrophy by image segmentation using deep learning

Jin Komuro, Yuta Tokuoka, Tomohisa Seki, Dai Kusumoto, Hisayuki Hashimoto, Toshiomi Katsuki, Takahiro Nakamura, Yohei Akiba, Thukaa Kuoka, Mai Kimura …

Biochemical and Biophysical Research Communications 632 181-188 2022年12月
An explainable deep learning-based algorithm with an attention mechanism for predicting the live birth potential of mouse embryos

Yuta Tokuoka, Takahiro G. Yamada, Daisuke Mashiko, Zenki Ikeda, Tetsuya J. Kobayashi, Kazuo Yamagata, Akira Funahashi

Artificial Intelligence in Medicine 134 102432-102432 2022年12月査読有り
Intercellular interaction mechanisms promote diversity in intracellular ATP concentration in Escherichia coli populations

Ryo J. Nakatani, Masahiro Itabashi, Takahiro G. Yamada, Noriko F. Hiroi, Akira Funahashi

Scientific Reports 12(1) 2022年10月26日査読有り
Temperature elevation detection in migrating cells

Takayuki Nakamura, Joe Sakamoto, Kohki Okabe, Atsushi Taniguchi, Takahiro G. Yamada, Shigenori Nonaka, Yasuhiro Kamei, Akira Funahashi, Makoto Tominaga, Noriko F. Hiroi

Optics Continuum 1(5) 1085-1085 2022年5月15日
High quality genome assembly of the anhydrobiotic midge provides insights on a single chromosome-based emergence of extreme desiccation tolerance

Yuki Yoshida, Nurislam Shaikhutdinov, Olga Kozlova, Masayoshi Itoh, Michihira Tagami, Mitsuyoshi Murata, Hiromi Nishiyori-Sueki, Miki Kojima-Ishiyama, Shohei Noma, Alexander Cherkasov …

NAR Genomics and Bioinformatics 4(2) lqac029 2022年3月31日
Symbolic Integration by Integrating Learning Models With Different Strengths and Weaknesses

Hazumi Kubota, Yuta Tokuoka, Takahiro G. Yamada, Akira Funahashi

IEEE Access 10 47000-47010 2022年
SBMLWebApp: Web-Based Simulation, Steady-State Analysis, and Parameter Estimation of Systems Biology Models

Takahiro G. Yamada, Kaito Ii, Matthias König, Martina Feierabend, Andreas Dräger, Akira Funahashi

Processes 9(10) 1830-1830 2021年10月15日査読有り筆頭著者
COVID19 Disease Map, a computational knowledge repository of virus–host interaction mechanisms

Marek Ostaszewski, Anna Niarakis, Alexander Mazein, Inna Kuperstein, Robert Phair, Aurelio Orta‐Resendiz, Vidisha Singh, Sara Sadat Aghamiri, Marcio Luis Acencio, Enrico Glaab …

Molecular Systems Biology 17(10) 2021年10月査読有り
Cas9-mediated genome editing reveals a significant contribution of calcium signaling pathways to anhydrobiosis in Pv11 cells

Yugo Miyata, Hiroto Fuse, Shoko Tokumoto, Yusuke Hiki, Ruslan Deviatiiarov, Yuki Yoshida, Takahiro G. Yamada, Richard Cornette, Oleg Gusev, Elena Shagimardanova …

Scientific Reports 11(1) 19698-19698 2021年10月査読有り
Genome-Wide Role of HSF1 in Transcriptional Regulation of Desiccation Tolerance in the Anhydrobiotic Cell Line, Pv11

Shoko Tokumoto, Yugo Miyata, Ruslan Deviatiiarov, Takahiro G. Yamada, Yusuke Hiki, Olga Kozlova, Yuki Yoshida, Richard Cornette, Akira Funahashi, Elena Shagimardanova …

International journal of molecular sciences 22(11) 1-19 2021年5月査読有り
3D convolutional neural networks-based segmentation to acquire quantitative criteria of the nucleus during mouse embryogenesis

Yuta Tokuoka, Takahiro G. Yamada, Daisuke Mashiko, Zenki Ikeda, Noriko F. Hiroi, Tetsuya J. Kobayashi, Kazuo Yamagata, Akira Funahashi

npj Systems Biology and Applications 6(1) 2020年12月査読有り
遺伝子制御ネットワーク推定を用いたPv11細胞における乾燥耐性制御機構に関する研究

山田貴大

2020年9月21日査読有り筆頭著者
SBML Level 3: an extensible format for the exchange and reuse of biological models

Takahiro G Yamada

Molecular Systems Biology 16(8) 2020年8月査読有り

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MISC

【病理形態学の新技術】画像解析と深層学習を用いた診断の基礎

舟橋啓, 徳岡雄大, 大岡麻耶, 西本勝利, 山田貴大, 広井賀子

病理と臨床 37(7) 631-635 2019年7月招待有り
ネムリユスリカの培養細胞の乾燥耐性に迫る

山田貴大, 舟橋啓, 黄川田隆洋

バイオサイエンスとインダストリー 77(4) 2019年

書籍等出版物

機械学習を生命科学に使う！ - シークエンスや画像データをどう解析し、新たな生物学的発見につなげるか？- Vol.38 No.20

小林徹也, 杉村薫, 舟橋啓 (担当:分担執筆, 範囲:第1章 1. (pp.16-35), 第3章 Ⅰ-1. (pp.109-117), 第3章 Ⅱ-4. (pp.134-141))

羊土社 2020年12月14日 (ISBN: 9784758103916)
数でとらえる細胞生物学

舟橋啓, 板橋正寛, 大岡麻耶, 小林佑也, 斎藤昴哉, 徳岡雄大, 中村隆之, 中村善次, 西本勝利, 広井賀子, 本室美貴子, 山崎孔敬, 山田貴大, 山中龍 (担当:共訳, 範囲:序章; 5章;6章)

羊土社 2020年4月 (ISBN: 9784758121064)
病理と臨床 Vol.37, No.7

舟橋啓, 徳岡雄大, 大岡麻耶, 西本勝利, 山田貴大, 広井賀子 (担当:共著, 範囲:画像解析と深層学習を用いた診断の基礎)

文光堂 2019年7月
バイオサイエンスとインダストリー Vol.77 No.4

山田貴大, 舟橋啓, 黄川田隆洋 (担当:共著, 範囲:ネムリユスリカの培養細胞の乾燥耐性に迫る)

(一財)バイオインダストリー協会 2019年7月

講演・口頭発表等

限界を超えた能力を生命に付与したいー設計図志向な生物学を目指してー

山田貴大

The 40th Scienc-ome 2021年2月10日招待有り
正確な情報伝達を利用したON/OFF遺伝子制御がPv11細胞の乾燥しても死なない仕組みのカギを握る

山田貴大, 比企佑介, 広井賀子, Elena Shagimardanova, Oleg Gusev, Richard Cornette, 黄川田隆洋, 舟橋啓

定量生物学の会北海道キャラバン 2019
乾燥させても死なない培養細胞, Pv11細胞の死なないメカニズムに転写制御ネットワークから迫る

山田貴大, Ruslan Deviatiiarov, Oleg Gusev, Richard Cornette, Alexander Nesmelov, 広井賀子, 黄川田隆洋, 舟橋啓

定量生物学の会第九回年会
Mathematical modeling identifies the conditions required for RNA-based oscillator

Takahiro G. Yamada, Yutaka Hori, Shota Suzuki, Shunsuke Kawasaki, Noriko Hiroi, Hirohide Saito, Akira Funahashi

SICE Annual Conference 2018 2018年9月14日
カラカラに乾燥しても死なないネムリユスリカの神秘に転写制御ネットワークから迫る

山田貴大

CELLab-SOCU Summer Symposium 2018年9月6日招待有り
Inferring Polypedilum vanderplanki transcriptional regulatory network for rehydration process from time-series RNA-seq data

Takahiro Yamada

LIFE OF GENOMES 2018 INTERNATIONAL SEMINAR 2018年5月23日招待有り
Inferring Polypedilum vanderplanki transcriptional regulatory network for anhydrobiosis from time-series RNA-seq data

Takahiro Yamada

LIFE OF GENOMES 2017 INTERNATIONAL SEMINAR 2017年8月31日招待有り
時系列RNA-seqデータに基づくネムリユスリカ乾燥耐性機構の転写制御ネットワークの同定

山田貴大, 末次克行, Ruslan Deviatiiarov, Oleg Gusev, Richard Cornette, Alexander Nesmelov, 広井賀子, 黄川田隆洋, 舟橋啓

第1回慶應ライフサイエンスシンポジウム 2017年8月28日
ネムリユスリカ乾燥耐性機構の解明を目指した遺伝子制御ネットワークの推定

山田貴大, 末次克行, Ruslan Deviatiiarov, Oleg Gusev, Richard Cornette, 広井, 賀子, 黄川田隆洋, 舟橋啓

定量生物学の会第八回年会
トランスクリプトーム及びメタボローム解析によるネムリユスリカ再水和復帰機構の示唆

山田貴大, 末次克行, Ruslan Deviatiiarov, Oleg Gusev, Richard Cornette, Alexander Nesmelov, 広井賀子, 黄川田隆洋, 舟橋啓

生命情報科学若手の会第8回年会 2016年10月13日
Inferring Gene Regulatory Network of Polypedilum vanderplanki using time course RNA-seq data

Takahiro G. Yamada, Noriko Hiroi, Takahiro Kikawada, Akira Funahashi

NIG International Symposium 2016 Japan Q-Bio week. Tokyo Symposium
ネムリユスリカのトランスクリプトーム解析を通したGRN構築

山田貴大, 末次克行, 広井, 賀子, 黄川田隆洋, 舟橋啓

定量生物学の会第七回年会

担当経験のある科目(授業)

2025年9月 - 現在

Synthetic Biology (University of California, San Diego)
2020年4月 - 2023年3月

自然科学実験 (慶應義塾大学)
2018年4月 - 2023年3月

生命情報実験D (慶應義塾大学)
2018年4月 - 2023年3月

生命情報実験C (慶應義塾大学)
2018年4月 - 2023年3月

基礎生命実験 (慶應義塾大学)
2021年7月

生命科学概論 (東京大学大学院新領域創成科学研究科先端生命科学専攻)

共同研究・競争的資金等の研究課題

三次元組織の高度成熟化を自律的に達成する知能化培養システム基盤の創出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2023年4月 - 2026年3月

尾上弘晃, 倉科佑太, 舟橋啓, 三浦重徳, 遠山周吾, 石上玄也, 山田貴大
表面弾性波を用いたin situ波形測定による細胞組織の成熟評価AIシステムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2022年10月 - 2026年3月

倉科佑太, 山田貴大
力学刺激の知能化によるin vitro3次元組織の超効率的成熟化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2019年4月 - 2022年3月

尾上弘晃, 藤田淳, 山田貴大, 倉科佑太, 舟橋啓, 三浦重徳, 遠山周吾
遺伝子数増大に耐える高精度遺伝子制御ネットワーク推定法の提案

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2019年4月 - 2021年3月

山田貴大

学術貢献活動

査読："Genome-Wide Transcriptional Responses of Marine Nematode Litoditis marina to Hyposaline and Hypersaline Stresses", in Frontiers in Physiology, 12, Article 672099

査読

黄川田隆洋 2021年2月25日 - 2021年5月4日
査読 : Article in npj systems biology and applications.

査読

2020年12月12日 - 2020年12月22日
査読 : "webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy" in Frontiers in Genetics, 10, 146

査読

舟橋啓 2018年9月 - 2019年3月

メディア報道

「乾燥しても死なない細胞」の死の回避システムスイッチON！－Pv11細胞の乾燥耐性遺伝子発現制御ネットワークの発見－

https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2020/3/23/28-68155/ 2020年3月インターネットメディア
乾燥しても死なない細胞はなぜ死なずに生き返ることができるのか？－ Pv11細胞の乾燥耐性および再水和復活メカニズムの示唆－

https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2018/12/19/28-50273/ 2018年12月インターネットメディア

山田貴大

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研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

メディア報道

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