村上匠 (Takumi Murakami) - マイポータル

基本情報

所属: 東京工業大学生命理工学院

学位: 博士 (理学)(東京工業大学)

J-GLOBAL ID: 201901012453171390
researchmap会員ID: B000353345

研究キーワード

研究分野

経歴

2024年10月 - 現在

東京科学大学, 生命理工学院, 助教
2023年8月 - 2024年9月

東京工業大学, 生命理工学院, 助教
2018年4月 - 2023年7月

国立遺伝学研究所, 情報研究系, 特任研究員
2017年4月 - 2018年3月

東京工業大学, 生命理工学院, 博士研究員

学歴

2013年4月 - 2017年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科博士課程
2011年4月 - 2013年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科修士課程
2008年4月 - 2011年3月

東京工業大学, 生命理工学部

委員歴

2022年 - 現在

日本微生物生態学会和文誌編集委員
2024年 - 2025年

日本微生物生態学会, 第38回大会実行委員 (大会副委員長)

受賞

2025年9月

若手賞, 日本微生物生態学会
2023年3月

若手賞, 日本ゲノム微生物学会
2017年

2nd Poster Prize, The 7th International Conference on Polar & Alpine Microbiology
2014年

ポスター賞, 環境微生物学系合同大会2014

論文

Behavioural phase transitions in the migratory locust, Locusta migratoria , are related to changes in the gut bacterial composition

Jaeha Kim, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori

ISME Communications 6(1) 2026年1月15日査読有り
Morphology shapes microbial ecosystems and carbon cycling within cryoconite holes on a Greenland outlet glacier

Nozomu Takeuchi, Takumi Murakami, Koki Ishiwatari, Akane Watanabe, Takahiro Segawa

Communications Earth and Environment 7(1) 2025年12月1日査読有り
Functional division of labor in motility, lignocellulose digestion, and nitrogen metabolism revealed for the Mixotricha paradoxa holobiont

Jieyang Fu, Yiting Liu, Takuya Yoshioka, Katsura Igai, Takako Mabuchi, Kumiko Kihara, Takumi Murakami, Nathan Lo, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

The ISME Journal 19(1) 2025年8月20日査読有り
Field Dynamics of the Root Endosphere Microbiome Assembly in Paddy Rice Cultivated under No Fertilizer Input

Asahi Adachi, John Jewish Dominguez, Yuniar Devi Utami, Masako Fuji, Sumire Kirita, Shunsuke Imai, Takumi Murakami, Yuichi Hongoh, Rina Shinjo, Takehiro Kamiya …

Plant and Cell Physiology 2025年6月9日査読有り
Biocontrol of Bacterial Wilt Disease Using Plant-Associated Bacterial Communities in Tomato

Eriko Tanaka, Daisuke Umeki, Shota Kido, Rikako Makishima, Yuko Tamaki, Takumi Murakami, Masayuki Fujiwara, Yusuke Saijo

Molecular Plant-Microbe Interactions 2025年5月12日査読有り
Sucrose-preferring gut microbes prevent host obesity by producing exopolysaccharides

Hidenori Shimizu, Junki Miyamoto, Keiko Hisa, Ryuji Ohue-Kitano, Hiromi Takada, Mayu Yamano, Akari Nishida, Daiki Sasahara, Yuki Masujima, Keita Watanabe …

Nature Communications 16(1) 2025年1月29日査読有り
Phocaeicola dorei and Phocaeicola vulgatus Protect against Atherosclerosis by Regulating Gut Immunity

Hitomi Nakashima, Ryohei Shinohara, Takuo Emoto, Yoshihiro Saito, Naofumi Yoshida, Ken-ichi Hirata, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Atsushi Toyoda, Tomomi Sugiyama …

Journal of Atherosclerosis and Thrombosis 2025年査読有り
Metagenome-assembled genome sequence of Spiroplasma phoeniceum , assembled from the hindgut of Locusta migratoria , a migration grasshopper species

Jaeha Kim, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori

Microbiology Resource Announcements 13(8) 2024年8月13日査読有り
Assessment of metagenomic workflows using a newly constructed human gut microbiome mock community.

Hiroshi Mori, Tamotsu Kato, Hiroaki Ozawa, Mitsuo Sakamoto, Takumi Murakami, Todd D Taylor, Atsushi Toyoda, Moriya Ohkuma, Ken Kurokawa, Hiroshi Ohno

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 30(3) 2023年6月1日査読有り
Recognition of commensal bacterial peptidoglycans defines Drosophila gut homeostasis and lifespan.

Taro Onuma, Toshitaka Yamauchi, Hina Kosakamoto, Hibiki Kadoguchi, Takayuki Kuraishi, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Masayuki Miura, Fumiaki Obata

PLoS genetics 19(4) e1010709 2023年4月査読有り
Granulimonas faecalis gen. nov., sp. nov., and Leptogranulimonas caecicola gen. nov., sp. nov., novel lactate-producing Atopobiaceae bacteria isolated from mouse intestines, and an emended description of the family Atopobiaceae.

Kana Morinaga, Hiroyuki Kusada, Sachiko Sakamoto, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Xian-Ying Meng, Motoko Takashino, Kazutoshi Murotomi, Hideyuki Tamaki

International journal of systematic and evolutionary microbiology 72(10) 2022年10月査読有り
Dietary-protein sources modulate host susceptibility to Clostridioides difficile infection through the gut microbiota.

Kyosuke Yakabe, Seiichiro Higashi, Masahiro Akiyama, Hiroshi Mori, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Yuta Sugiyama, Shigenobu Kishino, Kenji Okano, Akiyoshi Hirayama …

Cell reports 40(11) 111332-111332 2022年9月13日査読有り
Metagenomics reveals global-scale contrasts in nitrogen cycling and cyanobacterial light-harvesting mechanisms in glacier cryoconite

Takumi Murakami, Nozomu Takeuchi, Hiroshi Mori, Yuu Hirose, Arwyn Edwards, Tristram Irvine-Fynn, Zhongqin Li, Satoshi Ishii, Takahiro Segawa

Microbiome 10(1) 50-50 2022年3月査読有り筆頭著者責任著者
Adlercreutzia hattorii sp. nov., an equol non-producing bacterium isolated from human faeces

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Masahiro Yuki, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 71(12) 2021年12月査読有り
Coprobacter secundus subsp. similis subsp. nov. and Solibaculum mannosilyticum gen. nov., sp. nov., isolated from human feces

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Atsushi Toyoda, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Sho Morohoshi, Tadao Kunihiro, Takao Iino, Moriya Ohkuma

Microbiology and Immunology 65(6) 245-256 2021年6月査読有り
Complete genome sequence of Faecalibacillus intestinalis JCM 34082, isolated from feces from a healthy Japanese female.

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Atsushi Toyoda, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Moriya Ohkuma

Microbiology Resource Announcements 9(50) e01160-20 2020年12月10日査読有り
Microbial interaction between the succinate-utilizing bacterium Phascolarctobacterium faecium and the gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron.

Nao Ikeyama, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma, Mitsuo Sakamoto

MicrobiologyOpen 9(10) e1111 2020年10月査読有り
Parallel reductive genome evolution in Desulfovibrio ectosymbionts independently acquired by Trichonympha protists in the termite gut.

Mariko Takeuchi, Hirokazu Kuwahara, Takumi Murakami, Kazuki Takahashi, Rei Kajitani, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

ISME Journal 14(9) 2288-2301 2020年9月査読有り
Amedibacterium intestinale gen. nov., sp. nov., isolated from human faeces, and reclassification of Eubacterium dolichum Moore et al. 1976 (Approved Lists 1980) as Amedibacillus dolichus gen. nov., comb. nov.

Ikeyama, N, Toyoda, A, Morohoshi, S, Kunihiro, T, Murakami, T, Mori, H, Iino, T, Ohkuma, M, Sakamoto, M

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70(6) 3656-3664 2020年8月査読有り
Local Necrotic Cells Trigger Systemic Immune Activation via Gut Microbiome Dysbiosis in Drosophila.

Hina Kosakamoto, Toshitaka Yamauchi, Yoriko Akuzawa-Tokita, Kei Nishimura, Tomoyoshi Soga, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Kyosuke Yamamoto, Ryo Miyazaki, Akiko Koto …

Cell Reports 32(3) 107938-107938 2020年査読有り

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MISC

シロアリ腸内原生生物の鞭毛に付着共生する新規細菌の発見とゲノム解析

高橋知希, 野村多聞, 猪飼桂, 丸岡直弥, 村上匠, 本郷裕一

日本微生物生態学会大会(Web) 38th 2025年
スポットライト：イケメン＆イケジョ VOL. 42 村上匠

村上匠

日本微生物生態学会誌 34(2) 64-65 2019年
P24-3 氷河環境に特化したコオリミミズの共生細菌群集構造解析(ポスター発表)

村上匠, 瀬川高弘, Dylan Bodington, 竹内望, 幸島司郎, 本郷裕一

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 235-235 2014年
PD-009 氷河特異的無脊椎動物における共生細菌群集構造解析(極限環境微生物,ポスター発表)

村上匠, 瀬川高弘, Bodington Dylan, Labarca Pedro, Sepulveda Gonzalo Barcaza, 竹内望, 幸島司郎, 本郷裕一

日本微生物生態学会講演要旨集 (29) 116-116 2013年
PD-08 アラスカ産コオリミミズの共生細菌叢の解析(PD 極限環境微生物,ポスター発表)

村上匠, 瀬川高弘, 山田明徳, Bodington Dylan, 竹内望, 幸島司郎, 本郷裕一

日本微生物生態学会講演要旨集 (28) 150-150 2012年

書籍等出版物

実験医学増刊腸内細菌叢健康と疾患を制御するエコシステム

村上匠, 森宙史, 黒川顕 (担当:分担執筆, 範囲:メタゲノムデータの情報解析とデータベース)

羊土社 2019年

講演・口頭発表等

Diversity and dynamics of glacier microbiome revealed by metagenomic analyses

Takumi Murakami, Takahiro Segawa, Yukihiko Onuma, Suzunosuke Usuba, Shigeru Kawai, Yuu Hirose, Nozomu Takeuchi, Yuichi Hongoh

日本地球惑星科学連合2025年大会 2025年5月28日招待有り
氷河細菌群集の地球規模での多様性をメタゲノム解析で解き明かす

静岡大学グリーン科学技術研究所共同利用機器セミナー 2023年2月27日招待有り
メタゲノムデータから紐解く氷河シアノバクテリアの多様性

村上匠

藍藻の分子生物学2022 2022年12月10日招待有り
無脊椎動物と細菌の共生に着目した新たな雪氷生態系の研究

村上匠

日本微生物生態学会第33回大会 2019年招待有り

担当経験のある科目(授業)

2023年 - 現在

生命科学基礎実験 (東京科学大学)
2024年

生命理工学特別講義4 (東京科学大学)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

マルチスケール解析で解明する氷河微生物生態系のダイナミクス

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2026年4月 - 2029年3月

村上匠, 大沼友貴彦, 河合繁
指標生物としての氷河シアノバクテリアの確立

公益財団法人発酵研究所若手研究者助成 2025年4月 - 2027年3月
古代DNA解析技術を用いた絶滅哺乳類史の刷新

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(海外連携研究) 2023年9月 - 2026年3月

瀬川高弘, 村上匠, 甲能直樹, 森宙史
国内に現存する氷河を拠点に据えた氷河生態系の時空間的多様性解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2022年4月 - 2026年3月

村上匠
メタゲノムデータから解き明かす氷河シアノバクテリアの世界的な多様性

日本学術振興会研究活動スタート支援 2019年 - 2021年

村上匠

学術貢献活動

豊橋技術科学大学TUT-DCプログラム外部指導教員

審査・評価

豊橋技術科学大学 2025年 - 現在

メディア報道

世界各地の氷河に生息微生物をメタゲノム解析

科学新聞 2022年4月1日新聞・雑誌

村上匠

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

メディア報道

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