村上匠 (Takumi Murakami) - マイポータル

基本情報

所属: 東京工業大学生命理工学院

学位: 博士 (理学)(東京工業大学)

J-GLOBAL ID: 201901012453171390
researchmap会員ID: B000353345

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年8月 - 現在

東京工業大学, 生命理工学院, 助教
2018年4月 - 2023年7月

国立遺伝学研究所, 情報研究系, 特任研究員
2017年4月 - 2018年3月

東京工業大学, 生命理工学院, 博士研究員

学歴

2013年4月 - 2017年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科博士課程
2011年4月 - 2013年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科修士課程
2008年4月 - 2011年3月

東京工業大学, 生命理工学部

委員歴

2022年 - 現在

日本微生物生態学会和文誌編集委員

受賞

2023年3月

若手賞, 日本ゲノム微生物学会
2017年

2nd Poster Prize, The 7th International Conference on Polar & Alpine Microbiology
2014年

ポスター賞, 環境微生物学系合同大会2014

論文

Metagenome-assembled genome sequence of Spiroplasma phoeniceum , assembled from the hindgut of Locusta migratoria , a migration grasshopper species

Jaeha Kim, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori

Microbiology Resource Announcements 13(8) 2024年8月13日査読有り
Assessment of metagenomic workflows using a newly constructed human gut microbiome mock community.

Hiroshi Mori, Tamotsu Kato, Hiroaki Ozawa, Mitsuo Sakamoto, Takumi Murakami, Todd D Taylor, Atsushi Toyoda, Moriya Ohkuma, Ken Kurokawa, Hiroshi Ohno

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 30(3) 2023年6月1日
Recognition of commensal bacterial peptidoglycans defines Drosophila gut homeostasis and lifespan.

Taro Onuma, Toshitaka Yamauchi, Hina Kosakamoto, Hibiki Kadoguchi, Takayuki Kuraishi, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Masayuki Miura, Fumiaki Obata

PLoS genetics 19(4) e1010709 2023年4月
Granulimonas faecalis gen. nov., sp. nov., and Leptogranulimonas caecicola gen. nov., sp. nov., novel lactate-producing Atopobiaceae bacteria isolated from mouse intestines, and an emended description of the family Atopobiaceae.

Kana Morinaga, Hiroyuki Kusada, Sachiko Sakamoto, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Xian-Ying Meng, Motoko Takashino, Kazutoshi Murotomi, Hideyuki Tamaki

International journal of systematic and evolutionary microbiology 72(10) 2022年10月査読有り
Dietary-protein sources modulate host susceptibility to Clostridioides difficile infection through the gut microbiota.

Kyosuke Yakabe, Seiichiro Higashi, Masahiro Akiyama, Hiroshi Mori, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Yuta Sugiyama, Shigenobu Kishino, Kenji Okano, Akiyoshi Hirayama …

Cell reports 40(11) 111332-111332 2022年9月13日査読有り
Metagenomics reveals global-scale contrasts in nitrogen cycling and cyanobacterial light-harvesting mechanisms in glacier cryoconite

Takumi Murakami, Nozomu Takeuchi, Hiroshi Mori, Yuu Hirose, Arwyn Edwards, Tristram Irvine-Fynn, Zhongqin Li, Satoshi Ishii, Takahiro Segawa

Microbiome 10(1) 50-50 2022年3月査読有り筆頭著者責任著者
Adlercreutzia hattorii sp. nov., an equol non-producing bacterium isolated from human faeces

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Masahiro Yuki, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 71(12) 2021年12月査読有り
Coprobacter secundus subsp. similis subsp. nov. and Solibaculum mannosilyticum gen. nov., sp. nov., isolated from human feces

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Atsushi Toyoda, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Sho Morohoshi, Tadao Kunihiro, Takao Iino, Moriya Ohkuma

Microbiology and Immunology 65(6) 245-256 2021年6月査読有り
Complete genome sequence of Faecalibacillus intestinalis JCM 34082, isolated from feces from a healthy Japanese female.

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Atsushi Toyoda, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Moriya Ohkuma

Microbiology Resource Announcements 9(50) e01160-20 2020年12月10日査読有り
Microbial interaction between the succinate-utilizing bacterium Phascolarctobacterium faecium and the gut commensal Bacteroides thetaiotaomicron.

Nao Ikeyama, Takumi Murakami, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma, Mitsuo Sakamoto

MicrobiologyOpen 9(10) e1111 2020年10月査読有り
Parallel reductive genome evolution in Desulfovibrio ectosymbionts independently acquired by Trichonympha protists in the termite gut.

Mariko Takeuchi, Hirokazu Kuwahara, Takumi Murakami, Kazuki Takahashi, Rei Kajitani, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh

ISME Journal 14(9) 2288-2301 2020年9月査読有り
Amedibacterium intestinale gen. nov., sp. nov., isolated from human faeces, and reclassification of Eubacterium dolichum Moore et al. 1976 (Approved Lists 1980) as Amedibacillus dolichus gen. nov., comb. nov.

Ikeyama, N, Toyoda, A, Morohoshi, S, Kunihiro, T, Murakami, T, Mori, H, Iino, T, Ohkuma, M, Sakamoto, M

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70(6) 3656-3664 2020年8月査読有り
Local Necrotic Cells Trigger Systemic Immune Activation via Gut Microbiome Dysbiosis in Drosophila.

Hina Kosakamoto, Toshitaka Yamauchi, Yoriko Akuzawa-Tokita, Kei Nishimura, Tomoyoshi Soga, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Kyosuke Yamamoto, Ryo Miyazaki, Akiko Koto …

Cell Reports 32(3) 107938-107938 2020年査読有り
Gut Bacterial Species Distinctively Impact Host Purine Metabolites during Aging in Drosophila.

Toshitaka Yamauchi, Ayano Oi, Hina Kosakamoto, Yoriko Akuzawa-Tokita, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Masayuki Miura, Fumiaki Obata

iScience 101477-101477 2020年査読有り
Dialister hominis sp. nov., isolated from human faeces.

Mitsuo Sakamoto, Nao Ikeyama, Atsushi Toyoda, Takumi Murakami, Hiroshi Mori, Takao Iino, Moriya Ohkuma

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 70(1) 589-595 2020年査読有り
Draft genome sequence of Clostridium tagluense Strain A121T, isolated from a permafrost core in the Canadian High Arctic.

Murakami T, Mori H, Shcherbakova V.A, Yoshimura Y, Segawa T

Microbiology Resource Announcements 8 e01630-18 2019年査読有り筆頭著者
Comparative genomics of Parolsenella catena and Libanicoccus massiliensis: Reclassification of Libanicoccus massiliensis as Parolsenella massiliensis comb. nov.

Sakamoto M, Ikeyama N, Murakami T, Mori H, Ohkuma M

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 69(4) 1123-1129 2019年査読有り
Ectosymbiotic bacterial microbiota densely colonize the surface of thelastomatid nematodes in the gut of the wood-feeding cockroach Panesthia angustipennis.

Murakami T, Onouchi S, Igai K, Ohkuma M, Hongoh Y

FEMS Microbiology Ecology 95(2) fiy238 2019年査読有り筆頭著者
Genome analyses of uncultured TG2/ZB3 bacteria in ‘Margulisbacteria’ specifically attached to ectosymbiotic spirochetes of protists in the termite gut.

Utami Y.D, Kuwahara H, Igai K, Murakami T, Sugaya K, Morikawa T, Nagura Y, Yuki M, Deevong P, Inoue T …

ISME Journal 13(2) 455-467 2019年査読有り
Metagenomic analyses highlight the symbiotic association between the glacier stonefly Andiperla willinki and its bacterial gut community.

Takumi Murakami, Takahiro Segawa, Nozomu Takeuchi, Gonzalo Barcaza Sepúlveda, Pedro Labarca, Shiro Kohshima, Yuichi Hongoh

Environmental Microbiology 20(11) 4170-4183 2018年査読有り筆頭著者責任著者

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MISC

スポットライト：イケメン＆イケジョ VOL. 42 村上匠

村上匠

日本微生物生態学会誌 34(2) 64-65 2019年
P24-3 氷河環境に特化したコオリミミズの共生細菌群集構造解析(ポスター発表)

村上匠, 瀬川高弘, Dylan Bodington, 竹内望, 幸島司郎, 本郷裕一

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 235-235 2014年
PD-009 氷河特異的無脊椎動物における共生細菌群集構造解析(極限環境微生物,ポスター発表)

村上匠, 瀬川高弘, Bodington Dylan, Labarca Pedro, Sepulveda Gonzalo Barcaza, 竹内望, 幸島司郎, 本郷裕一

日本微生物生態学会講演要旨集 (29) 116-116 2013年
PD-08 アラスカ産コオリミミズの共生細菌叢の解析(PD 極限環境微生物,ポスター発表)

村上匠, 瀬川高弘, 山田明徳, Bodington Dylan, 竹内望, 幸島司郎, 本郷裕一

日本微生物生態学会講演要旨集 (28) 150-150 2012年

書籍等出版物

実験医学増刊腸内細菌叢健康と疾患を制御するエコシステム

村上匠, 森宙史, 黒川顕 (担当:分担執筆, 範囲:メタゲノムデータの情報解析とデータベース)

羊土社 2019年

講演・口頭発表等

氷河細菌群集の地球規模での多様性をメタゲノム解析で解き明かす

静岡大学グリーン科学技術研究所共同利用機器セミナー 2023年2月27日招待有り
メタゲノムデータから紐解く氷河シアノバクテリアの多様性

村上匠

藍藻の分子生物学2022 2022年12月10日招待有り
無脊椎動物と細菌の共生に着目した新たな雪氷生態系の研究

村上匠

日本微生物生態学会第33回大会 2019年招待有り

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

古代DNA解析技術を用いた絶滅哺乳類史の刷新

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(海外連携研究) 2023年9月 - 2026年3月

瀬川高弘, 村上匠, 甲能直樹, 森宙史
国内に現存する氷河を拠点に据えた氷河生態系の時空間的多様性解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2022年4月 - 2026年3月

村上匠
メタゲノムデータから解き明かす氷河シアノバクテリアの世界的な多様性

日本学術振興会研究活動スタート支援 2019年 - 2021年

村上匠

メディア報道

世界各地の氷河に生息微生物をメタゲノム解析

科学新聞 2022年4月1日新聞・雑誌

村上匠

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

メディア報道

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