冨樫祐一 (YUICHI TOGASHI) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 立命館大学生命科学部生命情報学科教授
: 理化学研究所生命機能科学研究センター客員主管研究員

学位: 博士（学術）(2004年3月東京大学)
修士（学術）(2001年3月東京大学)

研究者番号: 50456919
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0003-0032-2424
J-GLOBAL ID: 200901079366927968
Researcher ID: D-4163-2009
researchmap会員ID: 1000368283

外部リンク: http://www.togashi.tv/lab/

-

研究分野

1

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

主要な経歴

17

2021年4月 - 現在

立命館大学, 生命科学部生命情報学科, 教授
2019年4月 - 2021年3月

広島大学, 大学院統合生命科学研究科, 准教授
2017年4月 - 2019年3月

広島大学, 大学院理学研究科数理分子生命理学専攻, 准教授
2014年1月 - 2017年3月

広島大学, 大学院理学研究科数理分子生命理学専攻, 特任准教授
2011年4月 - 2013年12月

神戸大学, 大学院システム情報学研究科計算科学専攻, 講師
2009年9月 - 2011年3月

大阪大学, サイバーメディアセンター, 講師
2007年4月 - 2009年8月

大阪大学, 大学院生命機能研究科, 特任助教（常勤）

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学歴

2

1998年4月 - 2004年3月

東京大学, 大学院総合文化研究科, 広域科学専攻相関基礎科学系
1994年4月 - 1998年3月

東京大学, 教養学部, 理科一類／基礎科学科第一

主要な委員歴

9

2022年6月 - 2024年6月

日本科学振興協会, 理事
2022年1月 - 2022年12月

日本生物物理学会, 分野別専門委員（分野：数理モデル・数理生物学）
2021年1月 - 2021年12月

日本生物物理学会, 分野別専門委員（分野：粗視化シミュレーション）
2019年6月 - 2021年6月

日本生物物理学会, 平成31・32年度代議員
2018年1月 - 2019年12月

日本生物物理学会, 会誌副編集委員長

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主要な論文

49

Translational recoding by chemical modification of non-AUG start codon ribonucleotide bases

Yoshihiko Fujita, Takeru Kameda, Chingakham Ranjit Singh, Whitney Pepper, Ariana Cecil, Madelyn Hilgers, Mackenzie Thornton, Izumi Asano, Carter Moravek, Yuichi Togashi …

Science Advances 8(14) eabm8501 2022年4月8日査読有り
Free energy landscape of RNA binding dynamics in start codon recognition by eukaryotic ribosomal pre-initiation complex

Takeru Kameda, Katsura Asano, Yuichi Togashi

PLoS Computational Biology 17(6) e1009068 2021年6月査読有り
Structural dynamics of DNA depending on methylation pattern

Takeru Kameda, Miho M. Suzuki, Akinori Awazu, Yuichi Togashi

Physical Review E 103(1) 2021年1月11日査読有り
PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics

Soya Shinkai, Masaki Nakagawa, Takeshi Sugawara, Yuichi Togashi, Hiroshi Ochiai, Ryuichiro Nakato, Yuichi Taniguchi, Shuichi Onami

NAR Genomics and Bioinformatics 2(2) lqaa020 2020年3月査読有り
Histone Tail Dynamics in Partially Disassembled Nucleosomes During Chromatin Remodeling

Kameda, Takeru, Awazu, Akinori, Togashi, Yuichi

FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES 6 133 2019年11月28日査読有り
Analyzing fluctuation properties in protein elastic networks with sequence specific and distance dependent interactions

R. Amyot, Y. Togashi, H. Flechsig

Biomolecules 9(10) 549 2019年9月査読有り
Modeling of Nanomachine/Micromachine Crowds: Interplay between the Internal State and Surroundings

Togashi, Yuichi

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 123(7) 1481-1490 2019年2月21日査読有り
Single-molecule diffusion-based estimation of ligand effects on G protein-coupled receptors.

Masataka Yanagawa, Michio Hiroshima, Yuichi Togashi, Mitsuhiro Abe, Takahiro Yamashita, Yoshinori Shichida, Masayuki Murata, Masahiro Ueda, Yasushi Sako

Science signaling 11(548) eaao1917 2018年9月18日査読有り
The 1-Particle-per-k-Nucleotides (1PkN) Elastic Network Model of DNA Dynamics with Sequence-Dependent Geometry

Takeru Kameda, Shuhei Isami, Yuichi Togashi, Hiraku Nishimori, Naoaki Sakamoto, Akinori Awazu

FRONTIERS IN PHYSIOLOGY 8 103 2017年3月査読有り
VARYING THE RESOLUTION OF THE ROUSE MODEL ON TEMPORAL AND SPATIAL SCALES: APPLICATION TO MULTISCALE MODELING OF DNA DYNAMICS

Edward Rolls, Yuichi Togashi, Radek Erban

MULTISCALE MODELING & SIMULATION 15(4) 1672-1693 2017年査読有り
Non-RVD mutations that enhance the dynamics of the TAL repeat array along the superhelical axis improve TALEN genome editing efficacy

Naoya Tochio, Kohei Umehara, Jun-ichi Uewaki, Holger Flechsig, Masaharu Kondo, Takehisa Dewa, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Takashi Saitoh, Yuichi Togashi …

SCIENTIFIC REPORTS 6 37887 2016年11月査読有り
Dynamic Nucleosome Movement Provides Structural Information of Topological Chromatin Domains in Living Human Cells

Soya Shinkai, Tadasu Nozaki, Kazuhiro Maeshima, Yuichi Togashi

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 12(10) e1005136 2016年10月査読有り
An Analytical Framework for Studying Small-Number Effects in Catalytic Reaction Networks: A Probability Generating Function Approach to Chemical Master Equations

Masaki Nakagawa, Yuichi Togashi

FRONTIERS IN PHYSIOLOGY 7 89 2016年3月査読有り
Spatiotemporal patterns enhanced by intra- and inter-molecular fluctuations in arrays of allosterically regulated enzymes

Yuichi Togashi, Vanessa Casagrande

NEW JOURNAL OF PHYSICS 17 033024 2015年3月査読有り
Energetics of single active diffusion trajectories

S. Shinkai, Y. Togashi

EPL 105(3) 30002 2014年2月査読有り
Nonlinearity of Mechanochemical Motions in Motor Proteins

Yuichi Togashi, Toshio Yanagida, Alexander S. Mikhailov

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 6(6) e1000814 2010年6月査読有り
Mesoscale modeling of molecular machines: Cyclic dynamics and hydrodynamical fluctuations

Andrew Cressman, Yuichi Togashi, Alexander S. Mikhailov, Raymond Kapral

PHYSICAL REVIEW E 77(5) 050901 2008年5月査読有り
Molecular synchronization waves in arrays of allosterically regulated enzymes

Vanessa Casagrande, Yuichi Togashi, Alexander S. Mikhailov

PHYSICAL REVIEW LETTERS 99(4) 048301 2007年7月査読有り
Nonlinear relaxation dynamics in elastic networks and design principles of molecular machines

Yuichi Togashi, Alexander S. Mikhailov

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 104(21) 8697-8702 2007年5月査読有り
Molecular discreteness in reaction-diffusion systems yields steady states not seen in the continuum limit

Y Togashi, K Kaneko

PHYSICAL REVIEW E 70(2) 020901 2004年8月査読有り
Transitions induced by the discreteness of molecules in a small autocatalytic system

Y Togashi, K Kaneko

PHYSICAL REVIEW LETTERS 86(11) 2459-2462 2001年3月査読有り

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主要な書籍等出版物

4

Minorities and Small Numbers from Molecules to Organisms in Biology: Toward a New Understanding of Biological Phenomena

Takeharu Nagai, Yuichi Togashi (担当:共編者(共編著者))

Springer Singapore 2018年11月15日 (ISBN: 9789811320828)
少数性生物学

永井健治, 冨樫祐一 (担当:共編者(共編著者))

日本評論社 2017年3月25日 (ISBN: 9784535788169)

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産業財産権

1

特許第6952300号 Gタンパク質共役型受容体(GPCR)の活性評価方法

柳川正隆, 佐甲靖志, 廣島通夫, 安井真人, 上田昌宏, 冨樫祐一

MISC

2

書評 CELL BIOLOGY by the numbers

冨樫祐一

生物物理 56(6) 352-352 2016年11月29日
書評エントロピーからはじめる熱力学

冨樫祐一

生物物理 56(4) 246-246 2016年7月25日

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

9

細胞内の高分子混雑環境における伝熱と分子構造

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2021年4月 - 2025年3月

冨樫祐一
シンギュラリティ細胞が率いる集団を表現する機械論的モデルの構成

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2021年3月

冨樫祐一
形ある生体高分子間の力学的な情報伝達・相互干渉の数理

日本学術振興会科学研究費助成事業(国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A))) 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A)) 2018年 - 2021年

冨樫祐一
アロステリック制御を実現するタンパク構造の設計原理

文部科学省科学研究費助成事業(基盤研究(C)) 基盤研究(C) 2016年 - 2019年

冨樫祐一
少数分子反応ネットワーク理論の構築－少数性と階層性の観点からのモデリング－

文部科学省科学研究費助成事業(新学術領域研究(研究領域提案型)) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年 - 2015年

冨樫祐一, 小松崎民樹
細胞内環境を想定した反応拡散系モデリング

文部科学省科学研究費助成事業(若手研究(B)) 若手研究(B) 2008年 - 2011年

冨樫祐一
分子数の離散性が化学反応ネットワークに及ぼす効果

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2003年 - 2004年

冨樫祐一

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所属学協会

9