徳久淳師 (Atsushi Tokuhisa) - マイポータル

基本情報

所属: 特定国立研究開発法人理化学研究所計算科学研究センター(R-CCS) 上級研究員 (博士(理学))

学位: 博士（理学）(2007年3月奈良先端科学技術大学院大学)

研究者番号: 60455300
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-9584-1819
J-GLOBAL ID: 202001002716475785
Researcher ID: C-9304-2016
researchmap会員ID: R000009378

研究キーワード

研究分野

経歴

2021年4月 - 現在

特定国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター HPCI/AI駆動型医薬プラットフォーム部門バイオメディカル計算知能ユニット, 上級研究員
2020年4月 - 2021年3月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 医科学イノベーションハブ推進プログラム(MIH)医薬プロセス最適化プラットフォーム推進グループ, 上級研究員
2017年5月 - 2021年3月

特定国立研究開発法人理化学研究所, 計算科学研究センター・研究部門・量子系分子科学研究チーム, 研究員
2017年4月 - 2020年3月

理化学研究所, 科学技術ハブ推進本部・健康生き活き羅針盤リサーチコンプレックス推進プログラム・健康羅針盤チーム, 研究員
2013年4月 - 2017年3月

理化学研究所, 計算科学研究機構・研究部門・計算構造生物学研究ユニット, 研究員
2010年4月 - 2013年

理化学研究所, 播磨研究所・放射光科学研究センター・XFEL研究開発部門・ビームライン研究開発グループ・データ処理系開発チーム, 基礎科学特別研究員
2007年4月 - 2010年3月

日本原子力研究開発機構, 量子ビーム応用研究部門, 博士研究員
2006年4月 - 2007年3月

日本原子力研究開発機構, 生体分子シミュレーション研究グループ, 特別研究生
2004年4月 - 2006年3月

日本原子力研究所, 生体物質機能解析グループ, 特別研究生
2003年8月 - 2004年3月

日本原子力研究所, 生体物質機能解析グループ, 学生実習生

学歴

2004年4月 - 2007年3月

奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科博士課程
2002年4月 - 2004年3月

奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科修士課程
1998年4月 - 2002年3月

三重大学, 工学部, 物理工学科
1993年5月

大学入試資格検定試験合格

受賞

2020年12月

優秀発表賞量子生命科学会第2回大会, 創薬応用を目指したテンプレートマッチングによる生体分子構造多形評価法の開発, 量子生命科学会
2019年11月

第６回HPCI報告会優秀成果賞, hp180123「創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究」, 一般財団法人高度情報科学技術研究機構(RIST)

徳久淳師
2019年10月

優秀ポスター賞, Validation of protein structure from low resolution density map using Deep Learning, 情報計算化学生物学会

Miwa Sato, Hiroyuki Nakagawa, Yuichi Kokabu, Ikuko Miyaguchi, Akiko Kashima, Biao Ma, Sigeyuki Matsumoto, Atsushi Tokuhisa, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi
2012年5月

Acta Crystallographica Section A, Highlighted Article, “Classifying and assembling two-dimensional X-ray laser diffraction patterns of a single particle to reconstruct the three-dimensional diffraction intensity function: resolution limit due to the quantum noise” Tokuhisa A., Taka J., Kono H. and Go N. Acta Crystallographica A, 68, 336-381 (2012), (IUCr) International Union of Crystallography

論文

Investigating self-supervised image denoising with denaturation

Hiroki Waida, Kimihiro Yamazaki, Atsushi Tokuhisa, Mutsuyo Wada, Yuichiro Wada

Neural Networks 184 106966-106966 2025年4月
Generating Free-energy Landscapes and Mapping Conformational Transition Pathways from cryo-EM Images using a Deep Isometric Autoencoder

Kimihiro Yamazaki, Mutsuyo Wada, Yuichiro Wada, Atsushi Tokuhisa, Kento Ohga, Akira Nakagawa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Takashi Katoh, Shigeyuki Matsumoto …

2025年3月5日
cryoMDM; Molecular simulation Driven structural Matching Approach to Estimate Variety of Atomic Three-dimensional Model Based on Noisy cryoEM Single Particle Images.

Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Kei Terayama, Shigeyuki Matsumoto, Takayuki Kato, Yasushi Okuno

2024年11月1日
PaStEL: Generator of Pathways with Structural Change on Pseudo Free-Energy Landscape from CryoEM Images

Atsushi Tokuhisa, Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Akira Nakagawa, Yoshinobu Akinaga, Yoko Sasakura, Yasushi Okuno

2024年3月20日
Enhanced Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulation with a Smoothed Hybrid Potential Using a Neural Network Model

Ryo Kanada, Atsushi Tokuhisa, Yusuke Nagasaka, Shingo Okuno, Koichiro Amemiya, Shuntaro Chiba, Gert-Jan Bekker, Narutoshi Kamiya, Koichiro Kato, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Theory and Computation 20(1) 7-17 2024年1月9日
An Auto-Encoder to Reconstruct Structure with Cryo-EM Images via Theoretically Guaranteed Isometric Latent Space, and Its Application for Automatically Computing the Conformational Pathway

Kimihiro Yamazaki, Yuichiro Wada, Atsushi Tokuhisa, Mutsuyo Wada, Takashi Katoh, Yuhei Umeda, Yasushi Okuno, Akira Nakagawa

Lecture Notes in Computer Science 14220 LNCS 394-404 2023年
Accelerating AlphaFold2 Inference of Protein Three-Dimensional Structure on the Supercomputer Fugaku.

Yosuke Oyama, Akihiro Tabuchi, Atsushi Tokuhisa

FlexScience@HPDC 1-9 2023年8月10日
Protein–ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy

Kenichiro Takaba, Chiduru Watanabe, Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Biao Ma, Ryo Kanada, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Yusuke Kawashima, Hirotomo Moriwaki …

Journal of Computational Chemistry 43(20) 1362-1371 2022年7月30日
Enhanced Conformational Sampling with an Adaptive Coarse-Grained Elastic Network Model Using Short-Time All-Atom Molecular Dynamics

Ryo Kanada, Kei Terayama, Atsushi Tokuhisa, Shigeyuki Matsumoto, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Theory and Computation 18(4) 2062-2074 2022年4月12日
Single-image super-resolution improvement of X-ray single-particle diffraction images using convolutional neural network

Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Kei Terayama, Yasushi Okuno

Journal of Chemical Information and Modeling 62(14) 3352-3364 2021年12月29日
Machine learning to estimate the local quality of protein crystal structures

Ikuko Miyaguchi, Miwa Sato, Akiko Kashima, Hiroyuki Nakagawa, Yuichi Kokabu, Biao Ma, Shigeyuki Matsumoto, Atsushi Tokuhisa, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi

Scientific Reports 11(1) 23599-23599 2021年12月
QAEmap: A Novel Local Quality Assessment Method for Protein Crystal Structures Using Machine Learning

Ikuko Miyaguchi, Miwa Sato, Akiko Kashima, Hiroyuki Nakagawa, Yuichi Kokabu, Biao Ma, Shigeyuki Matsumoto, Atsushi Tokuhisa, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi

2021年7月9日
High-precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning

Atsushi Tokuhisa

Journal of Chemical Information and Modeling 60(7) 3361-3368 2020年6月4日査読有り
Coarse-grained diffraction template matching model to retrieve multi-conformational models for biomolecule structures from noisy diffraction patterns

Atsushi Tokuhisa

Journal of Chemical Information and Modeling 60(6) 2803-2818 2020年5月29日査読有り
Exploring Successful Parameter Region for Coarse-Grained Simulation of Biomolecules by Bayesian Optimization and Active Learning

Atsushi Tokuhisa

Biomolecules 10(3) 482-482 2020年3月21日
計算創薬におけるシミュレーション・機械学習・実験の融合に向けて

Atsushi Tokuhisa

アンサンブル 21(2) 115-125 2019年4月30日
Characterization of X-ray diffraction intensity function from a biological molecule for single particle imaging

Atsushi Tokuhisa

Biophysics and Physicobiology 16 430-443 2019年査読有り
Single-particle XFEL 3D reconstruction of ribosome-size particles based on Fourier slice matching: requirements to reach subnanometer resolution

Atsushi Tokuhisa

Journal of Synchrotron Radiation 25(4) 1010-1021 2018年7月1日
Hybrid approach for structural modeling of biological systems from X-ray free electron laser diffraction patterns

Atsushi Tokuhisa

Journal of Structural Biology 194(3) 325-336 2016年6月
Intensity of Diffracted X-rays from Biomolecules with Radiation Damage Caused by Strong X-ray Pulses

Atsushi Tokuhisa

Journal of the Physical Society of Japan 83(9) 094301-094301 2014年9月15日

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MISC

深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測

佐藤美和, 中川寛之, 小甲裕一, 宮口郁子, 鹿島亜希子, 馬彪, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, 池口満徳

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較

宮口郁子, 鹿島亜季子, 佐藤美和, 中田一人, 馬彪, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
3D-CNNを活用したポケット予測に関する研究。

馬場剛史, 小甲裕一, 佐藤美和, 中川寛之, 宮口郁子, MA Biao, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳 …

構造活性相関シンポジウム講演要旨集 47th (CD-ROM) 2019年
シミュレーションデータを用いたX線自由電子レーザー(XFEL)回折像からの生体分子三次元構造の復元プロトコル

中野美紀, 宮下治, JONIC Slavica, 徳久淳師, TAMA Florence, TAMA Florence, TAMA Florence

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 73(1) 3078-3078 2018年
X線自由電子レーザー(XFEL)回折像からの生体分子三次元構造の復元

中野美紀, 宮下治, JONIC Slavica, 徳久淳師, TAMA Florence, TAMA Florence

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 71(1) 3179-3179 2016年
3P084 X線自由電子レーザーを用いたパターンマッチング法による第一原理構造モデリングの検討(01E. 蛋白質:計測・解析の方法論,ポスター,第52回日本生物物理学会年会(2014年度))

Atsushi Tokuhisa

生物物理 54(1) S262 2014年
生体高分子単粒子の高分解能構造解析の可能性

徳久淳師

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集 26th 2013年
X線自由電子レーザーによる生体高分子の高分解能構造解析法に向けて

徳久淳師

KEK Proceedings (Web) (2012-9) 2013年
65

京での大量データの並列相関計算を支援するソフトウェアの提案

吉永一美, 徳久淳師, 大野善之, 亀山豊久, 堀敦史, 城地保昌, 初井宇記, 石川裕, 石川裕

情報処理学会研究報告(Web) 2013(ARC-207) 1-8 2013年12月9日
2P077 X線自由電子レーザーにより得られる低分解能データセットに対する単粒子構造解析法(01E.蛋白質:計測・解析の方法論,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Atsushi Tokuhisa

生物物理 53(1) S171 2013年
3PS026 XFELを用いた3次元分子イメージングのための雑音下における2次元回折像の類似度自動同定(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Tokuhisa Atsushi, Joti Yasumasa, Kono Hidetoshi, Go Nobuhiro

生物物理 52 S150 2012年
3I1048 単粒子分子のノイズの大きいX線回折データからの位相回復(3I 蛋白質_計測・解析の方法論1,日本生物物理学会第49回年会)

Kono Hidetoshi, Ikeda Shiro, Tokuhisa Atsushi

生物物理 51 S137 2011年
3I1036 X線自由電子レーザーを用いた生体分子3次元イメージングにおける到達分解能の予測(3I 蛋白質_計測・解析の方法論1,日本生物物理学会第49回年会)

Tokuhisa Atsushi, Kai Takeshi, Kono Hidetoshi, Joti Yasumasa, Go Nobuhiro

生物物理 51 S137 2011年
X線自由電子レーザーによる生体分子単粒子構造解析法の理論的研究

徳久淳師, 高潤一郎, 河野秀俊, 郷信広, 郷信広

日本物理学会講演概要集 65(2) 2010年
2P011 X線自由電子レーザーを用いた生体単粒子イメージングにおいて期待される分解能の理論的見積もり(蛋白質-構造,第48回日本生物物理学会年会)

Tokuhisa Atsushi, Kai Takeshi, Taka Junichiro, kono Hidetoshi, Go Nobuhiro

生物物理 50(2) S83-S84 2010年
24pTG-2 X線自由電子レーザーによる生体分子単粒子構造解析法の理論的研究(24pTG 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

徳久淳師, 高潤一郎, 河野秀俊, 郷信広

日本物理学会講演概要集 65 325-325 2010年
3P-069 X線自由電子レーザを用いた単分子イメージンクの理論(蛋白質-計測・解析の方法論,第47回日本生物物理学会年会)

Tokuhisa Atsushi, Taka Junichiro, Kono Hidetoshi, Go Nobuhiro

生物物理 49 S162 2009年
タンパク質-DNA相互作用の認識塩基配列と非認識塩基配列による違い

徳久淳師

日本原子力研究開発機構JAEA-Review 2008年
タンパク質-DNA相互作用の認識塩基配列と非認識塩基配列による違い

徳久淳師, 河野秀俊

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 8th 2008年
3P-065 単分子X線回折像からの立体構造決定法の理論的研究(蛋白質・計測,解析の方法論,第46回日本生物物理学会年会)

Tokuhisa Atsushi, Taka Junichiro, Moribayashi Kengo, Otobe Tomohito, Kai Takeshi, nakamura Tatsufumi, Fukuda Yuji, Kono Hidetoshi, Go Nobuhiro

生物物理 48 S137 2008年

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書籍等出版物

クライオ電子顕微鏡ハンドブック = Handbook of cryo-electron microscopy

難波, 啓一, 加藤, 貴之 (生物物理学), 牧野, 文信

エヌ・ティー・エス 2023年1月 (ISBN: 9784860438043)
AI導入によるバイオテクノロジーの発展

植田, 充美

シーエムシー出版 2018年2月 (ISBN: 9784781313153)
in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

技術情報協会

技術情報協会 2018年1月 (ISBN: 9784861046889)

主要な講演・口頭発表等

創薬応用を目指したXFELテンプレートマッチング法によるクロマチン構造多形解析に関する研究

徳久淳師

第６回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題成果報告会 2019年11月招待有り
実験とシミュレーションの融合による生体高分子構造多形推定法の開発

徳久淳師

VINAS Users Conference 2019 2019年10月招待有り
次世代分子シミュレーション基盤構築

徳久淳師

第5回ポスト「京」重点課題１ワークショップ 2018年8月招待有り
生体高分子を観るための計測データと数値シミュレーション

徳久淳師

兵庫県立大学セミナー「生命科学現象とそのシミュレーション」 2018年3月招待有り
ゲノム医療を目指したシミュレーション基板の構築：

徳久淳師

第31回量子系分子科学セミナー 2018年1月招待有り
XFELによる生体単粒子構造解析の実現を目指した理論研究

徳久淳師

第2回Neutron in Biology研究会-相補性の追求 2014年3月招待有り
高分解能生体単粒子構造解析を目指したＸ線回折像の敏速分類

徳久淳師

PC クラスターワークショップ in 神戸 2013年9月招待有り
高分解能生体単粒子イメージングを目指したＸ線回折像の敏速分類

徳久淳師

第 10 回戦略的高性能計算システム開発に関するワークショップ 2013年7月招待有り
生体分子単粒子の高分解能構造解析の可能性

徳久淳師

第 26 回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム企画講演 4「未踏の放射光科学への挑戦：若手の視点から」 2013年1月招待有り
Ｘ線自由電子レーザーによる生体高分子の高分解能構造解析法に向けて

徳久淳師

第１回先進的観測技術研究会 2012年12月招待有り

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担当経験のある科目(授業)

2018年7月 - 2020年7月

ビッグデータ医科学特論 (京都大学)

所属学協会

2003年9月 - 現在

日本生物物理学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

hp200053 テンプレートマッチング法による生体分子構造多形解析のための統合ワークフロー開発

革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI) HPCIシステム利用研究課題一般課題 2020年4月 - 2021年3月
hp190105 クロマチン高次構造解析を目的としたAIを活用したXFELテンプレートマッチング法の高度化

革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI) HPCIシステム利用研究課題一般課題 2019年4月 - 2020年3月
hp180123 創薬応用を目指したテンプレートマッチング法によるクロマチン構多形解析に関する研究

革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI) HPCIシステム利用研究課題一般課題 2018年4月 - 2019年3月
分子シミュレーションに基づくゲノム医療・ゲノム創薬基盤の構築

公益財団法人計算科学振興財団 COE課題 2017年4月
X線単粒子構造解析の礎となる信号雑音比の悪い回折像の類似性判定に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

徳久淳師, 郷信広
hp140121 構造モデルと回折像パターンマッチングによる新しい X 線単粒子構造解析法の検証

革新的ハイパフォーマンス・コンピューティング・インフラ(HPCI) HPCIシステム利用研究課題「京」若手人材育成利用 2014年4月 - 2015年3月
SACLAと京の融合利用による生体超分子の立体構造解析技術の開拓

理化学研究所理研理事長ファンド 2012年4月 - 2014年3月
Ｘ線自由電子レーザーを用いた生体分子系単粒子イメージングの実現に向けた理論研究

理化学研究所基礎科学特別研究費 2010年4月 - 2013年3月
生体分子の立体構造決定に向けたシミュレーションに関する研究開発

The "X-ray Free Electron Laser Utilization Research Project" of the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan (MEXT) 2006年5月 - 2011年3月
基質結合による蛋白質ダイナミクス変化の解明：計算科学的手法を用いた中性子散乱プロファイルの予測

奈良先端科学技術大学院大学学長裁量経費 2005年4月 - 2006年3月

学術貢献活動

The 4th AICS International Symposium

企画立案・運営等

理研計算科学研究機構 2013年12月

徳久淳師

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

主要な講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

学術貢献活動

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